FHAD1

FHAD1

FHAD1을 포함한 포크헤드 관련 도메인(Forkhead-associated domain)은 FHAD1 유전자에 의해 암호화된 단백질이다.

이름에서 알 수 있듯이 포크헤드 관련 도메인과 광범위한 코일 코일 구조를 가지고 있습니다.그것은 DNA 전사와 관련된 기능을 가질 것으로 예상된다.그것은 핵에 국소화되어 있고 핵의 국소화 신호를 가지고 있다.

진

궤적과 크기

사람의 경우 FHAD1 유전자는 1번 염색체(1p36.21)에 위치하고 게놈 배열은 15236559 bp에서 시작해 15400283 [1]bp에서 끝난다.FHAD1 주위에는 3개의 주요 유전자가 있으며, 그 중 2개는 알려진 기능을 가진 단백질을 암호화한다.EFHD2와 키모트립신-C(CTRC)의 두 유전자는 플러스 [1]가닥에 FHAD1의 하류에 있습니다.TMEM51은 FHAD1의 [1]업스트림에 있습니다.

FHAD1의 길이는 163,682이며 43엑손이 포함되어 있습니다.

일반적인 에일리어스

FHAD1은 4개의 별칭, 포크헤드 관련 포스포펩타이드 결합 도메인 1, 포크헤드 관련 포스포펩타이드 결합 도메인 1, FHA 도메인 함유 단백질 1, [2]KIAA1937을 가진다.

mRNA

길이 FHAD1 5138 bp의 mRNA 트랜스크립트.이 유전자는 NCBI 유전자 데이터를 바탕으로 30개의 동소체를 가지고 있다.

단백질

FHAD1 domains.png

FHAD 1 단백질은 길이 1412 aa, 무게 16.2 kDa, 등전점 6.[3]52이다.1, 3, 4 등 3가지 동형식이 있지만, 이형식 1만이 실험 증거에 의해 뒷받침된다.글루탐산 농후 영역 1개와 프롤린 농후 영역 1개로 구성되어 있습니다.

도메인과 모티브

이마 관련 도메인

단백질에서 FHA 도메인은 18 - 84 aa로 확장된다.pSer, pThr 및 pTyr과 같은 인산화 부위를 인식하고 결합할 수 있습니다.이 영역의 정확한 메커니즘과 기능은 여전히 연구되고 있지만, 그것은 많은 다른 기능을 수행하는 단백질, 주로 DNA 복구와 전달에서 [4]발견됩니다.

포크헤드 관련 도메인 구조

SMC 지역

FHAD1은 275~1401aa의 1개의 Smc(염색체 구조유지) 영역을 포함한다.이 영역은 세포 주기 제어, 세포 분열 및 염색체 [5]분리에 관여하는 SMC 단백질을 암호화합니다.

TMPIT유사단백질, pfam07851

이 영역은 FHAD1의 394~494 aa에서 확장됩니다.TMPIT 단백질에 의해 코드된 단백질은 막 [6]통과 단백질로 예측된다.그러나 이를 뒷받침할 문헌이 부족하다.

DUF342

이 도메인은 FHAD1의 694~777 aa에서 확장됩니다.그것은 알려진 [7]기능이 없는 박테리아 단백질 패밀리의 단백질을 암호화한다.

RaptorX 소프트웨어를 이용한 FHAD1의 예측 구조

구조.

FHAD1에는 베타 시트로 구성된 포크헤드 관련 도메인이 포함되어 있습니다.구조 예측 소프트웨어에 근거해, 나머지 단백질은 알파 헬리크와 랜덤 코일로 구성되어 있습니다.FHAD1은 전체적으로 그림과 같이 코일형 코일 구조로 되어 있다.

번역 후 수정

FHAD1은 예측 소프트웨어에 근거해 복수의 다른 타입의 번역 후 수정을 실시할 것으로 예측된다.

  • 글리코실화:FHAD1에는 101개의 가능한 글리코실화 부위가 있었으며 주로 O-연결 글리코실화와 관련된 아미노산으로 구성되었다.
  • 인산화:단백질은 적어도 100개 이상의 많은 인산화 부위를 가질 것으로 예측되었다.
  • 당화:FHAD1의 다중 리신 잔기는 γ 아미노기의 당화에 대해 예측되었다.
  • 스모일화: FHAD1에서는 4개의 스모일화 컨센서스 시퀀스와 3개의 인터랙션 사이트가 예측되었다.
  • O-GlcNAc 부위: FHAD1에서 O-GlcNAc 글리코실화 6개 부위가 예측되었다. 연구 결과, 이 특정 유형의 글리코실화는 핵세포질 [8]단백질에 가장 많이 있는 것으로 나타났다.

세포내 현지화

Human Protein Atlas의 FHAD1 발현 프로파일

FHAD1은 94.1%의 신뢰성을 가진 핵단백질일 것으로 예측됐다.또한 1100 - 1107 aa 사이의 가능한 핵 국재화 신호 시퀀스를 포함하고 있다.2개의 pat4 시퀀스와 1개의 pat7 시퀀스가 예측되었습니다.Pat4 및 pat7은 리신 또는 아르기닌 잔기의 클러스터로 이루어진 컨센서스 배열이다.

표현

인간에서 FHAD1은 인간 단백질 [9]아틀라스에서 발견된 연구에 기초하여 여성의 고환, 나팔관 및 자궁조직, 비인두 및 폐 기관지에서 발현된다.또한 NCBI의 EST Profile은 FHAD1이 고환에서 고도로 발현되며 기관과 식도에서 일부 발현을 보였다.생쥐에서, 그 유전자는 뇌하수체, 폐, 뇌와 함께 고환에서도 발현되었다.

표현의 규제

FHAD1에는 15246234~15247380bp의 프로모터가 있으며 길이는 1147bp입니다.FHAD1의 5' UTR의 초기 부분을 포함한다. 이 프로모터에 결합할 것으로 예상되는 일부 전사 인자는 다음과 같다.

  • MAX 결합 단백질 - 이 단백질은 E-box 결합 인자[10] 계열의 전사 억제제일 수 있습니다.
  • TR4/TR2 - 이러한 단백질은 핵 수용체군의 일부이며 촉진제의 DR1(직접 반복) 요소에 결합한다.그들은 다른 코어프레서를[11] 모집하는 앵커 역할을 한다.
    5' UTR 스템 루프
  • 카이소 - 이 문자 변환 조절기는 ZB에 의해 인코딩됩니다.TB33 유전자와 p53과[12] 상호작용하여 DNA 손상에 반응하는
  • LYL1-E12 - 이 전사 인자는 LYL1과 E12 두 단백질의 이합체이며, 여기서 E12는 E-box 결합 단백질이다.LYL1은 또한 일부 백혈병에 관여하며 가능한 종양 유발 인자이다.[13]
  • Nur 77 - 이 단백질은 NGFIB(Nerve growth factor IB)라고도 하며 핵수용체군에 속한다.그것은 아포토시스 및 세포 성장 [14]경로에 관여한다.
3' UTR 스템 루프

FHAD1의 5' UTR과 3' UTR에서는 다중 스템 루프가 형성될 것으로 예측된다.

기능.

FHAD1은 다른 전사 조절제와의 상호작용을 통해 전사 조절에 관여할 수 있다.

단백질 상호작용

FHAD1은 효모 2 하이브리드 [15]스크린을 통해 GTF2IRD1(단백질 1을 포함한 GTF2I 반복 도메인)의 결합 파트너로 확인되었다.GTF2I는 일반적인 전사인자 II-1을 코드하는 유전자이다.이 특정 연구는 GTF2IRD1이 염색질 수정을 통한 전사 조절을 수반하는 핵단백질임을 보여주었다.핵에 존재하고 신경세포에서 발견된 사실은 FHAD1의 국재 및 기능 데이터와 관련이 있다.또한 FHAD1과 GTF2IRD1은 GTF2IRD1의 RD2(반복 도메인 2)를 통해 상호작용하였으며, RD2는 어느 정도의 DNA 결합 활성을 보였다.

FHAD1은 침전물을 통해 14-3-3 단백질 엡실론과 상호작용(컬로케이션)하는 것으로 확인되었다.이 단백질은 포스포트레오닌 또는 포스포세린 [16]모티브를 인식함으로써 많은 결합 파트너와 결합합니다.

임상적 의의

FHAD1은 자궁내막증과 [17]비만 진단을 받은 환자에서 다른 발현을 보였다.

호몰로지와 진화

FHAD1에는 기존의 패럴로그가 없다.그것은 다음의 종류에 속하는 유기체에 정형어를 가지고 있다.포유동물, 렙틸리아, 아베스, 사콥테리지이, 악티노프테리지이, 복족류 및 링굴라타.아래 표의 모든 생물에서 FHA 도메인이 유의하게 보존되었습니다.

진화율
FHAD1 계통수

FHAD1의 진화속도를 피브리노겐, 시토크롬c와 비교한 결과 FHAD1은 빠르게 진화하는 유전자임을 알 수 있었다.

맞춤법
공통명 발산 시간(mya) 시퀀스 아이덴티티
검은과일박쥐 96 78%
염소 96 75%
범고래 96 75%
자이언트 팬더 96 75%
해달 96 72%
기니피그 90 71%
큰둥근잎박쥐 96 71%
유럽고슴도치 96 67%
몽골저빌 90 63%
푸른바다거북 312 43%
등딱지거북 312 40%
황제펭귄 312 39%
아메리카악어 312 38%
갈색 메사이트 312 38%
비둘기 312 36%
서인도양실라칸스 413 33%
대서양 연어 435 29%
붉은배피라냐 435 29%
캘리포니아산 바다토끼/슬럭 797 28%


레퍼런스

  1. ^ a b c "FHAD1 forkhead associated phosphopeptide binding domain 1 [Homo sapiens (human)] - Gene - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Retrieved 2018-04-30.
  2. ^ Database, GeneCards Human Gene. "FHAD1 Gene - GeneCards FHAD1 Protein FHAD1 Antibody". www.genecards.org. Retrieved 2018-04-30.
  3. ^ "ExPASy - Compute pI/Mw tool". web.expasy.org. Retrieved 2018-05-06.
  4. ^ Weng JH, Hsieh YC, Huang CC, Wei TY, Lim LH, Chen YH, Ho MR, Wang I, Huang KF, Chen CJ, Tsai MD (October 2015). "Uncovering the Mechanism of Forkhead-Associated Domain-Mediated TIFA Oligomerization That Plays a Central Role in Immune Responses". Biochemistry. 54 (40): 6219–29. doi:10.1021/acs.biochem.5b00500. ISSN 0006-2960. PMID 26389808.
  5. ^ group, NIH/NLM/NCBI/IEB/CDD. "NCBI CDD Conserved Protein Domain Smc". www.ncbi.nlm.nih.gov. Retrieved 2018-05-06.
  6. ^ group, NIH/NLM/NCBI/IEB/CDD. "NCBI CDD Conserved Protein Domain TMPIT". www.ncbi.nlm.nih.gov. Retrieved 2018-05-06.
  7. ^ group, NIH/NLM/NCBI/IEB/CDD. "NCBI CDD Conserved Protein Domain DUF342". www.ncbi.nlm.nih.gov. Retrieved 2018-05-06.
  8. ^ Hart, Gerald W.; Akimoto, Yoshihiro (2009). Varki, Ajit; Cummings, Richard D.; Esko, Jeffrey D.; Freeze, Hudson H.; Stanley, Pamela; Bertozzi, Carolyn R.; Hart, Gerald W.; Etzler, Marilynn E. (eds.). Essentials of Glycobiology (2nd ed.). Cold Spring Harbor (NY): Cold Spring Harbor Laboratory Press. ISBN 9780879697709. PMID 20301273.
  9. ^ "Tissue expression of FHAD1 - Summary - The Human Protein Atlas". www.proteinatlas.org. Retrieved 2018-05-05.
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  13. ^ "WikiGenes - Collaborative Publishing". WikiGenes - Collaborative Publishing. Retrieved 2018-05-06.
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