This article has been published in the peer-reviewed journal PLOS Genetics (2018). Click to view the published version.

마이크로펩티드

Micropeptide
마이크로펩티드는 5'에서 옮겨 쓸 수 있다.UTR, 작은 유전자, 폴리시스트로닉 mRNA 또는 잘못 표기된 lncRNA.

마이크로펩타이드(micropeptide, 일명 마이크로프로테인)는 길이가 100~150미만인 폴리펩타이드로, 짧은 개방형 판독 프레임(sORF)으로 인코딩된다.[1][2][3]이 점에서 그것들은 더 큰 폴리펩타이드의 변환 후 갈라짐을 통해 생성되는 다른 많은 활동적인 작은 폴리펩타이드와는 다르다.[1][4]크기 면에서 마이크로펩티드는 원핵생물 및 진핵생물에서 각각 평균 길이가 330과 449의 아미노산을 갖는 '캐논' 단백질보다 상당히 짧다.[5]마이크로펩티드는 게놈 위치에 따라 이름이 붙기도 한다.예를 들어, 업스트림 개방형 판독 프레임(uORF)의 번역된 제품을 uORF 인코딩 펩타이드(uPEP)라고 부를 수 있다.[6]마이크로펩타이드에는 N단자 신호 시퀀스가 부족하여 세포질에 국부화될 가능성이 있음을 시사한다.[1]그러나 일부 마이크로펩타이드들은 투과된 마이크로펩타이드의 존재에서 알 수 있듯이 다른 세포실에서 발견되었다.[7][8]그것들은 원핵생물이나 진핵생물에서 모두 발견된다.[1][9][10]마이크로펩티드가 번역되는 SORF는 5' UTR, 작은 유전자 또는 폴리시스트로닉 mRNA로 인코딩할 수 있다.일부 마이크로펩타이드 코딩 유전자는 원래 긴 코딩 RNA(lncRNA)만큼 잘못 고지되었다.[11]

그들의 작은 크기로 볼 때, SORF는 원래 간과되었다.그러나, 수십만 개의 투입 미세펩타이드들이 다수의 유기체에서 다양한 기법을 통해 확인되었다.코딩 잠재력을 가진 이들 중 극히 일부만이 그들의 표현과 기능을 확인했다.일반적으로 기능적으로 특징지어졌던 것들은 세포신호, 유기생성, 세포생리학 등의 역할을 한다.마이크로펩타이드들이 더 많이 발견됨에 따라, 그것들의 기능도 더 많이 발견된다.한 가지 규제 기능은 작은 분자에 의한 직간접적 활성화를 통해 리보솜을 정지시켜 다운스트림 코딩 시퀀스의 발현을 억제하는 펩토스워치의 기능이다.[11]

식별

잠재적 sORF와 그 변환 제품을 식별하기 위한 다양한 실험 기법이 존재한다.이러한 기법은 마이크로펩타이드(micropptide)를 생성할 수 있는 sORF 식별에만 유용하며 직접적인 기능적 특성화에는 유용하지 않다.

RNA 염기서열 분석

잠재적 sORF, 즉 마이크로펩티드를 찾는 한 가지 방법은 RNA 시퀀싱(RNA-Seq)을 통한 것이다.RNA-Seq는 차세대 염기서열분석(NGS)을 사용하여 특정 시점에 주어진 세포, 조직 또는 유기체에 어떤 RNA가 표현되는지 결정한다.이 데이터 모음은 transcriptome으로 알려져 있으며 잠재적인 sORF를 찾는 자원으로 사용될 수 있다.[1]우연히 100aa 미만의 sORF가 발생할 가능성이 높기 때문에, 이 방법을 사용하여 얻은 데이터의 유효성을 결정하기 위해 추가 연구가 필요하다.[11]

리보솜 프로파일링(리보-섹)

리보솜 프로파일링은 초파리, 제브라피쉬, 쥐, 인간을 포함한 점점 더 많은 수의 유기체에서 잠재적인 미세 펩티드를 식별하기 위해 사용되어 왔다.[11]한 가지 방법은 해링토닌, 푸로마이신 또는 락티미도마이신과 같은 화합물을 사용하여 번역 개시 사이트에서 리보솜을 막는다.[12]활발한 번역이 이루어지고 있는 곳을 나타낸다.에메틴이나 사이클로헥시마이드와 같은 번역 신장 억제제는 또한 번역 ORF를 야기할 가능성이 더 높은 리보솜 발자국을 얻기 위해 사용될 수 있다.[13]리보솜이 sORF 또는 근처에 결합되어 있는 경우, 그것은 마이크로펩타이드(micropeptide)를 삽입한다.[1][2][14]

질량분석법

질량분광학(MS)은 단백질을 식별하고 염기서열화하기 위한 금본위제다.이 기술을 사용하여, 조사자들은 폴리펩타이드들이 실제로 sORF에서 번역된 것인지 여부를 판단할 수 있다.

프로테오제닉 애플리케이션

프로테오제노믹스는 프로테오노믹스와 게노믹스, 트랜스시토믹스를 결합한다.이것은 잠재적인 마이크로펩타이드들을 찾을 때 중요하다.프로테오제노믹스를 사용하는 한 가지 방법은 RNA-Seq 데이터를 사용하여 가능한 모든 폴리펩타이드의 사용자 정의 데이터베이스를 만드는 것이다.탠덤MS(LC-MS/MS)에 이은 액체 크로마토그래피를 실시하여 번역 제품에 대한 시퀀스 정보를 제공한다.전치사와 단백체학 데이터의 비교는 마이크로펩타이드의 존재를 확인하는 데 사용될 수 있다.[1][2]

계통생성 보존

계통생성 보존은 특히 큰 데이터베이스인 sORF를 통해 체로 이동할 때 유용한 도구가 될 수 있다.sORF가 기능적 마이크로펩타이드로 이어질 가능성은 그것이 수많은 종에 걸쳐 보존된다면 더 가능성이 높다.[11][12]그러나 이는 모든 SORF에 대해 효과가 있는 것은 아니다.예를 들어, lncRNA에 의해 인코딩되는 것들은, lncRNA 자체가 높은 시퀀스 보존을 가지고 있지 않기 때문에 보존될 가능성이 적다.[2]기능성 마이크로펩타이드의 실제 생산 여부를 결정하기 위해 추가 실험이 필요할 것이다.

단백질 코딩 전위 검증

항체

관심의 미세펩타이드에 표적화된 맞춤형 항체는 표현을 계량화하거나 세포내 국산화 결정에 유용할 수 있다.대부분의 단백질이 그렇듯이, 낮은 표현은 탐지를 어렵게 할 수 있다.마이크로펩타이드의 작은 크기 또한 항체를 대상으로 하는 에피토프를 설계하는데 어려움을 초래할 수 있다.[2]

CRISPR-Cas9를 사용한 태그 지정

게놈 편집은 내생성 sORF에 플래그/MYC 또는 기타 작은 펩타이드 태그를 추가하여 융합 단백질을 생성하는데 사용할 수 있다.대부분의 경우 이 방법은 맞춤형 항체를 개발하는 것보다 더 빨리 수행할 수 있다는 점에서 유익하다.그것은 또한 표적이 될 수 없는 마이크로펩타이드에도 유용하다.[2]

체외번역

이 과정은 T7 또는 SP6 프로모터를 포함하는 플라스미드로 전신 마이크로펩타이드 cDNA 복제를 수반한다.이 방법은 S-메티오닌이 존재하는 세포 없는 단백질 합성 시스템을 활용하여 관심의 펩타이드 생산을 한다.이후 젤 전기영양증(gel electrophoresis)으로 제품을 분석할 수 있으며 S 라벨 펩타이드는 자동 방사선 촬영법을 사용하여 시각화된다.[2]

데이터베이스 및 저장소

sORF와 마이크로펩타이드 모두를 위해 만들어진 몇 개의 리포지토리와 데이터베이스가 있다.리보솜 프로파일링에 의해 발견된 작은 ORF의 저장소는 sORFs.org에서 찾을 수 있다.[15][16]아라비도피스탈리아나에 있는 putative sORF 인코딩 펩타이드의 저장소는 ARA-PEPs에서 찾을 수 있다.[17][18]특히 부호화되지 않은 RNA에 의해 암호화된 작은 단백질의 데이터베이스는 smProt에서 찾을 수 있다.[19][20]

원핵의 예

현재까지 대부분의 미세펩타이드들은 원핵생물에서 확인되었다.대부분의 생물들이 아직 완전히 특징지어지지 않았지만, 연구된 생물들 중 많은 생물들이 이 유기체들의 생존에 중요한 것으로 보인다.원핵생물의 크기가 작기 때문에 원핵생물은 특히 환경 변화에 민감하며, 따라서 원핵생물의 존재를 보장하기 위한 방법을 개발하였다.

대장균 (대장균)

대장균에서 발현된 미세펩타이드들은 박테리아 환경 적응을 예시한다.이 중 대부분은 리더 펩타이드, 리보솜 단백질, 독성 단백질 등 3개 그룹으로 분류됐다.리더 단백질은 아미노산이 부족할 때 아미노산 대사에 관여하는 단백질의 전사 및/또는 번역을 조절한다.리보솜 단백질은 L36(rpmJ)과 L34(rpmH)로 50S 리보솜 서브유닛의 두 가지 성분이다.ldrD와 같은 독성 단백질은 높은 수준에서 독성이 있으며 세포를 죽이거나 성장을 억제할 수 있으며, 숙주 세포의 생존력을 감소시키는 기능을 한다.[21]

살모넬라균(S. 엔티카)

S. 엔터티카에서 MgtC Virulence 계수는 낮은 마그네슘 환경에 적응하는 데 관여한다.소수성 펩타이드 MgrR은 MgtC에 결합되어 FtsH 프로테아제에 의해 분해된다.[9]

바실러스 미분비(B. 미분비)

46 aa Sda 마이크로펩타이드(B. subilis)는 복제 개시가 손상되었을 때 산발적으로 억제한다.Sda는 히스티딘 키나제 KinA를 억제함으로써 산발적으로 필요한 전사 계수 Sop0A의 활성화를 방지한다.[10]

황색포도상구균(S. aureus)

S. aureus에는 숙주 감염 시 중성미자막을 교란시키기 위해 배설되는 마이크로펩타이드 20-22 aa의 그룹이 있어 세포 투석을 일으킨다.이러한 미세펩타이드들은 박테리아가 인간의 면역체계의 주요 방어력에 의해 분해되는 것을 피할 수 있게 해준다.[22][23]

진핵의 예

아라비도피스 탈리아나에서 인간에 이르는 진핵생물에서 미세펩타이드들이 발견되었다.그들은 조직과 장기 발달에서 다양한 역할을 하며, 한 번 완전히 발달하면 유지와 기능을 한다.많은 것들이 아직 기능적으로 특징지어지지 않았고 더 많이 발견될 가능성이 있지만, 아래는 최근에 확인된 진핵 미세펩타이드 함수의 요약이다.

아라비도시스 탈리아나 (A. 탈리아나)

PLS 유전자는 36 마이크로펩타이드 인코딩을 한다.제대로 된 혈관잎 패터닝과 뿌리내 세포확장을 위해 필요하다.이 마이크로펩티드는 발달된 PIN 단백질과 상호 작용하여 아우진, 에틸렌, 사이토키닌 사이의 호르몬 교차 작용을 위한 중요한 네트워크를 형성한다.[24][25][26]

A. 탈리아나의 로툰디폴리아(ROT4)는 잎 세포의 혈장 막에 국소화되는 53a 펩타이드 인코딩을 한다.ROT4 기능의 메커니즘은 잘 이해되지 않지만 돌연변이는 짧은 둥근 잎을 가지고 있어 이 펩타이드가 잎 형태생식에 중요할 수 있음을 나타낸다.[27]

Zea mays (Z. mays)

Brick1(Brk1)은 식물과 동물 모두에서 보존성이 높은 76aa 마이크로펩타이드 인코딩을 한다.Z. mays에서는 잎 표피 발달에 있어 다발성 세포 양극화 사건을 촉진하여 잎 상피의 형태생식에 관여하는 것으로 밝혀졌다.[28]Zm401p10은 89aa 마이크로펩티드(microppptide)로, 타페툼에서 정상적인 꽃가루 발생에 역할을 한다.체세포 분열 후 그것은 또한 태피텀의 분해에 필수적이다.[29]Zm908p11은 길이가 97aa인 마이크로펩타이드로 성숙한 꽃가루 알갱이로 표현되는 Zm908 유전자에 의해 암호화된다.그것은 꽃가루 튜브의 세포질에 위치하며, 꽃가루 튜브의 성장과 발달을 돕는다.[30]

드로소필라 멜라노가스터(D. 멜라노가스터)

진화로 보존된 쌀(pri) 유전자로, D. 멜라노가스터에서는 타르살리스(tarsal-less)로 알려져 있으며, 표피 분화에 관여한다.이 폴리시스트로닉 성분은 길이가 11-32aa인 4개의 유사한 펩타이드를 암호화한다.그들은 전사 인자 셰이븐베이비(Svb)를 잘라내는 기능을 한다.이를 통해 Svb를 미니어처(m)와 트리콤 형성을 함께 담당하는 샤브노이드(sha) 등 대상 이펙터의 발현을 직접 조절하는 활성제로 전환한다.[31]

다니오 레리오 (D. 레리오)

Gredela 유전자 (Ela) (a.k.a.아펠라, 토들러)는 발생에 중요하다.[32]그것은 특히 후기와 미식가 단계에서 표현된다.식욕 중에는 중피세포의 내장과 동물극 유도 운동을 촉진하는 데 매우 중요하다.Ela는 위장을 한 후, 측면 중간, 내측, 그리고 전측, 후측, 노토코드로 표현된다.제브라피쉬, 쥐, 인간에서 lncRNA로 주석을 달았지만, 58aa ORF는 척추동물 종 중에서 보존성이 높은 것으로 밝혀졌다.Ela는 N-terminus 신호 펩타이드를 제거하여 처리한 후 세포외 공간에서 분비된다.그것의 34-aa 성숙한 펩타이드는 아펠린 수용체라고 알려진 GPCR의 첫 내생 리간드 역할을 한다.[33][32]제브라피쉬에서 Ela나 Aplnr의 유전적 불활성화는 무정한 표현형을 낳는다.[34][35]

무스 무스쿨루스 (M. 무스쿨루스)

Myoregulin (Mln)은 원래 lncRNA로 주석을 붙인 유전자에 의해 암호화된다.mln은 3가지 골격근 모두로 표현되며, 심장근육의 마이크로펩타이드 인광암반(Pln), 느린(Type I) 골격근의 사콜리핀(Sln)과 유사하게 작용한다.이 미세펩타이드들은 사코플라스믹 레티쿨룸 Ca-ATPase2+ (SERCA)와 상호작용을 하는데, 이것은 사코플라스믹 레티쿨룸 (SR)에 Ca2+ uptake를 조절하는 막 펌프다.Ca2+ uptake in the SR에 대한 Ca uptake를 억제함으로써 근육 이완을 일으킨다.마찬가지로, SERCA 결합 모티브를 포함하고 포유류에게 보존되는 트랜섬브레인 마이크로펩타이드에 대한 엔도레굴린(ELN)과 또 다른 레굴린(ALN) 유전자 코드.[7]

Myomixer(Mymx)는 근육 고유의 펩타이드인 유전자 Gm7325에 의해 인코딩되며, 길이가 84aa로 융·골격근 형성의 발생기에 역할을 한다.플라즈마 막까지 국소화하여 퓨즈 발생 막 단백질인 묘메이커(Myomaker, Mymk)와 연계한다.인간에서 Mymx를 인코딩하는 유전자는 특징 없는 LOC101929726으로 주석을 달았다.거북이, 개구리, 물고기 게놈에서도 정형외과가 발견된다.[8]

호모 사피엔스 (H. 사피엔스)

인간의 경우, 오랫동안 간섭하지 않는 비코딩 RNA(lincRNA) LINC01420에서 68Aa 마이크로펩타이드인 노바디(Non-Body disocation polyptide)가 발견되었다.포유류들 사이에서의 염기서열 보존이 높고, P-bides에 현지화된다.그것은 5'mRNA 디코딩과 관련된 단백질을 풍부하게 한다.mRNA 디코딩 4(EDC4)의 엔한서와 직접 상호작용하는 것으로 생각된다.[36]

곤델라(ELA, APELA)는 인간 배아줄기세포에 의해 32개의 아미노산 마이크로펩타이드로 분비되는 내생성 호르몬이다.[32]인간 배아줄기세포의 자가 재생과 유행을 유지하는 것이 필수적이다.그것은 아직 확인되지 않은 세포 표면 수용체를 통해 PI3/AKT 경로를 통해 자동분비 방식으로 신호를 보낸다.[37]중피 세포의 구별에 있어 ELA는 호르몬 펩타이드 APLN에도 반응할 수 있는 GPCR인 APLNR과 결합하고 신호를 통과한다.

포유류에게 보존된 C7orf49 유전자는 대체적으로 쪼개져 3개의 마이크로펩타이드(micropptide)를 생산할 것으로 예측된다.MRI-1은 앞서 레트로바이러스 감염의 변조기로 밝혀졌다.두 번째 예측 마이크로펩타이드 MRI-2는 DNA 이중 가닥 파단의 비호몰성 엔드 결합(NHEJ)에 중요할 수 있다.Co-Imunoprecitation 실험에서 MRI-2는 NHEJ 경로에 큰 역할을 하는 Ku70과 Ku80의 2개 서브유닛으로 묶였다.[38]

24개의 아미노산 마이크로펩타이드인 후마닌(HN)은 세포사멸 유도 단백질인 Bcl2 연관 X 단백질(Bax)과 상호작용한다.그것의 활성 상태에서, 백스는 멤브레인 타겟팅 도메인을 노출시키는 순응적 변화를 겪는다.이로 인해 시토솔에서 미토콘드리아 막으로 이동하게 되고, 그곳에서 시토크롬 c와 같은 세포유발성 단백질을 삽입하고 배출하게 된다.HN은 백스와 상호작용을 함으로써 백스가 미토콘드리아를 목표로 하는 것을 방지하여 사멸을 차단한다.[39]

90aa의 마이크로펩타이드, '아미노산 반응의 작은 규제 폴리펩타이드' 또는 SPAAR가 lncRNA LINC00961에 인코딩된 것으로 밝혀졌다.사람과 생쥐 사이에 보존되어 있으며, 고 엔도솜/라이소솜에 국소화된다.SPAAR는 v-ATPase 콤플렉스의 4개 하위 유니트와 상호 작용하여, mTOC1이 활성화된 라이소솜 표면으로의 변환을 금지한다.이 마이크로펩타이드의 하향 조절은 아미노산 자극에 의한 mTORC1 활성화를 가능하게 하여 근육 재생을 촉진한다.[40]

참조

본 기사는 CC BY 4.0 라이센스(2018)에 따라 다음과 같은 출처에서 개작되었다(검토자 보고서). Maria E. Sousa; Michael H. Farkas (13 December 2018). "Micropeptide". PLOS Genetics. 14 (12): e1007764. doi:10.1371/JOURNAL.PGEN.1007764. ISSN 1553-7390. PMC 6292567. PMID 30543625. Wikidata Q60017699.

  1. ^ a b c d e f g Crappé J, Van Criekinge W, Menschaert G (2014). "Little things make big things happen: A summary of micropeptide encoding genes". EuPA Open Proteomics. 3: 128–137. doi:10.1016/j.euprot.2014.02.006.
  2. ^ a b c d e f g Makarewich CA, Olson EN (September 2017). "Mining for Micropeptides". Trends in Cell Biology. 27 (9): 685–696. doi:10.1016/j.tcb.2017.04.006. PMC 5565689. PMID 28528987.
  3. ^ Guillén G, Díaz-Camino C, Loyola-Torres CA, Aparicio-Fabre R, Hernández-López A, Díaz-Sánchez M, Sanchez F (2013). "Detailed analysis of putative genes encoding small proteins in legume genomes". Frontiers in Plant Science. 4: 208. doi:10.3389/fpls.2013.00208. PMC 3687714. PMID 23802007.
  4. ^ Hashimoto Y, Kondo T, Kageyama Y (June 2008). "Lilliputians get into the limelight: novel class of small peptide genes in morphogenesis". Development, Growth & Differentiation. 50 Suppl 1: S269–76. doi:10.1111/j.1440-169x.2008.00994.x. PMID 18459982.
  5. ^ Zhang J (March 2000). "Protein-length distributions for the three domains of life". Trends in Genetics. 16 (3): 107–9. doi:10.1016/s0168-9525(99)01922-8. PMID 10689349.
  6. ^ Rothnagel J, Menschaert G (May 2018). "Short Open Reading Frames and Their Encoded Peptides". Proteomics. 18 (10): e1700035. doi:10.1002/pmic.201700035. PMID 29691985.
  7. ^ a b Anderson DM, Anderson KM, Chang CL, Makarewich CA, Nelson BR, McAnally JR, Kasaragod P, Shelton JM, Liou J, Bassel-Duby R, Olson EN (February 2015). "A micropeptide encoded by a putative long noncoding RNA regulates muscle performance". Cell. 160 (4): 595–606. doi:10.1016/j.cell.2015.01.009. PMC 4356254. PMID 25640239.
  8. ^ a b Bi P, Ramirez-Martinez A, Li H, Cannavino J, McAnally JR, Shelton JM, Sánchez-Ortiz E, Bassel-Duby R, Olson EN (April 2017). "Control of muscle formation by the fusogenic micropeptide myomixer". Science. 356 (6335): 323–327. Bibcode:2017Sci...356..323B. doi:10.1126/science.aam9361. PMC 5502127. PMID 28386024.
  9. ^ a b Alix E, Blanc-Potard AB (February 2008). "Peptide-assisted degradation of the Salmonella MgtC virulence factor". The EMBO Journal. 27 (3): 546–57. doi:10.1038/sj.emboj.7601983. PMC 2241655. PMID 18200043.
  10. ^ a b Burkholder WF, Kurtser I, Grossman AD (January 2001). "Replication initiation proteins regulate a developmental checkpoint in Bacillus subtilis". Cell. 104 (2): 269–79. doi:10.1016/s0092-8674(01)00211-2. hdl:1721.1/83916. PMID 11207367. S2CID 15048130.
  11. ^ a b c d e Andrews SJ, Rothnagel JA (March 2014). "Emerging evidence for functional peptides encoded by short open reading frames". Nature Reviews. Genetics. 15 (3): 193–204. doi:10.1038/nrg3520. PMID 24514441. S2CID 22543778.
  12. ^ a b Bazzini AA, Johnstone TG, Christiano R, Mackowiak SD, Obermayer B, Fleming ES, Vejnar CE, Lee MT, Rajewsky N, Walther TC, Giraldez AJ (May 2014). "Identification of small ORFs in vertebrates using ribosome footprinting and evolutionary conservation". The EMBO Journal. 33 (9): 981–93. doi:10.1002/embj.201488411. PMC 4193932. PMID 24705786.
  13. ^ Ingolia NT, Brar GA, Stern-Ginossar N, Harris MS, Talhouarne GJ, Jackson SE, Wills MR, Weissman JS (September 2014). "Ribosome profiling reveals pervasive translation outside of annotated protein-coding genes". Cell Reports. 8 (5): 1365–79. doi:10.1016/j.celrep.2014.07.045. PMC 4216110. PMID 25159147.
  14. ^ Stern-Ginossar N, Ingolia NT (November 2015). "Ribosome Profiling as a Tool to Decipher Viral Complexity". Annual Review of Virology. 2 (1): 335–49. doi:10.1146/annurev-virology-100114-054854. PMID 26958919.
  15. ^ "sORFs.org: repository of small ORFs identified by ribosome profiling". sorfs.org. Retrieved 2018-12-14.
  16. ^ Olexiouk V, Crappé J, Verbruggen S, Verhegen K, Martens L, Menschaert G (January 2016). "sORFs.org: a repository of small ORFs identified by ribosome profiling". Nucleic Acids Research. 44 (D1): D324–9. doi:10.1093/nar/gkv1175. PMC 4702841. PMID 26527729.
  17. ^ "ARA-PEPs: A Repository of putative sORF-encoded peptides in Arabidopsis thaliana". www.biw.kuleuven.be. Retrieved 2018-12-14.
  18. ^ Hazarika RR, De Coninck B, Yamamoto LR, Martin LR, Cammue BP, van Noort V (January 2017). "ARA-PEPs: a repository of putative sORF-encoded peptides in Arabidopsis thaliana". BMC Bioinformatics. 18 (1): 37. doi:10.1186/s12859-016-1458-y. PMC 5240266. PMID 28095775.
  19. ^ "SmProt: a database of small proteins encoded by annotated coding and non-coding RNA loci". bioinfo.ibp.ac.cn. Retrieved 2018-12-14.
  20. ^ Hao Y, Zhang L, Niu Y, Cai T, Luo J, He S, Zhang B, Zhang D, Qin Y, Yang F, Chen R (July 2018). "SmProt: a database of small proteins encoded by annotated coding and non-coding RNA loci". Briefings in Bioinformatics. 19 (4): 636–643. doi:10.1093/bib/bbx005. PMID 28137767.
  21. ^ Hemm MR, Paul BJ, Schneider TD, Storz G, Rudd KE (December 2008). "Small membrane proteins found by comparative genomics and ribosome binding site models". Molecular Microbiology. 70 (6): 1487–501. doi:10.1111/j.1365-2958.2008.06495.x. PMC 2614699. PMID 19121005.
  22. ^ Wang R, Braughton KR, Kretschmer D, Bach TH, Queck SY, Li M, Kennedy AD, Dorward DW, Klebanoff SJ, Peschel A, DeLeo FR, Otto M (December 2007). "Identification of novel cytolytic peptides as key virulence determinants for community-associated MRSA". Nature Medicine. 13 (12): 1510–4. doi:10.1038/nm1656. PMID 17994102. S2CID 8465052.
  23. ^ Hemm MR, Paul BJ, Miranda-Ríos J, Zhang A, Soltanzad N, Storz G (January 2010). "Small stress response proteins in Escherichia coli: proteins missed by classical proteomic studies". Journal of Bacteriology. 192 (1): 46–58. doi:10.1128/jb.00872-09. PMC 2798279. PMID 19734316.
  24. ^ Casson SA, Chilley PM, Topping JF, Evans IM, Souter MA, Lindsey K (August 2002). "The POLARIS gene of Arabidopsis encodes a predicted peptide required for correct root growth and leaf vascular patterning". The Plant Cell. 14 (8): 1705–21. doi:10.1105/tpc.002618. PMC 151460. PMID 12172017.
  25. ^ Chilley PM, Casson SA, Tarkowski P, Hawkins N, Wang KL, Hussey PJ, Beale M, Ecker JR, Sandberg GK, Lindsey K (November 2006). "The POLARIS peptide of Arabidopsis regulates auxin transport and root growth via effects on ethylene signaling". The Plant Cell. 18 (11): 3058–72. doi:10.1105/tpc.106.040790. PMC 1693943. PMID 17138700.
  26. ^ Liu J, Mehdi S, Topping J, Friml J, Lindsey K (2013). "Interaction of PLS and PIN and hormonal crosstalk in Arabidopsis root development". Frontiers in Plant Science. 4: 75. doi:10.3389/fpls.2013.00075. PMC 3617403. PMID 23577016.
  27. ^ Narita NN, Moore S, Horiguchi G, Kubo M, Demura T, Fukuda H, Goodrich J, Tsukaya H (May 2004). "Overexpression of a novel small peptide ROTUNDIFOLIA4 decreases cell proliferation and alters leaf shape in Arabidopsis thaliana". The Plant Journal. 38 (4): 699–713. doi:10.1111/j.1365-313x.2004.02078.x. PMID 15125775.
  28. ^ Frank MJ, Smith LG (May 2002). "A small, novel protein highly conserved in plants and animals promotes the polarized growth and division of maize leaf epidermal cells". Current Biology. 12 (10): 849–53. doi:10.1016/s0960-9822(02)00819-9. PMID 12015123. S2CID 14725039.
  29. ^ Wang D, Li C, Zhao Q, Zhao L, Wang M, Zhu D, Ao G, Yu J (2009). "Zm401p10, encoded by an anther-specific gene with short open reading frames, is essential for tapetum degeneration and anther development in maize". Functional Plant Biology. 36 (1): 73–85. doi:10.1071/fp08154. PMID 32688629.
  30. ^ Dong X, Wang D, Liu P, Li C, Zhao Q, Zhu D, Yu J (May 2013). "Zm908p11, encoded by a short open reading frame (sORF) gene, functions in pollen tube growth as a profilin ligand in maize". Journal of Experimental Botany. 64 (8): 2359–72. doi:10.1093/jxb/ert093. PMC 3654424. PMID 23676884.
  31. ^ Kondo T, Plaza S, Zanet J, Benrabah E, Valenti P, Hashimoto Y, Kobayashi S, Payre F, Kageyama Y (July 2010). "Small peptides switch the transcriptional activity of Shavenbaby during Drosophila embryogenesis". Science. 329 (5989): 336–9. Bibcode:2010Sci...329..336K. doi:10.1126/science.1188158. PMID 20647469. S2CID 2927777.
  32. ^ a b c Chng SC, Ho L, Tian J, Reversade B (December 2013). "ELABELA: a hormone essential for heart development signals via the apelin receptor". Developmental Cell. 27 (6): 672–80. doi:10.1016/j.devcel.2013.11.002. PMID 24316148.
  33. ^ Pauli A, Norris ML, Valen E, Chew GL, Gagnon JA, Zimmerman S, Mitchell A, Ma J, Dubrulle J, Reyon D, Tsai SQ, Joung JK, Saghatelian A, Schier AF (February 2014). "Toddler: an embryonic signal that promotes cell movement via Apelin receptors". Science. 343 (6172): 1248636. doi:10.1126/science.1248636. PMC 4107353. PMID 24407481.
  34. ^ Deshwar, Ashish R; Chng, Serene C; Ho, Lena; Reversade, Bruno; Scott, Ian C (2016-04-14). Robertson, Elizabeth (ed.). "The Apelin receptor enhances Nodal/TGFβ signaling to ensure proper cardiac development". eLife. 5: e13758. doi:10.7554/eLife.13758. ISSN 2050-084X. PMC 4859801. PMID 27077952.
  35. ^ Scott, Ian C.; Masri, Bernard; D'Amico, Leonard A.; Jin, Suk-Won; Jungblut, Benno; Wehman, Ann M.; Baier, Herwig; Audigier, Yves; Stainier, Didier Y. R. (March 2007). "The g protein-coupled receptor agtrl1b regulates early development of myocardial progenitors". Developmental Cell. 12 (3): 403–413. doi:10.1016/j.devcel.2007.01.012. ISSN 1534-5807. PMID 17336906.
  36. ^ D'Lima NG, Ma J, Winkler L, Chu Q, Loh KH, Corpuz EO, Budnik BA, Lykke-Andersen J, Saghatelian A, Slavoff SA (February 2017). "A human microprotein that interacts with the mRNA decapping complex". Nature Chemical Biology. 13 (2): 174–180. doi:10.1038/nchembio.2249. PMC 5247292. PMID 27918561.
  37. ^ Ho, Lena; Tan, Shawn Y. X.; Wee, Sheena; Wu, Yixuan; Tan, Sam J. C.; Ramakrishna, Navin B.; Chng, Serene C.; Nama, Srikanth; Szczerbinska, Iwona; Sczerbinska, Iwona; Chan, Yun-Shen (2015-10-01). "ELABELA Is an Endogenous Growth Factor that Sustains hESC Self-Renewal via the PI3K/AKT Pathway". Cell Stem Cell. 17 (4): 435–447. doi:10.1016/j.stem.2015.08.010. ISSN 1875-9777. PMID 26387754.
  38. ^ Slavoff SA, Heo J, Budnik BA, Hanakahi LA, Saghatelian A (April 2014). "A human short open reading frame (sORF)-encoded polypeptide that stimulates DNA end joining". The Journal of Biological Chemistry. 289 (16): 10950–7. doi:10.1074/jbc.c113.533968. PMC 4036235. PMID 24610814.
  39. ^ Guo B, Zhai D, Cabezas E, Welsh K, Nouraini S, Satterthwait AC, Reed JC (May 2003). "Humanin peptide suppresses apoptosis by interfering with Bax activation". Nature. 423 (6938): 456–61. Bibcode:2003Natur.423..456G. doi:10.1038/nature01627. PMID 12732850. S2CID 4423176.
  40. ^ Matsumoto A, Pasut A, Matsumoto M, Yamashita R, Fung J, Monteleone E, Saghatelian A, Nakayama KI, Clohessy JG, Pandolfi PP (January 2017). "mTORC1 and muscle regeneration are regulated by the LINC00961-encoded SPAR polypeptide". Nature. 541 (7636): 228–232. Bibcode:2017Natur.541..228M. doi:10.1038/nature21034. PMID 28024296. S2CID 205253245.