숀 에킨스

Sean Ekins
Sean Ekins, CEO of Collaborations Pharmaceuticals
2020년 션 에킨스
숀 에킨스
태어난
클리트호프스, 잉글랜드
국적.영국, 미국
모교애버딘 대학교
노팅엄 트렌트 대학교
로 알려져 있다ADME/Tox 모델
약초
제약 R&D
과학 경력
필드약리학
화학 정보학
과학적 협업
동물 실험의 대안
기관화학 분야에서의 콜라보레이션
박사 어드바이저가브리엘 M. 호크스워스와 M. 대니 버크

Shean Ekins는 영국의 약리학자이며 ADME/Tox, 컴퓨터 독성학 및 화학정보학 분야의 전문가입니다.Collaborations in Chemistics는 Collaborations in Communications의 부문입니다.그는 또한 4권의 책과 John Wiley & Sons의 책 시리즈의 편집자이기도 하다.

전기

Sean Ekins는 약품 발견에 있어 23년 이상의 폭넓은 경험을 가진 과학계의 리더입니다.그는 1970년 3월 2일 영국 클리토프스에서 존 에킨스와 엘시 메이 에킨스의 아들로 태어났다.그는 그림스비에서 자랐다.Ekins는 Edward Street 초등학교와 중학교에 이어 Hablock School을 다녔다.그 후 Ekins는 노팅엄 트렌트 대학교(이전의 폴리테크닉, 1988-1991)에서 HND 과학 응용 생물학을 취득하고 1991년 영국 풀머에 있는 제약 회사 Servier에서 샌드위치 년(1989-1990)을 졸업했으며, 그곳에서 약물 발견에 대한 관심이 확립되었습니다.Ekins 다음 임상 약리학(1991–1992)의 애버딘 대학교에서 논문"시토 크롬 P450과 플라빈의 상대적인 역할에 국내 S12363의 신진대사를 모노 산소 첨가 효소가 들어 있는"[1]그는 임상 약학에, 애버딘 대학의 1996년, Servier,가 후원 박사 학위를 받을 자격이 그의 이학 석사를 받았다. 한d는 "정밀 절단된 간 슬라이스에서 이생생물 대사의 유지 및 저온 보존"이라는 제목의 논문을 썼다.격리된 간세포에 대한 대체 시험관내 모델의 평가.박사 과정 동안 그는 동물 모델을 사용하는 대안으로 약물과 약물의 상호작용을 계산적으로 예측하는 데 관심을 가졌다.

1996년부터 1998년까지 Ekins는 거의 알려지지 않은 CYP2B6를 특징짓는 Eli Lilly and Company 연구소에서 포스트닥으로 연구를 계속했고 이 효소에 계산 방법을 적용했습니다.그는 다른 P450에 대한 약물-약물 상호작용 Ki 데이터를 수집하고 약물을 생성했다.그는 모델을 테스트하기 위해 테스트 세트를 만들었고, 이는 최종적으로 [2][3][4][5][6]출판되었습니다.그는 그러한 모델들이 예측된 약물-약물 [7][8]상호작용을 위한 화합물의 라이브러리를 프로파일링하는데 어떻게 사용될 수 있는지에 대한 중요한 아이디어를 발표했다.

1998년 말, Ekins는 Pfizer에 입사하여 약물-약물 상호작용과 ADME 특성 예측에 대한 관심을 지속하였다.1999년에 그는 예측 ADME/Tox 그룹을 구축하기 위해 Lilly로 이사했습니다.1999년과 2001년 말 사이에 그는 P-글리코프로틴,[9][10][11][12] PXR[13] 및 [14][15]효소를 포함한 다양한 단백질에 대한 약물과 통계 모델을 생성했다.

2001년 12월, Computational Drug Discovery의 어소시에이트 디렉터로서 스타트업 회사인 Concurrent Pharmacuticals(현재의 Vitae Pharmacuticals)[16]에서 일하기 시작했습니다.그는 ADME/Tox 및 관심 대상을 위한 계산 모델 개발을 담당했습니다.이 기간 동안 그는 ADME/Tox 단백질의 다약리학에 관심을 갖게 되었다.2004년에는 GeneGo(현재는 Thomson Reuters 소유)에 Computational Biology 부사장으로 입사하여 MetaDrug 제품(특허 출원 중)[17][18][19][20]을 개발하였습니다.

2005년에 그는 D학점을 받았다.애버딘 대학에서 과학 박사 학위를 취득하여 "인간의 약물 상호작용을 예측하기 위한 컴퓨터 및 체외 모델"이라는 논문을 발표했다.

2006년부터 2016년까지 Ekins는 Collaborative Drug Discovery를 포함한 여러 회사의 컨설팅을 받았습니다.

2011년 Ekins 공동 설립 Phoenix Nest는 Sanfilippo Syndrome의 치료에 힘쓰고 있습니다.

2015년, Ekins는 개인 소유의 회사인 Collaborations Pharmacuticals를 설립했습니다.이 회사는 다종다양한 희귀병 및 전염병에 대한 혁신적인 치료법에 대한 연구개발을 수행하고 있습니다.콜라보레이션 제약은 학계 및 기업과 제휴하여 초기 임상 단계 자산을 식별하고 임상 단계 자산으로 변환합니다.

또한 Ekins는 약물 운반체 약초, 면역 교차 반응성 예측을 위한 화학 정보학, 핵 수용체-리간드 공동 진화 연구 모델, PXR 작용제 및 길항제 계산 모델, 대규모 데이터 세트 및 CR 분석을 포함한 주제에 대한 독립적인 연구와 협업 연구를 수행했다.owdsourcing 데이터

의약품 데이터 공개

2010년 Sean Ekins는 데이터 공유 및 제약 데이터 공개에 관한 중요한 논문의 공동 저자입니다.

1. 임상 전 ADME/Tox 데이터의 경쟁력[21] 강화에 대한 오랜 요구

2. 제약업계에서[22] 크라우드소싱이 어떻게 사용될 수 있는 방법

3. 약리 경제학의 계산 모델이 과학계에서[23] 어떻게 공유될 수 있는가?

4. 화학에서 여전히 필요한 도구는 무엇이며 모델 공유 방법은 어떻게[24] 중요할 것인가

5. 제약회사가 오픈소스 분자 기술자 및 알고리즘을 사용하여 학계 및 방치된 질병[25] 커뮤니티와의 컴퓨터 모델 공유를 촉진하는 방법

이 작업은 임상 전 및 시판 후 데이터와 모델을 이용할 수 있도록 하는 광범위한 접근방식을 만드는 첫 번째 두드러진 지지자였으며 그러한 접근방식의 실현 가능성을 입증한 것이었기 때문에 중요하다.Ekins는 ChemSpider의 자문 그룹에서 근무했으며 커뮤니티에서 이용할 수 있도록 일련의 제약 데이터 세트를 데이터베이스에 제공했습니다.

결핵 및 말라리아 연구

Collaborative Drug Discovery(Bill and Melinda Gates Foundation의 자금 지원)에서 일하는 동안 그는 제약업계가 공공 도메인에 제공한 데이터를 분석했습니다.특히 13,000개 이상의 화합물에 대한 GlaxoSmithKline의 말라리아 선별 데이터입니다.이 연구의 결과로 과학계에 그러한 데이터를 [26]액면 그대로 받아들이는 데 있어 중요한 주의가 제공되었다.이러한 데이터는 다른 말라리아 및 결핵 [27]데이터와 비교되었다.

또한 그는 중요한 물리화학적 특성을 강조하는 결핵 데이터의 매우 큰 라이브러리 분석을 제공했다.[28][29]

Ekins는 특히 화학정보학 및 기타 계산 도구를 통합하여 효율성을 개선하는[30] 방법에 대한 TB 연구의 격차를 강조했으며, 계산 방법을 사용하여[31] TB에 대해 활성 화합물 선별을 지원하는 방법의 예를 제공했다.

2011년 2월 Ekins는 공동 약물 [32]발견의 일환으로 MM4TB 프로젝트에 참여하기 시작했습니다.Stewart [33]Cole 교수가 이끌었습니다.

Science 모바일 애플리케이션

Ekins는 Antony John Williams와 공동으로 Science Mobile Applications라는[34] Wiki를 개발하였습니다.[35]처음에는 화학 어플리케이션[36](제출된 논문용)을 추적하고 그 후 화학 수업에서 [37]과학을 위한 어플리케이션을 추적하려는 욕구에서 비롯되었습니다.

데이터베이스 품질

Ekins와 Antony Williams는 각각 블로그를 사용하여 NCGC NPC 브라우저 [38]출시 후 며칠 이내에 과학계에 경고를 보냈습니다.분자 구조에 중대한 오류가 있다는 것을 알게 되었습니다.이러한 관찰은 나중에 'Drug Discovery Today'[39]에 사설로 실렸다.

콜라보레이션 제약

2015년, Sean은 기계 학습 방식을 사용하여 응용한 협업 및 프로젝트를 구축하기 위해 Collaborations Pharmacuticals를 설립했습니다.이 프로젝트에는 결핵, 샤가스병 등 방치된 질병과 배튼병, 피트홉킨스병 등 희귀병이 포함됐다.지금까지 그들은 5개의 희귀 또는 방치된 질병에서 8개의 고아 약물 지정을 받았으며, 그 결과를 동료 리뷰 저널에 널리 발표했다.[SE1] 지금까지 NIH 및 DOD 조성금으로부터 760만달러 이상의 자금을 조달했습니다.

에볼라 연구

2014년부터 숀은 에볼라 약물 발견을 위해 19편의 기사를 발표해 왔습니다.그 중 하나는 에볼라에 대항하는 활성 화합물을 식별하기 위해 기계 학습 모델을 최초로 사용한 것이다(여기서).[SE2] 이는 이후 생체내 시험을 거쳐 마우스(제1,2,3조)에서 활성화된 것으로 확인된 3가지 활성 화합물(틸로론, 퀴나크린, 피로나리딘)을 체외에서 식별하였다(가장 최근 피그에서 에볼라에 대한 생체내 활성이 있는 것으로 나타났다).이 분자들은 또한 마버그에 대항하는 활성을 보이며 에볼라 당단백질을 결합시킨다.


샤가스병 연구

2015년 Sean은 T에 대한 활성 분자를 예측하는 기계 학습 모델을 개발했습니다.샤가스병을 일으키는 기생충 크루지.피로나리딘은 시험관내 및 생체내 활성으로 식별된 여러 분자 중 하나였다.


SARS-CoV-2 연구

2020년 에볼라 활성으로 확인된 3개의 분자는 사스-CoV-2에 대해 테스트되었으며 틸로론이 메르스를 억제하고 다른 바이러스를 억제하는 것으로 잘 알려져 있어 잠재적인 관심사가 되었다.


소프트웨어 제품

Collaborations Pharmacuticals Inc.는 데이터 큐레이션 및 기계 학습을 활용하여 약물 발견 및 컴퓨터 ADME/Tox와 관련된 모델을 큐레이션하는 Assay Central®, MegaTox®, MegaTrans®, MegaPredict® 등 여러 소프트웨어 제품을 개발했습니다.

에디터십

Ekins는 Wiley의 4권의 책을 편집 또는 공동 편집했습니다.컴퓨터 어플리케이션s in Pharmical Research and Development (2006), Computational Toxicology: 의약품 및 환경 화학 물질에 대한 위험 평가(1007), 의약품 효능, 안전성 및 바이오제틱스 발견(2009) 및 바이오메디컬 연구를 위한 협업 계산 기술(2011) 모든 책은 계산 기술 및 제약 R&D에 대한 적용과 관련이 있다.

그가 최근에 편집한 책은 컴퓨터 독물학입니다. 화학 물질에 대한 위험 평가(Computational Toxicology: 컴퓨터 독성학: 의약품 및 환경 화학물질에 대한 위험 평가.

특허

Ekins는 4개의 미국 [40]특허에 대한 발명가입니다.

레퍼런스

  1. ^ Ekins, S.; et al. (1993). "The role of cytochrome P4503A in the metabolism of the vinca alkaloid a-aminophosphonate derivative S12363 by human liver microsomes". Br J Clin Pharmacol. 36 (2): 165P–166P. doi:10.1111/j.1365-2125.1993.tb04214.x. PMC 1364582. PMID 8398587.
  2. ^ Ekins, J.H.; Bravi, S.; Binkley, G.; Gillespie, S.; Ring, J.S.; Wikel, B.J.; Wrighton, S.A. (1999). "Three and four dimensional-quantitative structure activity relationship analyses of CYP3A4 inhibitors". J. Pharmacol. Exp. Ther. 290: 429–438.
  3. ^ Ekins, S.; et al. (1999). "Three and four dimensional-quantitative structure activity relationship (3D / 4D-QSAR) analyses of CYP2D6 inhibitors". Pharmacogenetics. 9 (4): 477–489. PMID 10780267.
  4. ^ Ekins, S.; et al. (1999). "Three dimensional-quantitative structure activity relationship analyses of substrates for CYP2B6". Pharm Exp Ther. 288 (1): 21–29. PMID 9862748.
  5. ^ Ekins, G. Wikel J.H.; Bravi, S.; Wrighton, SA (1999). "Three dimensional quantitative structure activity relationship (3D-QSAR) analysis of CYP3A4 substrates". J Pharmacol Exp Ther. 291: 424–433.
  6. ^ Ekins, S.; Wrighton, S.A. (1999). "The role of CYP2B6 in human xenobiotic metabolism". Drug Metab Rev. 31 (3): 719–754. doi:10.1081/dmr-100101942. PMID 10461547.
  7. ^ Ekins, S. et al.(2000) 약물을 이용한 실리코에서의 약물-약물 상호작용 예측: 다음 천년을 위한 패러다임.약초구 인식, 개발 및 의약품 설계에서의 사용(Guner, O.F., ed.)에서, 페이지 269-299, IUL
  8. ^ Ekins, S.; et al. (2000). "Progress in predicting human ADME parameters in silico". J Pharmacol Toxicol Methods. 44 (1): 251–272. doi:10.1016/s1056-8719(00)00109-x. PMID 11274894.
  9. ^ Ekins, S.; et al. (2002). "Application of three dimensional quantitative structure-activity relationships of P-glycoprotein inhibitors and substrates". Mol Pharmacol. 61 (5): 974–981. doi:10.1124/mol.61.5.974. PMID 11961114. S2CID 7619918.
  10. ^ Ekins, S.; et al. (2002). "Three dimensional quantitative structure-activity relationships of inhibitors of P-glycoprotein". Mol Pharmacol. 61 (5): 964–973. doi:10.1124/mol.61.5.964. PMID 11961113. S2CID 8018230.
  11. ^ 하드
  12. ^ http://jpet.aspetjournals.org/content/301/2/427.full.pdf+html?sid=99bffa04-48cb-4cbf-bac6-d94e568b5b31 Ekins, S. Crumb, W.J. Sarazan, R.D. Wikel, J.H. 및 Rigton, S.A.(2002) hERG(인간 에테르-a-go 관련 유전자) 채널 억제를 위한 3차원 정량 구조 활성 관계.J 약골엑스퍼 301, 427-434
  13. ^ Ekins, S.; Erickson, J.A. (2002). "A pharmacophore for human pregnane-X-receptor ligands". Drug Metab Dispos. 30 (1): 96–99. doi:10.1124/dmd.30.1.96. PMID 11744617. S2CID 20521103.
  14. ^ Ekins, S. et al.(2002) CYP3A 효소의 활성 부위에 대한 약소체 통찰.약학자 44 부록, 114.
  15. ^ Ethell, B.T.; et al. (2002). "Quantitative structure activity relationships for the glucuronidation of simple phenols by expressed human UGT1A6 and UGT1A9". Drug Metab. Dispos. 30 (6): 734–738. doi:10.1124/dmd.30.6.734. PMID 12019203. S2CID 18689723.
  16. ^ "Concurrent Pharmaceuticals Changes Name To Vitae Pharmaceuticals And Secures $34 Million in Financing". biospace.com. 19 October 2005. Retrieved 23 May 2014.
  17. ^ Ekins, S.; et al. (2005). "Computational Prediction of Human Drug Metabolism". Expert Opin Drug Metab Toxicol. 1 (2): 303–324. doi:10.1517/17425255.1.2.303. PMID 16922645. S2CID 32612412.
  18. ^ Ekins, S. et al.(2005) 시스템 생물학: 약물 발견에 대한 응용 프로그램.약물 발견 핸드북(Gad, S., ed.) 123-183페이지, Wiley
  19. ^ Ekins, S.; et al. (2005). "A Novel Method for Visualizing Nuclear Hormone Receptor Networks Relevant to Drug Metabolism". Drug Metab Dispos. 33 (3): 474–481. doi:10.1124/dmd.104.002717. PMID 15608136. S2CID 25141855.
  20. ^ Ekins, S.; et al. (2005). "Techniques: Application of Systems Biology to Absorption, Distribution, Metabolism, Excretion, and Toxicity". Trends Pharmacol Sci. 26 (4): 202–209. doi:10.1016/j.tips.2005.02.006. PMID 15808345.
  21. ^ Ekins, S; Williams, AJ (2010). "Precompetitive Preclinical ADME/Tox Data: Set It Free on The Web to Facilitate Computational Model Building to Assist Drug Development". Lab on a Chip. 10 (1): 13–22. doi:10.1039/b917760b. PMID 20024044.
  22. ^ Ekins S. 및 Williams AJ, 공동작업자: 제약 연구를 위한 크라우드소싱, Pharmar Res, 27: 393-395, 2010.
  23. ^ Arnold RJG와 Ekins S, 모델 커뮤니티의 건강 경제학 협력 시간, Pharmaco Economics, 28(8): 609-613, 2010
  24. ^ Ekins S, Gupta R, Gifford E, Bunin BA, Waller CL, Chemical Space: 화학정보학, Pharm Res, 27: 2035-2039, 2010
  25. ^ Gupta, Rishi R.; Gifford, EM; Liston, T; Waller, CL; Hohman, M; Bunin, BA; Ekins, S (2010). "Using open source computational tools for predicting human metabolic stability and additional ADME/Tox properties". Drug Metab Dispos. 38 (11): 2083–2090. doi:10.1124/dmd.110.034918. PMID 20693417. S2CID 8095030.
  26. ^ Ekins, Sean; John Williams, Antony (2010). "When Pharmaceutical Companies Publish Large Datasets: An Abundance of riches or fool's gold?". Drug Discov Today. 15 (19–20): 812–815. doi:10.1016/j.drudis.2010.08.010. PMID 20732447.
  27. ^ Ekins S와 Williams AJ, 2010년 분자 특성 패턴의 메타 분석 및 항말라리아 "히트"와 약물의 공공 데이터 세트의 필터링, MedChemComm 1: 325-330,
  28. ^ Ekins, S; Bradford, J; Dole, K; Spektor, A; Gregory, K; Blondeau, D; Hohman, M; Bunin, BA (2010). "A Collaborative Database and Computational Models for Tuberculosis Drug Discovery". Mol BioSyst. 6 (5): 840–851. doi:10.1039/b917766c. PMID 20567770.
  29. ^ Ekins, S; Kaneko, T; Lipinski, CA; Bradford, J; Dole, K; Spektor, A; Gregory, K; Blondeau, D; Ernst, S; Yang, J; Goncharoff, N; Hohman, M; Bunin, BA (2010). "Analysis and hit filtering of a very large library of compounds screened against Mycobacterium tuberculosis". Mol Biosyst. 6 (11): 2316–2324. doi:10.1039/c0mb00104j. PMID 20835433.
  30. ^ Ekins, S; Freundlich, JS; Choi, I; Sarker, M; Talcott, C (2011). "Computational Databases, Pathway and Cheminformatics Tools for Tuberculosis Drug Discovery". Trends in Microbiology. 19 (2): 65–74. doi:10.1016/j.tim.2010.10.005. PMC 3034835. PMID 21129975.
  31. ^ Lamichhane, Gyanu; Freundlich, Joel S.; Ekins, Sean; Wickramaratne, Niluka; Nolan, Scott T.; Bishai, William R. (1 February 2011). "Essential metabolites of Mycobacterium tuberculosis and their mimics". mBio. 2 (1): e00301–00310. doi:10.1128/mBio.00301-10. ISSN 2150-7511. PMC 3031304. PMID 21285434.
  32. ^ http://mm4tb.org/
  33. ^ http://cole-lab.epfl.ch/
  34. ^ Sci Mobile Apps Wiki
  35. ^ Sci Mobile Apps Wiki 발표
  36. ^ "Comment".
  37. ^ Williams, Antony J. (2011). "Smart Phones, a Powerful Tool in the Chemistry Classroom". Journal of Chemical Education. 88 (6): 683–686. Bibcode:2011JChEd..88..683W. doi:10.1021/ed200029p.
  38. ^ "Tripod Development".
  39. ^ Williams, AJ; Ekins, S (September 2011). "A quality alert and call for improved curation of public chemistry databases". Drug Discov. Today. 16 (17–18): 747–50. doi:10.1016/j.drudis.2011.07.007. PMID 21871970.
  40. ^ 미국 특허번호 6564152: Ekins S 및 Smith BJ, "신경키닌-1 수용체 길항제 시토크롬 P-450 억제 효력에 대한 약품 모델, 스크리닝 방법 및 식별"[1]
  41. ^ 미국 특허번호 6489094:Ekins S, Kelly KG, Johnson DL, "약물-약물 상호작용 시험 샘플 준비를 위한 방법 및 장치" [2].

외부 링크