데크립톤

Décrypthon
데크립톤
다음에서 사용 가능영어, 프랑스어
유형그리드 컴퓨팅 및 자원봉사 컴퓨팅
웹사이트afm-telethon.fr/projet-decrypthon-3149

데크립톤은 그리드 컴퓨팅 자원을 활용해 의학 연구에 기여하는 프로젝트다.이 단어는 프랑스어 "데크립터"와 "텔레톤"의 단어들이다.

설명

데크립톤은 생물학에서 복잡한 데이터를 처리하는 데 필요한 연산력을 제공하는 기술 플랫폼이다.It allows, through technologies called "grids", to gather (in a grid) the capacity of several supercomputers (500 Gflop) installed by IBM in 6 French universities (Bordeaux 1, Lille 1, Paris 6 Jussieu, ENS Lyon, Crihan in Rouen, Orsay) and/or individual personal computers via the World Community Grid,[1] itself a BOINC project.입찰자 호출을 통해 선정된 12개의 과학 프로젝트가 데크립톤 프로그램에 의해 완료되었다.

역사

2001년 프랑스 텔레톤 기간 동안, AFM("Association francaise contre les myopathies" / "French Association Against Myopathy")과 IBM은 인터넷 사용자들을 동원하라는 요청을 시작했다: "사용하지 않은 컴퓨터 시간을 연구할 수 있게 하라."목표:첫 번째 단백질 지도를 완성하라: 세포에 의해 생성된 모든 단백질/분자.

이 과학, 기술, 인간의 도전은 훌륭하게 받아들여졌다. 7만 5천명의 인터넷 사용자들이 동원되었고, 수십억의 복잡한 계산이 수행되었고, 55만개의 단백질이 지도에 배치되었다.다양한 생물종(동물, 식물, 인간)의 단백질을 비교하는 도서관이다.그것은 17,000개의 디렉토리로 나누어진 약 220만 개의 파일을 포함하고 있다.

이 모든 것이 두 달도 안 되는 기간 동안 컴퓨터 한 대만으로 1170년 이상이 걸렸을 것이다.각 컴퓨터는 약 133시간, 즉 총 1,000만 시간 이상의 계산에 기여했다.21대의 IBM 서버가 운영 내내 솔루션과 데이터를 조정했다.

이러한 성공에 따라, 2003년에 AFM은 이 지식 기반 사용을 촉진하기 위해 입찰자들을 위한 요청을 시작했다.4개 프로젝트가 선정되었다.

  • A project was proposed by two teams from Commissariat à l'Energie Atomique (CEA, Commission for Atomic Energy) Department of Life Sciences at Saclay (S Zinn-Justin and R Guérois) in association with A Poupon, from the National Center of Scientific Research (Centre Nationale de la recherche scientifique ou CNRS), Laboratory of yeast structural genom오르세 대학교의 ics.이 프로젝트는 인간의 유전적 이상 위험을 줄이는 단백질과 효모의 구조와 기능 사이의 관계를 연구하기 위한 것이다.

Three other teams from the IGBMC (Institut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire, Genomics Institute of molecular and cellular biology) in Illkirch, J Laporte and J-L Mandel, A Pujol and J-L Mandel, G Bey, F Sirockin, F Plevwniak and O Poch proposed three projects of increasing complexity.

  • 첫 번째 프로젝트에는 여러 신경근육 질환에 관련된 단백질의 식별과 특성화, 단백질 영역과 조직별 기능 예측이 포함되었다.
  • 두 번째 프로젝트는 많은 필수적인 신진대사 기능에 관여하는 세포 기관인 과록시솜의 단백질 분석을 포함한다.
  • 세 번째 프로젝트는, 유기체의 규모로, 비브리오콜레라와 설사에 관련된 박테리아 설사 유기체에서 새로운 잠재적 치료 대상을 식별하는 것이었습니다.

2003/2004년에 두 개의 프로젝트가 선정되었다.두 프로젝트 모두 그리드에서 성공적으로 수행되었고 유용한 계산을 제공했다.[2]

이 두 프로젝트의 성공에 따라, 2004년 5월, IBM이 6개 파트너 대학에서 기증한 서버[3] 그리드에 당시 명명된 "데크립톤 기반" 프로젝트를 공식화하는 AFM, CNRS, IBM 간의 협정이 체결되었다.

2009년 프랑스 배우 티에리 레르미테가 데크립톤의 후원자가 된다.

프로젝트

  • 알레산드라 카본(Inserm Unit 511, Université Pierre et Marie Curie)이 주관하는 프로젝트.단백질-단백질, 단백질-DNA, 단백질-리간 상호작용에 대한 대규모 조사로 약물 타겟팅 유도이 프로젝트는 단백질 표면, 다른 단백질, DNA 또는 리간드와의 상호작용, 그리고 단백질 표면에서 식별할 수 있는 컴퓨터 도구를 개발하는 것을 목표로 한다.
  • 크리스토프 푸자트와 파스칼 비오트(CNRS UMR 8118, Université René Descartes, Paris V) 프로젝트활동 잠재력을 분류하기 위한 몬테카를로 방법의 병렬화: 신경과학의 기초연구 도구 개선과 신경근육질환 진단.이 프로젝트는 뇌 속 뉴런이나 근육섬유를 제어하는 모토뉴런의 오작동을 감지하기 위해 의사가 녹음한 뉴런 신호 처리를 자동화하는 것을 목표로 한다.
  • Marc Robinson-Rechavi(Lausanne/ENS Lyon 대학의 생물학 및 의학과 교수)에 의해 조정된 프로젝트.인간 게놈의 신경근육 과정에 주석을 달기 위한 동물 대본의 데이터 마이닝.이 프로젝트는 신경근육 질환을 이해하는 데 필수적인 정보인 근육 세포에서 어떤 유전자가 표현되어야 하는지(또는 잘못 표현되어야) 정확하게 규명할 수 있게 해 줄 것이다.
  • E-K에 의해 조정된 프로젝트.탈비(LIFL – USTL, CNRS, INRIA, Villeneuve d'Ascq).그리드 상의 정합성 샘플링 및 도킹: 신경근육 질환에 적용.그 목적은, 계산에 의해, 정상 세포의 기능에 관여하는 분자의 결합의 성격과 유형을 예측하고, 연구 「실리코 인(in silico)」을 전개하는 것으로, 정상적 또는 병리적 생리학적 과정을 방해하는 수단으로서, 따라서 이성적으로 의약품을 개발하는 것이다.
  • F에 의해 조정된 프로젝트렉스와 O.Poch(파리 미학 연구소 - IGBMC, Ilkirch).내생식 중 전사 네트워크의 대규모 식별.이 프로젝트는 근육의 발달에서 전사의 분자 메커니즘을 식별하는 것을 목표로 한다.
  • M. Robinson-Rechavi와 L.에 의해 조정된 프로젝트샤이퍼(로잔/ENS 라이온 대학 생물학 및 의학 교수)근육을 이해하기 위한 기능 유전체학의 다중 접근법의 통합.

근위축증 치료(HCMD)

2007년 알레산드라 카본의 팀 프로젝트는 336개의 단백질의 상호작용을 계산하여 전 세계 및 공공 그리드인 월드 커뮤니티 그리드에 준비 단계를 시작했다.그것은 현재 "근육성 근위축증을 치료하는 도움"으로 공개적으로 알려져 있다.

2009년, 1단계에서 얻은 경험을 활용한 후, 세계 공동체 그리드에서 2단계 프로젝트가 착수되었다.이 거대한 프로젝트를 성취하기 위해, 15만 명의 인터넷 사용자들이 일년 내내 소집되고 헌신될 것이다.

현재 HCMD는 2단계에 있는 가동 프로젝트다.

날짜 위치 계산 입고작업단위 완성
2009년 5월 11일 0 0 0.00%
2010년 1월 15일 16 697 552 861 10 810 355 12.13%
2010년 5월 7일 28 965 307 201 16 586 055 21.04%
2011년 2월 4일 78 226 996 848 33 088 783 56.83%
2011년 5월 16일 96 053 905 758 39 184 254 69.78%

참조

  1. ^ Bertis, Viktor; Bolze, Raphaël; Desprez, Frédéric; Reed, Kevin (April 2008). "Large Scale Execution of a Bioinformatic Application on a Volunteer Grid". Workshop on Parallel and Distributed Scientific and Engineering Computing (PDSEC08).
  2. ^ Bertis, V.; Bolze, R; Desprez, F. (Dec 2009). "From Dedicated Grid to Volunteer Grid: Large Scale Execution of a Bioinformatics Application". Journal of Grid Computing. 7 (4): 463–478.
  3. ^ Bard, Nicolas; Bolze, Raphaël; Caron, Eddy; Desprez, Frédéric; Heymann, Michaël; Friedrich, Anne; Moulinier, Luc; Nguyen, Ngoc-Hoan; Poch, Olivier; Toursel, Thierry (June 2010). "Décrypthon Grid - Grid Resources Dedicated to Neuromuscular Disorders". The 8th HealthGrid conference.

외부 링크