드러그뱅크

DrugBank
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내용
묘사약물 데이터베이스
데이터형
발동.		화학구조, 소분자 의약품, 생명공학 의약품, 의약품표적물, 의약품표적서열, 의약품표적SNP, 의약품대사물, 의약품설명, 질병관련, 용량데이터, 의약품상호작용, 의약품대사, 의약품합성, 특허 및 가격결정 data, 화학적 특성, 명명법, 동의어, 화학 분류법, 약물 NMR 스펙트럼, 약물 GC-MS 스펙트럼, 약물 LC-MS 스펙트럼
연락
연구소캐나다 앨버타주 앨버타 대학교 및 대사학 혁신 센터
실험실.데이비드 S.위샤트
주요 인용문DrugBank: 실리코 내 약물 발견 및 [1]탐사를 위한 포괄적인 자원.
접근
웹 사이트www.drugbank.com
다운로드 URLwww.drugbank.ca/downloads
여러가지 종류의
데이터 릴리즈
빈도수.		2년마다 매월 수정 및 업데이트
큐레이션 정책수동 큐레이션

DragBank 데이터베이스는 캐나다 [1]앨버타주에 위치한 Alberta 대학과 The Metaboromics Innovation Center가 작성 및 관리하는 약물 및 약물 표적에 대한 정보를 포함하는 포괄적이고 자유롭게 액세스할 수 있는 온라인 데이터베이스입니다.생물 정보학 및 화학 정보학 자원인 DrugBank는 상세한 약물(화학, 약리, 의약품) 데이터와 포괄적인 약물 대상([1][2]순서, 구조 및 경로) 정보를 결합한다.DrugBank는 [3]Wikipedia의 콘텐츠를 사용하고 있으며, Wikipedia는 종종 Drugbank와 링크되어 잠재적인 회람 보고 [3]문제를 제기하고 있습니다.

DrugBank Online 웹 사이트는 일반인이 무료로 이용할 수 있는 리소스로 제공됩니다.단, DrugBank Online 또는 기초 DrugBank Data의 전체 또는 일부 및 모든 목적을 위해 콘텐츠를 사용하고 다시 배포하려면 라이센스가 필요합니다.교육 기관 사용자는 특정 사용 사례에 대해 무료 라이센스를 신청할 수 있지만, 다른 모든 사용자는 유료 라이센스를 필요로 합니다.

데이터베이스의 최신 릴리스(버전 5.0)에는 FDA 승인 소분자 의약품 2037개, FDA 승인 생명공학(단백질/펩타이드) 의약품 241개, 영양제 96개 및 6000개 이상의 실험 [4]의약품 등 9591개 의약품 항목이 포함되어 있습니다.또한 4270개의 비장단백질(즉, 약물타겟/효소/수송체/담체) 배열이 이러한 약물 엔트리에 연결되어 있다.각 DrugCard 항목(그림 1)에는 200개 이상의 데이터 필드가 포함되어 있으며, 정보의 절반은 약물/화학 데이터에 할당되고 나머지 절반은 약물 표적 또는 [4]단백질 데이터에 할당된다.

HMDB,[5] T3DB,[6] SMPDB[7] 및 FoDB 등 4개의 추가 데이터베이스도 일반적인 대사/화학 데이터베이스의 일부이다.HMDB는 40,000개 이상의 인간 대사물에 대한 동등한 정보를 포함하고, T3DB는 3100개의 일반적인 독소와 환경 오염 물질에 대한 정보를 포함하고, SMPDB는 700개에 가까운 인간 대사 경로와 질병 경로에 대한 경로도를 포함하고, FoDB는 약 28,000개의 식품 성분과 식품 첨가물에 대한 동등한 정보를 포함하고 있다.

버전 이력

드러그뱅크의 첫 번째 [1]버전은 2006년에 출시되었습니다.이 조기 공개에는 841개의 FDA 승인 소분자 약물과 113개의 생명공학 약물에 대한 비교적 미미한 정보가 포함되어 있었다.그것은 또한 2133개의 약물 표적에 대한 정보를 포함했다.드러그뱅크의 두 번째 버전은 [2]2009년에 출시되었습니다.데이터베이스의 크게 확장되고 개선된 버전에는 1344개의 승인된 소분자 의약품과 123개의 생명공학 의약품 및 3037개의 고유한 의약품 대상이 포함되었다.버전 2.0은 또한 최초로 금단 약물과 불법 약품, 광범위한 식품-약물과 약물 상호작용, ADMET(흡수, 유통, 대사, 배설 및 독성) 매개변수를 포함했다.버전 3.0은 [8]2011년에 출시되었습니다.이 버전에는 1424개의 승인된 소분자 약물과 132개의 생명공학 약물과 4,000개 이상의 고유한 약물 표적이 포함되어 있었다.버전 3.0에는 또한 5,000개 이상의 실험 약물에 대한 데이터뿐만 아니라 의약품 운반체 데이터, 의약품 경로 데이터, 의약품 가격, 특허 및 제조 데이터도 포함되었다.버전 4.0은 [4]2014년에 출시되었습니다.이 버전은 FDA가 승인한 1558개의 소분자 의약품, 155개의 생명공학 의약품 및 4200개의 고유한 의약품 표적을 포함했다.버전 4.0은 또한 약물 대사물(구조 및 반응), 약물 분류, 약물 스펙트럼, 약물 결합 상수 및 약물 합성 정보에 대한 광범위한 정보를 통합했다.표 1은 DrugBank의 개발 이력에 대한 보다 완전한 통계 요약을 제공한다.

표 1.
카테고리 1.0 2.0 3.0 4.0
DrugCard당 데이터 필드 수 88 108 148 208
검색 유형 수 8 12 16 18
도해된 약물 작용 경로의 경로 0 0 168 232
대사효소 데이터가 있는 약물의 수 0 0 762 1,037
구조를 가진 약물 대사물의 수 0 0 0 1,239
약물 대사 반응 횟수 0 0 0 1,308
도해된 약물 대사 경로의 수 0 0 0 53
약물 운반체 데이터가 있는 약물의 수 0 0 516 623
분류정보가 있는 의약품의 수 0 0 0 6,713
SNP 관련 약물 효과 수 0 0 113 201
특허/가격/제조업체 데이터가 있는 의약품 수 0 0 1,208 1,450
식품-약물 상호작용 횟수 0 714 1,039 1,180
약물-약물 상호작용 횟수 0 13,242 13,795 14,150
ADMET 파라미터의 수(Caco-2, LogS) 0 276 890 6,667
약물당 QSAR 파라미터의 수 5 6 14 23
약물-표적 결합 상수 데이터가 있는 약물의 수 0 0 0 791
NMR 스펙트럼을 가진 약물의 수 0 0 0 306
MS 스펙트럼을 가진 약물의 수 0 0 0 384
화학 합성 정보가 있는 약물의 수 0 38 38 1,285
FDA 승인 소분자 의약품 수 841 1,344 1,424 1,558
생명공학 의약품 수 113 123 132 155
영양제 수 61 69 82 87
회수된 약의 수 0 57 68 78
불법 마약의 수 0 188 189 190
실험 약물의 수 2,894 3,116 5,210 6,009
실험 및 FDA 소분자 약물의 총 수 3,796 4,774 6,684 7,561
실험약 및 FDA 의약품의 총 수(모든 유형) 3,909 4,897 6,816 7,713
전체 약물 대상 수(고유) 2,133 3,037 4,326 4,115
승인된 의약품 효소/담체 수(고유) 0 0 164 245
전체 약물 효소/담체 수(고유) 0 0 169 253
외부 데이터베이스 링크 수 12 18 31 33

범위와 액세스

DrugBank의 모든 데이터는 공공의 비독점 소스로부터 파생됩니다.거의 모든 데이터 항목은 완전히 추적 가능하며 원래 소스를 명시적으로 참조할 수 있습니다.DrugBank 데이터는 공개 웹 인터페이스를 통해 이용할 수 있습니다.

사용자는 다음과 같은 다양한 방법으로 DrugBank에 문의할 수 있습니다.

  • 데이터베이스의 전체 텍스트 구성요소에 대한 단순한 텍스트 쿼리가 지원됩니다.찾아보기 버튼을 클릭하면 DrugBank 콘텐츠의 표 형식의 개요가 생성됩니다.이 뷰를 사용하면 데이터베이스를 쉽게 스크롤하거나 내용을 정렬할 수 있습니다(그림 2).
  • 지정된 DrugCard 버튼을 클릭하면 해당 약물에 대한 전체 데이터 내용이 표시됩니다.모든 DrugCard 필드 및 소스에 대한 자세한 설명이 여기에 나와 있습니다.
  • PharmaBrowse 버튼을 사용하면 표시별로 분류된 약물을 검색할 수 있습니다.이것은 약사와 의사뿐만 아니라 잠재적인 약물 단서를 찾는 제약 연구원들에게도 특히 유용합니다.
  • ChemQuery 버튼을 사용하여 그림을 그릴 수 있습니다(Chem을 사용).Axon 애플릿) 또는 (SMILES 문자열로) 화학 화합물을 작성하고 DrugBank에서 쿼리 화합물과 유사하거나 동일한 화학 물질을 검색합니다(그림 3).
  • TextQuery 버튼은 DrugBank의 텍스트 부분에 대한 보다 정교한 텍스트 검색(부분 단어 일치, 대/소문자 구분, 철자 오류 등)을 지원합니다.
  • SeqSearch 버튼을 사용하면 DrugBank에 포함된 18,000개의 시퀀스에 대해 BLAST(단백질) 시퀀스 검색을 수행할 수 있습니다.단일 및 다중 시퀀스(즉, 전체 프로테옴) BLAST 쿼리가 모두 지원됩니다.
  • [ Data Extractor ]버튼을 사용하면 서브필드의 다양한 조합을 선택하거나 검색할 수 있는 사용하기 쉬운 관계형 쿼리 검색 도구가 열립니다.데이터 추출기는 가장 정교한 DrugBank 검색 도구입니다.

사용자들은 DrugBank에 대한 최신 뉴스를 웹사이트와 트위터와 페이스북을 통해 추적할 수 있다.

「 」를 참조해 주세요.

Wikidata에는 다음 속성이 있습니다.

레퍼런스

  1. ^ a b c d Wishart, DS; Knox C; Guo AC; et al. (Jan 2006). "DrugBank: a comprehensive resource for in silico drug discovery and exploration". Nucleic Acids Research. 34 (Database issue): D668-72. doi:10.1093/nar/gkj067. PMC 1347430. PMID 16381955.
  2. ^ a b Wishart, DS; Knox C; Guo AC; et al. (Jan 2008). "DrugBank: a knowledgebase for drugs, drug actions and drug targets". Nucleic Acids Research. 36 (Database issue): D901-6. doi:10.1093/nar/gkm958. PMC 2238889. PMID 18048412.
  3. ^ a b Harrison, Stephen (7 March 2019). "The Dizzying Problem of Citationless Wikipedia "Facts" That Take On a Life of Their Own". Slate Magazine. Retrieved 9 November 2019.
  4. ^ a b c Law, V; Knox, C; Djoumbou, Y; Jewison, T; Guo, AC; Liu, Y; Maciejewski, A; Arndt, D; Wilson, M; Neveu, V; Tang, A; Gabriel, G; Ly, C; Adamjee, S; Dame, ZT; Han, B; Zhou, Y; Wishart, DS (Jan 2014). "DrugBank 5.0: shedding new light on drug metabolism". Nucleic Acids Research. 42 (Database issue): D1091-7. doi:10.1093/nar/gkt1068. PMC 3965102. PMID 24203711.
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  8. ^ Knox, C; Law, V; Jewison, T; Liu, P; Ly, S; Frolkis, A; Pon, A; Banco, K; Mak, C; Neveu, V; Djoumbou, Y; Eisner, R; Guo, AC; Wishart, DS. (Jan 2011). "DrugBank 3.0: a comprehensive resource for 'omics' research on drugs". Nucleic Acids Research. 39 (Database issue): D1035-41. doi:10.1093/nar/gkq1126. PMC 3013709. PMID 21059682.