TDR 타깃
TDR Targets | |
|---|---|
| 내용 | |
| 묘사 | 방치된 질병에 대한 화학유전체학 자원 |
| 데이터형 발동. | 유전체학, 의약화학 |
| 유기체 | 방치 열대성 질환을 일으키는 인간 병원체: 플라스모듐, 트리파노소마, 라이슈마니아, 마이코박테륨, 클라미디아, 트레포네마, 볼바키아 엔도심비온츠, 지아디아, 엔타모나스, 트리코모나스, 히스토소마, 에코코커스, 에코코커스 |
| 연락 | |
| 연구소 | UNSAM, 코니셋 |
| 실험실. |  UNSAM 트리파노소매틱스 연구소 |
| 작가들 | 페르난 아구에로, 리오넬 우란 란다부루, 산티아고 카르모나, 마리아 폴라 마가리뇨스, 아리엘 J 베렌슈타인, 산티아고 비델라, 아리엘 체르노모레츠, 파라그 마루, 다나세카란 산무감(현재의)그레고리 크로더, 맷 베리만, 스튜어트 랄프, 데이비드 루스, 웨스 반 부히스(과거). |
| 주요 인용문 | Uran Landaburu L 외 (2019) |
| 발매일 | 2007 |
| 접근 | |
| 웹 사이트 | https://tdrtargets.org |
| 도구들 | |
| 웹 | Perl MVC(Catalyst_(소프트웨어), DBIx:클래스) |
| 여러가지 종류의 | |
| 버전 관리 | TDR 타깃 6 |
| 데이터 릴리즈 빈도수. | 18개월 |
| 버전 | 6 |
| 큐레이션 정책 | 네. |
TDR 대상 데이터베이스는 다양한 게놈 및 화학적 데이터셋의 가용성을 이용하여 방치된 질병 [2]병원체의 약물 및 약물 표적의 식별과 우선순위 지정을 용이하게 하는 생물 정보학 프로젝트이다.데이터베이스 이름의 TDR은 열대병 연구에 초점을 맞춘 세계보건기구(WHO)의 특별 프로그램의 일반적인 약어이다.프로젝트는 이 프로그램의 기금에 의해 시작되었으며(열대의 질병 연구와 훈련을 위한 특별 프로그램 참조), 자원의 초기 초점은 이 프로그램의 높은 우선순위의 유기체/질병에 집중되었다.
이 데이터베이스는 연구자들이 관심 대상이나 화합물에 대한 정보를 찾을 수 있는 웹사이트 또는 전체 [3]게놈의 대상을 우선시하는 도구로서 기능한다.유전자에 우선순위를 부여할 때 개별 데이터베이스 쿼리를 사용하여 하나 이상의 바람직하거나 바람직하지 않은 기준을 지정합니다.각 쿼리의 출력은 유전자 세트(예: 유전자 녹아웃 시 치명적인 표현형을 생성하는 모든 유전자)가 될 것이며, 유전자 세트의 다른 조합은 표준 세트 연산자(Union, Intersection, Subtraction)를 사용하여 얻을 수 있으며, 여기에는 하나 이상의 세트에 존재하는 유전자의 가중치 가능성(특히 유용한 경우)이 포함된다.n 계산 유니언).이 툴을 사용하여 얻은 많은 우선순위 부여가 [4]공개되어 다양한 사용 사례가 제시되고 있습니다.
데이터베이스는 현재 21개의 세균 및 진핵생물 병원체 및 2백만 개 이상의 생물 활성 화합물에 대한 정보를 보유하고 있다.TDR 타깃 데이터베이스에 통합된 정보는 서로 다른 데이터 소스에서 생성되므로 프라이머리 데이터 저장소로 간주할 수 없습니다.
데이터베이스에는 2007년 출시 이후 6개의 주요 릴리스가 있으며, 이는 계통발생학적 커버리지 확장(예: 릴리스 2의 기생충 게놈 포함), 새로운 기능의 통합(예: 릴리스 4의 화학적 유사성 및 하위구조 검색), 데이터베이스를 업스트림 데이터와 동기화하기 위한 주요 데이터 업데이트와 함께 제공되고 있다.rs(릴리스 5) 및 사용자 친화적인 멋진 시각화(릴리스 6)를 통해 Drug_repositioning을 안내하는 다층 네트워크 모델의 통합.
「 」를 참조해 주세요.
레퍼런스
- ^ Urán Landaburu, Lionel; Berenstein, Ariel J.; Videla, Santiago; Maru, Parag; Shanmugam, Dhanasekaran; Chernomoretz, Ariel; Agüero, Fernán (2019). "TDR Targets 6: Driving drug discovery for human pathogens through intensive chemogenomic data integration". Nucleic Acids Research. 48 (D1): D992–D1005. doi:10.1093/nar/gkz999. PMC 7145610. PMID 31680154.
- ^ "TDR Targets website (https://tdrtargets.org)".
- ^ Agüero, Fernán; Al-Lazikani, Bissan; Aslett, Martin; Berriman, Matthew; Buckner, Frederick S.; Campbell, Robert K.; Carmona, Santiago; Carruthers, Ian M.; Chan, A. W. Edith; Chen, Feng; Crowther, Gregory J.; Doyle, Maria A.; Hertz-Fowler, Christiane; Hopkins, Andrew L.; McAllister, Gregg; Nwaka, Solomon; Overington, John P.; Pain, Arnab; Paolini, Gaia V.; Pieper, Ursula; Ralph, Stuart A.; Riechers, Aaron; Roos, David S.; Sali, Andrej; Shanmugam, Dhanasekaran; Suzuki, Takashi; Van Voorhis, Wesley C.; Verlinde, Christophe L. M. J. (2008). "Genomic-scale prioritization of drug targets: The TDR Targets database". Nature Reviews Drug Discovery. 7 (11): 900–907. doi:10.1038/nrd2684. PMC 3184002. PMID 18927591.
- ^ Crowther, Gregory J.; Shanmugam, Dhanasekaran; Carmona, Santiago J.; Doyle, Maria A.; Hertz-Fowler, Christiane; Berriman, Matthew; Nwaka, Solomon; Ralph, Stuart A.; Roos, David S.; Van Voorhis, Wesley C.; Agüero, Fernán (2010). "Identification of Attractive Drug Targets in Neglected-Disease Pathogens Using an in Silico Approach". PLOS Neglected Tropical Diseases. 4 (8): e804. doi:10.1371/journal.pntd.0000804. PMC 2927427. PMID 20808766.
- ^ Berenstein, Ariel José; Magariños, María Paula; Chernomoretz, Ariel; Agüero, Fernán (2016). "A Multilayer Network Approach for Guiding Drug Repositioning in Neglected Diseases". PLOS Neglected Tropical Diseases. 10 (1): e0004300. doi:10.1371/journal.pntd.0004300. PMC 4703370. PMID 26735851.
