TMED5

TMED5
TMED5
식별자
에일리어스TMED5, CGI-100, p28, p24g2, 막간 p24 수송단백질 5
외부 IDOMIM: 616876 MGI: 1921586 HomoloGene: 4996 GenCard: TMED5
맞춤법
종.인간마우스
엔트레즈

50999

73130

앙상블

ENSG00000117500

ENSMUSG000063406

유니프로트

Q9Y3A6

Q9CXE7

RefSeq(mRNA)

NM_001167830
NM_016040

NM_028876
NM_001347383
NM_001361466
NM_001361467

RefSeq(단백질)

NP_001161302
NP_057124

NP_001334312
NP_083152
NP_001348395
NP_001348396

장소(UCSC)Chr 1: 93.15 ~93.18 MbChr 5: 108.25 ~108.28 Mb
PubMed 검색[3][4]
위키데이터
인간 보기/편집마우스 표시/편집

트랜스막embrane emp24 도메인 함유 단백질 5는 TMED5 [5]유전자에 의해 인체 내에서 부호화되는 단백질이다.

진

일반 속성

TMED5(transmembrane emp24 domain 함유 단백질 5)는 p28, p24g2, CGI-100으로도 [5]알려져 있다.인간 유전자는 전사 변종 1, 5 엑손, 전사 변종 2의 4 인트론에 걸쳐 30,775개의 염기쌍에 걸쳐 있으며, 1p22.[6]1에서 염색체 1의 마이너스 가닥에 위치한다.

표현

TMED5는 246개 [7]조직에서 검출된 전사물과 함께 어디서나 발현된다.안드로겐 결핍은 [8]대조군에 비해 마우스 비장세포에서 발현을 낮췄다.클라미디아 폐렴에 감염된 인간 수상세포는 중간 정도의 발현을 보이는 [9]비감염 수상세포에 비해 TMED5 발현이 없는 것으로 나타났다.

프로모터와 엑손 위치를 가진 인간 TMED5 유전자 아이소폼 1과 2의 관점.
TMED5의 개념적 번역. 라벨은 시작 및 정지 코돈, 엑손 스플라이스 부위, 도메인 및 모티브, 폴리아데닐화 신호, 예측 RNA 및 miRNA 결합 단백질 및 예측 번역 후 수정이다.굵은 아미노산과 뉴클레오티드는 멀리 떨어져 있는 정형어 사이에서 잘 보존된 것을 나타냅니다.

mRNA 전사

TMED5에는 2개의 부호화 [7]트랜스크립트 배리언트와 대체 스플라이싱에 의해 생성된1개의 비부호화 트랜스크립트 배리언트가 있습니다.이소폼1은 4개의 엑손이 있으며 단백질 229개의 아미노산을 코드한다.Isoform2는 5개의 엑손이 있으며 프레임시프트를 [5]일으키는 추가적인 엑손에 의해 짧은 C-말단 193개의 아미노산으로 단백질을 암호화한다.

단백질

일반 속성

TMED5는 신호펩타이드를 [10]포함한다.신호펩타이드를 분해한 후 TMED5 이소폼1은 아미노산 202개로 구성되며 분자량은 23kDa [11]이하이다.이소폼2의 성숙한 형태는 166개의 아미노산으로 구성되며 분자량은 19kDa이다.[12]두 아이소폼 모두 약 4.[13]6의 등전점을 가진다.

구성.

인간 단백질의 기준 세트에 비해 TMED5는 알라닌과 프롤린 잔류물은 적지만 아스파라긴산과 페닐알라닌 [14]잔류물은 더 많다.TMED5 isoform 1은 그 막 통과 [14]영역에 대응하는 하나의 소수성 세그먼트를 가진다.

도메인과 모티브

TMED5 단백질 isoform 1 시각적으로 Protter를 [15]통해 제작되었습니다.
TMED5 단백질 isoform 2 비주얼은 Protter를 [15]통해 제작되었습니다.

TMED5 이소폼1은 단일 패스 트랜스막단백질이며, 루메날 도메인, 1개의 트랜스막(헬리컬) 도메인 및 세포질 [7]도메인으로 구성되어 있다.

TMED5는 emp24/gp25L/p24 패밀리/[7]GOLD 패밀리 단백질의 일부입니다.

TMED5는 세포질 [16][17]꼬리에 디리신 모티브와 예측 NLS를 포함하고 있습니다.

구조.

TMED5 Isoform 1의 구조는 내강 영역을 구성하는 베타 가닥, 이질 코일 코일 영역, 막 통과 도메인을 구성하는 알파 나선, 세포질 [18][19]영역의 일부를 구성하는 알파 나선으로 구성되어 있다.

Phyre2에 [20]의해 생성된 TMED5의 예측된 3차 구조.신호 펩타이드는 노란색으로 강조 표시됩니다.루멘의 GOLD 도메인은 베타 시트로 구성되어 있습니다.막 통과 도메인은 짧은 세포질 배열에 따라 회색으로 처리된다.

번역 후 수정

TMED5는 세포질 영역에 Ser227과 Thr229라는 [21][22]두 개의 예측된 인산화 부위가 있다.

현지화

TMED5의 예측 위치는 세포 외 N 말단과 세포 내 C 말단을 가진 혈장 막에 있습니다.TMED5의 국소화는 세포질일 것으로 예상되지만,[17][23] 일부 조직에서는 핵에 위치하는 것으로 밝혀졌다.

상호작용단백질

다음 표는 TMED5와 상호작용할 가능성이 가장 높은 단백질의 목록을 제공한다. 이 표에는 p24 [24]단백질군과 상호작용하는 것으로 알려진 Wnt 계열 단백질이 나와 있지 않다.

단백질명 단백질 아브레브 DB 소스 종. 증거 상호 작용 PubMed 아이디
트랜스막embrane emp24 도메인 함유 단백질 2 TMED2 IntAct (IntAct) 호모 사피엔스 태그공면역침입방지[25] 협회. 28514442
트랜스막embrane emp24 도메인 함유 단백질 10 TMED10 IntAct (IntAct) 근골근 태그공면역침입방지[26] 협회. 26496610
단백질 ERGIC-53 LMAN1 민트 호모 사피엔스 형광 현미경법[27] 코로컬라이제이션 22094269
C-X-C 모티브 케모카인 9 CXCL9 IntAct (IntAct) 호모 사피엔스 검증된 2개의[28] 하이브리드 물리적인 관련성 32296183
단백질 아르기닌N-메틸전달효소6 PRMT6 민트 호모 사피엔스 2개의[29] 하이브리드 물리적인 관련성 23455924
포스파티딜타놀라민결합단백질1 PEBP1 IntAct (IntAct) 호모 사피엔스 태그공면역침입방지[30] 협회. 31980649
Ras1의 키나아제 억제제 KSR1 IntAct (IntAct) 호모 사피엔스 태그공면역침입방지[31] 협회. 27086506
내피리파아제 립 IntAct (IntAct) 근골근 태그공면역침입방지[32] 협회. 28514442
히스톤리신N-메틸전달효소PRDM16 Prdm16 민트 근골근 태그공면역침입방지[33] 협회. 30462309
세포내 성장궤적, 서브유닛C iglC2 민트 프랑시셀라툴라렌시스 2개의 하이브리드 풀링[34] 접근법 물리적인 관련성 26714771
ORF9C ORF9C 바이오 그리드 SARS-Cov-2 어피니티 캡처-MS[35] 협회. 32353859
특성화되지 않은 단백질 14 ORF14 IntAct (IntAct) SARS-Cov-2 끌어내리다[35] 협회. 32353859

기능 및 임상적 중요성

TMED5는 p24 단백질 패밀리의 일부로, 일반적인 기능은 분비 경로를 [36]위한 단백질 전달이다.TMED5는 골기가 [37]리본으로 형성될 때 필요하다고 생각됩니다.

글리코실포스파티딜이노시톨 고정단백질(GPI-AP)은 ER에서 [38]골지로의 운반을 위해 p24 화물 수용체에 의존한다.마우스에서 p2422(TMED5의 마우스 맞춤법)의 녹다운은 GPI-AP의 전달 장애를 초래했다.연구는 p2422의 α-나선 영역이 GPI를 결합하며, 이를 COPII 수송 소포에 통합하는 데 필요하다고 결론지었다.[38]

TMED5는 Wnt 리간드의 분비를 위해 필요한 것으로 보고되었다.TMED5는 WNT7B와 상호작용하여 표준 WNT-CTNNB1/β-카테닌 신호 [39]경로를 활성화하는 것으로 확인되었다.이 경로는 Wnt/β-카테닌 신호 경로의 상향 조절이 β-카테닌 세포 축적을 유도하여 세포 [40]증식을 촉진하기 때문에 수많은 암과 관련이 있다.

연구는 방광암이 1p21-22에서 일반적인 염색체 증폭을 보이는 것을 확인했고 TMED5의 [41]유의한 상향 조절을 보여주었다.

진화

호몰로지

패럴로그

TMED5 패럴로그는 TMED1, TMED2, TMED3, TMED4, TMED6, TMED7, TMED8, TMED9 및 [42]TMED10을 포함한다.모든 패럴로그는 보존된 트랜스막 도메인을 공유하며 emp24/gp25L/p24 패밀리/[7]GOLD 패밀리 단백질에 포함된 특징적인 GOLD 도메인을 포함한다.

TMED5 진화 그래프는 진화 속도를 보여줍니다.시토크롬 C는 느린 진화율을 나타내고 피브리노겐 알파는 빠른 진화율을 나타낸다.TMED5는 피브리노겐 알파와 유사한 빠른 진화 속도를 보이는 것으로 나타났다.병렬로그에 대한 발산 추정 일자는 다음과 같이 표시되었다.TMED1은 약 6400만년 전(MYA), TMED3는 약 118MYA, TMED7은 약 122MYA까지 분화했다.

맞춤법

TMED5는 척추동물, 무척추동물, 식물, 곰팡이 등에 보존되는 것으로 밝혀졌으며, [5]이 유전자를 가진 직교체를 가진 243개의 알려진 유기체가 있다.다음 표에는 TMED5의 직교 공간의 샘플이 나와 있습니다.

속과 종 NCBI 등록 번호 분기일(MYA)[43] 시퀀스 길이 시퀀스[42] 아이덴티티
호모 사피엔스(인간) NP_057124.3 0 229 100
팬 트로글로디테(침판지) XP_001154650.1 6 229 99.6
근골(쥐) NP_083152.1 89 229 90
긴꼬리주머니쥐 XP_016284519.1 160 228 84
갈루스갈루스(치킨) NP_001007957.1 318 226 83
게코자포닉스 XP_015268825.1 318 245 73.1
제노푸스 트로피컬리스(서부발톱개구리) XP_031755940.1 351 223 67.7
다니오 레리오(제브라피시) NP_956697.1 433 225 65.1
진코돈형(고래상어) XP_020385910.1 465 224 66.8
옥토퍼스(Octopus) XP_029646555.1 736 239 42.5
흰개미속 (Cryptotermes secundus) XP_023712535.1 736 235 37.5
케노하브디션 엘레강스(회충) NP_502288.1 736 234 37.3
초파리모하벤시스 XP_002009472.2 736 239 36.3
에프리에아 멕시카나(Orchid bee) XP_017762298.1 736 227 26.8
트리코플락스 아드헤렌스 XP_002108774.1 747 193 32.1
근소포루스 XP_023464765.1 1017 199 30.2
코프리놉시스 시네레아(회색 샤그 버섯) XP_001836898.2 1017 199 28.5
쿠루이베로미세스 락티스 XP_453709.1 1017 208 28.1
로담니아아르젠테아(말레우드) XP_030545696.1 1275 217 28.9
케르쿠스 수버(코크 오크) XP_023882547.1 1275 277 28.7
비티스 리파리아(리버뱅크 포도) XP_034686416.1 1275 215 27.3

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