mir-2 마이크로RNA 전구체

mir-2 microRNA precursor
mir-2 마이크로RNA 전구체
RF00047.jpg
mir-2의 2차 구조 및 배열 보존 예측
식별자
기호.mir-2
RfamRF00047
miRBaseMI0000117
miRBase 패밀리MIPF0000049
기타 데이터
RNA형진; miRNA
도메인진핵생물
가세요GO:0035195 GO:0035068
그렇게소:0001244
PDB 구조PDBe

mir-2 마이크로RNA 패밀리는 mir-2 및 mir-13(MIPF0000049)을 포함한다.미르-2는 무척추 동물에 널리 분포하고 있으며, 모델 종인 드로소필라 멜라노가스터에서 가장 큰 마이크로 RNA 과입니다.이 계열의 마이크로RNA는 전구체 머리핀의 [1]3' 팔에서 생성된다.Leaman et al.은 miR-2 패밀리가 프로아포토시스 [2]인자의 번역 억제를 통해 세포 생존을 조절한다는 것을 보여주었다.목표물의 컴퓨터 예측에 기초하여 신경 발달과 유지에 대한 역할이 [1]제안되었다.

종 분포

mir-2 패밀리는 프로토스톰에 [1]특유하다.드로소필라 멜라노가스터에는 미르-2a-1, 미르-2a-2, 미르-2b-1, 미르-2b-2,[3] 미르-2c, 미르-13a, 미르-13b-1 및 미르-13b-2의 8개의 미르-2 관련 위치가 있다.다른 무척추동물의 [1]수는 다르지만 대부분의 다른 곤충의 게놈은 5개의 미르-2 위치를[4] 가지고 있다.미르-13 서브패밀리는 곤충 [1]방사 이전에 미르-2 시퀀스에서 나타났다.

mir-11과 mir-6은 mir-2 마이크로RNA와 유사한 서열을 가지지만 진화적으로 관련이 [1]없으므로 동일한 마이크로RNA 계열에서 고려해서는 안 된다.

mir-2 패밀리 헤어핀 전구체의 컨센서스 구조.

Mir-2 머리핀 전구체 배열은 보존성이 높고, 특히 첫 번째 10개의 뉴클레오티드가 모든 가족 구성원과 동일한 3' 팔에서 보존성이 높다.기능성 mir-2 마이크로RNA는 전구체의 3' 암에서 발생하며, 대부분은 동일한 드로샤 처리점을 [1][3][5]가진다.즉, 이러한 모든 [6]제품에서 시드 시퀀스가 사실상 동일하므로 동일한 전사물을 대상으로 해야 합니다.

초파리와 붉은 밀가루 딱정벌레 게놈에서 mir-2 마이크로RNA의 게놈 분포.

Mir-2 마이크로 RNA는 대부분의 곤충에서 큰 군집 안에 조직되어 있습니다.이 클러스터에는 일반적으로 mir-2 패밀리 5개와 진화적으로 관련이 없는 마이크로RNA인 [1][4]mir-71이 있습니다.mir-2 배열의 수는 무척추동물 계통에 따라 다르지만 게놈에 단단히 뭉쳐 있다.드로소필라 멜라노가스터에서 주목할 만한 예외가 관찰되었는데, 미르-2 패밀리는 [3]두 개의 군집과 두 개의 단일 궤적으로 구성되어 있다.또한 mir-7 마이크로RNA는 드로소필라 계통에서 [4]소실되었다.

기원과 진화

mir-2 패밀리는 protostomes의 마지막 공통 조상 이전에 시작되었고, 그 이후로 mir-71과 [1]연결되어 왔다.mir-2의 진화는 복제 이벤트에 의한 연속적인 확장에 의해 특징지어진다.대부분의 병렬 마이크로 RNA가 기능을 보존하기 때문에, mir-2 진화는 무작위 드리프트에 [1]의해 구동되는 탄생과 죽음의 역학이 지배한다고 제안되어 왔다.

드로소필라의 1개의 mir-2 마이크로RNA, dme-miR-2a-2 [1]는 다른 mir-2 [5]전구체의 표준 생성물에 대해 2개의 뉴클레오티드 오프셋이다.이것은 특정 마이크로RNA의 기능에 영향을 미칠 가능성이 있습니다.이러한 기능적 변화는 드로소필라에서 mir-2 배열의 게놈 분포 변화와 관련이 있다.마이크로RNA의 기능적 다양화는 아마도 동일한 조절 [1]시퀀스에 의한 여러 산물의 공동 조절을 피하기 위해 패럴로그 사이의 게놈 연결을 끊어야 할 수 있다.

인간 기생충인 주혈흡충 만소니에서는 mir-71/mir-2 클러스터 전체가 복제되었으며, 그 중 하나는 성염색체 [7]내에 있다.

mir-2/mir-13 대상

드로소필라의 Mir-2 마이크로RNA는 특히 세 가지 친아포토시스 유전자를 목표로 한다: rpr, grim,[2] skl.Hox 유전자 ABD-B에 의한 rpr과 그림 억제는 신경세포에서의 [8]아포토시스를 예방한다.한편 마이크로RNA 표적의 컴퓨터 예측에 따르면 미르-2는 드로소필라와 케노하브디티스의 신경 유전자를 [1]표적으로 삼을 수 있다.이 모든 것은 신경 발달과 [1]유지에 있어 mir-2의 보존된 역할을 암시한다.그러나 이 연관성을 확인하려면 추가 실험이 필요합니다.

「 」를 참조해 주세요.

레퍼런스

  1. ^ a b c d e f g h i j k l m Marco A, Hooks K, Griffiths-Jones S (March 2012). "Evolution and function of the extended miR-2 microRNA family". RNA Biology. 9 (3): 242–8. doi:10.4161/rna.19160. PMC 3384581. PMID 22336713.
  2. ^ a b Leaman D, Chen PY, Fak J, Yalcin A, Pearce M, Unnerstall U, Marks DS, Sander C, Tuschl T, Gaul U (July 2005). "Antisense-mediated depletion reveals essential and specific functions of microRNAs in Drosophila development". Cell. 121 (7): 1097–108. doi:10.1016/j.cell.2005.04.016. hdl:11858/00-001M-0000-0012-EB54-F. PMID 15989958. S2CID 2463749.
  3. ^ a b c Ruby JG, Stark A, Johnston WK, Kellis M, Bartel DP, Lai EC (December 2007). "Evolution, biogenesis, expression, and target predictions of a substantially expanded set of Drosophila microRNAs". Genome Research. 17 (12): 1850–64. doi:10.1101/gr.6597907. PMC 2099593. PMID 17989254.
  4. ^ a b c Marco A, Hui JH, Ronshaugen M, Griffiths-Jones S (2010). "Functional shifts in insect microRNA evolution". Genome Biology and Evolution. 2: 686–96. doi:10.1093/gbe/evq053. PMC 2956262. PMID 20817720.
  5. ^ a b Wang X, Liu XS (2011). "Systematic Curation of miRBase Annotation Using Integrated Small RNA High-Throughput Sequencing Data for C. elegans and Drosophila". Frontiers in Genetics. 2: 25. doi:10.3389/fgene.2011.00025. PMC 3268580. PMID 22303321.
  6. ^ Bartel DP (January 2009). "MicroRNAs: target recognition and regulatory functions". Cell. 136 (2): 215–33. doi:10.1016/j.cell.2009.01.002. PMC 3794896. PMID 19167326.
  7. ^ de Souza Gomes M, Muniyappa MK, Carvalho SG, Guerra-Sá R, Spillane C (August 2011). "Genome-wide identification of novel microRNAs and their target genes in the human parasite Schistosoma mansoni". Genomics. 98 (2): 96–111. doi:10.1016/j.ygeno.2011.05.007. PMID 21640815.
  8. ^ Miguel-Aliaga I, Thor S (December 2004). "Segment-specific prevention of pioneer neuron apoptosis by cell-autonomous, postmitotic Hox gene activity". Development. 131 (24): 6093–105. doi:10.1242/dev.01521. PMID 15537690.

외부 링크