마르쿠스 랄세르

Markus Ralser
마르쿠스 랄세르
Markus Ralser, 2022.jpg
마르쿠스 랄서, 2022
태어난1980년 4월 3일
국적.이탈리아의
모교잘츠부르크 대학교
막스 플랑크 분자유전학 연구소
케임브리지 대학교
시상식웰컴 비트상
EMBO 금메달
과학 경력
필드신진대사
기관케임브리지 대학교
프랜시스 크릭 연구소
샤리테
옥스퍼드 대학교
웹사이트ralser.그룹

마르쿠스 랄세르(, 1980년 4월 3일 ~ )는 이탈리아의 생물학자입니다.그의 주요 연구 관심사는 미생물의 신진대사입니다.그는 또한 생명의 기원 동안 신진대사의 기원에 대한 연구와 단백질학으로도 유명합니다.

인생과 경력

Ralser 교수는 2019년부터 [1]독일 베를린의 Charité Universitätsmediz의 생화학 연구소장으로 재직하고 있으며, 2022년부터 영국 옥스포드 대학의 그룹 리더로 재직하고 있습니다.

그는 오스트리아 잘츠부르크에서 유전학과 분자생물학을 공부했습니다.그는 독일 베를린의 막스 플랑크 분자유전학 연구소에서 신경퇴행성 질병을 연구하며 2006년에 박사 학위를 마쳤습니다.그 후 네덜란드 암스테르담의 브리예 대학교에서 박사 후 연구원으로 일하면서 질량 분석법을 연구하기 시작했습니다.그는 2007년에 MPI for Molecular Genetics로 돌아와 주니어 그룹 리더가 되었지만 2011년에 그룹을 영국 캠브리지 대학으로 이전했습니다.그리고 나서 그는 다시 이전하여 2013년 런던에 새로 을 연 프랜시스 크릭 연구소의 그룹 리더가 되었습니다([2]2019년부터 수석 그룹 리더).그의 그룹은 2022년에 옥스포드로 이사했습니다.

조사.

Ralser의 두 연구 그룹은 LC-MS를 사용하여 미생물의 단백질대사체를 분석합니다.주요 모델 유기체는 베이킹 효모(Saccharomyces cerevisiae)이지만, 병원성 균인 Candida albicans와 핵분열 효모인 Shizocacharacomyces pombe와 같은 다른 종들도 사용됩니다.

Ralser 연구소는 LC-MS를 사용할 뿐만 아니라 탐지 정확도, 속도 및 처리량을 향상시키는 새로운 LC-MS 방법과 프로토콜을 개발합니다.데이터 독립적 수집을 전문으로 하는 이 그룹은 MS 제조업체 SCIEX와 협력하여 스캔 SWATHMS[3] 및 Zeno SWATHMS를[4] 개발했습니다.두 방법 모두 2012년 [5]스위스에서 개발된 SWATHMS에서 크게 개선되었습니다.이 그룹은 추가적으로 획득 방법을 개발했습니다.DIA-NN—신경망[6]사용합니다.하지만 단백질과 대사물만이 초점이 되는 것은 아닙니다. 2022년에 연구소는 [7]LC-MS를 사용하여 DNA 메틸화의 정확한 정량화를 위한 프로토콜을 개발했습니다.

주요 연구 주제는 다음과 같습니다.

  • 세포 [8]의 대사 네트워크.
  • 세포 사이의 대사물 교환.이 그룹은 효모 세포가 자신의 세포를 생산하기보다는 외부 환경(엑소메타볼롬)에서 대사물을 흡수하는 것을 선호하고, 이 세포들이 공동체에서 자율적으로 생존할 수 있기 때문에 [9]생존을 위해 서로 다른 공동체 구성원들에게 의존한다는 것을 발견했습니다.
  • 세포 내에서 경쟁적반응의 생화학.이 그룹은 인간에게 게놈 규모의 효소 억제 네트워크를 생성하고 진핵생물구획화가 자기 [10]억제의 범위를 완화하는 데 도움이 된다는 것을 밝혔습니다.
  • 대사 유전자의 역할, 기능 및 조절.이는 효모 유전자 결실 [11][12]균주의 게놈 전체 모음에서 프로테옴과 대사체를 분석함으로써 달성됩니다.
  • 미생물 세포유전학.이 그룹은 용량 보상 메커니즘을 통해 효모에서 용종(비정상 염색체 수)이 용인된다는 것을 발견했습니다: 용종 염색체의 유전자 발현은 정상적인 [13]양의 단백질을 생산하도록 조정됩니다.
  • 산화 스트레스에 대한 신진대사 관련 보호 메커니즘그 그룹은 다른 것들 중에서, 알려진 산화 방지제인 메티오닌오탄당 인산 [14]경로를 통해 산화 스트레스로부터 보호한다는 것을 발견했습니다.이전에 랄서는 세포가 해당과정과 오탄당 인산 경로 사이를 동적으로 전환하여 항산화 기계에 전자를 공급한다는 것을 발견했는데, 이는 해당과정/오탄당 인산 경로 전이로 알려져 있으며,[15] 현재 종에 걸친 첫 번째 세포 항스트레스 메커니즘으로 간주됩니다.
  • 중심 탄소 대사의 진화와 세포 [16]대사에서의 비효소 반응.이 그룹은 해당과정, 오탄당 인산 [17]경로 및 포도당신생합성의[18] 주요 반응이 효소 촉매 작용 없이 수십억 년 전 지구상에 만연했던 주변 조건에서 자발적으로 발생할 수 있다는 것을 발견했습니다.
  • 항진균제[19]대한 내성의 대사 메커니즘.

COVID-19 대유행 기간 동안 Ralser 그룹은 질병 심각도 평가와 [20]결과 예측을 위한 프로테오믹스 패널 분석을 개발했습니다.이 검사는 환자의 혈장에서 발견된 30개의 단백질에서 파생된 50개의 펩타이드를 정량화합니다.연구실은 이 단백질들이 표지 역할을 할 수 있다는 것을 발견했습니다: 그들의 풍부함은 COVID-19 심각성과 결과와 강력하게 관련이 있습니다.이 검사는 일상적인 임상 실험실에서 수행할 수 있으며, 상업적으로 이용 가능하게 되었습니다.

2023년 1월 현재 Ralser는 13,000회 [21]이상 인용된 거의 200개의 동료 검토 기사를 게시했습니다.

시상식

레퍼런스

  1. ^ "Institute of Biochemisty". Charitė – Universitätsmedizin Berlin. 3 January 2023.
  2. ^ "The Ralser Lab". Francis Crick Institute. Retrieved 3 January 2023.
  3. ^ Messner, Christoph B.; Demichev, Vadim; Bloomfield, Nic; Yu, Jason S. L.; White, Matthew; Kreidl, Marco; Egger, Anna-Sophia; Freiwald, Anja; Ivosev, Gordana; Wasim, Fras; Zelezniak, Aleksej; Jürgens, Linda; Suttorp, Norbert; Sander, Leif Erik; Kurth, Florian (July 2021). "Ultra-fast proteomics with Scanning SWATH". Nature Biotechnology. 39 (7): 846–854. doi:10.1038/s41587-021-00860-4. ISSN 1546-1696. PMC 7611254. PMID 33767396.
  4. ^ Wang, Ziyue; Mülleder, Michael; Batruch, Ihor; Chelur, Anjali; Textoris-Taube, Kathrin; Schwecke, Torsten; Hartl, Johannes; Causon, Jason; Castro-Perez, Jose; Demichev, Vadim; Tate, Stephen; Ralser, Markus (14 April 2022). "High-throughput proteomics of nanogram-scale samples with Zeno SWATH DIA". eLife. 11: 2022.04.14.488299. doi:10.1101/2022.04.14.488299. PMC 9711518. PMID 36449390.
  5. ^ Gillet, Ludovic C.; Navarro, Pedro; Tate, Stephen; Röst, Hannes; Selevsek, Nathalie; Reiter, Lukas; Bonner, Ron; Aebersold, Ruedi (1 June 2012). "Targeted Data Extraction of the MS/MS Spectra Generated by Data-independent Acquisition: A New Concept for Consistent and Accurate Proteome Analysis *". Molecular & Cellular Proteomics. 11 (6): O111.016717. doi:10.1074/mcp.O111.016717. ISSN 1535-9476. PMC 3433915. PMID 22261725.
  6. ^ Demichev, Vadim; Messner, Christoph B.; Vernardis, Spyros I.; Lilley, Kathryn S.; Ralser, Markus (January 2020). "DIA-NN: neural networks and interference correction enable deep proteome coverage in high throughput". Nature Methods. 17 (1): 41–44. doi:10.1038/s41592-019-0638-x. ISSN 1548-7105. PMC 6949130. PMID 31768060.
  7. ^ Varma, Sreejith Jayasree; Calvani, Enrica; Grüning, Nana-Maria; Messner, Christoph B; Grayson, Nicholas; Capuano, Floriana; Mülleder, Michael; Ralser, Markus (28 July 2022). Tyler, Jessica K (ed.). "Global analysis of cytosine and adenine DNA modifications across the tree of life". eLife. 11: e81002. doi:10.7554/eLife.81002. ISSN 2050-084X. PMC 9333990. PMID 35900202.
  8. ^ Ralser, Markus; Varma, Sreejith J.; Notebaart, Richard A. (1 December 2021). "The evolution of the metabolic network over long timelines". Current Opinion in Systems Biology. 28: 100402. doi:10.1016/j.coisb.2021.100402. ISSN 2452-3100. S2CID 239505820.
  9. ^ Campbell, Kate; Vowinckel, Jakob; Mülleder, Michael; Malmsheimer, Silke; Lawrence, Nicola; Calvani, Enrica; Miller-Fleming, Leonor; Alam, Mohammad T; Christen, Stefan; Keller, Markus A; Ralser, Markus (26 October 2015). Balasubramanian, Mohan (ed.). "Self-establishing communities enable cooperative metabolite exchange in a eukaryote". eLife. 4: e09943. doi:10.7554/eLife.09943. ISSN 2050-084X. PMC 4695387. PMID 26499891.
  10. ^ Alam, Mohammad Tauqeer; Olin-Sandoval, Viridiana; Stincone, Anna; Keller, Markus A.; Zelezniak, Aleksej; Luisi, Ben F.; Ralser, Markus (10 July 2017). "The self-inhibitory nature of metabolic networks and its alleviation through compartmentalization". Nature Communications. 8 (1): 16018. Bibcode:2017NatCo...816018A. doi:10.1038/ncomms16018. ISSN 2041-1723. PMC 5508129. PMID 28691704.
  11. ^ Mülleder, Michael; Calvani, Enrica; Alam, Mohammad Tauqeer; Wang, Richard Kangda; Eckerstorfer, Florian; Zelezniak, Aleksej; Ralser, Markus (6 October 2016). "Functional Metabolomics Describes the Yeast Biosynthetic Regulome". Cell. 167 (2): 553–565.e12. doi:10.1016/j.cell.2016.09.007. PMC 5055083. PMID 27693354.
  12. ^ Messner, Christoph B.; Demichev, Vadim; Muenzner, Julia; Aulakh, Simran; Röhl, Annika; Herrera-Domínguez, Lucía; Egger, Anna-Sophia; Kamrad, Stephan; Lemke, Oliver; Calvani, Enrica; Mülleder, Michael; Lilley, Kathryn S.; Kustatscher, Georg; Ralser, Markus (18 May 2022). "The Proteomic Landscape of Genome-Wide Genetic Perturbations": 2022.05.17.492318. doi:10.1101/2022.05.17.492318. S2CID 248923566. {{cite journal}}:저널 요구 사항 인용 journal=(도움말)
  13. ^ Muenzner, Julia; Trébulle, Pauline; Agostini, Federica; Messner, Christoph B.; Steger, Martin; Lehmann, Andrea; Caudal, Elodie; Egger, Anna-Sophia; Amari, Fatma; Barthel, Natalie; Chiara, Matteo De; Mülleder, Michael; Demichev, Vadim; Liti, Gianni; Schacherer, Joseph (8 April 2022). "The natural diversity of the yeast proteome reveals chromosome-wide dosage compensation in aneuploids": 2022.04.06.487392. doi:10.1101/2022.04.06.487392. S2CID 248087625. {{cite journal}}:저널 요구 사항 인용 journal=(도움말)
  14. ^ Campbell, Kate; Vowinckel, Jakob; Keller, Markus A.; Ralser, Markus (1 April 2016). "Methionine Metabolism Alters Oxidative Stress Resistance via the Pentose Phosphate Pathway". Antioxidants & Redox Signaling. 24 (10): 543–547. doi:10.1089/ars.2015.6516. ISSN 1523-0864. PMC 4827311. PMID 26596469.
  15. ^ Ralser, Markus; Wamelink, Mirjam M C; Latkolik, Simone; Jansen, Erwin E W; Lehrach, Hans; Jakobs, Cornelis (1 July 2009). "Metabolic reconfiguration precedes transcriptional regulation in the antioxidant response". Nature Biotechnology. 27 (7): 604–605. doi:10.1038/nbt0709-604. ISSN 1087-0156. PMID 19587661. S2CID 205269373.
  16. ^ Keller, Markus A; Piedrafita, Gabriel; Ralser, Markus (1 August 2015). "The widespread role of non-enzymatic reactions in cellular metabolism". Current Opinion in Biotechnology. Systems biology • Nanobiotechnology. 34: 153–161. doi:10.1016/j.copbio.2014.12.020. ISSN 0958-1669. PMC 4728180. PMID 25617827.
  17. ^ Keller, Markus A; Turchyn, Alexandra V; Ralser, Markus (1 April 2014). "Non‐enzymatic glycolysis and pentose phosphate pathway‐like reactions in a plausible A rchean ocean". Molecular Systems Biology. 10 (4): 725. doi:10.1002/msb.20145228. ISSN 1744-4292. PMC 4023395. PMID 24771084.
  18. ^ Messner, Christoph B.; Driscoll, Paul C.; Piedrafita, Gabriel; De Volder, Michael F. L.; Ralser, Markus (11 July 2017). "Nonenzymatic gluconeogenesis-like formation of fructose 1,6-bisphosphate in ice". Proceedings of the National Academy of Sciences. 114 (28): 7403–7407. Bibcode:2017PNAS..114.7403M. doi:10.1073/pnas.1702274114. ISSN 0027-8424. PMC 5514728. PMID 28652321.
  19. ^ Yu, Jason S. L.; Correia-Melo, Clara; Zorrilla, Francisco; Herrera-Dominguez, Lucia; Wu, Mary Y.; Hartl, Johannes; Campbell, Kate; Blasche, Sonja; Kreidl, Marco; Egger, Anna-Sophia; Messner, Christoph B.; Demichev, Vadim; Freiwald, Anja; Mülleder, Michael; Howell, Michael (April 2022). "Microbial communities form rich extracellular metabolomes that foster metabolic interactions and promote drug tolerance". Nature Microbiology. 7 (4): 542–555. doi:10.1038/s41564-022-01072-5. ISSN 2058-5276. PMC 8975748. PMID 35314781.
  20. ^ Wang, Ziyue; Cryar, Adam; Lemke, Oliver; Tober-Lau, Pinkus; Ludwig, Daniela; Helbig, Elisa Theresa; Hippenstiel, Stefan; Sander, Leif-Erik; Blake, Daniel; Lane, Catherine S.; Sayers, Rebekah L.; Mueller, Christoph; Zeiser, Johannes; Townsend, StJohn; Demichev, Vadim (1 July 2022). "A multiplex protein panel assay for severity prediction and outcome prognosis in patients with COVID-19: An observational multi-cohort study". eClinicalMedicine. 49: 101495. doi:10.1016/j.eclinm.2022.101495. ISSN 2589-5370. PMC 9181834. PMID 35702332.
  21. ^ "Markus Ralser". Google Scholar. Retrieved 3 January 2023.
  22. ^ "BMC Research Awards". BioMed Central. Retrieved 3 January 2023.
  23. ^ "Grants awarded: Wellcome-Beit Prize". The Wellcome Trust. Retrieved 3 January 2023.
  24. ^ "Wissenschafts- und Forschungspreis an Ralser und Kustatscher überreicht". Autonome Provinz Bozen – Südtirol. 5 December 2014.
  25. ^ "Crick researcher awarded the Colworth Medal". The Francis Crick Institute. 30 March 2016.
  26. ^ "Sarah-Maria Fendt and Markus Ralser awarded EMBO Gold Medal 2020". EMBO. 14 October 2020.

외부 링크