정렬 시각화 소프트웨어 목록
List of alignment visualization software이 페이지는 시퀀스 정렬 소프트웨어 목록의 하위 섹션이다.
여러 정렬 시각화 도구는 일반적으로 다음 4가지 용도로 사용됨:
- 대규모 DNA 또는 단백질 정렬에 대한 일반적인 이해 지원
- 그림 및 게시에 대한 맞춤 시각화
- 자동 생성된 선형을 수동으로 편집 및 큐레이션
- 심층분석
이 글의 나머지 부분은 동질 단백질의 전지구적 정렬에만 초점을 맞추고 있다.첫 번째 두 가지는 맞춤의 대부분의 표현에 따른 자연적인 결과로서, 그 주석은 사람이 읽을 수 없고 친숙한 시퀀스 행과 정렬 열 형식으로 가장 잘 묘사되며, 그 예들은 문헌에 널리 퍼져 있다.세 번째는 다중 시퀀스 정렬과 구조 정렬을 위한 알고리즘이 항상 완벽하게 수행되지 않는 경험적 접근법을 사용하기 때문에 필요하다.네 번째는 대화형 그래픽 도구가 어떻게 시퀀스 분석에 참여하는 작업자가 선형의 계통 발생적 함의를 탐색하기 위해 다양한 계산 도구를 편리하게 실행하거나, 또는 비교 모델링과 같은 특정 시퀀스의 구조와 기능적 특성을 예측할 수 있도록 지원하는지를 보여주는 좋은 예다.
정렬 뷰어, 편집기
| 이름 | 구조 예측 도구 통합 | 시퀀스를 정렬할 수 있음 | 계통생성 나무를 계산할 수 있다. | 기타 기능 | 서식 지원 | 면허증 | 브라우저에서 실행 가능 | 운영 플랫폼 | 링크 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| alan이야. | 아니요. | 아니요. | 아니요. | X-Forwarding 없이 Linux 터미널에서 시퀀스 정렬을 빠르고 직접 볼 수 있음 | FASTA, Clustal | 무료, GPL 3 | 아니요. | 리눅스 터미널 | 공식 웹사이트 |
| 에일(이맥스 플러그인) | 아니요. | 네 | 아니요. | 아니요. | GenBank, EMBL, FASTA, PHYLIP | 무료, GPL | 아니요. | GNU 이맥스 | 공식 웹사이트 |
| 알리뷰 2021 | 아니요. | MUSIC 통합, MAFFT와 같은 다른 프로그램 정의 가능 | FastTree와 같은 외부 프로그램을 내부에서 호출할 수 있음 | 마우스 휠의 무제한 확대 기능을 통해 빠르고 쉽게 탐색 가능.무제한 파일 크기 정렬 처리퇴보 프라이머 설계. | FASTA, FASTQ, PHYLIP, Nexus, MSF, Clustal | 무료, GPL 3 | ? | 크로스 플랫폼 -Mac OS, 리눅스 창문들 | 공식 웹사이트 |
| 알프스 | 아니요. | 아니요. | 아니요. | 콘솔 기반(GUI 없음), 색상 포함.DNA를 코딩하는 것은 코돈으로 색칠된다. | FASTA, PHYLIP, Nexus, Clustal, 스톡홀름 | 무료, GPL 3 | 아니요. | 크로스 플랫폼 | 공식 웹 사이트, GitHub에 대한 정보도 참조하십시오. |
| arb | 구조 편집 가능, 나선 시퀀스 영역에 결합 표시, 2D 분자 뷰어 | MUSIC, MAFFT, ClustalW, ProvCons, FastAligner(지역 얼라인먼트+자동 참조) | arb-parsimony & -NJ, RAxML, PHML, Phylip, FastTree2, MrBayes | 거대한 정렬 및 트리 편집.NUC + AA를 지원한다.DNA 아래에 코돈들을 표시한다.사용자 정의 열 강조 표시(예: 보존 프로필).프로브를 설계, 일치 및 시각화 | FASTA, GenBank, EMBL, Newick | 전용, 프리웨어, Arb 라이센스, 오픈 수정 가능한 소스 | 아니요. | Linux, Mac OS(홈브루) | 공식 웹사이트 |
| 베이스 바이 베이스 | 아니요. | 근육 | UPGMA, NJ, 전체 및 단일 링크, WPMGA | 시각적 요약, 백분율 ID 표, 통합된 고급 분석 도구 | Genbank, FASTA, EMBEL, Clustal, base별 파일 | 전용, 프리웨어, 등록해야 함 | ? | ? | 공식 웹사이트 |
| 바이오편집 | 아니요. | ClustalW | PHYLIP를 읽을 수 있는 초보적인 기능 | 플라스미드 드로잉, ABI 크로마토그램, | Genbank, FASTA, PHYLIP 3.2 및 4, NBRF-PIR | 독점적인 프리웨어 | 아니요. | Windows(95/98/NT/2000/XP) | 공식 웹사이트 |
| 바이오Numerics | 아니요. | 네 | 네 | ? | 겐뱅크, FASTA | 독점적, 상업적 | ? | ? | 공식 웹사이트 |
| 바이오신택스 | 아니요. | 아니요. | 아니요. | Vim, 더 적게, gedit 및 Sublime에 대한 지원을 강조하는 기본 구문 | FASTA, FASTQ, Clustal, SAM, VCF 등 | 무료, GPL 3 | 아니요. | Vim, Less, GEdit, & Sublime | 공식 웹사이트 |
| 박스 셰이드 | 아니요. | 아니요. | 아니요. | 특히 다중 맞춤에 적합 | 파일업, READSEQ 또는 SEQIO(fmtseq)에서 작성한 MSF 형식, ClustalW에서 작성한 ALN 형식 | 자유, 공용 도메인 | 아니요. | MSDOS, VMS | 공식 웹사이트 |
| 시네마 | 아니오, 그러나 2D 구조 주석을 읽을 수 있음 | ClustalW | 아니요. | 점도표, 6프레임 변환, 블라스트 | Nexus, MSF, Clustal, FASTA, PHYLIP, PIR, 인쇄 | 독점적인 프리웨어 | 아니요. | 크로스 플랫폼 -Mac OS, Linux, Windows | 공식 웹사이트 |
| CLC 뷰어(자유 버전) | 상용 버전만 | Clustal, MUSIC, T-Coffee, MAFFT, Kalign, 다양한 | UPGMA, NJ | 워크플로우, 블라스트-젠뱅크 검색 | 많은 | 독점, 프리웨어.상용 버전에서 사용할 수 있는 추가 옵션. | 아니요. | ? | 공식 웹사이트 |
| CIAlign | 아니요. | 아니요. | 아니요. | 게시 준비 이미지로 정렬 시각화, 정렬 청소 | 파스타 | 자유, MIT | 아니요. | Linux, Windows, MacOS | 공식 웹사이트 |
| ClustalX 뷰어 | 아니요. | ClustalW | 엔제이 | 정렬품질분석 | Nexus, MSF, Clustal, FASTA, PHYLIP | 학업을 위한 전용 프리웨어 | 아니요. | 명령줄 | 공식 웹사이트 |
| 원통형 정렬 앱 | 아니요. | 아니요. | 아니요. | 3D, 애니메이션, 드릴다운, 범례 선택 | 블라스트 XML, 독점 XML, GFF3, ClustalW, INSDSet, XSLT로 사용자 확장 가능 | 무료, CDDL 1. 이중 라이센싱에 사용 가능 | ? | 크로스 플랫폼 -Mac OS, Linux, Windows | 공식 웹사이트 |
| 원통형 블라스트 뷰어 | 아니요. | 아니요. | 아니요. | 3D, 애니메이션, 드릴다운, 범례 선택 | 블라스트 XML, 독점 XML, GFF3, ClustalW, INSDSet, XSLT로 사용자 확장 가능 | 무료, GPL | ? | ? | 공식 웹사이트 |
| 해독하다 | 네 | 네 | UPGMA, NJ, ML | 프라이머-프로브 설계, 키메라 소견 | FASTA, FASTQ, GenBank | 무료, GPL | 아니요. | Mac OS, Windows | 공식 웹사이트 |
| 디스커버리 스튜디오 | 네 | Align123, ClustalW, S-ALING | UPGMA, NJ, 부트스트랩 및 최상의 트리 포함 | Visualizer는 2D 및 3D 구조와 시퀀스를 지원하며, 풀 버전은 단백질, 뉴클레오티드 등에 대한 포괄적인 기능을 가지고 있다. | BSML, EMBL, GB, HELL, Clustal, FASTA, GDE, PDB, SEQ, SPT, ... | 독점적, 상업적, 뷰어는 프리웨어 | ? | Linux, Windows | 공식 웹사이트 |
| DNASP | ? | ? | ? | 여러 모집단 유전학 통계를 계산하고 PHASE를 사용하여 happlotype을 재구성할 수 있음 | FASTA, Nexus, MEG, PHYLIP | 비전문용 독점, 상업용, 프리웨어 | ? | 크로스 플랫폼 -Mac OS, Linux, Windows | 공식 웹사이트 |
| DOSHAR Lasergene Molecular Biology Suite | 네 | 네 | 네 | 다양한 쌍 및 다중 시퀀스 정렬 알고리즘을 통해 DNA, RNA, 단백질 또는 DNA + 단백질 시퀀스를 정렬하고, 계통 생성 트리를 생성하여 진화 관계를 예측하고, 시퀀스 트랙을 탐색하여 GC 내용, 갭 비율, 시퀀스 로고, 번역 | ABI, DNA Multi-Seq, FASTA, GCG 파일업, GenBank, Prred | 사용 가능한 독점적, 상업적, 학술적 라이센스 | ? | Mac OS, Windows | 공식 웹사이트 |
| emacs - 바이오모드 | ? | ? | ? | ? | ? | 무료, GPL | ? | ? | 공식 웹사이트 |
| 플라크 | 아니요. | 퍼지 전체 게놈 정렬 수행 가능 | 아니요. | 매우 빠르고 사용자 지정이 용이하며 WYSIWYG의 필터링 및 퍼지 옵션 포함 | 파스타 | 비상업적 사용을 위한 독점적, 상업적, 프리웨어 | ? | ? | 공식 웹사이트 |
| 게네독 | 아니오, 그러나 주석을 읽을 수 있음 | 페어웨이즈 | 아니오, 그러나 주석을 읽을 수 있음 | 젤 시뮬레이션, 통계, 다중 뷰, 단순 | 많은 | 독점적인 프리웨어 | ? | ? | 공식 웹사이트 용모표 |
| 지니어스 | 예 - EMBOSS 도구로 구동 | Clustal, MUSIC, MAUVE, 프로필, 번역 | UPGMA, NJ, PyML, MrBayes 플러그인, PAUP* 플러그인 | 전체 게놈 조립, 제한 분석, 복제, 프라이머 설계, 점도표 등 훨씬 더 많은 것 | >40개 파일 형식 가져오기 및 내보내기 | 독점적, 상업적, 개인적, 유동적 | ? | 크로스 플랫폼 - Mac, Windows, Linux | 공식 웹사이트 |
| 통합 게놈 브라우저(IGB) | 아니요. | 아니요. | 아니요. | 파일, URL 및 임의 DAS 및 QuickLoad 서버의 시퀀스 및 기능 | BAM, FASTA, PSL | 무료, CPL | ? | 크로스 플랫폼 - Mac, Windows, Linux | 공식 웹사이트 |
| 대화식 트리 오브 라이프(iTOL) | 아니요. | 아니요. | ? | 계통 생성 트리 뷰어-트리에서 직접 정렬을 시각화할 수 있는 표시 도구.정렬 외에도 다양한 데이터 집합 유형을 표시할 수 있다. | 파스타 | 독점, 무료 사용 | 네 | 브라우저 | 공식 웹사이트 |
| IVisTMSA | 아니요. | Clustal Omega, ClustalW2, MAFFT, MUSIC, BioJava가 통합되어 정렬 구성 | 나무 계산 툴은 BioJava API를 사용하여 계통생성 트리를 계산하고 사용자가 Archiveopteryx를 사용하여 트리를 그릴 수 있도록 한다. | 소프트웨어는 다중 시퀀스 정렬을 위한 7개의 인터랙티브 시각 도구 모음입니다.주요 초점은 대형 정렬을 조작하는 것이다.MSA패드, MSA 비교기, MSA 재구성 도구, FASTA 생성기 및 MSA ID 매트릭스 계산기 포함 | ClustalW, MSF, PHYLIP, PIR, GDE, Nexus | 독점적인 프리웨어 | ? | ? | www.ivistmsa.com |
| 잘뷰 | JPred 4를 통한 2차 구조 예측 | Clustal O, Clustal, GLProbs, MSAProbs, MUSIC, MAFFT, Probons, TCofee, 웹 서비스 이용 | UPGMA, NJ | 사용자가 구성할 수 있고 공개적으로 등록된 서버(예: EMBL, EBI, PDB, Pfam, Rfam, UniProt Accession 검색)에서 검색된 시퀀스 및 기능.PDBe, AlphaFold DB, SWISS-MODEL을 포함한 PDB 및 3D-Beacon에서 구조/모델 데이터 검색. | FASTA, Pfam, MSF, Clustal, BLC, PIR, Stockholm, VCF, AMSA, BioJSON, Clustal, ENA, GenBank, GFF2, GFF3, JnetFile, PHYLIP, PileUp, RNAML, CIF, mmCIF, PDB. | 무료, GPL | JalviewJS (Javascript) | 교차 플랫폼 - MacOS, Linux, Windows, 기타 Java Virtual Machine 포함. | 공식 웹사이트 |
| 제브트레이스 | Structure Viewer WebMol과 통합 | 아니요. | 아니요. | 시퀀스 정렬, 단계 생성 및 구조를 위한 다중 브라우저.대화형 Evolution Trace 및 기타 Phylogeny에서 영감을 얻은 분석 수행 | FASTA, MSF, Clustal, PHYLIP, Newick, PDB | 학술용 전용, 상업용, 프리웨어 | ? | 크로스 플랫폼 -Mac OS, Linux, 창문들 | 공식 웹사이트 수동의 |
| JSAV | 아니요. | 아니요. | 아니요. | 선형 뷰어를 웹 페이지로 통합할 수 있는 JavaScript 구성 요소 | JavaScript 개체 배열 | 무료, GPL 2 | 네 | 브라우저 | 공식 웹사이트 |
| 루시드 얼라이너 | 아니요. | 아니요. | 아니요. | 기본 바탕 화면 정렬 뷰어, 트랙패드/마우스 제스처 사용원격 데이터 스트리밍 허용 | BAM, FASTQ, FASTA | 학술용 전용, 상업용, 프리웨어 | 아니요. | 맥 OS | 공식 웹사이트 |
| 마에스트로 | 네 | ClustalX | 네 | 시퀀스에서 3D 구조로의 매핑, 구조-시퀀스 편집-모델링 | Clustal, FASTA PDB | 학업을 위한 전용 프리웨어 | ? | ? | 공식 웹사이트 |
| 메가 | 아니요. | 네이티브 ClustalW | UPGMA, NJ, ME, MP, 부트스트랩 및 신뢰도 테스트 포함 | 유전체 분석 지원 확대 | FASTA, Clustal, Nexus, MEG 등 | 전용, 프리웨어, 등록해야 함 | ? | ? | 공식 웹사이트 |
| 분자 작동 환경(MOE) | 네 | 네 | 네 | 동질학적 모델링, 3D 시각화 등을 포함한 구조물에 대한 광범위한 애플리케이션 모음의 일부. | Clustal, FASTA, PDB, EMBL, GCG, Genbank, PHYLIP, PIR, Raw_seq | 소유권 | ? | ? | 공식 웹사이트 |
| MSAReveal.org | 아니요. | 아니요. | 아니요. | 선택적 색상.AA를 터치하면 3자 코드와 시퀀스 번호가 표시된다.감동적인 컨센서스는 그 칼럼의 AA 주파수를 보여준다.아로마틱, 충전, 틈새의 개수 및 백분율. | 파스타 | 무료 크리에이티브 커먼스 귀속 비상업적 주식 유사 | ? | ? | 공식 웹사이트 |
| 멀티섹(VMD 플러그인) | 아니오, 그러나 3D 구조를 표시하고 정렬할 수 있음 | ClustalW, MAFFT, 스탬프(구조) | 백분율 ID, Clustal, MAFFT, 구조 | Tcl을 통한 스크립팅, 시퀀스에서 3D 구조로 매핑 | FASTA, PDB, ALN, PHYLIP, Nexus | 전용, 프리웨어 및 VMD는 비상업적 용도로만 사용 가능 | ? | ? | 공식 웹사이트 |
| 엠비에우 | 아니요. | 아니요. | 아니요. | 블라스트 및 패스트타 제품군의 스택 정렬, 다양한 MSA 형식 변환, HTML 마크업, 컨센서스 패턴 | 블라스트 검색, FASTA 검색, Clustal, HSSP, FASTA, PIR, MSF | 무료, GPL | 아니요. | 크로스 플랫폼 -Mac OS, Linux, Windows | 공식 웹사이트 |
| PFAAT | 아니오, 하지만 3D 구조를 표시할 수 있음 | ClustalW | 엔제이 | 수동 주석, 보존 점수 | Nexus, MSF, Clustal, FASTA, PFAAT | 독점적인 프리웨어 | ? | ? | 공식 웹사이트 |
| Ralee(RNA al용 emacs 플러그인).편집) | ? | RNA구조 | ? | ? | 스톡홀름 | 무료, GPL | ? | ? | 공식 웹사이트 |
| S2S RNA 편집기 | 2D 구조 | Rnalign | 아니요. | 기본 상호 작용, 2D-3D 뷰어 | FASTA, RnaML | 독점적인 프리웨어 | ? | ? | 공식 웹사이트 |
| 시뷰 | 아니요. | 국부 근육-클러스터W | 파시모니, 거리법, PhyML | 점도표, vim과 같은 편집 키 | Nexus, MSF, Clustal, FASTA, PHYLIP, MASE | 독점적인 프리웨어 | ? | ? | 공식 웹사이트 |
| 세코트론 | 아니요. | 근육, MAFFT | UPGMA, NJ, ML(피셔) | 수동 정렬, 트리 시각화 | Nexus, Clustal, FASTA, PHYLIP, MEG, 스톡홀름, NBRF/PIR, GDE 플랫 | 무료, GPL | ? | 맥 OS X | 공식 웹사이트 출판하다 |
| 세실랍 | 네 | 네 | 아니요. | 정렬 결과를 분석 도구(Primer 설계, Gel 이동성 및 지도, Plasmapper, siRNA 설계 에피토프 예측), 연구 로그 저장, 사용자 정의 도구 모음 생성 | 사용자 인터페이스 내에서 외부 URL에서 등록 번호, GI 번호, PDB ID, FASTA, 끌어다 놓기 | 독점적인 프리웨어 | ? | ? | 공식 웹사이트 |
| SeqPup | 아니요. | ? | ? | ? | ? | 독점적인 프리웨어 | ? | ? | 공식 웹사이트 |
| 시큐레이터 | 아니요. | 쌍방향 정렬 | 아니요. | 쉬운 정렬 편집 | MSF | 독점적인 프리웨어 | ? | ? | 공식 웹사이트 |
| 스닙비즈 | 아니요. | 아니요. | 아니오(하지만 표시할 수 있음) | 순수 Javascript 및 HTML, 웹 사이트에 통합하기에 적합 | FASTA, newick | 무료, Apache 2.0 | 네 | 브라우저 | 공식 웹사이트, 출판물 |
| 스트랩 | Jnet, NNPEAST, 코일 코일, 16가지 TM-헬릭스 | 15가지 방법 | 엔제이 | 점도표, 구조물 근거리, 3D 감독, 블라스트 검색, 돌연변이-SNP 분석, 시퀀스 기능, BioJava-인터페이스 | MSF, 스톡홀름, ClustalW, Nexus, FASTA, PDB, Embl, GenBank, hssp, Pfam | 무료, GPL | ? | ? | 공식 웹사이트 |
| 태블릿 | 아니요. | 아니요. | 아니요. | 차세대 시퀀스 어셈블리 및 얼라인먼트를 볼 수 있는 고성능 그래픽 뷰어. | ACE, AFG, MAQ, SOAP2, SAM, BAM, FASTA, FASTQ, GFF3 | Free, BSD 2-clause | ? | ? | 공식 웹사이트 |
| 우게네 | 네 | MUSIC, Kalign, ClustalW, ClustalO, ClustalX, MAFFT, T-Cofee, Smith-Waterman 알고리즘 | 네 | 많이 | FASTA, FASTQ, GenBank, EMBL, ABIF, SCF, ClustalW, 스톡홀름, 뉴윅, PDB, MSF, GFF | 무료, GPL | ? | ? | 공식 웹사이트 |
| VISA 시퀀스 구조 뷰어 | DSSP 2차 구조 | ClustalX | 아니요. | 시퀀스에서 3D 구조로의 매핑 | Clustal, FASTA | 독점적인 프리웨어 | ? | ? | 공식 웹사이트 |
| 디엔에이피 | 아니요. | 근육 | 아니요. | GenBank 파일 편집, 플라스미드 도면, ABI 크로마토그램, | FASTA, FASTQ, GenBank | 무료, GPL 3 | ? | ? | 공식 웹사이트 |
| 선형 주석기 | 네 | 시퀀스 또는 혼합 시퀀스 및 구조별 | 아르케오프테릭스 포함 | DAS 및 사용자 정의 주석.대본 작성 가능.HTML, Word, Jalview로 내보내기 | 많이 | 무료, GPL | 네 | iOS, Android, MS-Mobile, 브라우저 | 공식 웹사이트 |
