고고 전사 인자 B

Archaeal transcription factor B
전사 인자 II B
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전사 인자 II B(위; 무지개색, N-terminus = 파란색, C-terminus = 빨간색)의 결정학적 구조로 이중 좌초 DNA(아래)가 복잡하다.
식별자
유기체피로코쿠스 보이시
기호tfb
PDB1d3u
유니프로트P61999

고고전사 인자 B(ATFB 또는 TFB)는 아고카 영역에 속하는 유기체에서 RNA 전사의 시작을 안내하는 외전사 인자의 단백질 계열이다.[1]그것은 진핵 TFIIB와 동음이의어이고, 더 멀리, 박테리아 시그마 인자에 해당한다.[2]이러한 단백질과 마찬가지로 전사 전초 복합체를 형성하는 데 관여한다.[3]그것의 구조는 DNA와 다른 전사 인자와 상호작용하는 보존된 몇몇 모티브를 포함하며, 특히 고고학에서 전사를 수행하는 RNA 중합효소의 단일 유형을 포함한다.[1]

역사

박테리아와 eukaryotes에서 단백질 TFIIB와 시그마 인자는 전사의 시작에 관여하며, 여기서 초기화 복합체 형성과 특정 RNA 중합효소-DNA 결합을 용이하게 한다.이 두 단백질에 대한 고고학적 대응물은 TFB로 1992년 피로코쿠스 워세이 종에서 처음 확인됐다.[4][5]그 이후로, 연구에 따르면, 일부 종들은 그들의 게놈에 여러 개의 이소 형태를 가지고 있을 수 있지만, 고대의 종들은 기능하기 위해 최소한 하나의 TFB를 포함해야 한다고 한다.[6]

구조

TFB는 길이 280~300개의 아미노산, 질량 34kDa 정도의 단일 폴리펩타이드로,[3] RNAP(Remolyase)의 모집에 필요한 전사를 시작하며, 구체적인 메커니즘은 알 수 없지만 전사에 앞서 일어나는 변화 과정에서 전사 복합체의 구조에 영향을 미칠 수도 있다.TFB의 구조는 보존된 시퀀스와 복잡한 구조를 가진 아미노-단자 영역(TFBN)으로 구성되며, 더 큰 구상 카복실-단자 영역(TFBC)과 연결된다.[1]N-단자영역은 RNAP 상호작용을 중재하는 반면, C-단자영역은 TATA 박스와 TBP로 구성된 복합체와의 상호작용을 중재하는데, 이는 변환 시작과 관련된 DNA 서열과 폴리펩타이드다.[7]TFB의 시퀀스 보존의 정도는 고고학 전체에 걸쳐 50%에서 60%까지 [3]다양하다.진핵 등가물과 관련하여, TFB는 "높은 수준의 구조적, 기능적 보존"[1]을 보여준다.TBP와 TATA 박스의 업스트림 시퀀스 사이의 상호작용은 전사 극성을 지배하며, "고고고적 사전 개시 콤플렉스를 확보한다"고 하며, 대상 유전자를 전사해야 하는 방향으로 콤플렉스의 방향을 정한다.TBP는 진핵 TFIIB에 비해 반전된 방향을 보여준다.[8]

TFB는N 단백질의 약 3분의 1을 차지하며 B 손가락 모티브(TFIIB B 손가락에 동음이의어)와 아연 손가락 모티브를 모두 포함하고 있으며,[9] 후자는 아미노산 2-34에 위치한다.[10]N-단자 영역 크기는 길이가 100에서 120까지 다양하다.[3]교차 링크 실험은 이 도메인이 전사 시작 사이트 가까이에 위치해 있다는 것을 보여주었다.아연 손가락은 RNAP 도크 영역과 상호작용하며, B 손가락은 RNAP-프로모터 상호작용에 영향을 줄 수 있다.TFB는C TATA 결합 단백질(TBP), TATA 박스의 업스트림 TFB-인식 요소(BRE) 및 TATA 다운스트림 DNA 시퀀스와 상호작용하는 모티브를 포함한다.[1]그것의 크기는 약 180개의 아미노산인데, 이것은 90-아미노산 염기서열의 두 번의 반복으로 이루어져 있다.C-단자 영역은 특히 초기 복합체의 방향에 영향을 미칠 수 있다.[3]TFB는N RNAP를, TFB는C TBP-TATA 단지를 묶기 때문에 TBP는 둘을 연결한다.[7]

메커니즘

TFB는 TATA 박스를 인식한 후 전사가 시작될 수 있도록 DNA를 벤딩한 후 TBP에 의해 모집된다.TFB는 TBP-DNA 복합체를 안정화시켜 단백질이 RNA 중합효소를 모집하고 아직 알려지지 않은 메커니즘을 통해 DNA를 녹일 수 있도록 한다.이 DNA의 개방은 고고학에서 에너지에 의존하는 과정이 아니다; TFB, TBP, RNAP는 유카리아보다 서로 더 가깝게 위치하기 때문에, 단백질과 그들의 상호작용이 DNA를 열기 위한 접촉의 더 많은 영역을 제공할 수 있을 뿐만 아니라 물리적으로 DNA를 변형시킬 수 있기 때문에 개방된 전사 콤플렉스로 이어진다.[6]

TFB는 아연 이온(Zn2+)을 공동 인자로서 사용하며, 서브 유닛당 1개의 이온을 수용한다.[10]

참조

  1. ^ a b c d e Micorescu M, Grünberg S, Franke A, Cramer P, Thomm M, Bartlett M (January 2008). "Archaeal transcription: function of an alternative transcription factor B from Pyrococcus furiosus". Journal of Bacteriology. 190 (1): 157–67. doi:10.1128/JB.01498-07. PMC 2223750. PMID 17965161.
  2. ^ Burton SP, Burton ZF (6 November 2014). "The σ enigma: bacterial σ factors, archaeal TFB and eukaryotic TFIIB are homologs". Transcription. 5 (4): e967599. doi:10.4161/21541264.2014.967599. PMC 4581349. PMID 25483602.
  3. ^ a b c d e Soppa J (March 1999). "Transcription initiation in Archaea: facts, factors and future aspects". Molecular Microbiology. 31 (5): 1295–305. doi:10.1046/j.1365-2958.1999.01273.x. PMID 10200952.
  4. ^ Kyrpides NC, Ouzounis CA (July 1999). "Transcription in archaea". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 96 (15): 8545–50. Bibcode:1999PNAS...96.8545K. doi:10.1073/pnas.96.15.8545. PMC 17553. PMID 10411912.
  5. ^ Ouzounis C, Sander C (October 1992). "TFIIB, an evolutionary link between the transcription machineries of archaebacteria and eukaryotes". Cell. 71 (2): 189–90. doi:10.1016/0092-8674(92)90347-F. PMID 1423586. S2CID 11141214.
  6. ^ a b Gehring AM, Walker JE, Santangelo TJ (July 2016). "Transcription Regulation in Archaea". Journal of Bacteriology. 198 (14): 1906–1917. doi:10.1128/JB.00255-16. PMC 4936096. PMID 27137495.
  7. ^ a b Renfrow MB, Naryshkin N, Lewis LM, Chen HT, Ebright RH, Scott RA (January 2004). "Transcription factor B contacts promoter DNA near the transcription start site of the archaeal transcription initiation complex". The Journal of Biological Chemistry. 279 (4): 2825–31. doi:10.1074/jbc.M311433200. PMID 14597623.
  8. ^ Bell SD, Kosa PL, Sigler PB, Jackson SP (November 1999). "Orientation of the transcription preinitiation complex in archaea". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 96 (24): 13662–7. Bibcode:1999PNAS...9613662B. doi:10.1073/pnas.96.24.13662. PMC 24121. PMID 10570129.
  9. ^ Paytubi S, White MF (June 2009). "The crenarchaeal DNA damage-inducible transcription factor B paralogue TFB3 is a general activator of transcription". Molecular Microbiology. 72 (6): 1487–99. doi:10.1111/j.1365-2958.2009.06737.x. PMID 19460096. S2CID 37733296.
  10. ^ a b "tfb - Transcription initiation factor IIB - Pyrococcus woesei - tfb gene & protein". www.uniprot.org. Retrieved 2018-07-15.