우로포피리노겐3데카르복실라아제

UROD
사용 가능한 구조물
PDB	직교 검색: PDBe RCSB
PDB ID 코드 목록
	1JPH, 1JPI, 1JPK, 1R3Q, 1R3R, 1R3S, 1R3T, 1R3V, 1R3W, 1R3Y, 1URO, 2Q6Z, 2Q71, 3GVQ, 3GVR, 3GVV, 3GVW, 3GW0, 3GW3
식별자
별칭	UROD, PCT, UPD, 우로포피리노겐데카복실라아제
외부 ID	OMIM: 613521 MGI: 98916 HomoloGene: 320 GeneCard: UROD
유전자 위치(인간)
쳇.	염색체 1 (인간)
끝	45,015,575 bp
유전자 위치(마우스)
쳇.	4번 염색체(쥐)
끝	116,994,413 bp
RNA 표현 패턴
	표현된 상단
	간; ; 폐골.; ; 골수; ; 부갑상샘; ; 두정 늑막; ; 중간 측두회;
	추가 참조 표현식 데이터
	; ;
	추가 참조 표현식 데이터
유전자 온톨로지
분자함수	GO:0001948 단백질 결합; 라야제 활동; 우로포피리노겐데카르복실라제 활성; 카복시-릴레이즈 활동;
셀룰러 컴포넌트	핵종의; 세포질; 시토솔;
생물학적 과정	프로토폴피피린겐 IX 생합성 과정; 포르피린 혼합물 생합성 과정; 헤메 생합성 과정; heme 대사 과정;
	출처:아미고 / 퀵고
직교체
	7389
	22275
	ENSG00000126088
	ENSMUSG00000028684
	P06132
	P70697
	NM_000374
	NM_009478
	NP_000365
	NP_033504
	위키다타
인간 보기/편집	마우스 보기/편집

Uroporphyinogen III decarboxylase(Uroporphyinogen decarboxylase, 또는 UROD)는 인간에서 UROD 유전자에 의해 인코딩되는 효소(EC 4.1.1.37)이다.^[5]null

함수

우로포피리노겐 III 데카르복실라제는 헴 생합성의 다섯 번째 단계를 촉매하는 호모디메릭 효소(PDB: 1URO)로, 우로포피리노겐 III의 아세테이트 사이드 체인 4개에서 카르복실 그룹을 제거하여 코프로포피리노겐 III:

uroporphyinogen III

\rightleftharpoons

\rightleftarpoons

coproporphyinogen

\rightleftharpoons

III + 4 CO₂

임상적 유의성

이 효소의 돌연변이와 결핍은 가족성 포르피리아 커타네아 타르다와 간상성 포르피리아를 유발하는 것으로 알려져 있다.^[5]이 유전자에서 적어도 65개의 질병을 유발하는 돌연변이가 발견되었다.^[6]null

메커니즘

낮은 기질 농도에서 반응은 D, A, B, C 링에서 CO를₂ 순차적으로 제거하는 순서에 따른 것으로 믿어지는 반면 높은 기질/엔자임 레벨에서는 무작위 경로가 작용하는 것으로 보인다.효소는 용액의 조광기 역할을 하며, 인간과 담배의 효소는 모두 결정화되어 좋은 해결책으로 해결되었다.null

그 반응은 UroD에 의해 촉매되었다.

UroD는 대다수의 데카복실라제와 달리 어떠한 공작용자의 개입 없이 데카복실화를 수행하기 때문에 특이한 데카복실라아제로 간주된다.그것의 메커니즘은 최근 아르기닌 잔류물에 의한 기질 양성을 통해 진행되도록 제안되었다.^[7]2008년 한 보고서는 UroD 반응에 대한 분석되지 않은 비율이 10초임을⁻¹⁹⁻¹ 입증하였으므로, pH 10에서 분석되지 않은 비율에 대한 UroD의 속도 가속, 즉 촉매 숙련도는 알려진 모든 효소 6 x 10²⁴ M에서⁻¹ 가장 크다.^[8]

우로포피리노겐 III 데카복실라아제의 반응 메커니즘 제안

참조

^ ^a ^b ^c GRCh38: 앙상블 릴리스 89: ENSG00000126088 - 앙상블, 2017년 5월
^ ^a ^b ^c GRCm38: 앙상블 릴리스 89: ENSMUSG000028684 - 앙상블, 2017년 5월
^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
^ ^a ^b "Entrez Gene: UROD uroporphyrinogen decarboxylase".
^ Šimčíková D, Heneberg P (December 2019). "Refinement of evolutionary medicine predictions based on clinical evidence for the manifestations of Mendelian diseases". Scientific Reports. 9 (1): 18577. doi:10.1038/s41598-019-54976-4. PMC 6901466. PMID 31819097.
^ Silva PJ, Ramos MJ (2005). "Density-functional study of mechanisms for the cofactor-free decarboxylation performed by uroporphyrinogen III decarboxylase". J Phys Chem B. 109 (38): 18195–200. doi:10.1021/jp051792s. PMID 16853337.
^ Lewis CA, Wolfenden R (November 2008). "Uroporphyrinogen decarboxylation as a benchmark for the catalytic proficiency of enzymes". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 105 (45): 17328–33. Bibcode:2008PNAS..10517328L. doi:10.1073/pnas.0809838105. PMC 2582308. PMID 18988736.

추가 읽기

Elder GH, Lee GB, Tovey JA (1978). "Decreased activity of hepatic uroporphyrinogen decarboxylase in sporadic porphyria cutanea tarda". N. Engl. J. Med. 299 (6): 274–8. doi:10.1056/NEJM197808102990603. PMID 661926.
de Verneuil H, Bourgeois F, de Rooij F, et al. (1992). "Characterization of a new mutation (R292G) and a deletion at the human uroporphyrinogen decarboxylase locus in two patients with hepatoerythropoietic porphyria". Hum. Genet. 89 (5): 548–52. doi:10.1007/bf00219182. hdl:1765/58484. PMID 1634232. S2CID 31811381.
Romana M, Grandchamp B, Dubart A, et al. (1991). "Identification of a new mutation responsible for hepatoerythropoietic porphyria". Eur. J. Clin. Invest. 21 (2): 225–9. doi:10.1111/j.1365-2362.1991.tb01814.x. PMID 1905636. S2CID 22358220.
Garey JR, Harrison LM, Franklin KF, et al. (1990). "Uroporphyrinogen decarboxylase: a splice site mutation causes the deletion of exon 6 in multiple families with porphyria cutanea tarda". J. Clin. Invest. 86 (5): 1416–22. doi:10.1172/JCI114856. PMC 296884. PMID 2243121.
Garey JR, Hansen JL, Harrison LM, et al. (1989). "A point mutation in the coding region of uroporphyrinogen decarboxylase associated with familial porphyria cutanea tarda". Blood. 73 (4): 892–5. doi:10.1182/blood.V73.4.892.892. PMID 2920211.
Roméo PH, Raich N, Dubart A, et al. (1986). "Molecular cloning and nucleotide sequence of a complete human uroporphyrinogen decarboxylase cDNA". J. Biol. Chem. 261 (21): 9825–31. doi:10.1016/S0021-9258(18)67589-1. PMID 3015909.
Dubart A, Mattei MG, Raich N, et al. (1986). "Assignment of human uroporphyrinogen decarboxylase (URO-D) to the p34 band of chromosome 1". Hum. Genet. 73 (3): 277–9. doi:10.1007/BF00401245. PMID 3460962. S2CID 34478515.
Romana M, Dubart A, Beaupain D, et al. (1987). "Structure of the gene for human uroporphyrinogen decarboxylase". Nucleic Acids Res. 15 (18): 7343–56. doi:10.1093/nar/15.18.7343. PMC 306252. PMID 3658695.
de Verneuil H, Grandchamp B, Beaumont C, et al. (1986). "Uroporphyrinogen decarboxylase structural mutant (Gly281----Glu) in a case of porphyria". Science. 234 (4777): 732–4. Bibcode:1986Sci...234..732D. doi:10.1126/science.3775362. PMID 3775362.
Roberts AG, Elder GH, De Salamanca RE, et al. (1995). "A mutation (G281E) of the human uroporphyrinogen decarboxylase gene causes both hepatoerythropoietic porphyria and overt familial porphyria cutanea tarda: biochemical and genetic studies on Spanish patients". J. Invest. Dermatol. 104 (4): 500–2. doi:10.1111/1523-1747.ep12605953. PMID 7706766.
Maruyama K, Sugano S (1994). "Oligo-capping: a simple method to replace the cap structure of eukaryotic mRNAs with oligoribonucleotides". Gene. 138 (1–2): 171–4. doi:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID 8125298.
Meguro K, Fujita H, Ishida N, et al. (1994). "Molecular defects of uroporphyrinogen decarboxylase in a patient with mild hepatoerythropoietic porphyria". J. Invest. Dermatol. 102 (5): 681–5. doi:10.1111/1523-1747.ep12374134. PMID 8176248.
Moran-Jimenez MJ, Ged C, Romana M, et al. (1996). "Uroporphyrinogen decarboxylase: complete human gene sequence and molecular study of three families with hepatoerythropoietic porphyria". Am. J. Hum. Genet. 58 (4): 712–21. PMC 1914669. PMID 8644733.
McManus JF, Begley CG, Sassa S, Ratnaike S (1996). "Five new mutations in the uroporphyrinogen decarboxylase gene identified in families with cutaneous porphyria". Blood. 88 (9): 3589–600. doi:10.1182/blood.V88.9.3589.bloodjournal8893589. PMID 8896428.
Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K, et al. (1997). "Construction and characterization of a full length-enriched and a 5'-end-enriched cDNA library". Gene. 200 (1–2): 149–56. doi:10.1016/S0378-1119(97)00411-3. PMID 9373149.
Whitby FG, Phillips JD, Kushner JP, Hill CP (1998). "Crystal structure of human uroporphyrinogen decarboxylase". EMBO J. 17 (9): 2463–71. doi:10.1093/emboj/17.9.2463. PMC 1170588. PMID 9564029.
Mendez M, Sorkin L, Rossetti MV, et al. (1998). "Familial porphyria cutanea tarda: characterization of seven novel uroporphyrinogen decarboxylase mutations and frequency of common hemochromatosis alleles". Am. J. Hum. Genet. 63 (5): 1363–75. doi:10.1086/302119. PMC 1377546. PMID 9792863.
Wang H, Long Q, Marty SD, et al. (1998). "A zebrafish model for hepatoerythropoietic porphyria". Nat. Genet. 20 (3): 239–43. doi:10.1038/3041. PMID 9806541. S2CID 28379777.
McManus JF, Begley CG, Sassa S, Ratnaike S (1999). "Three new mutations in the uroporphyrinogen decarboxylase gene in familial porphyria cutanea tarda. Mutation in brief no. 237. Online". Hum. Mutat. 13 (5): 412–413. doi:10.1002/(SICI)1098-1004(1999)13:5<412::AID-HUMU13>3.0.CO;2-N. PMID 10338097.
Christiansen L, Ged C, Hombrados I, et al. (1999). "Screening for mutations in the uroporphyrinogen decarboxylase gene using denaturing gradient gel electrophoresis. Identification and characterization of six novel mutations associated with familial PCT". Hum. Mutat. 14 (3): 222–32. doi:10.1002/(SICI)1098-1004(1999)14:3<222::AID-HUMU5>3.0.CO;2-V. PMID 10477430.

외부 링크

PDBe-KB에서 UniProt: P06132(Uroporphyrinogen decarboxylase)에 대한 PDB의 모든 구조 정보 개요.

헤메 합성—일부 반응은 세포질에서 발생하고 일부는 미토콘드리아에서 발생한다는 점에 유의하십시오(노란색).

[refGRCh38Ensembl-1] GRCh38: 앙상블 릴리스 89: ENSG00000126088 - 앙상블, 2017년 5월

[refGRCm38Ensembl-2] GRCm38: 앙상블 릴리스 89: ENSMUSG000028684 - 앙상블, 2017년 5월

[3] "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.

[4] "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.

[entrez-5] "Entrez Gene: UROD uroporphyrinogen decarboxylase".

[Šimčíková_2019_-_supplementary_table_S7-6] Šimčíková D, Heneberg P (December 2019). "Refinement of evolutionary medicine predictions based on clinical evidence for the manifestations of Mendelian diseases". Scientific Reports. 9 (1): 18577. doi:10.1038/s41598-019-54976-4. PMC 6901466. PMID 31819097.

[7] Silva PJ, Ramos MJ (2005). "Density-functional study of mechanisms for the cofactor-free decarboxylation performed by uroporphyrinogen III decarboxylase". J Phys Chem B. 109 (38): 18195–200. doi:10.1021/jp051792s. PMID 16853337.

[pmid18988736-8] Lewis CA, Wolfenden R (November 2008). "Uroporphyrinogen decarboxylation as a benchmark for the catalytic proficiency of enzymes". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 105 (45): 17328–33. Bibcode:2008PNAS..10517328L. doi:10.1073/pnas.0809838105. PMC 2582308. PMID 18988736.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

v t 탄소-탄소 라이즈(EC 4.1)
4.1.1: 카복시 용해제	아세토아세테이트데카르복실라아제 아데노실메티오닌데카르복실라아제 아르기닌데카르복실라아제 방향족 L-아미노산데카르복실라아제 글루타민산데카르복실라아제 히스티딘데카복실라아제 리신데카르복실라아제 말로닐-코아 데카복실라아제 오르니틴데카르복실라아제 옥살로아세테이트데카르복실라아제 인에노폴피루베이트카복시키나아제 인황피루브산 카르복실라아제 인포리보사이아미노이미다졸 카르복실라아제 화인산발론산데카르복실라아제 피루바이트데카르복실라아제 루비스코 우리딘모노인산합성효소/오로티딘5'-인산데카르복실라아제 우로포피리노겐3데카르복실라아제
4.1.2: 알데히드-라야스	과당비인산알돌라아제 알돌라제 A 알돌라제 B 알돌라제 C 2-hydroxyphytanoyl-CoA lyase 트레오닌알돌라아제
4.1.3: 옥소-아시드-레이즈	이소시트레이트 리아제 3-히드록시-3-메틸글루타릴-코아 리아제
4.1.99: 기타	트립토파나제 포토리아제 CPD 리아제 포자 포토프로덕트 리아제

v t 효소
활동	활성 사이트 바인딩 사이트 촉매삼각형 옥시아니온 구멍 효소 문란성 확산제한효소 코엔자임 공동 인자 효소 촉매제
규정	알로스테릭 규제 협력성 효소억제제 효소활성화제
분류	EC 번호 효소 슈퍼 패밀리 효소군 효소 목록
키네틱스	효소동력학 이디-호프스티 도표 하네스-울프 플롯 라인위버-버크 플롯 미카엘리스-멘텐 운동학
종류들	EC1 산화효소(목록) EC2 전송(목록) EC3 하이드롤라제(목록) EC4 Lyases(목록) EC5 Isomeras(목록) EC6 리거스(목록) EC7 변환기(목록)

Search

우로포피리노겐3데카르복실라아제

네임스페이스

더

목차

함수

임상적 유의성

메커니즘

참조

추가 읽기

외부 링크