OCC-1

OCC-1

OCC-1(대장암-1에서 과발현)은 인간에서 유전자 C12 또는 [1]f75에 의해 암호화된 단백질입니다.이 유전자는 길이가 약 40,882 bp이고 63개의 아미노산을 암호화합니다.OCC-1은 인체 전반에 걸쳐 보편적으로 발현됩니다.OCC-1은 다양한 대장암에서 [2]과발현되는 것으로 나타났습니다.이 유전자의 새로운 스플라이스 변이체는 다양한 인간 암 유형에서도 발견되었습니다. 새로운 더 작은 단백질(51개의 아미노산)을 인코딩하는 것 외에도, OCC-1 유전자는 비 단백질 코딩 RNA 스플라이스 변이체 lncRNA(OC-D 변이체라고 함)를 생성합니다.

진

위치 및 크기: C12 또는 f75는 12번 염색체의 플러스 가닥(12q23.3)[3]을 따라 발견됩니다.이 유전자는 길이가 40,882 bp이고 게놈 서열은 105,330,636 bp에서 시작하여 105,371,518 bp에서 끝납니다.C12orf75는 6개의 엑손을 포함하고 있으며 KCCAT198(신생 투명 세포 암 관련 전사본 198)[4]에 의해 측면에 있습니다.

mRNA

C12 또는 f75는 가장 긴 것이 1386 [5]bp라는 mRNA의 여러 전사를 인코딩합니다.이 스플라이스 변형의 성숙한 mRNA는 6개의 엑손을 포함합니다.

단백질

구조.

주요 구조: OCC-1 단백질은 길이가 63개의 아미노산이고 분자량이 6.[7]4 kdal입니다.OCC-1은 잔류물 8부터 27까지 "오피오이드 성장 인자 수용체 반복"(OGFr) 모티프를 포함합니다. OCC-1은 등전점이 OCC-1인 산성 단백질입니다.[9]

보조 구조:OCC-1의 2차 구조는 여러 코일, 몇 개의 알파 나선 및 몇 개의 베타 시트의 조합입니다.피레 2 프로그램은 52% 알파 나선, 6% 베타 시트, 70% [10]무질서 상태입니다.잔류물 31부터 38까지의 예측 영역 β-시트는 다른 프로그램에 의해 예측된 α-헬리스 및 β-시트 영역과 일치합니다.OCC-1은 가용성 단백질입니다. SOUSI 프로그램에 따르면 따라서 막간 [11]도메인이 없습니다.

3차 구조: iTASSER에 의한 예상 폴딩이 [12]표시됩니다.

OCC-1

번역 후 변형: OCC-1은 O-글리코실화,[13] 인산화 및 미리스토일화의 번역 후 변형을 겪을 것으로 예상됩니다.

수정 유형 아미노산 위치 단백질에 미치는 영향
O-N-아세틸레글루코사민 Ser6, Thr9, Ser10, Thr25, Ser54 세포질 위치, 세포 신호 전달
인산화 28세, 42세, 59세 단백질의 입체구조 변화, 효소 기능
미리스토일화 Gly2, Gly4, Gly40, Gly44 약한 단백질-단백질 및 단백질-지질 상호작용을 허용합니다.

하위 세포 위치:k-NN 도구는 OCC-1을 65.2%의 확실성, 13%의 미토콘드리아, 8.7%의 분비물 소포, 4.3%의 세포질, 4.3%의 액포로 세포핵에 배치합니다.

호몰로지

병렬 연결: OCC-1에는 알려진 병렬 연결이 없습니다.

Orthologs: OCC-1은 포유류, 파충류, 양서류,[14] 조류, 그리고 악티놉테리기에서 발견되었습니다.이 유전자는 식물, 원생 동물, 곰팡이, 고균 또는 박테리아에서 발견되지 않습니다.가장 먼 정형외과학자는 약 4억 3천 6백 5십만 년 [15]전에 인간 유전자에서 갈라진 오리자스 라티퍼스 또는 일본 쌀 물고기입니다.

계통발생:오른쪽의 계통발생학적 나무는 인간 사이의 OCC-1의 진화와 OCC-1을 포함하는 다양한 분류군의 정형외과를 보여줍니다.이 계통수의 결과는 지구상의 동물들의 예측된 진화 역사와 일치합니다.

OCC-1 계통수

표현

발현 수준: OCC-1은 신체 전반에 걸쳐 중간에서 높은 발현을 가지고 있기 때문에, OCC-1은 사람에게 보편적으로 발현됩니다. 특히 신장, 골격근 및 췌장에서 높은 발현과 심장에서 낮은 발현입니다.OCC-1은 다양한 대장암에서 [16]과발현되는 것으로 나타났습니다.상동 표현과 관련하여, 현장 혼성화 데이터는 OCC-1이 활동 의존적인 [17]방식으로 마크의 1차 시각 피질에서 표현된다는 것을 밝혔습니다.

질병 상태 표현: NCBI UniGene의 프로필은 부신 종양, 연골육종, 위장 종양, 신장 종양, 백혈병, 간 종양, 전립선 암, 연조직/근육 조직 종양 및 자궁 [18]종양에서 OCC-1의 발현을 보여줍니다.

표현의 조절

주최자:OCC-1의 프로모터는 [19]GXP_4407929와 601 bp입니다.프로모터는 플러스 가닥에서 찾을 수 있으며 105234790bp에서 시작하여 105235390bp에서 끝납니다.

상호작용하는 단백질

OCC-1은 HRG4, ELAVL1, c-REL 및 IRS4와 상호 작용하는 것으로 나타났습니다. ELAVL1은 유전자 발현을 위해 안정화된 mRNA 기능을 합니다.C-REL은 림프구와 세포 성장/[20]생존에 관여하며, T 세포 악성 종양 및 암에 특정한 존재를 합니다.HRG4는 신호 전달 및 감각 신경 세포를 수송하는 역할을 하며 주로 [21]망막에 위치하며, 이는 현장 혼성 데이터를 통해 맥크의 뇌에서 발현을 발견하는 것과 관련이 있습니다.IRS4는 인슐린 [22]수용체와 같은 티로신인산화효소 활성으로 구성된 성장인자 수용체 사이의 계면으로 기능합니다.IRS4는 또한 IGF1R 유사생성 신호 경로와 관련이 있습니다.

임상적 의의

OCC-1은 다발성 대장암에서 [citation needed]과발현되는 것으로 나타났습니다.

레퍼런스

  1. ^ "C12orf75 chromosome 12 open reading frame 75 [Homo sapiens (human)] – Gene – NCBI". Ncbi.nlm.nih.gov. Retrieved 2016-05-05.
  2. ^ Pibouin, Laurence; Villaudy, Jacqueline; Ferbus, Didier; Muleris, Martine; Prospéri, Marie-Thérèse; Remvikos, Yurgos; Goubin, Gérard (2002). "Cloning of the mRNA of overexpression in colon carcinoma-1". Cancer Genetics and Cytogenetics. 133 (1): 55–60. doi:10.1016/S0165-4608(01)00634-3. PMID 11890990.
  3. ^ "C12orf75 Gene (Protein Coding) : Chromosome 12 Open Reading Frame 75". Genecards.org. Retrieved 2016-05-05.
  4. ^ "KCCAT198 renal clear cell carcinoma-associated transcript 198 [Homo sapiens (human)] – Gene – NCBI". Ncbi.nlm.nih.gov. Retrieved 2016-05-05.
  5. ^ "Homo sapiens chromosome 12 open reading frame 75 (C12orf75), mRNA – Nucleotide – NCBI". Ncbi.nlm.nih.gov. 2015-09-28. Retrieved 2016-05-05.
  6. ^ "overexpressed in colon carcinoma 1 protein [Homo sapiens] – Protein – NCBI". Ncbi.nlm.nih.gov. 2015-09-28. Retrieved 2016-05-05.
  7. ^ "SDSC Biology Workbench". Workbench.sdsc.edu. Retrieved 2016-05-05.
  8. ^ "Motif Scan". Myhits.isb-sib.ch. Retrieved 2016-05-05.
  9. ^ "SDSC Biology Workbench". Workbench.sdsc.edu. Retrieved 2016-05-05.
  10. ^ Lawrence Kelley (2011-02-14). "PHYRE2 Protein Fold Recognition Server". Sbg.bio.ic.ac.uk. Retrieved 2016-05-05.
  11. ^ [1][데드링크]
  12. ^ "I-TASSER server for protein structure and function prediction". Zhanglab.ccmb.med.umich.edu. Retrieved 2016-05-05.
  13. ^ "SIB Bioinformatics Resource Portal – Resources". ExPASy. 2015-07-31. Retrieved 2016-05-05.
  14. ^ "BLAST: Basic Local Alignment Search Tool". Blast.ncbi.nlm.nih.gov. 2016-01-20. Retrieved 2016-05-05.
  15. ^ "The Timescale of Life". TimeTree. Retrieved 2016-05-05.
  16. ^ "Home – Geo – Ncbi". Ncbi.nlm.nih.gov. Retrieved 2016-05-05.
  17. ^ Tochitani, Shiro; Liang, Fengyi; Watakabe, Akiya; Hashikawa, Tsutomu; Yamamori, Tetsuo (2001). "Theocc1gene is preferentially expressed in the primary visual cortex in an activity-dependent manner: A pattern of gene expression related to the cytoarchitectonic area in adult macaque neocortex". European Journal of Neuroscience. 13 (2): 297–307. doi:10.1046/j.0953-816x.2000.01390.x. PMID 11168534. S2CID 13112356.
  18. ^ "Home – UniGene – NCBI". Ncbi.nlm.nih.gov. 2015-09-28. Retrieved 2016-05-05.
  19. ^ "Genomatix: Login Page". Genomatix.de. Retrieved 2016-05-05.
  20. ^ Gilmore, T. D.; Gerondakis, S. (2011). "The c-Rel Transcription Factor in Development and Disease". Genes & Cancer. 2 (7): 695–711. doi:10.1177/1947601911421925. PMC 3218406. PMID 22207895.
  21. ^ Higashide, Tomomi; Inana, George (1999). "Characterization of the Gene for HRG4 (UNC119), a Novel Photoreceptor Synaptic Protein Homologous to Unc-119". Genomics. 57 (3): 446–50. doi:10.1006/geno.1999.5791. PMID 10329014.
  22. ^ "IRS4 – Insulin receptor substrate 4 – Homo sapiens (Human) – IRS4 gene & protein". Uniprot.org. Retrieved 2016-05-05.