데스 도메인 데이터베이스

Death Domain database
데스 도메인 데이터베이스
내용
설명.데스 도메인 슈퍼 패밀리를 위한 단백질-단백질 상호작용 데이터베이스.
연락처
작가들권동섭
1차 인용권&알. (2012년)[1]
출시일자2011
접근
웹사이트www.deathdomain.org

데스 도메인 데이터베이스는 데스 도메인 슈퍼 패밀리의 단백질-단백질 상호작용(PPI)의 보조 데이터베이스다.[1] 이 슈퍼패밀리의 구성원들은 세포사멸, 염증, 괴사, 면역세포 신호 전달의 핵심 플레이어들이다. 음의 사망영역 초가족 매개 신호 이벤트는 암, 신경퇴행성 질환, 면역 질환 등을 포함한 다양한 인간 질환을 유발한다. 사망영역 데이터베이스를 만드는 것은 사망영역 상호작용에 관련된 분자 메커니즘을 더 잘 이해할 수 있게 하는 동시에 단백질-단백질 상호작용 네트워크와 정보를 보여주는 상호작용 맵과 같은 도구에 쉽게 접근할 수 있게 해주기 때문에 생물의학 분야의 연구자들에게 특히 관심이 있다. 현재 사망 도메인을 독점적으로 조사하는 데이터베이스는 하나뿐이지만 이 슈퍼 패밀리에 대한 정보를 가진 다른 데이터베이스와 자원이 있다.[1] PubMed에 따르면,[2] 이 데이터베이스는 사망 영역과 그들의 PPI 요약에 대한 광범위하고 구체적인 정보 때문에 현재까지 7건의 동료 검토 기사에 의해 인용되었다.

데스 도메인 슈퍼 패밀리

진화적으로 보존된 데스 도메인 슈퍼 패밀리는 여러 단백질 상호작용 영역에 의해 형성된 데스폴드 모티브로 정의된다.[3] 이 영역은 "그리스어 키 접기"로 배열된 67개의 단단히 코일 처리된 알파-헬리크로 구성되어 있다.[1][3] 이 슈퍼 패밀리는 가장 크고 가장 많이 연구된 단백질-단백질 상호작용(PPI) 네트워크 중 하나로 여겨진다.

데스 도메인 하위 패밀리는 데스 이펙터 도메인([4]DED), 캐스파이스 모집 도메인(CARD),[5] 피린 도메인(PYD), 데스 도메인(DD) 등 4종류가 있다.[1][6] 이러한 하위 패밀리 영역은 순서와 구조의 유사성 때문에 함께 그룹화된다.[7] 그러나 유사하지만, 각 영역은 DED의 RxDL-모티프, 중단된 CARD의 첫 번째 나선형, PYD의 작은(또는 때로는 모호한) 세 번째 나선형, 그리고 DD의 더 노출되고 유연한 세 번째 나선형 등 고유한 구조적 특징을 가지고 있다.[1] 이 하위 가족의 구성원들은 동일한 유형의 하위 가족 도메인을 가진 균질 결합만을 형성한다. 예를 들어 DED는 DED, CARD-CARD, PYD-PYD 및 DD-DD와만 바인딩한다. 이러한 동형상 상호작용은 동일한 영역의 두 구성원(또는 더 많은 구성원을 가진 드문 경우)만 존재하며, 이들 도메인이 서로 이형상 상호작용을 가지고 있다는 것을 암시하는 증거는 없었다.[3]

데스 도메인 하위 가족

데스 이펙터 도메인(DED)

DED 도메인은 코다타 망울에 매우 보존되어 있으며, 에치노데르마타 망울과 바이러스의 더 작은 비율에서도 발견될 수 있다.[8] DED 함유 단백질은 카스파아제 단백질 상호작용을 통한 세포사멸 조절과 관련이 있으며 포유류에서 특히 많이 입증되었다.[3][9] DED 도메인은 다른 도메인과 상호작용하는 것으로 알려져 있으며 핵 지역화 시퀀스(DEDD), 트랜섬브레인 도메인(Bap31 및 Bar), 뉴클레오티드 바인딩 도메인(Dap3), SAM 도메인(Bar), 코일 도메인(Hip 및 Hipi), E2-binding RING 도메인(Bar)을 포함한다.[10]

CASPASE 채용 도메인(CARD)

CARD 영역은 주로 동물의 왕국에서 온 많은 코드에서 발견되며, 네마토다와 에치노데르마타 필라의 더 작은 백분율에서 발견된다.[11] CARD 도메인을 포함하는 단백질 모듈은 상호 작용하고 있는 캐스패스의 규제를 통해 세포사멸과 관련이 있으며, NF-카파B 신호 경로에 참여함으로써 염증 과정에서도 관련이 있다.[12]

피린 도메인(PYD)

PYD 영역은 Apoptosis와 INterferon response (DAPIN) 영역으로도 알려져 있으며, 일반적으로 척추동물과 바이러스성 단백질에서 발견되며, Apoptosis, 암, 염증에 관여한다.[13] 이 집단의 기능은 사망영역 슈퍼패밀리의 4인방 중에서 가장 이해도가 낮다.[3]

데스 도메인(DD)

이 영역은 주로 동물 왕국, 특히 포유류들 사이에서 주로 발견되는데, 그들은 죽음의 영역을 포함하는 다양한 종류의 PPI를 가지고 있다.[7] SMART의 비중복 데이터베이스에 따르면 포유류는 알려진 DD-돔의 약 61%를 가지고 있다.[14] DD 함유 단백질은 CARD 영역과 유사하게 사멸 및 염증과 관련이 있다. 또한 선천적인 면역성과도 연관되어 있다.[15] DD는 Ankyrin repeat, caspase 유사 접힘, kinase 도메인, leucine 지퍼, leucine-rich repeat(LRR), TIR 도메인 및 ZU5 도메인을 포함한 다른 유형의 도메인에서도 찾을 수 있다.[7]

개요

아마존닷컴은 처음에 권씨 외 연구진(2012년)이 죽음의 영역인 슈퍼 패밀리의 매개 신호 경로에 대한 추가 연구를 자극하기 위해 만들었다. 그들의 데이터베이스는 수동으로 큐레이션되며, 사망영역 슈퍼 패밀리와 그것의 단백질-단백질 상호작용에 대한 상세한 정보를 제공하는 것에 초점을 맞추고 있다. 권 교수팀은 PPI 모듈과 관련 사망영역에 초점을 맞춘 동료 검토 연구 295건을 연구, 편집 및 큐레이션하는 것으로 시작했다. 데이터베이스는 이제 사용자에게 311개의 동료 검토 연구의 정보를 제공하는데, 이는 원래 출판물보다 약간 늘어난 것이다.[1]

이 데이터베이스는 다음을 제공한다.

  • 사망영역 슈퍼 패밀리 단백질 및 관련 PPI 데이터의 포괄적인 요약
  • 문헌, 도메인 구조 및 실험 자료에서 관련 분석 방법에 대한 정보
  • 데스 도메인 슈퍼 패밀리에 의해 매개되는 신호 네트워크에 대한 학습 및 연구를 용이하게 하는 특징 및 도구(검색 엔진, 상호 작용 맵 및 정보를 다른 데이터베이스와 비교하기 위한 링크)

데이터베이스 구성

PubMed 데이터베이스는[2] DeathDomain.org 데이터베이스의 데이터 수집에 사용된 기본 소스였다. 이 사이트의 저자들은 UniProtKB와[16] Entrez Gene에서 99개의 사망영역 슈퍼패밀리 단백질에 대한 동의어를 찾는 것으로 시작했다.[17] 단백질 이름과 함께, 동의어는 PudMed 데이터베이스에서 다른 단백질과의 물리적인 결합에 관여하는 죽음의 영역 단백질을 검색하는 데 사용되었다. DIP,[18] IntAct,[19] MINT[20] 및 STRING[21] 데이터베이스에서 추가 검색을 수행하여 모든 관련 기사가 연구에 포함되었는지 확인하였다. 저자들은 99개의 DD 슈퍼 패밀리 단백질 중 175개의 PPI 쌍을 논의한 295개의 동료 검토 기사를 찾아 수동으로 큐레이팅할 수 있었다. 이 수치는 최초 발행 이후 99개의 DD 슈퍼 패밀리 단백질 중 181개의 PPI 쌍을 논하는 311개의 동료 검토 논문으로 증가했다.[1]

문헌의 데이터를 큐레이션하기 위해, 저자들은 분석 방법, 실험 결과, 자원, 명명법에 초점을 맞추기로 선택했다. 논문에 데이터가 충분하지 않은 경우 사용자는 이 절에서 "지정되지 않음"을 볼 수 있다.[1]

특징들

DD 수퍼 패밀리 및 PPI 요약

관심 있는 죽음의 영역을 선택하고 이 영역을 포함하는 단백질을 선택하기 위해 하위 탭을 사용하여 이 기능에 액세스할 수 있다. 사용자가 매우 상세하게 볼 수 있는 풍부한 정보("상세히" 탭) 또는 보다 상세하게 볼 수 있는 상단(각각 그림 1D 및 1C)으로 이동한다. 데이터는 더 나아가 상호작용, 특성화, 기능적 역할의 세 범주로 나뉜다. 이 범주들은 유사한 연구에 사용되었기 때문에 선택되었다.[22] 대부분의 경우 각 PPI에 대해 PubMed ID를 클릭하거나 제목, 추상, 작성자, 기사에 언급된 상호 작용, 출판물에 대한 링크 등 세부 정보를 제공함으로써 사용자는 PubMed ID에 대해 더 많이 배울 수 있다.[23]

다른 하위 표제 탭은 단백질의 전체 이름, 대체 이름, 기능, 그리고 데스 도메인 하위 가족 및 경계 영역을 포함한 단백질 정보에 대한 액세스를 제공한다. 후자는 사용자가 embl, genbank 또는 fasta 형식으로 UniProtKB/Swiss-Prot 및 UniProtKB/TrEMBL 데이터베이스에서 아미노산 시퀀스와 도메인 경계를 쉽게 얻을 수 있도록 한다.[16] 외부 데이터베이스 링크를 클릭하면 사용자는 다른 종에서 발견되는 도메인 함유 단백질에 대한 이 정보를 얻을 수 있다. 또한 적절한 식별자 번호를 클릭하여 유사한 데이터베이스(Uniprot, DIP, STRING, KEGG, IntAct 및 MINT)에 대한 추가 정보에 액세스할 수 있다. 마지막 두 탭은 사용자에게 "3-D 구조" 탭 아래의 다운로드 가능한 3-D 구조 영상과 "질병" 탭(그림 1E)에 따른 자연 돌연변이 및 관련 질병을 제공한다.[23]

통계

통계 페이지는 데이터베이스에서 사용되는 출판물 목록(출판 연도로 구분)으로 구성되며 하이퍼링크를 통해 접속할 수 있다. 또한 이 페이지는 도메인당 PPI 수 표의 요약을 제시하며 PPI 요약 페이지와 하이퍼링크되기도 한다. 또 다른 표의 특징은 데스 도메인 데이터베이스에서 발견된 DD 슈퍼 패밀리 매개 PPI 쌍을 다른 PPI 데이터베이스와 비교한 것이다. 이 페이지는 사용자들에게 그들의 데이터베이스가 Deathbase.org보다 더 많은 PPI 쌍을 가지고 있고 IntAct 및 Mint와 같은 숫자를 가지고 있음을 보여준다.[24]

기타 자원

데이터베이스 이름 데이터베이스 유형 특징들 데이터베이스의 유기체
데스베이스[25] 세포사멸에 관련된 단백질 데이터베이스 -사멸/다른 형태의 세포사멸에 관여하는 단백질의 기능, 구조, 진화에 관한 데이터

-수동으로 정리된 데이터

-종, 단백질, 경로, 패밀리, 도메인명을 기반으로 한 손쉬운 검색

인간

마우스

제브라피쉬

날다

웜

IntAct 분자 상호작용 데이터베이스 -오픈 소스 데이터베이스 시스템, 분자 상호작용 데이터 분석 도구 포함

-수동으로 큐레이션된 데이터(EMBL-EBI)

-종합 검색 옵션: Gene, 단백질, RNA, 화학 이름, UniProtKB, CheBI AC, UniProtKB ID, RNACentral ID, PMID, IMEx ID

세포 유기체

바이러스

다른 많은 것

민트[20] 분자 상호작용 데이터베이스 -실험적으로 검증된 단백질-단백질 상호작용 데이터

-수동으로 정리된 데이터

-간편한 검색 옵션: 종, 단백질, 유전자명, 유니프로트 단백질접속번호, PubMed id/D.O.I

인간

효모

프루트 플라이

웜

끈[21] 단백질-단백질 상호작용 네트워크 데이터베이스 -알려지고 예측된 단백질-단백질 상호작용에 대한 데이터:직접(물리적) 및 간접(기능적) 연관성

-수동으로 정리된 데이터

-간편한 검색 옵션: 종, 단백질 이름 및 식별자

2031년 전체 유기체
딥[18] 단백질-단백질 상호작용 네트워크 데이터베이스 -단백질 간 실험적으로 결정된 상호작용에 관한 데이터

-수동으로 정리된 데이터

-단백질, 시퀀스, 모티브, 기사, IMEx, pathBLAST 등 손쉬운 검색 옵션

인간

효모

프루트 플라이

다른 많은 것

참조

  1. ^ a b c d e f g h i Kwon, Dongseop; Yoon Jong Hwan; Shin Soo-Yong; Jang Tae-Ho; Kim Hong-Gee; So Insuk; Jeon Ju-Hong; Park Hyun Ho (Jan 2012). "A comprehensive manually curated protein-protein interaction database for the Death Domain superfamily". Nucleic Acids Research. 40 (D1): D331–D336. doi:10.1093/nar/gkr1149. PMC 3245059. PMID 22135292.
  2. ^ a b Sayers, EW; Barrett, T; Benson, DA; Bolton, E; Bryant, SH; Canese, K; Chetvernin, V; Church, DM; Dicuccio, M; Federhen, S; et al. (2011). "Database resources of the National Center for Biotechnology Information". Nucleic Acids Res. 39 (Database issue): D38–D51. doi:10.1093/nar/gkq1172. PMC 3013733. PMID 21097890.
  3. ^ a b c d e Lahm, A; Paradiso, A; Green, D. R.; Melino, G (2003). "Death fold domain interaction in apoptosis". Cell Death and Differentiation. 10 (1): 10–12. doi:10.1038/sj.cdd.4401203. ISSN 1350-9047. PMID 12655289. S2CID 32593733.
  4. ^ Chinnaiyan, AM; O'Rourke, K; Tewari, M; Dixit, VM (1995). "FADD, a novel death domain-containing protein, interacts with the death domain of fas and initiates apoptosis". Cell. 81 (4): 505–512. doi:10.1016/0092-8674(95)90071-3. PMID 7538907. S2CID 16906755.
  5. ^ Hofmann, K; Bucher, P; Tschopp, J (1997). "The CARD domain: A new apoptotic signalling motif". Trends in Biochemical Sciences. 22 (5): 155–156. doi:10.1016/S0968-0004(97)01043-8. ISSN 0968-0004. PMID 9175472.
  6. ^ Tartaglia, LA; Ayres, TM; Wong, GHW; Goeddel, DV (1993), "A novel domain within the 55 kd TNF receptor signals cell death", Cell, 74 (5): 845–53, doi:10.1016/0092-8674(93)90464-2, PMID 8397073, S2CID 38732043
  7. ^ a b c Death domain (IPR000488), retrieved 3 November 2016
  8. ^ Thomas, L; Henson, A; Reed, JC; Salsbury, FR; Thorburn, A (2004). "Direct binding of Fas-associated death domain (FADD) to the tumor necrosis factor-related apoptosis-inducing ligand receptor DR5 is regulated by the death effector domain of FADD". The Journal of Biological Chemistry. 279 (31): 32780–5. doi:10.1074/jbc.M401680200. PMID 15173180.
  9. ^ DED: Death effector domain, retrieved 3 November 2016
  10. ^ Reed, JC; Doctor, KS; Godsik, A (2004). "The domains of apoptosis: A genomics perspective". Science's STKE. 2004 (239): re9. doi:10.1126/stke.2392004re9. PMID 15226512. S2CID 40047696.
  11. ^ CARD: Caspase recruitment domain, retrieved 3 November 2016
  12. ^ Bouchier-Hayes, L; Martin, SJ (2002). "CARD games in apoptosis and immunity". EMBO Reports. 3 (7): 616–621. doi:10.1093/embo-reports/kvf139. PMC 1084193. PMID 12101092.
  13. ^ Staub, E.; Dahl, E; Rosenthal, A (2001). "The DAPIN family: A novel domain links apoptotic and interferon response proteins". Trends in Biochemical Sciences. 26 (2): 83–85. doi:10.1016/S0968-0004(00)01717-5. PMID 11166557.
  14. ^ DEATH: DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis)., retrieved 3 November 2016
  15. ^ O'Neill, LA; Dunne, A; Edjeback, M; Gray, P; Jefferies, C; Wietek, C (2003), "Mal and MyD88: Adapter proteins involved in signal transduction by toll-like receptors", Journal of Endotoxin Research, 9 (1): 55–59, doi:10.1177/09680519030090010701, ISSN 0968-0519, PMID 12691620
  16. ^ a b The UniProt Consortium (2010). "The Universal Protein Resource (UniProt) in 2010". Nucleic Acids Res. 38 (Database issue): D142–D148. doi:10.1093/nar/gkp846. PMC 2808944. PMID 19843607.
  17. ^ Maglott, D; Ostell, J; Pruitt, KD; Tatusova, T (2011). "Entrez Gene: gene-centered information at NCBI". Nucleic Acids Res. 39 (Database issue): D52–D57. doi:10.1093/nar/gkq1237. PMC 3013746. PMID 21115458.
  18. ^ a b Salwinski, L; Miller, CL; Smith, AJ; Pettit, FK; Bowie, JU; Eisenberg, D (2004). "The Database of Interacting Proteins: 2004 update". Nucleic Acids Res. 32 (90001): D449–D451. doi:10.1093/nar/gkh086. PMC 308820. PMID 14681454.
  19. ^ Aranda, B; Achuthan, P; Alam-Faruque, Y; Armean, I; Bridge, A; Derow, C; Feuermann, M; Ghanbarian, AT; Kerrien, S; Khadake, J; et al. (2010). "The IntAct molecular interaction database in 2010". Nucleic Acids Res. 38 (Database issue): D525–D531. doi:10.1093/nar/gkp878. PMC 2808934. PMID 19850723.
  20. ^ a b Ceol, A; Chatr Aryamontri, A; Licata, L; Peluso, D; Briquanti, L; Perfetto, L; Castagnoli, L; Cesareni, G (2010). "MINT, the molecular interaction database: 2009 update". Nucleic Acids Res. 38 (Database issue): D532–D539. doi:10.1093/nar/gkp983. PMC 2808973. PMID 19897547.
  21. ^ a b Szklarcyk, D; Francheschini, A; Kuhn, M; Simonovic, M; Roth, A; Minquez, P; Doerks, T; Stark, M; Muller, J; Bork, P; et al. (2011). "The STRING database in 2011: functional interaction networks of proteins, globally integrated and scored". Nucleic Acids Res. 39 (Database issue): D561–D568. doi:10.1093/nar/gkq973. PMC 3013807. PMID 21045058.
  22. ^ Xenarios, I; Eisenberg, D (2001). "Protein interaction databases" (PDF). Curr. Opin. Biotechnol. 12 (4): 334–339. doi:10.1016/s0958-1669(00)00224-x. PMID 11551460.
  23. ^ a b "Detailed Information on The Death Domain Superfamily and PPIs". Deathdomain. Retrieved 3 November 2016.
  24. ^ "Statistics". Deathdomain. Retrieved 3 November 2016.
  25. ^ "Deathbase.org". Deathbase. Retrieved 1 December 2016.

외부 링크