계통학 소프트웨어 목록

List of phylogenetics software

이 계통유전학 소프트웨어 목록은 계통수 생성에 사용되는 컴퓨터 계통유전학 소프트웨어를 편집한 것입니다.이러한 도구는 비교 유전체학, 분체학 및 생물 정보학에서 일반적으로 사용됩니다.계통 발생을 추정하는 방법에는 인접 결합, 최대 근소화(단순히 근소화라고도 함), UPGMA, 베이지안 계통 발생학적 추론, 최대우도 및 거리 매트릭스 방법이 포함된다.

목록.

이름. 묘사 방법들 작가.
어댑터[1] qpGraph, qpAdm, qpWave 및 qpDstat 프로그램을 포함하는 R 소프트웨어 패키지 닉 패터슨과 데이비드 라이히
앤세스[2] 트리 다중 샘플 암 시퀀스 데이터에서 클론 트리 재구성을 위한 알고리즘입니다. 최대우도, 정수선형 프로그래밍(ILP) M. El-Kebir, L. Oesper, Acheson-Field, B. J. 라파엘
알리그루브 다중 시퀀스 정렬 내 이종 시퀀스 발산 시각화 및 팽창된 분기 지지대 감지 다중 시퀀스 얼라인먼트에서 다른 분류군과 비교하여 주로 랜덤화된 시퀀스 유사성을 보이는 단일 분류군의 식별 및 특정 토폴로지에서 노드 지원의 신뢰성 평가 패트릭 퀴크, 샌드라 에이 메이드, 크리스티안 그로, 베른하르트 미소프, 요한 볼프강 베겔레
흉내를[4] 내다 계통유전학 및 진화 분석을 위한 R-Project 패키지 다종다양한 계통학적 기능을 제공합니다. 메인터너: Emmanuel Paradis
Armadillo 워크플로우[5] 플랫폼 계통발생 및 일반 생물정보 분석 전용 워크플로우 플랫폼 거리, 최대우도, 최대치, 베이지안 방법 및 관련 워크플로우를 사용한 계통수 추론. 로드, M. 르클레르크, A.BOC, A.B. Diallo, V.마카렌코프
BALI-Phy[6] 정렬과 계통 발생의 동시 베이지안 추론 베이지안 추론, 정렬 및 트리 검색. M.A. 수차드, B. D. 레델링스
배트윙[7] 내부 노드 생성을 수반하는 트리의 베이지안 해석 베이지안 추론, 인구통계학적 역사, 인구분할 I. J. 윌슨, Weale, D.제모
베이즈필로지[8] 마르코프 연쇄 몬테카를로 방법을 이용한 나무의 베이지안 추론 베이지안 추론, 다중 모형, 혼합물 모형(자동 분할) M. Pagel, A.미드
베이즈트레이츠[9] 계통 발생 또는 계통 발생 샘플을 이용할 수 있는 종군 간의 특성 진화 분석 특성 분석 M. Pagel, A.미드
비스트[10] 베이지안 진화 분석 샘플링 트리 베이지안 추론, 완화 분자 시계, 인구 통계학적 역사 A. J. 드러몬드, M. A. 수차드, D. Xie & A. 램바우트
바이오 수치 시퀀스 데이터의 트리 및 네트워크 추론을 포함한 모든 유형의 생물학적 데이터의 관리, 저장 및 분석을 위한 범용 플랫폼. 인접 결합, 최대 절약, UPGMA, 최대우도, 거리 매트릭스 방식...부트스트래핑, 치환 리샘플링 또는 에러 리샘플링을 사용한 트리/브런치의 신뢰성 계산. L. Vauterin & P. Vauterin.
보스케 시퀀스의 Import에서 트리 및 얼라인먼트의 플롯 및 그래픽 에디션에 이르기까지 계통발생학적 분석을 수행하기 위한 통합 그래픽 소프트웨어 거리 및 최대 가능성 방법(phyml, Phylip 및 트리퍼즐 사용) S. 라미레즈, E. 로드리게스
버키 유전자 나무의 베이지안 일치 루트가 없는 사분위의 수정된 탐욕 컨센서스를 사용한 베이지안 일치 C. Ané, B. Larget, D.A. Baum, S.D. Smith, A. Rockas 및 B.라겟, S.K. 코타, C.N. 듀이, C.아네
캐노피[11] 차세대 시퀀싱을 통한 종내 이종성 평가 및 종적 및 공간적 클론 진화 이력 추적 최대우도, 마르코프 연쇄 몬테카를로(MCMC) 방법 Y. Jiang, Y. Ciu, A. J. Minn 및 N. R. Zhang
시트업 계통발생을 이용한 종양에서의 간질성 추론 완전 검색, 2차 정수 프로그래밍(QIP) S. Malikic, A.W. McPherson, N. Donmez, C.S. Sahinalp
클러스터 프로그레시브 다중 시퀀스 얼라인먼트 거리 매트릭스/가장 가까운 인접 라우터 톰슨 [12]등
덴드로스코프[13] 루트 트리를 시각화하고 루트 네트워크를 계산하는 도구 루트 트리, 탱글그램, 컨센서스 네트워크, 하이브리드 네트워크 다니엘 휴슨 외
정확[14].
에즈[15] 에디터 EzEditor는 rRNA 및 단백질 코딩 유전자를 위한 Java 기반 배열 편집기입니다.이는 계통발생학적 분석을 위해 DNA와 단백질 배열 모두를 조작할 수 있게 해준다. 네이버 가입 전, Y.S. 등
고속 DNAL 최적화된 최대우도(뉴클레오티드만 해당) 최대우도 G.J. 올슨
패스트 트리[16] 2 최대 수십만 개의 시퀀스와의 정렬을 위한 신속한 계통학적 추론 근사 최대 우도 M.N. Price, P.S. Dehal, A.P. Arkin
피트 모델 포지티브 선택을 받고 있는 클레이드에 대한 사전 지식이 없어도 브랜치 사이트 코돈 모델에 적합 최대우도 S. 긴돈
지니어스 Genious는 게놈과 프로테옴 연구 도구를 제공합니다. 네이버 가입, UPGMA, MrBayes 플러그인, PHYML 플러그인, RAxML 플러그인, FastTree 플러그인, GARLi 플러그인, PAUP* 플러그인 A. J. 드러몬드, M.수차드, 브이르포르 등
하이파이 계통발생학을 이용한 가설시험 최대우도, 인접접속, 클러스터링 기법, 거리 행렬 S.L. 코사코프스키 폰드, S.D.W. 프로스트, S.V. 뮤즈
IQPNNI 정지 규칙을 사용한 반복 ML 트리 검색 최대우도, 네이버 가입 L.S. Vinh, A. von Haeseler, B.Q. Minh
IQ[17] 트리 IQPNNI와 TREY-PUZZ의 후계자로서 가능한 한 효율적인 계통학 소프트웨어LE. 최대우도, 모델 선택, 파티션 방식 검색, AIC, AICc, BIC, 초고속 부트스트래핑,[18] 분기 테스트, 트리 토폴로지 테스트, 우도 매핑 람퉁응웬, O.체르노모르, H.A. 슈미트, A. von Haeseler, B.Q. Minh
jModelTest 2 뉴클레오티드 치환의 최적 모델을 통계적으로 선택하기 위한 고성능 컴퓨팅 프로그램 최대우도, AIC, BIC, DT, hLTR, dLTR D. Darriba, GL타보아다, R. 도알로, D.포사다
졸리 트리[19][20] 게놈 어셈블리에서 거리 기반 계통수를 추론하는 얼라인먼트가 없는 생물정보학 절차로, 특히 같은 속 게놈에서 신속하게 나무를 추론하도록 설계되었다. MinHash 기반 쌍별 게놈 거리, 균형 최소 진화(BME), 래칫 기반 BME 트리 검색, 초등 4중주율 A. 크리스쿠올로
리스베스 계통유전학 및 생물지리 3항목 분석 3항목 분석 J. 뒤카세, 북조 & R. 자라귀타-바길스
메가 분자진화유전학분석 거리, 절약 및 최대 합성 우도 방법 타무라 K, 더들리 J, 네이엠, 쿠마르S
MegAlign Pro MegAlign Pro는 DNASTAR의 Lasergene Molecular Biology 패키지의 일부입니다.이 애플리케이션은 다중 및 쌍별 시퀀스 정렬을 수행하고 정렬 편집을 제공하며 계통 발생 트리를 생성합니다. 최대우도(RAxML) 및 네이버 가입 DNASTAR
메스키트 메스키트는 진화생물학을 위한 소프트웨어로 생물학자들이 유기체에 대한 비교 데이터를 분석할 수 있도록 고안되었다.이는 계통발생학적 분석에 중점을 두고 있지만, 비교분석이나 집단유전학을 다루는 모듈도 있고, 비 계통발생적 다변량 분석을 하는 모듈도 있다.또한 일부 옵션 모듈을 사용하여 지질학적 시간 척도를 포함하는 시간표를 작성하는 데 사용할 수 있습니다. 최대 절약, 거리 행렬, 최대 우도 웨인 매디슨과 D. R. 매디슨
MetaPIGA2 DNA 및 단백질 배열 및 형태학적 데이터에 대한 최대우도 계통학 추론 다중 코어 프로그램.분석은 광범위하고 사용자 친화적인 그래픽 인터페이스 또는 배치 파일을 사용하여 수행할 수 있습니다.또한 트리 시각화 도구, 조상 시퀀스, 최상의 대체 모델 및 매개 변수의 자동 선택도 구현합니다. 최대우도, 확률적 휴리스틱스(유전자 알고리즘, 메타 인구 유전 알고리즘, 시뮬레이션 어닐링 등), 이산 감마 속도 이질성, 조상 상태 재구성, 모델 테스트. 미셸 C.밀린코비치&라파엘 헬레어스
마이크로 비트레이스 MicrobeTrace는 브라우저 기반의 무료 웹 어플리케이션입니다. 2D 및 3D 네트워크 시각화 도구, 인접 결합 트리 시각화, Gantt 차트, 버블 차트, 지도에서 시각화되는 네트워크, 흐름도, 집계 테이블, 에피 곡선, 히스토그램, 얼라인먼트 뷰어 등을 제공합니다. Elsworth M. Campbell, Anthony Boyles, Anupama Shankar, Jay Kim, Sergey Knyazev, Roxana Cintron, William M.스위처[21]
모델 제너레이터 모델선택(단백질 또는 뉴클레오티드) 최대우도 토머스 킨
몰피 분자 계통학(단백질 또는 뉴클레오티드) 최대우도 J. 아다치와 M.하세가와
모르포뱅크 트리 구축을 위한 특성 데이터(모형학적 문자)를 정리하는 웹 응용 프로그램 Maximum Parsimony(CIPRES 포털 경유), Maximum Lifility 및 Bayesian 분석과 함께 사용합니다. O'Leary, M. A., S. Kaufman,[22] 또한 K.알폰스
베이즈 씨 사후 확률 추정 베이지안 추론 J. 휴엘센벡 [23]등
네트워크 무료 계통 네트워크 소프트웨어 중앙값 결합, 중앙값 감소, 스타이너 네트워크 A. Rohl
노나 계통학적 추론 최대 절약, 묵시적 가중치, 래칫 골로보프
PAML 최대우도별 계통발생학적 분석 최대우도 및 베이지안 추론 Z. 양
파라필로[24] 사건 관계(정통학, 병렬학)에 기초한 유전자 및 종 나무 계산 코그래프 편집 및 트리플 인퍼런스 헬무트
파티션 파인더 분자 진화 모델의 조합 선택과 DNA 및 단백질 정렬을 위한 분할 체계. 최대우도: AIC, AICc, BIC R. 랑피어, B 칼콧, SYW Ho, S Guindon
페이스트 계통 발생 조립용 R 패키지 R, MrBayes 3.2를 사용한 2단계 베이지안 추론 Thomas et[25] al.
PAUP* parsimony(* 및 기타 방법)를 이용한 계통학적 분석 최대 절약, 거리 행렬, 최대 우도 D. 스워포드
팬고른[26] R에서의 계통학적 분석 ML, MP, 거리 매트릭스, 부트스트랩, phylogentic 네트워크, 부트스트랩, 모델선택, SH 테스트, SOWH 테스트 관리인: K.슈립
파이베이스[27] 종수 분석을 위한 R 패키지 계통학 기능, STAR, NJst, STEAC, 맥스트리 등 L. 류 & L. 유
플라스틱 계통 클러스터화(Phylogenetic Clustering) 유한 혼합물 모드의 최대 우도 천웨이첸
플라스틱 계통학적 추론 패키지 최대 절약, 거리 행렬, 최대 우도 J. 펠센슈타인
플라스틱 NCBI 분류법에 따라 다양한 형식의 계통수 생성 없음. 레투닉
필로쿼트 4중주 구현(시퀀스 또는 거리 사용) 사중주법 V. 베리
PhyloWGS 종양의 전체 유전자 염기서열 분석에서 서브클론 구성 및 진화 재구성 MC A. G. Deshwar, S. Vembu, C. K. Yung, G. H. 장, L. 스타인, Q.모리스
PhyML 최대우도를 이용한 신속하고 정확한 계통 추정 최대우도 S. Guindon & O. Gascuel
물리[28] Unix/Linux 명령줄 시스템 생성 도구 계통발생학적 객체(어라인먼트, 트리, MCMC 로그) 탐색, 조작, 분석 및 시뮬레이션 J.W. Brown, J.F. Walker, S.A.스미스
POY 여러 종류의 데이터를 지원하며 정렬 및 계통 발생 추론을 수행할 수 있는 계통 발생 분석 프로그램입니다.이를 위해 다양한 휴리스틱 알고리즘이 개발되었습니다. 최대 절약성, 최대우도, 염색체 재배치, 이산 문자, 연속 문자, 정렬 A. 바론, N. 루카로니, L. 홍, W.휠러
ProtTest 3 정렬된 배열에 가장 적합한 단백질 진화 모델을 선택하는 고성능 컴퓨팅 프로그램 최대우도, AIC, BIC, DT D. Darriba, GL타보아다, R. 도알로, D.포사다
파이코젠트 게놈 생물학용 소프트웨어 라이브러리 시퀀스 시뮬레이션, 얼라인먼트, 서드파티 어플리케이션 제어, 워크플로우, 데이터베이스 쿼리, 그래픽스 및 계통 트리 생성 기사 등
퀵 트리 효율화를 위해 최적화된 트리 구조 네이버 가입 K. 하우, A. 베이트먼, R. 더빈
RAxML-HPC 하이 퍼포먼스 컴퓨팅(뉴클레오티드 및 아미노산)을 위한 랜덤 액셀레이티드 최대우도 최대 우도, 단순 최대 절약 A. 스타마타키스
RAxML-NG[29] 차세대 하이 퍼포먼스 컴퓨팅(뉴클레오티드 및 아미노산)을 위한 랜덤 액셀레이티드 최대 가능성 최대 우도, 단순 최대 절약 코즐로프, DDarriba, T. Flouri, B.모렐, A스타마타키스
섬피 최대우도(정확도)와 인접접속(속도)의 강도를 조합한 트리 재구성.SEMPHY는 시대에 뒤떨어졌다.저자들은 이제 사용자들에게 정확도와 속도 모두에서 뛰어난 RAxML을 추천한다. 하이브리드 최대우도/네이버 결합 방법 M. Ninio, E. Privman, T. Pupko, N. Friedman
SimPlot++[30] 시퀀스 유사도(SimPlots[31]), 유전자 내 및 유전자 간 재조합 이벤트 검출, 부트 스캔[32] 분석 및 시퀀스 유사도 네트워크. 서로 다른 뉴클레오티드/단백질 거리 모델을 사용한 SimPlot; Phi, δ2 및 NSS 재결합 테스트; 배열 유사성 네트워크 분석 S. 샘슨, E. 로드, V. 마카렌코프
모자[33] 가설 검정 SOWH 테스트 처치, 라이언, 던
스플릿 트리[34] 트리 및 네트워크 프로그램 계통수 및 네트워크의 계산, 시각화 및 탐색 D.H. 휴슨과 D.브라이언트
TNT 계통학적 추론 절약, 가중치, 래칫, 트리 드리프트, 트리 퓨전, 섹터별 검색 P. 골로보프 외
토팔리 계통학적 추론 계통발생학적 모델 선정, 베이지안 분석 및 최대우도 계통수 추정, 양성선택 부위 검출, 재조합 중단점 위치 분석 이안 밀른, 도미닉 린드너 등
트리 생성 미리 계산된 거리 데이터가 주어진 트리 구성 거리 행렬 ETH 취리히
트리 얼라인먼트 효율적인 하이브리드 방식 거리 행렬 및 근사 절약 J. 하인
트리 라인 R을 위한 DECIPLE 패키지 내의 트리 구성 알고리즘 최대우도, 최대격차 및 거리 E. 라이트
트리파인더[35] 고속 ML 트리 재구성, 부트스트랩 분석, 모델 선택, 가설 테스트, 트리 보정, 트리 조작 및 시각화, 사이트별 비율 계산, 시퀀스 시뮬레이션, 많은 진화 모델(DNA, 단백질, rRNA, 혼합 단백질, 사용자 정의 가능), GUI 및 스크립트 언어 최대우도, 거리 등 Jobb G, von Haeseler A, Strimer K
트리퍼지LE[36][37] 최대우도 및 통계분석 최대우도 마카렌코프
T-REX(웹 서버)[38] 나무 추론 및 시각화, 수평 유전자 전달 검출, 다중 배열 정렬 거리(근린 결합), Parsimony 및 Maximum opliance(PhyML, RAxML) 트리 추론, MUSCLE, MAFFT 및 ClusteralW 시퀀스 정렬 및 관련 애플리케이션 Boc A, Diallo AB, Makarenkov V
USHER[39] 바이러스 게놈의 최대 절약성을 이용한 계통학적 배치 최대 절약량 투라키아 Y, 손로우 B, 힌리히스 AS, 드 마이오 N, 고자슈티 L, 랑페어 R, 하우슬러 D 및 콜베트 디티 R
우겐 빠르고 자유로운 멀티플랫폼 트리 편집기 Phylip 3.6 및 IQTree 알고리즘을 사용한 GUI 유니프로
윈클라다 GUI 및 트리 에디터(Nona 필요) 최대 절약, 래칫 K. 닉슨
엑스레이트 필로그래마 엔진 속도 추정, 분기 길이 추정, 정렬 주석 I. 홈즈

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레퍼런스

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