LuxR형 DNA결합HT 도메인
LuxR-type DNA-binding HTH domain| 세균조절단백질, luxR족 | |||||||||
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 엘위니아 아밀로보라 rcsb 단백질의 DNA 결합 도메인 용액 구조 | |||||||||
| 식별자 | |||||||||
| 기호. | GerE | ||||||||
| 팜 | PF00196 | ||||||||
| 빠맘 클랜 | CL0123 | ||||||||
| 인터프로 | IPR000792 | ||||||||
| 프로 사이트 | PDOC00542 | ||||||||
| SCOP2 | 1rnl / SCOPe / SUPFAM | ||||||||
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분자생물학에서 LuxR형 DNA결합 HTH 도메인은 약 65개의 아미노산으로 이루어진 DNA결합 HTH 도메인이다.LuxR/FixJ 계열의 응답 조절기 전사 조절기에 있습니다.이 도메인은 발광의 쿼럼 감지 제어를 위한 전사 활성제인 Vibrio fischeri luxR의 이름을 따서 명명되었습니다.LuxR형 HTH 도메인 단백질은 다양한 유기체에서 발생한다.DNA 결합 HTH 도메인은 일반적으로 단백질의 C 말단 영역에 위치하고, N 말단 영역은 종종 자가 인덕터 결합 도메인 또는 반응 조절 도메인을 포함한다.대부분의 luxR형 규제자는 전사 활성화제로 작동하지만 일부는 억제제가 되거나 다른 사이트에 대해 이중 역할을 할 수 있다.LuxR형 HTH 조절기는 다양한 생물학적 과정에서 다양한 활동을 제어합니다.
luxR형 DNA 결합 HTH 도메인은 4 나선 다발 구조를 형성합니다.HTH 모티브는 각각 발판과 인식 나선으로 알려진 두 번째와 세 번째 나선형으로 구성됩니다.HTH는 인식 나선의 N-말단 부분이 대부분의 DNA 접촉을 만드는 주요 홈에 DNA를 결합합니다.네 번째 나선은 gerE와 traR의 이량화에 관여한다.아래에 설명된 네 가지 활성화 메커니즘 중 하나에 의한 신호 전달 사건은 규제자의 다중화로 이어진다.규제 당국은 DNA를 [1][2][3]멀티머로 결합한다.
LuxR형 HTH 단백질은 다음 네 가지 메커니즘 중 하나로 활성화될 수 있다.
(가) 단백질이 트랜스막 키나제에 의해 일반적으로 아스파르트산 [4][5]잔기에 의해 인산화에 의해 활성화되는 2성분 감각전달계에 속하는 조절제이 범주에 속하는 단백질은 다음과 같습니다.
- Rhizobiaceae fixJ(소형 생화학에서 질소 고정 유전자의 발현을 유도하는 글로벌 조절기)
- 대장균과 살모넬라티푸스 uhpA (헥소스인산수송유전자 uhpT 활성화)
- 대장균 narL 및 narP(질산 환원효소 오퍼론 활성화)
- 장내박테리아 rcsB(장내 및 식물병리 형성에 있어서의 엑소다당 생합성 조절)
- Bordetella 백일해(BvgA)
- Bacillus subtilis comA (지각발현능력 유전자 발현에 관여)
(이) N-아실 호모세린 락톤에 결합했을 때 활성화되거나 매우 드물게 억제되는 조절제로서, 다양한 그램 음성 박테리아의 [6]쿼럼 감지 분자로 사용된다.
- Vibrio fischeri luxR(바이오루미네센스 오퍼론 활성화)
- 아그로박테륨 투메파시엔스 traR(Ti 플라스미드 전이 조절)
- Erwinia carotovora carR(카르바페넴 항생제 생합성 제어)
- E. carotovora expR(연부식병의 독성 인자, 효소 유전자를 매끄럽게 하는 식물 조직 활성화)
- Pseudomonas Aeruginosa lasR (엘라스타아제 유전자 lasB 활성화)
- Erwinia 국화 에코R과 Erwinia stewartii esaR
- Pseudomonas chloraphis phzR(페나딘 항생제 생성의 양성 조절제)
- Pseudomonas aeruginosa rhlR(rhlAB 오퍼론 및 lasB 유전자를 활성화함)
- Acinetobacter baumanni abaR(계면활성제 유사 리포펩타이드 아세네틴-505 [7][8]제조를 위한 오퍼론을 활성화함)
(3) 규제구역이 없는 자율적 이펙터 도메인 규제기관으로,[1] gerE로 대표된다.
(4) malT로 [9]대표되는 복수의 리간드 결합조절제.
레퍼런스
- ^ a b Ducros VM, Lewis RJ, Verma CS, Dodson EJ, Leonard G, Turkenburg JP, Murshudov GN, Wilkinson AJ, Brannigan JA (March 2001). "Crystal structure of GerE, the ultimate transcriptional regulator of spore formation in Bacillus subtilis". J. Mol. Biol. 306 (4): 759–71. doi:10.1006/jmbi.2001.4443. PMID 11243786.
- ^ Pristovsek P, Sengupta K, Lohr F, Schafer B, von Trebra MW, Ruterjans H, Bernhard F (May 2003). "Structural analysis of the DNA-binding domain of the Erwinia amylovora RcsB protein and its interaction with the RcsAB box". J. Biol. Chem. 278 (20): 17752–9. doi:10.1074/jbc.M301328200. PMID 12740396.
- ^ Zhang RG, Pappas T, Brace JL, Miller PC, Oulmassov T, Molyneaux JM, Anderson JC, Bashkin JK, Winans SC, Joachimiak A (June 2002). "Structure of a bacterial quorum-sensing transcription factor complexed with pheromone and DNA". Nature. 417 (6892): 971–4. doi:10.1038/nature00833. PMID 12087407. S2CID 4420408.
- ^ Maris AE, Sawaya MR, Kaczor-Grzeskowiak M, Jarvis MR, Bearson SM, Kopka ML, Schroder I, Gunsalus RP, Dickerson RE (October 2002). "Dimerization allows DNA target site recognition by the NarL response regulator". Nat. Struct. Biol. 9 (10): 771–8. doi:10.1038/nsb845. PMID 12352954. S2CID 20574350.
- ^ Birck C, Malfois M, Svergun D, Samama J (August 2002). "Insights into signal transduction revealed by the low resolution structure of the FixJ response regulator". J. Mol. Biol. 321 (3): 447–57. doi:10.1016/S0022-2836(02)00651-4. PMID 12162958.
- ^ Pappas KM, Weingart CL, Winans SC (August 2004). "Chemical communication in proteobacteria: biochemical and structural studies of signal synthases and receptors required for intercellular signalling". Mol. Microbiol. 53 (3): 755–69. doi:10.1111/j.1365-2958.2004.04212.x. PMID 15255890.
- ^ Niu C, Clemmer KM, Bonomo RA, Rether PN.Acinetobacter baumanni로부터의 자가 인듀서 합성효소의 분리 및 특성화.J 박테리올2008;190(9):3386-3392.doi:10.1128/JB.01929-07
- ^ Pérez-Varela M, Tierney ARP, Kim JS, Vazquez-Tores A, Rather P.Acinetobacter baumannii의 RelA 특성 분석 [인쇄 전 온라인 출판, 2020년 3월 30일]J 박테리올2020; JB.00045-20.doi:10.1128/JB.00045-20
- ^ Schlegel A, Bohm A, Lee SJ, Peist R, Decker K, Boos W (May 2002). "Network regulation of the Escherichia coli maltose system". J. Mol. Microbiol. Biotechnol. 4 (3): 301–7. PMID 11931562.
