RNA 인식 모티브

RNA recognition motif
4줄 반팔 베타 시트가 있는 RRM 도메인의 대표적인 아키텍처로, 두 개의 알파 나선형 위에 쌓임
RNA 인식 모티브.(예: RRM, RBD 또는 RNP 도메인)
식별자
기호RRM_1
PfamPF00076
Pfam 씨RRM CL0221 RRM
인터프로IPR000504
프로사이트PDOC00030
SCOP21sxl / SCOPe / SUPFAM

RNA 인식 모티브, RNP-1은 단일 가닥 RNA를 결합하는 것으로 알려진 약 90개의 아미노산으로 이루어진 putative RNA 결합 영역이다.그것은 많은 진핵 단백질에서 발견되었다.[1][2][3]

단일 가닥 RNA 결합 단백질의 가장 큰 그룹은 8개의 아미노산 RNP-1 컨센서스 시퀀스를 포함하는 진핵 RNA 인식 모티브(RM) 계열이다.[4][5]

RRM proteins have a variety of RNA binding preferences and functions, and include heterogeneous nuclear ribonucleoproteins (hnRNPs), proteins implicated in regulation of alternative splicing (SR, U2AF2, Sxl), protein components of small nuclear ribonucleoproteins (U1 and U2 snRNPs), and proteins that regulate RNA stability and translation (PABP, La, Hu).[2][3][5] 이질적 스플리싱 인자 U2 snRNP 보조 인자의 RRM은 단백질 인식을 위한 특수 기능을 가진 두 개의 RRM 유사 도메인을 가지고 있는 것으로 보인다.[6]이 모티브는 또한 몇 개의 좌초된 DNA 결합 단백질에도 나타난다.

일반적인 RRM은 4개의 항병행 베타-스트랜드와 2개의 알파-헬리크로 구성되며, RNA 베이스로 쌓이는 사이드 체인이 있는 베타-알파-베타-알파-베타-베타-베타-베타-베타-베타 접이식으로 배열되어 있다.어떤 경우에는 RNA 결합 중에 세 번째 나선이 존재한다.[7]RRM은 많은 출판물에서 검토된다.[8][9][10]

이 영역을 포함하는 인간 단백질

A2BP1; ACF; BOLL; BRUNOL4; BRUNOL5; BRUNOL6; CCBL2; CGI-96; CIRBP; CNOT4; CPEB2; CPEB3; CPEB4; CPSF7; CSTF2; CSTF2T; CUGBP1; CUGBP2; D10S102; DAZ1; DAZ2; DAZ3; DAZ4; DAZAP1; DAZL; DNAJC17; DND1; EIF3S4; EIF3S9; EIF4B; EIF4H; ELAVL1; ELAVL2; ELAVL3; ELAVL4; ENOX1; ENOX2; EWSR1; FUS; FUSIP1; G3BP; G3BP1; G3BP2; GRSF1; HNRNPL; HNRPA0; HNRPA1; HNRPA2B1; HNRPA3; HNRPAB; HNRPC; HNRPCL1; HNRPD; HNRPDL; HNRPF; HNRPH1; HNRPH2; HNRPH3; HNRPL; HNRPLL; HNRPM; HNRPR; HRNBP1;HSU53209; HTATSF1, IGF2BP1, IGF2BP2, IGF2BP3, LARP7; MKI67IP; MSI1; MSI2; MSSP-2; MTHFSD; MYEF2; NCBP2; NCL; NOL8; NONO; P14; PABPC1; PABPC1L; PABPC3; PABPC4; PABPC5; PABPN1; POLDIP3; PPARGC1; PPARGC1A; PPARGC1B; PPIE; PPIL4; PPRC1; PSPC1; PTBP1; PTBP2; PUF60; RALY; RALYL; RAVER1; RAVER2;RBM10; RBM11; RBM12; RBM12B; RBM14; RBM15; RBM15B; RBM16; RBM17; RBM18; RBM19; RBM22; RBM23; RBM24; RBM25; RBM26; RBM27; RBM28; RBM3; RBM32B; RBM33; RBM34; RBM35A; RBM35B; RBM38; RBM39; RBM4; RBM41; RBM42; RBM44; RBM45; RBM46; RBM47; RBM4B; RBM5; RBM7; RBM8A; RBM9; RBMS1; RBMS2; RBMS3; RBMX; RBMX2; RBMXL2; RBMY1A1; RBMY1B; RBMY1E; RBMY1F; RBMY2FP; RBPMS; RBPMS2; RDBP; RNPC3; RNPC4; RNPS1; ROD1; SAFB; SAFB2; SART3; SETD1A; SF3B14; SF3B4; SFPQ;SFRS1; SFRS10; SFRS11; SFRS12; SFRS15; SFRS2; SFRS2B; SFRS3; SFRS4; SFRS5; SFRS6; SFRS7; SFRS9; SLIRP; SLTM; SNRP70; SNRPA; SNRPB2; SPEN; SR140; SRRP35; SSB; SYNCRIP; TAF15; TARDBP; THOC4; TIA1; TIAL1; TNRC4; TNRC6C; TRA2A; TRSPAP1; TUT1, U1SNRNPBP; U2AF1, U2AF2, UMK1, ZCRB1, ZNF638; ZRSR1, ZRSR2;

참조

  1. ^ Swanson MS, Dreyfuss G, Pinol-Roma S (1988). "Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein particles and the pathway of mRNA formation". Trends Biochem. Sci. 13 (3): 86–91. doi:10.1016/0968-0004(88)90046-1. PMID 3072706.
  2. ^ a b Keene JD, Chambers JC, Kenan D, Martin BJ (1988). "Genomic structure and amino acid sequence domains of the human La autoantigen". J. Biol. Chem. 263 (34): 18043–51. doi:10.1016/S0021-9258(19)81321-2. PMID 3192525.
  3. ^ a b Davis RW, Sachs AB, Kornberg RD (1987). "A single domain of yeast poly(A)-binding protein is necessary and sufficient for RNA binding and cell viability". Mol. Cell. Biol. 7 (9): 3268–76. doi:10.1128/mcb.7.9.3268. PMC 367964. PMID 3313012.
  4. ^ Bandziulis RJ, Swanson MS, Dreyfuss G (1989). "RNA-binding proteins as developmental regulators". Genes Dev. 3 (4): 431–437. doi:10.1101/gad.3.4.431. PMID 2470643.
  5. ^ a b Keene JD, Query CC, Bentley RC (1989). "A common RNA recognition motif identified within a defined U1 RNA binding domain of the 70K U1 snRNP protein". Cell. 57 (1): 89–101. doi:10.1016/0092-8674(89)90175-X. PMID 2467746. S2CID 22127152.
  6. ^ Green MR, Kielkopf CL, Lucke S (2004). "U2AF homology motifs: protein recognition in the RRM world". Genes Dev. 18 (13): 1513–1526. doi:10.1101/gad.1206204. PMC 2043112. PMID 15231733.
  7. ^ Kumar S, Birney E, Krainer AR (1993). "Analysis of the RNA-recognition motif and RS and RGG domains: conservation in metazoan pre-mRNA splicing factors". Nucleic Acids Res. 21 (25): 5803–5816. doi:10.1093/nar/21.25.5803. PMC 310458. PMID 8290338.
  8. ^ Keene JD, Kenan DJ, Query CC (1991). "RNA recognition: towards identifying determinants of specificity". Trends Biochem. Sci. 16 (6): 214–20. doi:10.1016/0968-0004(91)90088-d. PMID 1716386.
  9. ^ Allain FH, Dominguez C, Maris C (2005). "The RNA recognition motif, a plastic RNA-binding platform to regulate post-transcriptional gene expression". FEBS J. 272 (9): 2118–31. doi:10.1111/j.1742-4658.2005.04653.x. PMID 15853797. S2CID 46680279.
  10. ^ Teplova M, Yuan YR, Patel DJ, Malinina L, Teplov A, Phan AT, Ilin S (2006). "Structural basis for recognition and sequestration of UUU(OH) 3' temini of nascent RNA polymerase III transcripts by La, a rheumatic disease autoantigen". Mol. Cell. 21 (1): 75–85. doi:10.1016/j.molcel.2005.10.027. PMC 4689297. PMID 16387655.

외부 링크

이 글에는 공용 도메인 Pfam과 InterPro의 텍스트가 포함되어 있다: IPR000504