활동 기반 단백질학

Activity-based proteomics
세린 하이드롤라제 슈퍼 패밀리의 프로파일링을 위한 플루오스포네이트-로다민(FP-Rodamine) 활동 기반 프로브이 프로브에서 플루오스포네이트는 세린 하이드롤라제의 활성 사이트 세리뉴클레오필리에 불가역적으로 결합되고 태그는 골내 시각화를 위한 플루오포레인 로다민이기 때문에 반응성 그룹(RG)이다.

활동 기반 프로테오믹스 또는 활동 기반 단백질 프로파일링(ABPP)은 기능적 프로테오믹 기술로, 기계적으로 관련된 효소 등급과 반응하는 화학적 프로브를 사용한다.[1]null

설명

ABPP의 기본 단위는 프로브로서, 일반적으로 반응성 그룹(RG, 때로는 "워헤드"라고도 함)과 태그의 두 가지 요소로 구성된다.또한 일부 프로브에는 선택성을 향상시키는 바인딩 그룹이 포함될 수 있다.반응성 그룹은 일반적으로 활성 효소의 활성 부위에서 핵소독 잔류물과 공동연결이 되는 특수 설계된 전기생물을 포함한다.억제되거나 번역 후 수정된 효소는 활동 기반 탐침에 반응하지 않는다.태그는 Huisgen 1,3-dipolar cycloaddition(클릭 케미컬이라고도 함)과 함께 사용하기 위한 불소포와 같은 리포터 또는 비오틴과 같은 친화도 레이블일 수 있다.[2]null

이점

ABPP의 주요 장점은 단백질이나 mRNA 풍부함에 국한되지 않고 효소 활성 부위의 가용성을 직접 감시할 수 있는 능력이다.내생 억제제와 상호작용하는 경우가 많거나 활동성이 없는 지모균으로 존재하는 세린 하이드롤라이제[3], 야금단백제와[4] 같은 효소의 종류와 함께, 이 기법은 활동보다는 풍요에 의존하는 전통적인 기법보다 귀중한 이점을 제공한다.null

다차원 단백질 식별 기술

동일한 레인에 서로 다른 플루오로포어가 있는 프로브를 사용하여 효소 활성의 차이를 동시에 프로파일링

최근 몇 년 동안 ABPP는 단일 샘플에서 수백 개의 활성 효소를 식별할 수 있는 탠덤 질량 분광법과 결합되었다.ABPP-MudPIT(다차원 단백질 식별 기술)로 알려진 이 기법은 억제제의 효력이 수백 개의 표적에서 동시에 시험될 수 있기 때문에 억제제 선택성을 프로파일링하는 데 특히 유용하다.null

ABPP는 1990년대에 보호제 연구로 처음 보고되었다.[5][6]null

참고 항목

참조

  1. ^ Berger AB, Vitorino PM, Bogyo M (2004). "Activity-based protein profiling: applications to biomarker discovery, in vivo imaging and drug discovery". American Journal of Pharmacogenomics. 4 (6): 371–81. doi:10.2165/00129785-200404060-00004. PMID 15651898. S2CID 18637390.
  2. ^ Speers AE, Adam GC, Cravatt BF (April 2003). "Activity-based protein profiling in vivo using a copper(i)-catalyzed azide-alkyne [3 + 2] cycloaddition". Journal of the American Chemical Society. 125 (16): 4686–7. doi:10.1021/ja034490h. PMID 12696868.
  3. ^ Liu Y, Patricelli MP, Cravatt BF (December 1999). "Activity-based protein profiling: the serine hydrolases". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 96 (26): 14694–9. Bibcode:1999PNAS...9614694L. doi:10.1073/pnas.96.26.14694. PMC 24710. PMID 10611275.
  4. ^ Saghatelian A, Jessani N, Joseph A, Humphrey M, Cravatt BF (July 2004). "Activity-based probes for the proteomic profiling of metalloproteases". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 101 (27): 10000–5. Bibcode:2004PNAS..10110000S. doi:10.1073/pnas.0402784101. PMC 454150. PMID 15220480.
  5. ^ Kam CM, Abuelyaman AS, Li Z, Hudig D, Powers JC (1993). "Biotinylated isocoumarins, new inhibitors and reagents for detection, localization, and isolation of serine proteases". Bioconjugate Chemistry. 4 (6): 560–7. doi:10.1021/bc00024a021. PMID 8305526.
  6. ^ Abuelyaman AS, Hudig D, Woodard SL, Powers JC (1994). "Fluorescent derivatives of diphenyl [1-(N-peptidylamino)alkyl]phosphonate esters: synthesis and use in the inhibition and cellular localization of serine proteases". Bioconjugate Chemistry. 5 (5): 400–5. doi:10.1021/bc00029a004. PMID 7849068.