디지털 중합효소 연쇄반응

Digital polymerase chain reaction

디지털 중합효소 연쇄반응(디지털 PCR, 디지털 PCR, dPCR 또는 dePCR)은 DNA, CDNA 또는 RNA를 포함한 핵산 가닥을 직접 정량화하고 복제적으로 증폭하는 데 사용할 수 있는 기존 중합효소 연쇄반응 방법의 바이오 기술 정제이다.dPCR과 기존 PCR의 주요 차이점은 핵산 양을 측정하는 방법에 있다. PCR보다 더 정확한 방법은 경험 없는 [1]사용자의 손에 더 쉽게 오류가 발생할 수 있지만, 전자는 또한 PCR보다 더 정확한 방법이다."디지털" 측정은 특정 변수를 정량적으로 이산적으로 측정하는 반면, "아날로그" 측정은 측정된 패턴을 기반으로 특정 측정을 추정합니다.PCR은 1개의 시료당 1개의 반응을 실시하며, dPCR은 시료 내에서 1개의 반응을 실시하지만, 시료를 다수의 칸막이로 분리하여 각 칸막이에 개별적으로 반응을 실시한다.이러한 분리를 통해 핵산 양을 보다 안정적으로 수집하고 민감하게 측정할 수 있습니다.이 방법은 복사 번호 변형 및 포인트 돌연변이와 같은 유전자 배열의 변화를 연구하는 데 유용한 것으로 입증되었으며, 차세대 염기서열 분석을 위한 샘플의 복제 증폭에 일상적으로 사용된다.

원칙

DdPCR vs Traditional PCR.jpg
주요 기사:중합효소 연쇄반응

중합효소 연쇄반응법은 DNA 중합효소 [2]효소로 핵산 분자를 증폭하여 핵산을 정량화하는 방법이다.기존의 PCR은 증폭이 기하급수적이라는 이론에 기초하고 있다.따라서 핵산은 PCR 최종 산물의 증폭 주기 및 양을 기준 시료와 비교하여 정량화할 수 있다.그러나 많은 요인들이 이 계산을 복잡하게 만들어 불확실성과 부정확성을 야기한다.이러한 요인에는 다음과 같은 것이 포함된다: 초기 증폭 주기는 지수적이지 않을 수 있다. PCR 증폭은 불확실한 주기 후에 최종적으로 평탄하게 된다. 그리고 목표 핵산 분자의 낮은 초기 농도는 검출 가능한 수준으로 증폭되지 않을 수 있다.그러나 PCR의 가장 중요한 한계는 관심 표본의 PCR 증폭 효율이 기준 표본과 다를 수 있다는 것이다.

그림 1형광 PCR 표적 분자를 함유한 기름 방울
그림 2양의 물방울 분율은 포아송 분포로 모형화된 물방울당 목표값 복사본 수를 예측합니다.

dPCR은 웰당 1회 반응을 수행하는 대신 PCR 용액을 수만 개의 나노리터 크기의 물방울로 분할하여 각각의 [3][4]개별 PCR 반응을 일으킵니다.PCR 용액은 템플릿 DNA(또는 RNA), 형광-퀴너 프로브, 프라이머 및 최적의 농도로 DNA 중합효소, dNTP2, MgCl 및 반응 버퍼를 포함하는 PCR 마스터 믹스로 이루어진 TaqMan 어세이와 동일하게 만들어진다.마이크로웰 플레이트, 모세혈관, 오일 에멀전, 핵산 결합 [5]표면이 있는 소형 챔버 어레이 등 여러 가지 방법을 사용하여 샘플을 분할할 수 있습니다.PCR 용액은 보다 작은 반응으로 분할되어 개별적으로 PCR을 실행합니다.여러 PCR 증폭 주기가 끝나면 샘플에서 "0" 또는 "1"의 이진 판독값을 사용하여 형광이 검사됩니다.형광 방울의 비율이 [4]기록된다.표본의 분할은 분자 집단이 포아송 분포를 따른다고 가정함으로써 서로 다른 분자의 수를 추정할 수 있게 해주며, 따라서 단일 물방울에 여러 표적 분자가 존재할 가능성을 설명한다.포아송의 작은 숫자에 대한 법칙을 사용하여, PCR 제품에서 표적 가닥의 정량화를 위해 [6]표본 내 표적 분자의 분포를 정확하게 근사할 수 있다.이 모델은 단순히 하나 이상의 표적 분자를 포함하는 샘플의 수가 증가함에 따라, 둘 이상의 표적 분자를 포함하는 샘플의 확률이 [7]증가한다고 예측합니다.종래의 PCR에서는 PCR 증폭 사이클수는 시동 카피수에 비례한다.dPCR이 절대적인 정량화를 제공한다는 많은 사람들의 믿음과는 달리, 디지털 PCR은 상대적인 정량화를 제공하기 위해 통계적 힘을 사용한다.예를 들어, 100만 개의 파티션에서 측정했을 때 샘플 A가 하나의 양성 반응을 보인다면, 샘플 A에 하나의 시작 분자가 있다는 것을 의미하지는 않습니다.

dPCR의 장점은 대량 샘플 분할을 통해 정밀도를 높인다는 것을 포함하며,[4] 이는 재현성으로 인해 원하는 DNA 시퀀스에서 신뢰할 수 있는 측정을 보장합니다.기본 PCR에서 작은 변화 차이를 검출할 때 오류율은 더 크지만 DNA 시퀀스에서 검출할 수 있는 작은 변화 차이 때문에 dPCR에서는 오류율이 더 작습니다.이 기술 자체는 더 많은 양의 시약 사용을 줄여 실험 비용을 낮출 수밖에 없습니다.또한 dPCR은 증폭된 표적 DNA의 양을 결정하기 위해 용액의 상대 형광에 의존하지 않기 때문에 매우 정량적이다.

dPCR과 Real-Time PCR(qPCR)의 비교

dPCR은 각 분자가 한 방울에 있을 때 실제 분자 수(표적 DNA)를 측정하므로 이산적인 "디지털" 측정이 된다.dPCR은 적절한 증폭으로 인해 형광이 발생하는 물방울의 수인 샘플의 양의 비율을 측정하기 때문에 절대 정량화를 제공합니다.이 양의 분율은 템플릿 핵산의 초기 양을 정확하게 나타냅니다.마찬가지로 qPCR은 형광을 이용하지만 특정 시간(일반적으로 모든 증폭 주기 후)에 형광 강도를 측정하여 표적 분자(DNA)의 상대적 양을 결정하지만 정의된 표준량의 다른 양을 사용하여 표준 곡선을 구성하지 않고는 정확한 양을 지정할 수 없다.사이클당 임계값(CT)을 제공하고 CT의 차이를 사용하여 초기 핵산의 양을 계산합니다.이와 같이 qPCR은 아날로그 측정이며,[5][8] 측정치를 얻기 위해 필요한 외삽으로 인해 정확하지 않을 수 있습니다.

dPCR은 증폭이 완료된 후 DNA의 양을 측정하고 복제 비율을 결정합니다.이는 실험이 완료된 후 데이터를 관측해야 하므로 끝점 측정의 대표입니다.반면 qPCR은 증폭 과정 중 특정 지점에서 DNA의 상대적 형광을 기록하므로 실험 과정에서의 정지가 필요하다.qPCR의 이러한 "실시간" 측면은 이론적으로 실험 [citation needed]중단으로 인해 결과에 영향을 미칠 수 있다.그러나 실제로는 대부분의 qPCR 서멀 사이클러는 다음 용해 단계로 진행하기 전에 아닐링/신장 단계의 마지막에 각 샘플의 형광을 매우 빠르게 읽습니다. 즉, 이 가설적인 문제는 실제로 대부분의 연구자에게 관련되거나 적용되지 않습니다.dPCR은 제품을 측정하여 증폭을 측정합니다.따라서 PCR 억제제의 존재 또는 프라이머 템플릿 [9][10]불일치로 인한 증폭 효율 저하로 인한 아티팩트에 덜 민감하다.

qPCR은 두 배보다 작은 유전자 발현이나 복사 번호의 차이를 구별할 수 없다.반면 dPCR은 정밀도가 높아 유전자 발현 차이가 30% 미만인 것을 검출하고, 1카피 차이인 카피수 변화를 구별하며, 0.[11][4]1% 미만의 빈도로 발생하는 대립 유전자를 식별하는 것으로 나타났다.

적용들

디지털 PCR은 기초 연구, 임상 진단 및 환경 테스트에 많은 응용 분야를 가지고 있습니다.그 용도 병원 균 검출과 소화 건강을 분석, 암 감시를 위해[12][13]액체 생검, 장기 이식 거부 반응 감시와 심각한 유전적 기형에 대해 수술을 하지 않는 태아의 시험,[14][15][16][17][18][19][20][21]복제 개수 변화 analysis,[22][23][24]의 단일 유전자 표현 analysis,[25]희귀한 시퀀스 dete을 포함한다.Ction,[21][26][27]유전자 발현 프로파일, 단세포와 analys.,[28][29][27][30][31일][32][33]은 탐지의 DNA오염 물질에 bioprocessing,[34]는 유효성 검사의 유전자 편집과 검출의 특정한 메틸화 변화의 DNA로 바이오 마커의 암이다.[35][36][37][38]dPCR도 자주 직교 방식으로 원자력 발전소 도서관을 확인하기 위해 희귀한 돌연변이 차세대(nitrogencontrolsystem)순서 결정을 통해 발견 확인하는 데 사용된다.[39][40][41]

절대 수량화

dPCR은 단일 분자 [27][42][43][44]분해능에서 표적 핵산의 절대적이고 재현 가능한 정량화를 가능하게 합니다.그러나 아날로그 정량 PCR(qPCR)과는 달리 dPCR에 의한 절대 정량화는 표준 [42]곡선을 필요로 하지 않는다.dPCR은 qPCR에 [45][46]비해 억제제 물질 및 비효율적으로 증폭되는 PCR 어세이에도 큰 내성이 있다.

예를 들어 dPCR은 식품 [47]내 유전자 변형 생물 오염, 혈액 [48]내 바이러스 부하, PBMC,[49][50] 혈청 샘플,[51] 융모막 조직,[49][50] 뇌척수액 [52]내 신경변성 질환의 바이오마커 및 식수 [53]내 분변 오염으로부터 특정 배열의 존재를 정량화할 수 있다.

복사 번호 변동

단일 복사 기준 궤적에 대한 복사 번호 상태의 변화는 생식세포에 나타나는 경우 "복사 번호 변동(CNV)" 또는 [54]체세포에 나타나는 경우 "복사 번호 변경(CNA)"으로 불린다.CNV 또는 CNA는 세포 내에 존재하는 참조 궤적의 복사본 수에 대한 궤적의 삭제 또는 증폭에 기인할 수 있으며, 이들은 함께 인간 [55][56][57]게놈의 가변성에 대한 주요 요인이다.그들은 암,[58][59][60] 신경,[61] 정신,[62][63] 자가면역 질환,[64] 그리고 약물 [65]부작용과 관련이 있다.그러나 qPCR과 같은 다른 방법으로는 이러한 대립 유전자 변이를 고정밀로 측정하는 것이 어렵기 때문에 CNV 상태가 변화한 표현형 및 질병 관련성을 어렵게 한다.[66][67]

“디지털화,”끝점 측정 가능한 샘플 분할에 의해 만들어진 많은 숫자의 복제 개수에서SNP-based microarrays[68]또는 qPCR과 같은 다른 방법에 비해 더 나은 정확성과 정밀도로 작은 견해 차이를 해결할 dPCR할 수 있다.[69][70]qPCR 능력 정확하게 여러 질병에,의 유전자 확대를 계량화하기에는 제한되어 있다.크론병, HIV-1 감염, 비만 [71][67][70]등이 있습니다.

dPCR은 샘플 단위 부피당 복사본으로 핵산 표적의 농도를 측정하도록 설계되었다.칸막이의 10% 이하가 원하는 타깃을 포함하는 희석 반응('제한 희석'이라 함)에서 동작하는 경우, 타깃 CNV에서 발생하는 형광 방울의 수와 불변 단일 복사 기준 [22]궤적에서 발생하는 형광 방울의 수를 비교하여 복사 수를 추정할 수 있다.실제로, 이러한 낮은 목표값 농도와 동일한 목표값의 여러 복사본이 단일 파티션에 함께 위치할 수 있는 높은 목표값 모두에서 포아송 통계량은 이러한 다중 점유율에 대해 보정하여 각 목표값의 [72][73]농도에 대해 더 정확한 값을 제공하는 데 사용됩니다.

디지털 PCR은 인간 사이의[74] 유전자 복제 수에서 생식선과 체세포의 변화를 밝혀내고 HER2(ERB2)의 증폭과 유방암 [75][76][77][24]진행 사이의 연관성을 연구하기 위해 사용되어 왔다.

희귀 돌연변이 및 희귀 대립 유전자 검출

디지털 PCR에서의 분할은 잠재적으로 경쟁하는 [8][5]배경으로부터 표적 바이오마커 신호를 분리하거나 크게 감소시킴으로써 감도를 높이고 희귀 이벤트, 특히 단일 뉴클레오티드 변종(SNV)을 검출할 수 있게 한다.이러한 이벤트는 희귀 돌연변이 검출과 희귀 시퀀스 검출의 두 가지 클래스로 구성할 수 있습니다.

희귀 돌연변이 검출

희귀 돌연변이 검출은 바이오마커가 단일 뉴클레오티드 변종(SNV)에 의해서만 다른 매우 풍부한 상대물의 배경 내에 존재할 때 발생합니다.디지털 PCR은 기존 [8]qPCR로 달성할 수 있는 것보다 2,000배 더 민감한 야생형 배경에서 돌연변이 DNA를 검출할 수 있는 것으로 나타났다.

희귀 시퀀스 검출

디지털 PCR은 [21]HIV환자의 HIV DNA,[78] 해양의 분변세균의 DNA 등 수질을 평가하기 위한 희귀 염기서열을 검출할 수 있다.dPCR은 세포 125만 [21]개당 1개꼴로 희귀 염기서열을 검출할 수 있다.

액체 생검

희귀 돌연변이를 검출하는 dPCR의 능력은 [14][79]체액을 통해 질병을 검출하고 모니터링하기 위한 일반적인 비침습적 전략인 액체 생검을 사용하여 클리닉에서 특히 유용할 수 있다.연구자들은 혈액, 소변,[14][80][81] 뇌척수액을 포함한 다양한 생체액에서 순환 종양 DNA(ctDNA)의 희귀한 돌연변이를 측정함으로써 암 환자의 종양 부하, 치료 반응 및 질병 진행을 감시하기 위해 액체 생검을 사용해 왔다.ctDNA의 조기 발견(분자 재발에서와 같이)은 환자의 돌연변이 시그니처에 특화된 면역 치료 또는 표적 치료의 조기 투여로 이어질 수 있으며, 치료법을 변경하기 전에 임상 재발을 기다리는 대신 치료의 효과 가능성을 개선할 수 있습니다.액체 생물 검사의 경우 조직 기반 [82][83]검사의 경우 2주에서 4주 또는 그 이상 걸리는 데 비해 며칠의 검사 시간이 걸릴 수 있습니다.이러한 결과까지의 시간 단축은 생검 [82]데이터에 맞춘 신속한 치료를 위해 의사들이 사용해 왔습니다.

2016년 Dana-Farber Cancer Institute에서 dPCR을 이용한 선행시험은 비소세포 폐암 [84]환자에 대한 예측 진단 도구로서 액체 생검의 임상적 이점을 인증했다.유방암,[85] 대장암,[86][87] 부인과암,[88] 방광암[80][89] 환자에게서 질병 부하와 치료에 대한 종양의 반응을 모두 모니터링하기 위해 액체 생체검사 적용도 연구되어 왔다.

유전자 발현 및 RNA 정량화

유전자 발현과 RNA 정량화 연구는 dPCR의 [90]정밀도와 절대 정량화의 증가로부터 이익을 얻었다.RNA 정량화는 RT-PCR을 통해 달성될 수 있으며, 여기서 RNA는 분할 반응 자체에서 cDNA로 역변환되며, 각 전사체(또는 대립 유전자 전사체)에서 유래한 RNA 분자의 수는 dPCR을 [28]통해 정량화된다.

RNA [91]분자를 정량화하기 위해 표준 곡선을 사용할 필요가 없기 때문에 종종 qPCR보다는 dPCR을 사용하여 더 큰 민감도와 정밀도를 달성할 수 있다. 또한 dPCR은 RNA의 정량화를 위해 PCR 억제제에 대해 QPCR보다 [45][13][90]더 탄력적이다.

dPCR은 차동 형광 진폭을 기반으로 대상을 구별할 수 있거나 [92][90]검출을 위해 구별되는 색상 조합을 사용하여 qPCR보다 검출 채널당 더 많은 개별 표적 종을 검출하고 정량화할 수 있다.예를 들어, 2채널 dPCR 시스템은 건강한 [93]세포보다 대부분의 종양 세포에서 더 활성화된 단백질인 인간 텔로머라아제 역전사효소의 4가지 다른 스플라이스 변이체의 발현을 단일 웰에서 검출하기 위해 사용되어 왔다.

파티션의 대체 용도

dPCR에 채용된 동적 분할 기능을 사용하면 NGS 분석을 [94][95]위해 많은 구별되는 앰피콘에 걸쳐 보다 균일한 증폭을 제공하기 위해 증폭 전에 복잡한 PCR 반응을 분할함으로써 NGS 시퀀싱을 개선할 수 있다.또한 SELEX [96]방법에서 고친화성 압타머를 선택하기 위해 필요한 반복 횟수를 크게 줄이는 것으로 나타났다.Partitioning 또한 말단 소체 복원 효소 활동 중 휴대 lysates에서 더 강력한 측정에 허용할 수 있다.[97][98]dPCR의 동적 분할 능력도 또한 물방울들이 또렷이 핵 혹은 전체적인 세포 수천개의 일부분에 일반적으로 공급transposase-accessible 염색질에 대해 단일 세포 분석(scATAC 순서를 사용하여 도서관 준비할 수 있다.-seq)[99]

액적 디지털 PCR

Droplet Digital PCR(ddPCR)은 검사 프라이머, Taqman 프로브 또는 중간 염료를 포함한 20마이크로리터 샘플 반응을 물유 유화 기술을 통해 약 20,000나노리터 크기의 오일 방울로 분할하고 96웰 PCR 플레이트, 모든 형광 드로어런스의 끝점까지 서모사이클링하는 dPCR의 방법이다.액적 [100]흐름 세포계의 각 샘플 웰에 ets가 있습니다.

칩 기반의 디지털 PCR

칩 기반 디지털 PCR(dPCR)은 dPCR의 한 방법으로, 반응 혼합(qPCR에서도 사용 시)을 칩 상에서 약 10,000~45,000개의 파티션으로 분할한 후 엔드포인트 PCR 서모사이클링 머신을 사용하여 증폭하고 형광 필터 패밀런스(CYSCHE)를 갖춘 고출력 카메라 리더를 사용하여 판독한다.각 [101]칩에 탑재되어 있습니다.

역사

dPCR은 연구진이 β-글로빈 유전자의 단일 복사가 PCR에 [102][103]의해 검출되고 증폭될 수 있다는 것을 보여주자 1988년 Cetus Corporation에 의해 처음 발표된 접근법에서 나왔다.이것은 정상적인 인간 세포주의 DNA 샘플을 반응에서 더 이상 존재하지 않을 때까지 β-글로빈 유전자의 호모 접합 결실을 가진 돌연변이 계통의 DNA로 희석함으로써 달성되었다.1990년 피터 시몬즈와 AJ 브라운은 이 개념을 사용하여 처음으로 [104]분자를 정량화했다.Alex Morley와 Pamela Sykes는 1992년에 [43]정량적 기법으로 공식적으로 이 방법을 확립했다.

1999년, Bert Vogelstein과 Kenneth Kinzler는 "디지털 PCR"이라는 용어를 만들고 이 기술이 희귀한 암 [105]돌연변이를 찾는데 사용될 수 있다는 것을 보여주었다.그러나 dPCR은 수행하기가 어려웠습니다. 이는 노동 집약적이고, 적절한 수행을 위해 많은 훈련이 필요했으며,[105] 대량으로 수행하기도 어려웠습니다.2003년 Kinzler와 Vogelstein은 계속해서 dPCR을 정제하여 BEAMING 기술(Beaming Technology)이라고 부르는 개선된 방법을 개발했습니다. BEAMING 기술은 "비드, 유화, 증폭 및 자기학"의 약자입니다.새로운 프로토콜은 단일 튜브에서 증폭 반응을 구분하기 위해 유제를 사용했습니다.이러한 변화는 과학자들이 한 번의 [106][107][108]실행으로 그 방법을 수천 번의 반응으로 확장하는 것을 가능하게 했다.

상용 dPCR 시스템을 개발하는 기업은 샘플의 자동 분할, 핵산 타깃의 디지털 계수, 액체 수 증가 등과 같은 통합 기술을 통해 프로세스의 [109][110][111]효율성을 높일 수 있습니다.최근 몇 년 동안 과학자들은 비소세포 폐암과 [112][113]다운증후군을 포함한 여러 조건에 대한 dPCR 기반 진단을 개발하고 상용화했다.임상 사용을 위한 첫 번째 dPCR 시스템은 만성 골수성 [114]백혈병 진단을 위해 2017년에 CE 마크를 달았고 2019년에 미국 식품의약국에 의해 승인되었다.

레퍼런스

  1. ^ Perkel J (May 2015). "Guiding our PCR experiments". BioTechniques. 58 (5): 217–221. doi:10.2144/000114283. PMID 25967899.
  2. ^ "Polymerase Chain Reaction (PCR)". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  3. ^ Duewer DL, Kline MC, Romsos EL, Toman B (May 2018). "Evaluating droplet digital PCR for the quantification of human genomic DNA: converting copies per nanoliter to nanograms nuclear DNA per microliter". Analytical and Bioanalytical Chemistry. 410 (12): 2879–2887. doi:10.1007/s00216-018-0982-1. PMC 5996397. PMID 29556737.
  4. ^ a b c d Baker M (2012). "Digital PCR hits its stride". Nature Methods. 9 (6): 541–544. doi:10.1038/nmeth.2027. S2CID 46347563.
  5. ^ a b c Quan PL, Sauzade M, Brouzes E (April 2018). "dPCR: A Technology Review". Sensors. 18 (4): 1271. Bibcode:2018Senso..18.1271Q. doi:10.3390/s18041271. PMC 5948698. PMID 29677144.
  6. ^ Prediger E. "Digital PCR (dPCR)—What is it and why use it?". Integrated DNA Technologies.
  7. ^ Butler DM, Pacold ME, Jordan PS, Richman DD, Smith DM (December 2009). "The efficiency of single genome amplification and sequencing is improved by quantitation and use of a bioinformatics tool". Journal of Virological Methods. 162 (1–2): 280–283. doi:10.1016/j.jviromet.2009.08.002. PMC 2761514. PMID 19698751.
  8. ^ a b c Pekin D, Skhiri Y, Baret JC, Le Corre D, Mazutis L, Salem CB, et al. (July 2011). "Quantitative and sensitive detection of rare mutations using droplet-based microfluidics". Lab on a Chip. 11 (13): 2156–2166. doi:10.1039/c1lc20128j. PMID 21594292.
  9. ^ Svec D, Tichopad A, Novosadova V, Pfaffl MW, Kubista M (March 2015). "How good is a PCR efficiency estimate: Recommendations for precise and robust qPCR efficiency assessments". Biomolecular Detection and Quantification. 3: 9–16. doi:10.1016/j.bdq.2015.01.005. PMC 4822216. PMID 27077029.
  10. ^ Dingle TC, Sedlak RH, Cook L, Jerome KR (November 2013). "Tolerance of droplet-digital PCR vs real-time quantitative PCR to inhibitory substances". Clinical Chemistry. 59 (11): 1670–1672. doi:10.1373/clinchem.2013.211045. PMC 4247175. PMID 24003063.
  11. ^ Salipante SJ, Jerome KR (January 2020). "Digital PCR-An Emerging Technology with Broad Applications in Microbiology". Clinical Chemistry. 66 (1): 117–123. doi:10.1373/clinchem.2019.304048. PMID 31704712.
  12. ^ Witte AK, Fister S, Mester P, Schoder D, Rossmanith P (November 2016). "Evaluation of the performance of quantitative detection of the Listeria monocytogenes prfA locus with droplet digital PCR". Analytical and Bioanalytical Chemistry. 408 (27): 7583–7593. doi:10.1007/s00216-016-9861-9. PMC 5061835. PMID 27558101.
  13. ^ a b Stauber J, Shaikh N, Ordiz MI, Tarr PI, Manary MJ (May 2016). "Droplet digital PCR quantifies host inflammatory transcripts in feces reliably and reproducibly". Cellular Immunology. 303: 43–49. doi:10.1016/j.cellimm.2016.03.007. PMC 4863679. PMID 27063479.
  14. ^ a b c Skibo S (23 Feb 2018). "Has Tumor Profiling Caught Up to Cancer?". Retrieved 23 July 2019.
  15. ^ Hirsch F (27 July 2018). "Guidelines highlight 'best practices' for liquid biopsy during treatment of non-small cell lung cancer". Retrieved 23 July 2019.
  16. ^ Johnson M (12 Jan 2018). "Bio-Rad Continues to Advance Digital PCR Tech, Liquid Biopsy Tests Into Commercial Clinical Market". Retrieved 23 July 2019.
  17. ^ Oxnard GR, Paweletz CP, Kuang Y, Mach SL, O'Connell A, Messineo MM, et al. (March 2014). "Noninvasive detection of response and resistance in EGFR-mutant lung cancer using quantitative next-generation genotyping of cell-free plasma DNA". Clinical Cancer Research. 20 (6): 1698–1705. doi:10.1158/1078-0432.CCR-13-2482. PMC 3959249. PMID 24429876.
  18. ^ Schütz E, Fischer A, Beck J, Harden M, Koch M, Wuensch T, et al. (April 2017). "Graft-derived cell-free DNA, a noninvasive early rejection and graft damage marker in liver transplantation: A prospective, observational, multicenter cohort study". PLOS Medicine. 14 (4): e1002286. doi:10.1371/journal.pmed.1002286. PMC 5404754. PMID 28441386.
  19. ^ Lee SY, Hwang SY (2015). "Application of digital polymerase chain reaction technology for noninvasive prenatal test". Journal of Genetic Medicine. 12 (2): 72–78. doi:10.5734/JGM.2015.12.2.72. ISSN 2383-8442.
  20. ^ Gu W, Koh W, Blumenfeld YJ, El-Sayed YY, Hudgins L, Hintz SR, Quake SR (July 2014). "Noninvasive prenatal diagnosis in a fetus at risk for methylmalonic acidemia". Genetics in Medicine. 16 (7): 564–567. doi:10.1038/gim.2013.194. PMC 4079742. PMID 24406457.
  21. ^ a b c d Strain MC, Lada SM, Luong T, Rought SE, Gianella S, Terry VH, et al. (2013). "Highly precise measurement of HIV DNA by droplet digital PCR". PLOS ONE. 8 (4): e55943. Bibcode:2013PLoSO...855943S. doi:10.1371/journal.pone.0055943. PMC 3616050. PMID 23573183.
  22. ^ a b Bell AD, Usher CL, McCarroll SA (2018). "Analyzing Copy Number Variation with Droplet Digital PCR". Digital PCR. Methods in Molecular Biology. Vol. 1768. Clifton, N.J. pp. 143–160. doi:10.1007/978-1-4939-7778-9_9. ISBN 978-1-4939-7776-5. PMID 29717442.
  23. ^ Shoda K, Ichikawa D, Fujita Y, Masuda K, Hiramoto H, Hamada J, et al. (January 2017). "Monitoring the HER2 copy number status in circulating tumor DNA by droplet digital PCR in patients with gastric cancer". Gastric Cancer. 20 (1): 126–135. doi:10.1007/s10120-016-0599-z. PMID 26874951.
  24. ^ a b Gevensleben H, Garcia-Murillas I, Graeser MK, Schiavon G, Osin P, Parton M, et al. (June 2013). "Noninvasive detection of HER2 amplification with plasma DNA digital PCR". Clinical Cancer Research. 19 (12): 3276–3284. doi:10.1158/1078-0432.CCR-12-3768. PMC 6485473. PMID 23637122.
  25. ^ Mazzoni E, Frontini F, Rotondo JC, Zanotta N, Fioravanti A, Minelli F, et al. (April 2019). "Antibodies reacting to mimotopes of Simian virus 40 large T antigen, the viral oncoprotein, in sera from children". Journal of Cellular Physiology. 234 (4): 3170–3179. doi:10.1002/jcp.27490. PMID 30362540. S2CID 53106591.
  26. ^ Uchiyama Y, Nakashima M, Watanabe S, Miyajima M, Taguri M, Miyatake S, et al. (March 2016). "Ultra-sensitive droplet digital PCR for detecting a low-prevalence somatic GNAQ mutation in Sturge-Weber syndrome". Scientific Reports. 6 (1): 22985. Bibcode:2016NatSR...622985U. doi:10.1038/srep22985. PMC 4783707. PMID 26957145.
  27. ^ a b c Marusina K (1 Oct 2017). "Positioning Digital PCR for Sharper Genomic Views". Retrieved 23 July 2019.
  28. ^ a b Kamitaki N, Usher CL, McCarroll SA (2018). "Using Droplet Digital PCR to Analyze Allele-Specific RNA Expression". Digital PCR. Methods in Molecular Biology. Vol. 1768. pp. 401–422. doi:10.1007/978-1-4939-7778-9_23. ISBN 978-1-4939-7776-5. PMID 29717456.
  29. ^ Millier MJ, Stamp LK, Hessian PA (December 2017). "Digital-PCR for gene expression: impact from inherent tissue RNA degradation". Scientific Reports. 7 (1): 17235. Bibcode:2017NatSR...717235M. doi:10.1038/s41598-017-17619-0. PMC 5722939. PMID 29222437.
  30. ^ "Highly Sensitive Detection of Hepatitis B Using ddPCR". 12 Apr 2018. Retrieved 23 July 2019.
  31. ^ Jang M, Jeong SW, Bae NH, Song Y, Lee TJ, Lee MK, Lee SJ, Lee KG (2017). "Droplet-based digital PCR system for detection of single-cell level of foodborne pathogens". BioChip Journal. 11 (4): 329–337. doi:10.1007/s13206-017-1410-x. ISSN 2092-7843. S2CID 89829687.
  32. ^ Igarashi Y, Uchiyama T, Minegishi T, Takahashi S, Watanabe N, Kawai T, et al. (September 2017). "Single Cell-Based Vector Tracing in Patients with ADA-SCID Treated with Stem Cell Gene Therapy". Molecular Therapy. Methods & Clinical Development. 6: 8–16. doi:10.1016/j.omtm.2017.05.005. PMC 5466583. PMID 28626778.
  33. ^ Albayrak C, Jordi CA, Zechner C, Lin J, Bichsel CA, Khammash M, Tay S (March 2016). "Digital Quantification of Proteins and mRNA in Single Mammalian Cells". Molecular Cell. 61 (6): 914–924. doi:10.1016/j.molcel.2016.02.030. PMID 26990994.
  34. ^ Hussain M, Fantuzzo R, Mercorelli S, Cullen C (May 2016). "A direct droplet digital PCR method for quantification of residual DNA in protein drugs produced in yeast cells". Journal of Pharmaceutical and Biomedical Analysis. 123: 128–131. doi:10.1016/j.jpba.2016.01.050. PMID 26896631.
  35. ^ Miyaoka Y, Chan AH, Judge LM, Yoo J, Huang M, Nguyen TD, et al. (March 2014). "Isolation of single-base genome-edited human iPS cells without antibiotic selection". Nature Methods. 11 (3): 291–293. doi:10.1038/nmeth.2840. PMC 4063274. PMID 24509632.
  36. ^ Miyaoka Y, Chan AH, Judge LM, Yoo J, Huang M, Nguyen TD, et al. (March 2014). "Isolation of single-base genome-edited human iPS cells without antibiotic selection". Nature Methods. 11 (3): 291–293. doi:10.1038/nmeth.2840. PMC 4063274. PMID 24509632.
  37. ^ Nelson CE, Hakim CH, Ousterout DG, Thakore PI, Moreb EA, Castellanos Rivera RM, et al. (January 2016). "In vivo genome editing improves muscle function in a mouse model of Duchenne muscular dystrophy". Science. 351 (6271): 403–407. Bibcode:2016Sci...351..403N. doi:10.1126/science.aad5143. PMC 4883596. PMID 26721684.
  38. ^ Miyaoka Y, Berman JR, Cooper SB, Mayerl SJ, Chan AH, Zhang B, et al. (March 2016). "Systematic quantification of HDR and NHEJ reveals effects of locus, nuclease, and cell type on genome-editing". Scientific Reports. 6: 23549. Bibcode:2016NatSR...623549M. doi:10.1038/srep23549. PMC 4814844. PMID 27030102.
  39. ^ Guttery DS, Page K, Hills A, Woodley L, Marchese SD, Rghebi B, et al. (July 2015). "Noninvasive detection of activating estrogen receptor 1 (ESR1) mutations in estrogen receptor-positive metastatic breast cancer". Clinical Chemistry. 61 (7): 974–982. doi:10.1373/clinchem.2015.238717. PMID 25979954.
  40. ^ Robin JD, Ludlow AT, LaRanger R, Wright WE, Shay JW (April 2016). "Comparison of DNA Quantification Methods for Next Generation Sequencing". Scientific Reports. 6 (1): 24067. Bibcode:2016NatSR...624067R. doi:10.1038/srep24067. PMC 4822169. PMID 27048884.
  41. ^ Aigrain L, Gu Y, Quail MA (June 2016). "Quantitation of next generation sequencing library preparation protocol efficiencies using droplet digital PCR assays - a systematic comparison of DNA library preparation kits for Illumina sequencing". BMC Genomics. 17 (1): 458. doi:10.1186/s12864-016-2757-4. PMC 4906846. PMID 27297323.
  42. ^ a b Brunetto GS, Massoud R, Leibovitch EC, Caruso B, Johnson K, Ohayon J, et al. (August 2014). "Digital droplet PCR (ddPCR) for the precise quantification of human T-lymphotropic virus 1 proviral loads in peripheral blood and cerebrospinal fluid of HAM/TSP patients and identification of viral mutations". Journal of Neurovirology. 20 (4): 341–351. doi:10.1007/s13365-014-0249-3. PMC 4085507. PMID 24781526.
  43. ^ a b Sykes PJ, Neoh SH, Brisco MJ, Hughes E, Condon J, Morley AA (September 1992). "Quantitation of targets for PCR by use of limiting dilution". BioTechniques. 13 (3): 444–449. PMID 1389177.
  44. ^ Vogelstein B, Kinzler KW (August 1999). "Digital PCR". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 96 (16): 9236–9241. Bibcode:1999PNAS...96.9236V. doi:10.1073/pnas.96.16.9236. PMC 17763. PMID 10430926.
  45. ^ a b Rački N, Dreo T, Gutierrez-Aguirre I, Blejec A, Ravnikar M (2014). "Reverse transcriptase droplet digital PCR shows high resilience to PCR inhibitors from plant, soil and water samples". Plant Methods. 10 (1): 42. doi:10.1186/s13007-014-0042-6. PMC 4307183. PMID 25628753.
  46. ^ Dingle TC, Sedlak RH, Cook L, Jerome KR (November 2013). "Tolerance of droplet-digital PCR vs real-time quantitative PCR to inhibitory substances". Clinical Chemistry. 59 (11): 1670–1672. doi:10.1373/clinchem.2013.211045. PMC 4247175. PMID 24003063.
  47. ^ Dobnik D, Spilsberg B, Bogožalec Košir A, Štebih D, Morisset D, Holst-Jensen A, Žel J (2018). "Multiplex Droplet Digital PCR Protocols for Quantification of GM Maize Events". Digital PCR. Methods in Molecular Biology. Vol. 1768. pp. 69–98. doi:10.1007/978-1-4939-7778-9_5. ISBN 978-1-4939-7776-5. PMID 29717438.
  48. ^ Vellucci A, Leibovitch EC, Jacobson S (2018). "Using Droplet Digital PCR to Detect Coinfection of Human Herpesviruses 6A and 6B (HHV-6A and HHV-6B) in Clinical Samples". Digital PCR. Methods in Molecular Biology. Vol. 1768. pp. 99–109. doi:10.1007/978-1-4939-7778-9_6. ISBN 978-1-4939-7776-5. PMID 29717439.
  49. ^ a b Tagliapietra A, Rotondo JC, Bononi I, Mazzoni E, Magagnoli F, Gonzalez LO, et al. (March 2020). "Droplet-digital PCR assay to detect Merkel cell polyomavirus sequences in chorionic villi from spontaneous abortion affected females". Journal of Cellular Physiology. 235 (3): 1888–1894. doi:10.1002/jcp.29213. PMID 31549405.
  50. ^ a b Tagliapietra A, Rotondo JC, Bononi I, Mazzoni E, Magagnoli F, Maritati M, et al. (March 2019). "Footprints of BK and JC polyomaviruses in specimens from females affected by spontaneous abortion". Human Reproduction. 34 (3): 433–440. doi:10.1002/jcp.27490. PMID 30590693. S2CID 53106591.
  51. ^ Mazzoni E, Rotondo JC, Marracino L, Selvatici R, Bononi I, Torreggiani E, et al. (2017). "Detection of Merkel Cell Polyomavirus DNA in Serum Samples of Healthy Blood Donors". Frontiers in Oncology. 7: 294. doi:10.3389/fonc.2017.00294. PMC 5712532. PMID 29238698.
  52. ^ Podlesniy P, Trullas R (2018). "Biomarkers in Cerebrospinal Fluid: Analysis of Cell-Free Circulating Mitochondrial DNA by Digital PCR". Digital PCR. Methods in Molecular Biology. Vol. 1768. pp. 111–126. doi:10.1007/978-1-4939-7778-9_7. ISBN 978-1-4939-7776-5. PMID 29717440.
  53. ^ Cao Y, Raith MR, Griffith JF (2018). "Testing of General and Human-Associated Fecal Contamination in Waters". Digital PCR. Methods in Molecular Biology. Vol. 1768. pp. 127–140. doi:10.1007/978-1-4939-7778-9_8. ISBN 978-1-4939-7776-5. PMID 29717441.
  54. ^ Li W, Lee A, Gregersen PK (January 2009). "Copy-number-variation and copy-number-alteration region detection by cumulative plots". BMC Bioinformatics. 10 (S1): S67. arXiv:0909.3129. Bibcode:2009arXiv0909.3129L. doi:10.1186/1471-2105-10-S1-S67. PMC 2648736. PMID 19208171.
  55. ^ Koren A, Handsaker RE, Kamitaki N, Karlić R, Ghosh S, Polak P, et al. (November 2014). "Genetic variation in human DNA replication timing". Cell. 159 (5): 1015–1026. doi:10.1016/j.cell.2014.10.025. PMC 4359889. PMID 25416942.
  56. ^ Sanders S (16 Jul 2008). "CNVs vs SNPs: Understanding Human Structural Variation in Disease". Retrieved 24 July 2019.
  57. ^ Marshall CR, Howrigan DP, Merico D, Thiruvahindrapuram B, Wu W, Greer DS, et al. (January 2017). "Contribution of copy number variants to schizophrenia from a genome-wide study of 41,321 subjects". Nature Genetics. 49 (1): 27–35. doi:10.1038/ng.3725. PMC 5737772. PMID 27869829.
  58. ^ Shlien A, Malkin D (June 2009). "Copy number variations and cancer". Genome Medicine. 1 (6): 62. doi:10.1186/gm62. PMC 2703871. PMID 19566914.
  59. ^ Lauer S, Gresham D (December 2019). "An evolving view of copy number variants". Current Genetics. 65 (6): 1287–1295. doi:10.1007/s00294-019-00980-0. PMID 31076843. S2CID 149444714.
  60. ^ "Copy Number Alteration Found to Be Associated with Cancer Mortality". 5 Sep 2018. Retrieved 24 July 2019.
  61. ^ Gu W, Lupski JR (2008). "CNV and nervous system diseases--what's new?". Cytogenetic and Genome Research. 123 (1–4): 54–64. doi:10.1159/000184692. PMC 2920183. PMID 19287139.
  62. ^ Thapar A, Cooper M (August 2013). "Copy number variation: what is it and what has it told us about child psychiatric disorders?". Journal of the American Academy of Child and Adolescent Psychiatry. 52 (8): 772–774. doi:10.1016/j.jaac.2013.05.013. PMC 3919207. PMID 23880486.
  63. ^ Sekar A, Bialas AR, de Rivera H, Davis A, Hammond TR, Kamitaki N, et al. (February 2016). "Schizophrenia risk from complex variation of complement component 4". Nature. 530 (7589): 177–183. Bibcode:2016Natur.530..177.. doi:10.1038/nature16549. PMC 4752392. PMID 26814963.
  64. ^ Yim SH, Jung SH, Chung B, Chung YJ (May 2015). "Clinical implications of copy number variations in autoimmune disorders". The Korean Journal of Internal Medicine. 30 (3): 294–304. doi:10.3904/kjim.2015.30.3.294. PMC 4438283. PMID 25995659.
  65. ^ He Y, Hoskins JM, McLeod HL (May 2011). "Copy number variants in pharmacogenetic genes". Trends in Molecular Medicine. 17 (5): 244–251. doi:10.1016/j.molmed.2011.01.007. PMC 3092840. PMID 21388883.
  66. ^ Gonzalez E, Kulkarni H, Bolivar H, Mangano A, Sanchez R, Catano G, et al. (March 2005). "The influence of CCL3L1 gene-containing segmental duplications on HIV-1/AIDS susceptibility". Science. 307 (5714): 1434–1440. Bibcode:2005Sci...307.1434G. doi:10.1126/science.1101160. PMID 15637236. S2CID 8815153.
  67. ^ a b Liu S, Yao L, Ding D, Zhu H (December 2010). "CCL3L1 copy number variation and susceptibility to HIV-1 infection: a meta-analysis". PLOS ONE. 5 (12): e15778. Bibcode:2010PLoSO...515778L. doi:10.1371/journal.pone.0015778. PMC 3012711. PMID 21209899.
  68. ^ Dube S, Qin J, Ramakrishnan R (August 2008). "Mathematical analysis of copy number variation in a DNA sample using digital PCR on a nanofluidic device". PLOS ONE. 3 (8): e2876. Bibcode:2008PLoSO...3.2876D. doi:10.1371/journal.pone.0002876. PMC 2483940. PMID 18682853.
  69. ^ Hughesman CB, Lu XJ, Liu KY, Zhu Y, Towle RM, Haynes C, Poh CF (September 2017). "Detection of clinically relevant copy number alterations in oral cancer progression using multiplexed droplet digital PCR". Scientific Reports. 7 (1): 11855. Bibcode:2017NatSR...711855H. doi:10.1038/s41598-017-11201-4. PMC 5605662. PMID 28928368.
  70. ^ a b Usher CL, Handsaker RE, Esko T, Tuke MA, Weedon MN, Hastie AR, et al. (August 2015). "Structural forms of the human amylase locus and their relationships to SNPs, haplotypes and obesity". Nature Genetics. 47 (8): 921–925. doi:10.1038/ng.3340. PMC 4712930. PMID 26098870.
  71. ^ Aldhous MC, Abu Bakar S, Prescott NJ, Palla R, Soo K, Mansfield JC, et al. (December 2010). "Measurement methods and accuracy in copy number variation: failure to replicate associations of beta-defensin copy number with Crohn's disease". Human Molecular Genetics. 19 (24): 4930–4938. doi:10.1093/hmg/ddq411. PMC 2989891. PMID 20858604.
  72. ^ Pinheiro L, Emslie KR (2018). "Basic Concepts and Validation of Digital PCR Measurements". Digital PCR. Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J.). Vol. 1768. pp. 11–24. doi:10.1007/978-1-4939-7778-9_2. ISBN 978-1-4939-7776-5. PMID 29717435.
  73. ^ Quan PL, Sauzade M, Brouzes E (April 2018). "dPCR: A Technology Review". Sensors. 18 (4): 1271. Bibcode:2018Senso..18.1271Q. doi:10.3390/s18041271. PMC 5948698. PMID 29677144.
  74. ^ Handsaker RE, Van Doren V, Berman JR, Genovese G, Kashin S, Boettger LM, McCarroll SA (March 2015). "Large multiallelic copy number variations in humans". Nature Genetics. 47 (3): 296–303. doi:10.1038/ng.3200. PMC 4405206. PMID 25621458.
  75. ^ Garcia-Murillas I, Turner NC (2018). "Assessing HER2 Amplification in Plasma cfDNA". Digital PCR. Methods in Molecular Biology. Vol. 1768. pp. 161–172. doi:10.1007/978-1-4939-7778-9_10. ISBN 978-1-4939-7776-5. PMID 29717443.
  76. ^ Christgen M, van Luttikhuizen JL, Raap M, Braubach P, Schmidt L, Jonigk D, et al. (December 2016). "Precise ERBB2 copy number assessment in breast cancer by means of molecular inversion probe array analysis". Oncotarget. 7 (50): 82733–82740. doi:10.18632/oncotarget.12421. PMC 5347728. PMID 27716627.
  77. ^ Borley A, Mercer T, Morgan M, Dutton P, Barrett-Lee P, Brunelli M, Jasani B (April 2014). "Impact of HER2 copy number in IHC2+/FISH-amplified breast cancer on outcome of adjuvant trastuzumab treatment in a large UK cancer network". British Journal of Cancer. 110 (8): 2139–2143. doi:10.1038/bjc.2014.147. PMC 3992505. PMID 24691421.
  78. ^ Cao Y, Raith MR, Griffith JF (March 2015). "Droplet digital PCR for simultaneous quantification of general and human-associated fecal indicators for water quality assessment". Water Research. 70: 337–349. doi:10.1016/j.watres.2014.12.008. PMID 25543243.
  79. ^ European Society for Medical Oncology (17 Nov 2017). "Study analyzes mutations in cerebrospinal fluid in lung cancer with brain metastases". Retrieved 24 July 2019.
  80. ^ a b Petrone J (8 June 2017). "Norwegian Team Plans to Debut Digital PCR-Based Urinary Bladder Cancer Test by Year End". Retrieved 24 July 2019.
  81. ^ Hiemcke-Jiwa LS, Minnema MC, Radersma-van Loon JH, Jiwa NM, de Boer M, Leguit RJ, et al. (April 2018). "The use of droplet digital PCR in liquid biopsies: A highly sensitive technique for MYD88 p.(L265P) detection in cerebrospinal fluid". Hematological Oncology. 36 (2): 429–435. doi:10.1002/hon.2489. PMID 29210102. S2CID 4968214.
  82. ^ a b Paxton A (October 2017). "Revived hopes, fresh challenges with liquid biopsy". Retrieved 24 July 2019.
  83. ^ Bhadra K, Mellert H, Pestano G (5 Jun 2017). "Adoption of Liquid Biopsy Tests for NSCLC". Retrieved 24 July 2019.
  84. ^ Sacher AG, Paweletz C, Dahlberg SE, Alden RS, O'Connell A, Feeney N, et al. (August 2016). "Prospective Validation of Rapid Plasma Genotyping for the Detection of EGFR and KRAS Mutations in Advanced Lung Cancer". JAMA Oncology. 2 (8): 1014–1022. doi:10.1001/jamaoncol.2016.0173. PMC 4982795. PMID 27055085.
  85. ^ Olsson E, Winter C, George A, Chen Y, Howlin J, Tang MH, et al. (August 2015). "Serial monitoring of circulating tumor DNA in patients with primary breast cancer for detection of occult metastatic disease". EMBO Molecular Medicine. 7 (8): 1034–1047. doi:10.15252/emmm.201404913. PMC 4551342. PMID 25987569.
  86. ^ Carpinetti P, Donnard E, Bettoni F, Asprino P, Koyama F, Rozanski A, et al. (November 2015). "The use of personalized biomarkers and liquid biopsies to monitor treatment response and disease recurrence in locally advanced rectal cancer after neoadjuvant chemoradiation". Oncotarget. 6 (35): 38360–38371. doi:10.18632/oncotarget.5256. PMC 4742005. PMID 26451609.
  87. ^ Reinert T, Schøler LV, Thomsen R, Tobiasen H, Vang S, Nordentoft I, et al. (April 2016). "Analysis of circulating tumour DNA to monitor disease burden following colorectal cancer surgery". Gut. 65 (4): 625–634. doi:10.1136/gutjnl-2014-308859. PMID 25654990.
  88. ^ Pereira E, Camacho-Vanegas O, Anand S, Sebra R, Catalina Camacho S, Garnar-Wortzel L, et al. (2015). "Personalized Circulating Tumor DNA Biomarkers Dynamically Predict Treatment Response and Survival In Gynecologic Cancers". PLOS ONE. 10 (12): e0145754. Bibcode:2015PLoSO..1045754P. doi:10.1371/journal.pone.0145754. PMC 4696808. PMID 26717006.
  89. ^ Dahmcke CM, Steven KE, Larsen LK, Poulsen AL, Abdul-Al A, Dahl C, Guldberg P (December 2016). "A Prospective Blinded Evaluation of Urine-DNA Testing for Detection of Urothelial Bladder Carcinoma in Patients with Gross Hematuria". European Urology. 70 (6): 916–919. doi:10.1016/j.eururo.2016.06.035. PMID 27417036.
  90. ^ a b c Lindner L, Cayrou P, Jacquot S, Birling MC, Herault Y, Pavlovic G (July 2021). "Reliable and robust droplet digital PCR (ddPCR) and RT-ddPCR protocols for mouse studies". Methods. 191: 95–106. doi:10.1016/j.ymeth.2020.07.004. PMID 32721466. S2CID 220851187.
  91. ^ Taylor SC, Carbonneau J, Shelton DN, Boivin G (November 2015). "Optimization of Droplet Digital PCR from RNA and DNA extracts with direct comparison to RT-qPCR: Clinical implications for quantification of Oseltamivir-resistant subpopulations". Journal of Virological Methods. 224: 58–66. doi:10.1016/j.jviromet.2015.08.014. PMID 26315318.
  92. ^ Whale AS, Huggett JF, Tzonev S (December 2016). "Fundamentals of multiplexing with digital PCR". Biomolecular Detection and Quantification. 10: 15–23. doi:10.1016/j.bdq.2016.05.002. PMC 5154634. PMID 27990345.
  93. ^ Sun B, Tao L, Zheng YL (June 2014). "Simultaneous quantification of alternatively spliced transcripts in a single droplet digital PCR reaction". BioTechniques. 56 (6): 319–325. doi:10.2144/000114179. PMID 24924392.
  94. ^ Valencia CA, Rhodenizer D, Bhide S, Chin E, Littlejohn MR, Keong LM, et al. (2012). "Assessment of target enrichment platforms using massively parallel sequencing for the mutation detection for congenital muscular dystrophy". The Journal of Molecular Diagnostics. 14 (3): 233–246. doi:10.1016/j.jmoldx.2012.01.009. PMC 3349841. PMID 22426012.
  95. ^ Philippe J, Derhourhi M, Durand E, Vaillant E, Dechaume A, Rabearivelo I, et al. (2015). "What Is the Best NGS Enrichment Method for the Molecular Diagnosis of Monogenic Diabetes and Obesity?". PLOS ONE. 10 (11): e0143373. Bibcode:2015PLoSO..1043373P. doi:10.1371/journal.pone.0143373. PMC 4657897. PMID 26599467.
  96. ^ Ouellet E, Foley JH, Conway EM, Haynes C (August 2015). "Hi-Fi SELEX: A High-Fidelity Digital-PCR Based Therapeutic Aptamer Discovery Platform". Biotechnology and Bioengineering. 112 (8): 1506–1522. doi:10.1002/bit.25581. PMID 25727321. S2CID 39450798.
  97. ^ Ludlow AT, Shelton D, Wright WE, Shay JW (2018). "ddTRAP: A Method for Sensitive and Precise Quantification of Telomerase Activity". Digital PCR. Methods in Molecular Biology. Vol. 1768. pp. 513–529. doi:10.1007/978-1-4939-7778-9_29. ISBN 978-1-4939-7776-5. PMC 6046637. PMID 29717462.
  98. ^ Sayed ME, Slusher AL, Ludlow AT (May 2019). "Droplet Digital TRAP (ddTRAP): Adaptation of the Telomere Repeat Amplification Protocol to Droplet Digital Polymerase Chain Reaction". Journal of Visualized Experiments (147). doi:10.3791/59550. PMID 31107456. S2CID 155519448.
  99. ^ Stein RA (1 July 2019). "Single-Cell Sequencing Sifts through Multiple Omics". Retrieved 1 August 2019.
  100. ^ Wood-Bouwens CM, Ji HP (2018). "Single Color Multiplexed ddPCR Copy Number Measurements and Single Nucleotide Variant Genotyping". Digital PCR. Methods in Molecular Biology. Vol. 1768. pp. 323–333. doi:10.1007/978-1-4939-7778-9_18. ISBN 978-1-4939-7776-5. PMID 29717451.
  101. ^ Low, H, Chan, SJ, Soo, GH 등Clarity™ 디지털 PCR 시스템: 핵산의 절대 정량화를 위한 새로운 플랫폼.Antal Bioanal Chem 409, 1869–1875(2017).https://doi.org/10.1007/s00216-016-0131-7
  102. ^ Saiki RK, Gelfand DH, Stoffel S, Scharf SJ, Higuchi R, Horn GT, et al. (January 1988). "Primer-directed enzymatic amplification of DNA with a thermostable DNA polymerase". Science. 239 (4839): 487–491. Bibcode:1988Sci...239..487S. doi:10.1126/science.239.4839.487. PMID 2448875.
  103. ^ Morley AA (September 2014). "Digital PCR: A brief history". Biomolecular Detection and Quantification. 1 (1): 1–2. doi:10.1016/j.bdq.2014.06.001. PMC 5129430. PMID 27920991.
  104. ^ Rutsaert S, Bosman K, Trypsteen W, Nijhuis M, Vandekerckhove L (January 2018). "Digital PCR as a tool to measure HIV persistence". Retrovirology. 15 (1): 16. doi:10.1186/s12977-018-0399-0. PMC 5789538. PMID 29378600.
  105. ^ a b Perkel J (11 April 2014). "The digital PCR revolution". Retrieved 22 July 2019.
  106. ^ Pohl G, Shih I (January 2004). "Principle and applications of digital PCR". Expert Review of Molecular Diagnostics. 4 (1): 41–47. doi:10.1586/14737159.4.1.41. PMID 14711348. S2CID 28271641.
  107. ^ Dressman D, Yan H, Traverso G, Kinzler KW, Vogelstein B (July 2003). "Transforming single DNA molecules into fluorescent magnetic particles for detection and enumeration of genetic variations". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 100 (15): 8817–8822. Bibcode:2003PNAS..100.8817D. doi:10.1073/pnas.1133470100. PMC 166396. PMID 12857956.
  108. ^ Diehl F, Li M, He Y, Kinzler KW, Vogelstein B, Dressman D (July 2006). "BEAMing: single-molecule PCR on microparticles in water-in-oil emulsions". Nature Methods. 3 (7): 551–559. doi:10.1038/nmeth898. PMID 16791214. S2CID 7059151.
  109. ^ Butkus B (8 July 2010). "Digital PCR Space Heating Up as Life Science Tool Vendors Begin Staking Claims". Retrieved 22 July 2019.
  110. ^ Ramakrishnan R, Qin J, Jones RC, Weaver LS (2013). "Integrated Fluidic Circuits (IFCs) for digital PCR". Microfluidic Diagnostics. Methods in Molecular Biology. Vol. 949. pp. 423–431. doi:10.1007/978-1-62703-134-9_27. ISBN 978-1-62703-133-2. PMID 23329458.
  111. ^ Butkus B (29 Mar 2012). "RainDance Launches Digital PCR Platform; Claims Sensitivity, Operating Cost Superiority". Retrieved 22 July 2019.
  112. ^ "'Liquid biopsy' blood test detects genetic mutations in common form of lung cancer". 7 Apr 2016. Retrieved 22 July 2019.
  113. ^ "Korea's BioCore First to Commercialize NIPT Based on Digital PCR". 2 Mar 2018. Retrieved 22 July 2019.
  114. ^ "Bio-Rad Gets First CE Mark on Clinical ddPCR Test". 5 Dec 2017. Retrieved 22 Jul 2019.

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