첸블

ChEMBL
첸블
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내용
묘사생물학적 데이터베이스
데이터형
발동.		약물과 같은 성질과 생물학적 활성을 가진 분자
연락
연구소유럽 분자 생물학 연구소
실험실.United Kingdom 유럽생물정보학연구소
작가들Andrew Leach, 2016-현재 팀 리더, John Overington, 2008-2015 팀 리더
주요 인용문PMID 21948594
발매일2009
접근
웹 사이트첸블
다운로드 URL다운로드
웹 서비스 URLChEMBL 웹 서비스
Sparql 엔드포인트ChEMBL EBI-RDF 플랫폼
여러가지 종류의
면허증.ChEMBL 데이터는 Creative Commons Attribution-Share Equal 3.0 Unported License에서 사용할 수 있습니다.
버전 관리ChEMBL_28

ChEMBL 또는 ChEMBLdb는 약물 유사 특성을 가진 [1]생물 활성 분자의 화학 데이터베이스이다.영국 힌스턴의 웰컴 트러스트 게놈 캠퍼스에 본부를 둔 유럽 분자 생물학 연구소(EMBL)의 유럽 생물 정보 연구소(EBI)가 관리하고 있습니다.

원래 StARLite로 알려진 이 데이터베이스는 후에 갈라파고스 NV가 인수한 Inpharmatica Ltd.라는 생명공학 회사가 개발했다.이 데이터는 2008년 The Wellcome [2]Trust로부터 상을 받아 EMBL에 인수되었으며, 그 결과 John Overington이 [3][4]이끄는 EMBL-EBI에서 ChEMBL 화학유전학 그룹이 탄생했다.

범위와 액세스

ChEMBL 데이터베이스에는 약물 표적에 대한 복합 생체활성 데이터가 포함되어 있다.생물활성은 Ki, Kd, IC50,[5] EC50에서 보고된다.데이터를 필터링 [6]및 분석하여 약물 발견 시 납 식별을 위한 복합 스크리닝 라이브러리를 개발할 수 있다.

ChEMBL version 2(ChEMBL_02)는 2010년 1월에 출시되었으며, 여기에는 천연물 24,000개를 포함한 62만 2,824개의 화합물에 대한 240만 건의 바이오아세이 측정이 포함되어 있습니다.이것은 12개의 의학 화학 저널에 걸쳐 34,000개 이상의 출판물을 큐레이션하여 얻은 것입니다.ChEMBL의 이용 가능한 생물 활동 데이터에 대한 커버리지는 "공공 데이터베이스에서 [3]지금까지 본 것 중 가장 포괄적"으로 성장했다.2010년 10월 ChEMBL 버전 8(ChEMBL_08)이 출시되었으며, 636,269개의 [7]화합물을 대상으로 하는 297만 개 이상의 바이오아세이 측정치가 실시되었다.

ChEMBL_10은 ChEMBL에 [8]포함된 데이터의 유형과 등급과 유사한 데이터를 통합하기 위해 PubChem 확인 분석을 추가했다.

ChEMBLdb는 웹 인터페이스를 통해 액세스하거나 File Transfer Protocol을 통해 다운로드할 수 있습니다.이는 컴퓨터화된 데이터 마이닝에 적합한 방식으로 포맷되며, 비교 [1]분석을 가능하게 하기 위해 서로 다른 출판물 간의 활동을 표준화하려고 시도합니다.ChEMBL은 PubChem과 왕립화학회의 ChemSpider 시스템 등 다른 대규모 화학 자원에도 통합됩니다.

관련 자원

데이터베이스 외에도 ChEMBL 그룹은 데이터 [9]마이닝을 위한 도구와 리소스를 개발했습니다.여기에는 키나아제에 초점을 맞춘 통합 화학유전체학 워크벤치인 키나아제 SARfari가 포함된다.시스템은 시퀀스, 구조, 화합물 및 스크리닝 데이터를 통합하고 연결합니다.

GPCR SARfari는 GPCR에 초점을 맞춘 유사한 작업대이며, ChEMBL-NTD(ChembL-Netected Tropical Diseases)는 아프리카, 아시아 및 아메리카 개발 지역의 열대성 풍토병을 대상으로 한 오픈 액세스 1차 선별 및 의약품 화학 데이터 저장소이다.ChemBL-NTD의 주요 목적은 보관된 [3]데이터를 위해 자유롭게 접근할 수 있는 영구적인 보관 및 배포 센터를 제공하는 것이다.

2012년 7월, 전 세계 연구자들을 대상으로 한 MMV(Medicine for Malaria Venture)의 후원으로 Wayback Machine에서 새로운 말라리아 데이터 서비스 Archived 2016-07-30이 출시되었습니다.이 서비스의 데이터에는 Malaria Box 스크리닝 세트의 화합물뿐만 아니라 ChembL-NTD에서 발견된 다른 기증 말라리아 데이터도 포함됩니다.

ChEMBL 가상 머신인 myChembL은 2013년 10월에 출시되어 사용자가 완전하고 무료로 쉽게 설치할 수 있는 cheminformatics 인프라에 액세스할 수 있게 되었습니다.

2013년 12월 SureChem 특허정보학 데이터베이스 운영이 EMBL-EBI로 이전되었습니다.포트만토에서 SureChem은 SureChemBL로 이름이 변경되었습니다.

2014년에는 이종 간 ADME [10]목표를 예측하고 비교하는 도구인 새로운 리소스 ADME SARfari가 도입되었습니다.

「 」를 참조해 주세요.

레퍼런스

  1. ^ a b Gaulton, A; et al. (2011). "ChEMBL: a large-scale bioactivity database for drug discovery". Nucleic Acids Research. 40 (Database issue): D1100-7. doi:10.1093/nar/gkr777. PMC 3245175. PMID 21948594.
  2. ^ "Open access drug discovery database launches with half a million compounds Wellcome". wellcome.ac.uk. 18 January 2010. Retrieved 31 August 2019.
  3. ^ a b c Bender, A (2010). "Databases: Compound bioactivities go public". Nature Chemical Biology. 6 (5): 309. doi:10.1038/nchembio.354.
  4. ^ Overington J (April 2009). "ChEMBL. An interview with John Overington, team leader, chemogenomics at the European Bioinformatics Institute Outstation of the European Molecular Biology Laboratory (EMBL-EBI). Interview by Wendy A. Warr". J. Comput.-Aided Mol. Des. 23 (4): 195–8. Bibcode:2009JCAMD..23..195W. doi:10.1007/s10822-009-9260-9. PMID 19194660. S2CID 2946417.
  5. ^ Mok, N. Yi; Brenk, Ruth (24 October 2011). "Mining the ChEMBL Database: An Efficient Chemoinformatics Workflow for Assembling an Ion Channel-Focused Screening Library". J. Chem. Inf. Model. 51 (10): 2449–2454. doi:10.1021/ci200260t. PMC 3200031. PMID 21978256.
  6. ^ Brenk, R; Schinpani, A; James, D; Krasowski, A (March 2008). "Lessons learnt from assembling screening libraries for drug discovery for neglected diseases". ChemMedChem. 3 (3): 435–44. doi:10.1002/cmdc.200700139. PMC 2628535. PMID 18064617.
  7. ^ ChEMBL-og (15 November 2010), ChEMBL_08 Released, retrieved 15 November 2010
  8. ^ ChEMBL-og (6 June 2011), ChEMBL_10 Released, retrieved 9 June 2011
  9. ^ Bellis, L J; et al. (2011). "Collation and data-mining of literature bioactivity data for drug discovery". Biochemical Society Transactions. 39 (5): 1365–1370. doi:10.1042/BST0391365. PMID 21936816.
  10. ^ Davies, M; et al. (2015). "ADME SARfari: Comparative Genomics of Drug Metabolising Systems". Bioinformatics. 31 (10): 1695–1697. doi:10.1093/bioinformatics/btv010. PMC 4426839. PMID 25964657.

외부 링크

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