비교독성유전체학 데이터베이스

Comparative Toxicogenomics Database
비교독성유전체학데이터베이스(CTD)
개발자노스캐롤라이나 주립대학교 생물과학부 및 MDI 생물연구소 생물정보학부
초기 릴리즈2004년 11월 12일; 17년 전(2004-11-12)
이용가능기간:영어
유형생물정보학, 데이터 분석
웹 사이트ctdbase.org

Comparative Toxicogenomics Database(CTD)는 2004년 11월에 출시된 공개 웹사이트이자 연구 도구로서 화학물질/약물, 유전자/단백질, 질병, 분류군, 표현형, GO 주석, 경로 및 상호작용 모듈 간의 관계를 설명하는 과학적 데이터를 큐레이션합니다.데이터베이스는 North Carolina State University 생물과학부에 의해 관리되고 있습니다.

배경

Comparative Toxicogenomics Database(CTD)는 화학 물질, 유전자/단백질, 질병, 분류군, 표현형, GO 주석, 경로 및 상호작용 모듈 간의 관계를 설명하는 과학 데이터를 큐레이션하는 공개 웹사이트이자 연구 도구입니다.[1][2][3][4]데이터베이스는 North Carolina State [citation needed]University 생물과학부에 의해 관리되고 있습니다.

목표 및 목표

CTD의 주요 목표 중 하나는 환경 화학 물질이 인간의 건강에 미치는 영향을 유전학적 수준에서 이해하는 것입니다. 독성 유전체학이라고 불리는 분야입니다.

많은 만성질환의 병인은 환경요인과 중요한 생리적 과정을 조절하는 유전자 사이의 상호작용을 포함한다.화학물질은 환경의 중요한 구성요소이다.천식, 암, 당뇨병, 고혈압, 면역 결핍, 파킨슨병과 같은 질환들은 환경에 의해 영향을 받는 것으로 알려져 있다. 그러나 이러한 상관관계를 뒷받침하는 분자 메커니즘은 잘 알려져 있지 않다.CTD는 이러한 메커니즘을 해결하는 데 도움이 될 수 있습니다.CTD에 대한 동료 검토된 최신 과학 기사 목록은 출판 페이지에서[5] 확인할 수 있습니다.

핵심 데이터

CTD는 바이오쿨레이터가[6][7] 과학 문헌을 읽고 4종류의 핵심 데이터를 수동으로 큐레이션하는 독특한 자원입니다.

  • 화학-유전자 상호작용
  • 화학 질환 관련성
  • 유전자-질병 관련성
  • 화학-표현형 연관성

데이터 통합

위의 4가지 데이터 세트를 통합함으로써 CTD는 자동으로 추정 화학 유전자형 질병 네트워크를 구축하여 환경영향 질환의 기초가 되는 분자 메커니즘을 조명한다.

이러한 추론된 관계는 통계적으로 점수가 매겨지고 순위가 매겨지며, 과학자와 계산 생물학자들이 독성 유전학적 메커니즘과 그것들이 인간의 건강과 어떻게 관련이 있는지에 대한 테스트 가능한 가설을 생성하고 검증하기 위해 사용할 수 있다.

사용자는 CTD를 검색하여 화학 물질, 유전자, 질병 또는 이 세 가지 개념 사이의 상호작용에 대한 과학적 데이터를 탐색할 수 있습니다.현재 [when?]CTD는 척추동물과 무척추동물의 독성유전학 데이터를 통합하고 있다.

CTD는 다음 데이터베이스와의 또는 하이퍼링크를 통합합니다.

레퍼런스

  1. ^ Mattingly CJ, Rosenstein MC, Colby GT, Forrest JN, Boyer JL (Sep 2006). "The Comparative Toxicogenomics Database (CTD): A Resource for Comparative Toxicological Studies". Journal of Experimental Zoology Part A: Comparative Experimental Biology. 305 (9): 689–92. doi:10.1002/jez.a.307. PMC 1586110. PMID 16902965.
  2. ^ Mattingly CJ, Rosenstein MC, Davis AP, Colby GT, Forrest JN, Boyer JL (Aug 2006). "The Comparative Toxicogenomics Database (CTD): A Cross-Species Resource for Building Chemical-Gene Interaction Networks". Toxicol. Sci. 92 (2): 587–95. doi:10.1093/toxsci/kfl008. PMC 1586111. PMID 16675512.
  3. ^ Mattingly CJ, Colby GT, Rosenstein MC, Forrest JN, Boyer JL (2004). "Promoting comparative molecular studies in environmental health research: an overview of the comparative toxicogenomics database (CTD)". Pharmacogenomics J. 4 (1): 5–8. doi:10.1038/sj.tpj.6500225. PMID 14735110.
  4. ^ Mattingly CJ, Colby GT, Forrest JN, Boyer JL (May 2003). "The Comparative Toxicogenomics Database (CTD)". Environ. Health Perspect. 111 (6): 793–5. doi:10.1289/ehp.6028. PMC 1241500. PMID 12760826. Archived from the original on 2010-06-06.
  5. ^ CTD 퍼블리케이션 페이지 ctdbase.org
  6. ^ Bourne PE, McEntyre J (Oct 2006). "Biocurators: Contributors to the World of Science". PLOS Comput. Biol. 2 (10): e142. Bibcode:2006PLSCB...2..142B. doi:10.1371/journal.pcbi.0020142. PMC 1626157. PMID 17411327.
  7. ^ Salimi N, Vita R (Oct 2006). "The Biocurator: Connecting and Enhancing Scientific Data". PLOS Comput. Biol. 2 (10): e125. Bibcode:2006PLSCB...2..125S. doi:10.1371/journal.pcbi.0020125. PMC 1626147. PMID 17069454.
  8. ^ ChemIDplus 미국 국립 의학 도서관, N.D. 2015년 11월 7일 회수
  9. ^ diXa Data Warehouse 2015년 11월 7일 취득
  10. ^ Hendrickx, D. M.; Aerts, H. J. W. L.; Caiment, F.; Clark, D.; Ebbels, T. M. D.; Evelo, C. T.; Gmuender, H.; Hebels, D. G. A. J.; Herwig, R.; Hescheler, J.; Jennen, D. G. J.; Jetten, M. J. A.; Kanterakis, S.; Keun, H. C.; Matser, V.; Overington, J. P.; Pilicheva, E.; Sarkans, U.; Segura-Lepe, M. P.; Sotiriadou, I.; Wittenberger, T.; Wittwehr, C.; Zanzi, A.; Kleinjans, J. C. S. (12 December 2014). "diXa: a data infrastructure for chemical safety assessment". Bioinformatics. 31 (9): 1505–1507. doi:10.1093/bioinformatics/btu827. PMC 4410652. PMID 25505093.
  11. ^ 온라인 훈련, 질병 데이터 유럽 분자 생물학 연구소, 2015년 11월 7일 회수
  12. ^ NCBI 분류법

외부 링크