바인딩DB
BindingDB | |
|---|---|
| 내용 | |
| 설명 | 화학 데이터베이스 |
| 데이터 유형 발동. | 약물과 같은 성질과 생물학적 활동을 가진 분자 |
| 연락처 | |
| 작가들 | 마이클 길슨, 팀장 |
| 1차 인용 | PMID 17145705 |
| 출시일자 | 1995 |
| 접근 | |
| 웹사이트 | 바인딩DB |
| 다운로드 URL | 다운로드 |
| 잡다한 | |
| 면허증 | BindingDB 데이터는 Creative Commons Attribution-Share Allike 3.0 Unported License에서 제공됨 |
BindingDB는 측정된 결합 친화성의 웹 접근 가능한 공공 데이터베이스로[2][3][4], 주로 약물과 같은 작은 분자와 함께 약물을 대상으로 하는 후보 약물 대상으로 간주되는 단백질의 상호작용을 중점적으로 다룬다.2011년 3월 현재 BindingDB에는 약 65만 개의 바인딩 데이터가 들어 있으며, 5,700개의 단백질 대상과 28만 개의 작은 분자에 대한 데이터가 포함되어 있다.BindingDB는 또한 초분자 시스템을 연구하는 화학자들에게 관심 있는 호스트-게스트 바인딩 데이터 모음도 포함하고 있다.
BindingDB의 목적은 문헌 인식과 구조-활동 관계(SAR 및 QSAR)의 개발, 도킹, 채점 및 자유 에너지 방법과 같은 계산 화학 및 분자 모델링 접근법의 검증, 화학 생물학 및 화학 게노믹스, 의 기초 연구를 통한 의약품 발견을 지원하는 것이다.분자 인식의 물리적 화학
데이터 수집은 효소 억제 및 운동학, 등온 적정 열량 측정, NMR, 방사선과 경쟁 측정 등 다양한 측정 기법에서 도출된다.BindingDB 프로젝트에서 과학 문헌에서 추출한 데이터, 선택된 PubChem 확인 BioAssays 및 잘 정의된 단백질 대상('TARGET_TYPE='TERMIN')이 제공되는 CheEMBL 엔트리를 포함한다.
역사 및 자금 지원
BindingDB 프로젝트는 양적 친화도 데이터의 광범위한 가치와 이러한 데이터에 접근하기 위한 수단으로서 저널 기사의 불충분성을 인정하여 1990년대 중반에 고안되었다.1997년 9월에 NIST가 후원한 워크숍에서 개념을 검증했으며 NSF와 NIST의 자금후원은 단백질-리간드, 단백질-단백질, 호스트-게스트 바인딩을 포함한 다양한 유형의 시스템에 대한 데이터 모음으로 데이터베이스의 초기 개발을 가능하게 했다.그러나, 데이터베이스는 주로 실험주의자들의 예금을 통해 채워질 것이라는 희망은 관철되지 않았고, 그 프로젝트는 문헌에서 자료를 추출하는 책임을 져야 할 것이 분명해졌다.분자 인식 문헌의 방대성과 가용 자원의 한계를 감안할 때, 이는 유용한 데이터베이스를 구축하려면 잘 정의된 고가치 결합 데이터 집합에 대한 주의를 제한해야 한다는 것을 의미했다.
이 결정은 약물 표적 또는 잠재적 약물 표적이 되는 단백질로 작은 분자에 대한 결합 데이터에 초점을 맞추고, PDB에서 3차원 구조를 사용할 수 있거나 유사한 단백질 구조를 기반으로 높은 정확도로 모델링할 수 있는 데이터에 초점을 맞추었다.이러한 선택은 리간드 기반 및 구조 기반 계산 리간드 설계 방법의 개발뿐만 아니라 선택된 대상에 대한 약물 발견에 도움이 될 것이다.마이클 길슨이 이끄는 UC 샌디에이고의 스카그스 약학 및 약학대학에 본부를 두고 NIH의 보조금으로 지원하는 바인딩DB의 현재 초점이다.
역량
BindingDB의 웹 인터페이스는 다양한 탐색, 쿼리 및 데이터 다운로드 도구를 제공한다.여기에는 대상 단백질의 이름 또는 저널 인용에 의한 검색, 화학적 유사성과 하부 구조에 의한 쿼리, 대상 또는 쿼리 결과에 의한 다운로드가 포함된다.
참고 항목
참조
- ^ 류,티,린,Y,웬,X,조리센,R.N, 길슨,M.K. 바인딩DB: 실험적으로 결정된 단백질-리거 및 결합 친화성 핵산 연구 35:D198-D201(2007)의 웹 액세스 데이터베이스.
- ^ 첸, 엑스, 린, 길슨, 엠케이바인딩 데이터베이스:개요 및 사용 설명서 바이오폴리머 핵산 과학. 61:127-141(2002)
- ^ 첸,X,린,Y,류,M,길슨,M.바인딩 데이터베이스:데이터 관리 및 인터페이스 설계 생물정보학 18:130-139(2002)
- ^ Chen,X,Ru,M,Gilson,M.K.Binding DB : 웹 접근 가능한 분자 인식 데이터베이스 J.Combi.Chem. High-Throughput 화면 4:719-725(2001)
