NBPF1

NBPF1
NBPF1
식별자
에일리어스NBPF1, AB13, AB14, AB23, AD2, NBG, NBPF, 신경아세포종 브레이크포인트 패밀리 1, NBPF 부재 1
외부 IDOMIM : 610501 HomoloGene : 41035 GenCard : NBPF1
맞춤법
종.인간마우스
엔트레즈

55672

없음

앙상블

ENSG00000219481

없음

유니프로트

Q3BBV0

없음

RefSeq(mRNA)

NM_017940

없음

RefSeq(단백질)

NP_060410

없음

장소(UCSC)Chr 1: 16.56 ~16.61 Mb없음
PubMed 검색[2]없음
위키데이터
인간 보기/편집

신경아세포종 브레이크포인트 패밀리, 멤버 1, 또는 NBPF1은 인간에서 NBPF1 유전자에 의해 암호화되는 단백질이다.이 단백질은 신경계의 [3]발달에 관여하는 것으로 생각되는 단백질 그룹인 신경아세포종 단백질의 중단점 패밀리의 구성원이다.

진

인간의 NBPF1 유전자는 인간의 1p36.3의 마이너스 가닥에 위치하며 엑손과 인트론을 포함한 길이 51179개의 염기쌍이다.NBPF1은 Neuroblastoma Breakpoint Family 유전자와 의사유전자의 26개 알려진 구성원 중 하나이다.NBPF2 유사유전자와 NBPF3 유전자는 NBPF1에 가까운 가장 유사한 유전자이며 염색체 위치 1p36.12에 존재한다.NBPF 유전자 패밀리의 대부분의 구성원은 인간의 염색체 위치 1q21.1-1q23.3에 위치하고 있으며, 이러한 유전자들은 [4]NBPF1보다 순차적으로 서로 더 유사하다.

1번 염색체의 다른 유전자에 대한 NBPF1의 위치

성적표

사람의 NBPF1에 대한 기록은 28 엑손으로 구성된 6183 염기쌍 mRNA이다.예측된 NBPF1의 대체 스플라이싱 형태는 14개 이상이지만, 스플라이스 형태 중 7개만 관찰되었다.가능한 모든 대화록 중에서, 오직 두 개만이 단백질을 코드하는 것으로 알려져 있다.이들 중 하나는 길이 1139개의 아미노산과 23개의 코드 엑손이고, 다른 하나는 길이 1095개의 아미노산과 23개의 코드 엑손입니다.코딩되지 않은 트랜스크립트가 처리되지만 그 기능을 알 [3][5][6]수 없습니다.

단백질

NBPF1은 인간의 1214 아미노산 긴 단백질로 무게는 139kD이고 등전점은 약 5입니다.이 단백질의 조성에 대한 특징은 글루타민과 글루탐산 잔류물 모두에서 대부분의 다른 단백질보다 훨씬 풍부하다는 것이다.게다가, 그것은 인간, 다른 영장류 그리고 심지어 아르마딜로에게 [7]존재하는 아미노산 반복을 포함합니다.또 다른 특징은 NBPF1 단백질이 당화, N-연결 글리코실화, O-GlcNAc 부착, O-연결 글리코실화,[8] 인산화 및 Sumoylation을 포함한 번역 후 변형이 있을 것으로 예상되는 잔류물을 포함하고 있다는 것이다.NBPF1 단백질에서 가장 중요한 도메인유형은 코일코일 도메인과 DUF1220 도메인입니다.NBPF1에는 인간의 경우 3개의 코일 코일 도메인과 9개의 DUF1220 도메인이 포함되어 있습니다.코일 코일 도메인은 60-100개의 아미노산 길이이며, DUF1220 도메인은 약 65개의 염기쌍으로 배열 [9]유사성이 높습니다.

DUF1220 도메인(파란색)과 코일 코일 도메인(노란색)의 위치를 나타내는 NBPF1의 아미노산 배열.

상호 작용

인간 NBPF1은 단백질 복합 면역[10] 침강과 친화성 크로마토그래피 [11]모두를 통해 유비퀴틴 C와 상호작용하는 것으로 나타났다.2-하이브리드 스크리닝 분석에 따르면 NBPF1은 세포 [12]증식을 위한 Wnt 시그널링에 관여하는 단백질인 베타-카테닌 억제제인 CBY1의 코일 코일 도메인과 상호작용하는 것으로 나타났다.또한 2개의 하이브리드 스크린은 NBPF1이 박테리아 Franciseella tularensis의 산화환원효소 철/아스코르브산염 패밀리 단백질 및 박테리아 Bacillus [13]anthracis의 비특징 단백질과 상호작용했음을 보여준다.

기능적 및 임상적 중요성

NBPF1 단백질의 기능은 알려지지 않았지만 물리적, 화학적 특성은 NBPF1 단백질의 기능에 대한 통찰력을 줄 수 있다.다른 NBPF 단백질과 마찬가지로, NBPF1 단백질 제품은 DUF1220이라고 불리는 반복적인 도메인을 포함하고 있는데, 이것은 인간의 [14]뇌 복잡성과 관련이 있다고 생각되는 알려지지 않은 기능의 도메인이다.첫째, NBPF1은 양전하를 띤 핵 국재 신호를 포함하고 있기 때문에 핵단백질일 것으로 예측된다.NBPF1과 전사인자 STAT3/dna 복합체 또는 STAT1/dna 복합체와 유사한 보존된 DNA 결합 도메인의 이러한 핵 국재화 신호는 전사인자로[15] 작용할 수 있음을 시사한다.

이것은 PSORT II 프로그램을 이용한 NBPF1의 예측 핵 국재화 신호이다.

둘째, DUF1220 유전자를 가진 NBPF1과 같은 유전자는 인간의 신경 생성 중에 발현된다.인간 게놈에 존재하는 DUF1220 도메인의 수는 뇌의 크기와 [16]뇌에 존재하는 뉴런의 양과 관련이 있다.또한 DUF1220 도메인의 높은 복사 수는 종종 시냅스 [17]가지치기를 하지 않는 뉴런의 과잉으로 인해 발생하는 자폐증의 심각성 증가와 관련이 있다.

Phyre2를 이용한 NBPF1의 Stat-1 및 Stat3b 유사 DNA 결합 도메인의 예측 구조

NBPF1 단백질은 또한 인간 신경아세포종의 [18]경우에 따라 1번과 17번 염색체 사이의 염색체 전위치에 의해 파괴되는 것으로 밝혀졌다.추가 연구는 NBPF1을 세포 배양에 추가하는 것이 포시 형성의 발생률을 낮추기 때문에 종양 억제 유전자일 가능성이 있다는 것을 보여준다.또한 NBPF1은 다른 [19]단백질과의 올리고머화에 공통적으로 관여하는 3개의 코일 코일 구조를 포함한다.위의 상호작용에 기초하여 NBPF1은 Wnt [18]시그널링을 억제하는 CBY1의 코일코일 도메인과 상호작용하는 것으로 나타납니다.뇌의 이상 Wnt 시그널링은 신경아세포종의 [20]종양 성장과 약물 내성의 일반적인 원인이며, NBPF1이 이 경로에 직접 영향을 미칠 경우 뇌에서 종양 억제 유전자로 작용할 수 있음을 추가로 시사한다.

NBPF1은 인간의 신경생성 동안 증식과 성인기 동안 성장 억제에 관여하는 것으로 보인다.DUF1220 및 코일형 코일 도메인이 다른 수명 단계에서 중요할 수 있습니다.DUF1220 도메인은 신경 생성에 중요한 반면 코일 코일 도메인은 세포 증식 억제제의 결합과 관련이 있다.자폐증과 신경아세포종 비율 사이에 알려진 차이는 없지만,[21] 비록 이것을 보여주기 위해 더 많은 연구가 필요하지만, 한 연구는 콤보비드 소두증과 신경아세포종 질환의 존재를 보여주었다.이러한 예측에 근거해, NBPF1의 부족은, 비록 이 연관성이 잘 이해되지 않지만, 태아 신경 발생과 뇌의 산후 종양 억제를 막을 수 있다.

표현

NBPF1은 인간의 모든 조직에서 보편적으로 발현되지만 골수, 골격근, 뇌, 척수에서 가장 높은 수준의 발현을 보인다.그것은 췌장, 신장, [22]폐와 같은 다른 조직들에서 약간 낮은 수준으로 발현된다.뇌에서 NBPF1 발현은 전두엽, 측두엽, 두정엽에서 가장 높고 심실과 [23]소뇌에서 가장 낮다.단백질 조성에 근거하여, 인간의 NBPF1과 관련된 종의 NBPF1은 [24]핵에 국재할 가능성이 가장 높다.

NCBI GEO 프로파일에 기반한 NBPF1의 발현, 전체 조직 발현 프로파일

NBPF1 및 그 오솔로그의 예측 현지화[24]

종. 핵 %Vacuolar 세포질 %사이토골격
인간 87.0 4.3 4.3 4.3
마카크 65.2 4.3 17.4 4.3
개코원숭이 82.6 0.0 13.0 0.0
소. 65.2 0.0 17.4 0.0
아르마딜로 65.2 0.0 13.0 0.0

발현 연구는 체외에서 다른 실험 조건 하에서 NBPF1의 변화를 보여주었다.우선, 신경계 전사 인자 SOX11의 고갈에 의해, NBPF1의 [25]발현이 약간 증가한다.또한 원상류 원소결합단백질 1의 불활성화는 NBPF1의 감소를 가져오고 원상류 결합단백질 2, 3의 불활성화는 NBPF1의 [26]발현 증가를 일으킨다.원상류 결합 요소는 유전자 증강제를 이용한 전사 조절에 관여하며, 각각 다른 결합 [27]부위를 가지고 있다.혈액-뇌 장벽과 같은 단단한 결합을 형성하는 단백질인 CLDN1의 과잉 발현은 NBPF1의[28] 발현을 급격히 감소시킨다.

호몰로지와 진화

맞춤법

NBPF1 자체는 영장류에만 존재하지만, 소, 고양이, 고래와 같은 다른 포유동물에는 단백질과 같은 다양한 NBPF가 존재한다.NBPF 유사 유전자의 유전자 배열은 영장류 NBPF 유전자와 거의 유사하지 않다.이 유전자들은 쥐나 쥐와 같은 모델 포유류에는 전혀 없는 것으로 보인다.인간 게놈에 있는 많은 양의 NBPF 유전자는 모든 NBPF 유전자가 너무 비슷하고 반복적이어서 서로 쉽게 재결합하여 복제를 일으키기 때문에 최근의 복제에 의한 것일 가능성이 높다.NBPF 유전자의 반복 배열 수 변화도 사람 [29]내에서도 다양하다.DUF1220 도메인은 또한 NBPF 단백질의 다른 종에 있는 인간과 매우 다르다.한 종이 인간과 멀리 떨어져 있을수록, 그 종은 더 적은 수의 DUF1220 도메인을 가지고 있다.인간은 평균적으로 NBPF 유전자에 272개의 DUF1220 도메인을 가지고 있는 반면 침팬지는 125개, 마카크는 35개, 돌고래는 [30]4개만 가지고 있다.

이것은 다중 시퀀스 얼라인먼트에 기초한 NBPF1 유사성 간의 예측된 관계를 나타냅니다.

NBPF1의 선택된 직교[31][32]

종. 통칭 인간과의 분기 시간(mya) NCBI 가입 번호 배열 길이(아미노산) 인간 NBPF1과의 단백질 유사성 인간 NBPF1과의 mRNA 유사성
호모 사피엔스 인간 0 AAX85114.1 1214 100% 100%
침팬지 침팬지 6.3 XP_009439437.1 656 93% 98%
마카카속 게먹이원숭이 29 XP_005544713.1 1173 77% 87%
토시옵스자루테츠 병코돌고래 94.2 XP_004329243.1 888 40% 37%
보스 황소자리 소 94.2 XP_005197798.1 633 39% 36%
펠리스카투스 길들여진 고양이 94.2 XP_011283477.1 813 38% 35%
서스스크로파 돼지. 94.2 XP_005653139.1 567 36% 40%
중편광대 아홉줄아르마딜로 104.2 XP_004469026 934 30% 34%

패럴로그

NBPF1의 패럴로그는 NBPF 단백질군의 다른 구성원이다.이들 병변 사이의 가장 높은 유사성은 인간의 진화 동안 유전자 복제의 증거를 더욱 보여준다.

다중 배열 배열에 기초한 NBPF1 패럴로그의 뿌리 계통수.

NBPF1의 선택된 패럴로그

유전자명 NCBI 가입 번호 배열 길이(아미노산) 단백질 배열 동일성 단백질 배열 유사성
NBPF1 NP_060410.2 1214 100% 100%
NBPF12 NP_001265070.1 1457 100% 93%
NBPF8 NP_001032590.2 942 100% 93%
NBPF14 NP_056198.2 2819 100% 92%
NBPF15 NP_775909.2 670 98% 93%
NBPF3 NP_115640.1 633 100% 75%

레퍼런스

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