ZGRF1

ZGRF1
ZGRF1
식별자
에일리어스ZGRF1, C4orf21, 아연 핑거 GRF형 1 함유
외부 IDMGI: 1918893 HomoloGene: 34708 GenCard: ZGRF1
맞춤법
종.인간마우스
엔트레즈

55345

71643

앙상블

ENSG00000138658

ENSMUSG000051278

유니프로트

Q86YA3

Q0VGT4

RefSeq(mRNA)

NM_001099776
NM_018392
NM_138698
NM_001350397

NM_197997

RefSeq(단백질)

NP_060862
NP_001337326

NP_932114

장소(UCSC)Chr 4: 112.54 ~112.64 MbChr 3: 127.35 ~127.41 Mb
PubMed 검색[3][4]
위키데이터
인간 보기/편집마우스 표시/편집

ZGRF1은 236.6kDa의 [5]무게를 가진 ZGRF1 유전자에 의해 암호화되는 인간의 단백질이다.ZGRF1 유전자 생성물은 세포핵에 국소화되어 상동 [6]재조합을 자극함으로써 DNA 복구를 촉진한다.이 유전자는 대부분의 인체 조직에서 상대적으로 낮은 발현을 보이며, 화학적 의존 상황에서 발현을 증가시킨다.ZGRF1은 진핵의 거의 모든 왕국에 직교한다.이 단백질의 기능 도메인은 일련의 헬리케이스, 특히 AAA_12 및 AAA_11 도메인과 연결된다.

진

전체 유전자는 97,663쌍의 염기쌍이며 6,740개의 뉴클레오티드의 미처리 mRNA를 가지고 있다.그것은 2104개의 아미노산 단백질을 코드하는 28개의 엑손으로 구성되어 있다.C4orf21에는 12개의 스플라이스 베리에이션이 존재합니다.

4번 염색체의 긴 팔에서 c4orf21 유전자의 인간 염색체 위치

궤적

ZGRF1은 LARP7 유전자 근처의 4q25 위치에 있는 네 번째 염색체에 위치합니다.마이너스 스트랜드로 부호화되어 있습니다.

호몰로지와 진화

상동 도메인

ZGRF1에는 DUF2439 도메인(미지의 기능의 도메인), zf-GRF 도메인 및 AAA_11 및 AAA_12 도메인(다양한 셀룰러 액티비티와 관련된 ATP)이 포함됩니다.DUF 도메인은 텔로미어 유지와 감수분리에 관여한다.AAA_11 및 AAA_12는 켤레 전달 단백질에 관여하는 P루프 모티브를 포함한다.다른 헬리케이스 도메인도 c4orf21 오르솔로그에 존재한다.

패럴로그

인간에는 1612번째 아미노산 이후 c4orf21의 C 말단에 도메인을 포함하는 ATP 의존성 헬리케이스와 평행한 9개의 중간 관련 단백질이 있다.이러한 단백질의 대부분은 RNA 헬리케이스 계열에 있다.단백질의 큰 N 말단 부분에 대한 알려진 마비 상태는 없다.

패럴로그에서 헬리케이스 도메인의 배열 동일성
평행단백질 단백질명 아미노산 동일성 아미노산 유사성
UPF1 난센스성적조절제1 32% 51%
IGHMBP2 면역글로불린헬리카제μ결합단백질2 30% 47%
MOV10 몰로니 백혈병 바이러스 10 30% 47%
설정 세나탁신 29% 43%
ZNFX1 아연 핑거, NFX1 타입 (1개 포함) 28% 47%
DNA2 DNA복제 ATP의존성 헬리케이스/뉴클레아제 26% 44%
PPARG 페르옥시좀증식인자활성수용체 감마 26% 43%
헬즈 아연핑거 도메인을 가진 헬리케이스 25% 42%
AQR 인트론결합단백질 물병자리 24% 48%
c4orf21의 일부를 포함하는 헬리케이스 도메인과 평행한 단백질의 뿌리 없는 계통수

맞춤법

c4orf21 유전자의 완전한 직교형은 유방조영증에서 발견됩니다.유전자의 C 말단 부분을 포함하는 헬리케이스 도메인은 진핵을 가로질러 보존된다.

단백질

프라이머리 시퀀스

ZGRF1은 236.6kDa입니다

c4orf21 아미노산 조성물

번역 후 수정

ZGRF1은 Y38, S137, S140, S325 및 S864 위치에서 실험적으로 인산화 부위를 결정했다.

c4orf21에서 실험적으로 결정된 번역 후 수정 부위

이차 구조

헬리케이스 코어보다 먼저 단백질의 C 말단에 하나의 루프를 가진 TMHM 서버에서 약한 막 통과 도메인이 예측된다.이 도메인은 막 바깥의 양끝을 포함합니다.

3차 도메인 및 4차 구조

ZGRF1에는 패럴로그인 Upf1과 관련된 구조가 있습니다.이러한 구조는 아연 이온과 mRNA를 결합하는 능력을 가지고 있다.

UPF1 모델에 근거한 C4ORF21의 구조.N 종점에서 C 종점까지의 무지개 색상의 이미지.이 구조는 두 개의 인간 넌센스 매개 붕괴 인자, upf1과 upf2, 오르토롬 형태 사이의 복합체의 결정 구조에 기초한다.

기능 및 생화학

ZGRF1은 상동 [6]재조합에 의한 DNA 수복을 자극하여 게놈 안정성을 촉진하는 5' 대 3' DNA 헬리케이스이다.구체적으로는 ZGRF1은 미토마이신C 및 캠토테신 등의 약물에 의해 유도되는 복제차단 DNA 병변의 복구를 용이하게 한다.기계적으로 ZGRF1은 RAD51 재조합효소와 물리적으로 상호작용하여 RAD51-RAD54에 의해 가닥 교환을 자극한다.

ZGRF1은 DUF2439 도메인에서 재조합 DNA 수복에서 유사한 역할을 하는 사카로미세스[7][8][9] 세레비시아 Mte1 및 조현당류 폼브 Dbl2와 [10][11]호몰로지를 공유한다.

ZGRF1 유전자의 헬리케이스 코어에 대한 인간 패러로그는 번역, 전사, 난센스 매개 mRNA 붕괴, RNA 붕괴, miRNA 처리, RISC 어셈블리 및 사전 mRNA 스플라이싱과 [12]관련이 있다.이러한 패럴로그는 SPF1 RNA 헬리케이스 [13]모티브에서 작동합니다.

RNA 유도 사일런싱 복합체(RISC)에 의한 RNA 매개 유전자 사일런싱에는 패럴로그 및 개연성 RNA 헬리케이스인 Mov10이 필요하다.또한 RISC에 의한 miRNA 매개 번역 억제 및 miRNA 매개 상보적 mRNA 분할 및 인간 간염 델타 바이러스(HDV)의 RNA 유도 전사 및 복제에도 필요하다.Mov10은 RNA 의존성 HDV RNA 전사의 시작 부위를 표시하는 게놈 헤어핀 구조에서 파생된 작은 캡 HDV RNA와 상호작용합니다.

표현

c4orf21은 다른 단백질에 비해 발현이 상대적으로 낮다.c4orf21의 발현은 조혈계 및 림프계 조직에서의 평균발현에 비해 약간 높아져 뇌에서도 평균 이상이다.간, 인두, 피부 조직에 [14]더 낮은 평균이 존재합니다.

전사인자 상호작용

ZGRF1의 문자 변환 시작 사이트는 ATF, CREB, deltaCREB, E2F 및 E2F-1 문자 변환 팩터바인딩 사이트에 가장 적합합니다.

상호작용단백질

C4orf21은 AQR,[15] DNA2, IGHMBP2, LOC91431, SETX 패럴로그와의 예측 단백질 상호작용을 보여준다.

임상적 의의

다양한 GEO 프로파일을 조사한 결과 간염 및 기타 간 질환과 관련된 것이 많았다.최고의 상관관계 연구는 간 이식 [16][17]실패와 관련된 것이었다.ZGRF1은 비흡연자 [17][18]대조군에 비해 니코틴 의존자에서 유의하게 발현을 증가시켰다.

ZGRF1의 패럴로그는 다단계에서 HIV-1 복제를 억제하는 것으로 밝혀졌다.Mov10은 RNA 매개 유전자 소음, 전사, 전사 조절의 생물학적 과정에 관여하며 ATP 및 RNA 결합을 [19]통한 가수분해효소 및 헬리케이스 활성을 가지고 있다.

레퍼런스

  1. ^ a b c GRCh38: 앙상블 릴리즈 89: ENSG00000138658 - 앙상블, 2017년 5월
  2. ^ a b c GRCm38: 앙상블 릴리즈 89: ENSMUSG000051278 - 앙상블, 2017년 5월
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ "Entrez Gene: Chromosome 4 open reading frame 21".
  6. ^ a b Brannvoll A, Xue X, Kwon Y, Kompocholi S, Simonsen AK, Viswalingam KS, et al. (July 2020). "The ZGRF1 Helicase Promotes Recombinational Repair of Replication-Blocking DNA Damage in Human Cells". Cell Reports. 32 (1): 107849. doi:10.1016/j.celrep.2020.107849. PMC 7473174. PMID 32640219.
  7. ^ Silva S, Altmannova V, Luke-Glaser S, Henriksen P, Gallina I, Yang X, et al. (March 2016). "Mte1 interacts with Mph1 and promotes crossover recombination and telomere maintenance". Genes & Development. 30 (6): 700–17. doi:10.1101/gad.276204.115. PMC 4803055. PMID 26966248.
  8. ^ Xue X, Papusha A, Choi K, Bonner JN, Kumar S, Niu H, et al. (March 2016). "Differential regulation of the anti-crossover and replication fork regression activities of Mph1 by Mte1". Genes & Development. 30 (6): 687–99. doi:10.1101/gad.276139.115. PMC 4803054. PMID 26966246.
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  15. ^ Anon. "Predicted protein interactions between paralogs and c4orf21". C4orf21 Gene - GeneCards. Retrieved 16 May 2013.
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외부 링크

추가 정보