양쯔청

Ziheng Yang
이 개인 이름의 토착 형태는 양쯔엉이다. 이 글은 개인을 언급할 때 서양식 이름 순서를 사용한다.
양쯔청
태어난1964년 11월 1일 (1964-11) (57세)
중국 간쑤 시
시민권영국
모교베이징농업대학
로 알려져 있다.분자 진화와 유전체학에서 DNA 시퀀스 진화의 모델과 통계적 추론 방법
수상프링크 메달(2010년)
로열 소사이어티 울프슨 연구 공로상(2009)

SSB 평생 공로상(2008)
왕립학회 회원(2006)

미국 자연주의자 협회 젊은 연구자상(1995)
과학 경력
필드분자 진화
분자 계통 유전학
인구유전학
계산 생물학
계산 통계
마르코프 체인 몬테카를로
기관유니버시티 칼리지 런던
베이징농업대학
웹사이트abacus.gene.ucl.ac.uk

지청 양 FRS(중국인: 杨子恒; 1964년 11월 1일 출생)는 중국의 생물학자다. 그는 R.A.를 맡고 있다. 피셔 런던대학 통계유전학부장은[1] R.A.의 이사로 재직중이다.[2] UCL의 Fisher Centre for Computing Biology. 그는 2006년에 왕립 협회의 회원으로 선출되었다.[2]

학력

양 교수는 1984년 간쑤농업대학(BSc)을 졸업하고 1987년 베이징농업대학(MSc)을 거쳐 1992년 박사학위를 받았다.[3]

After the PhD, he worked as a postdoctoral researcher in Department of Zoology, University of Cambridge (1992-3), The Natural History Museum (London) (1993-4), Pennsylvania State University (1994-5), and University of California at Berkeley (1995-7), before taking up a faculty position in Department of Biology, University College London. 강사(1997년), 독자(2000년), 그 후 같은 학과 교수(2001년)를 지냈다. 그는 R.A.에 임명되었다. 2010년 UCL의 통계유전학의 피셔 회장.

양씨는 여러 차례 방문 약속을 했다. 통계수학연구소 방문부교수(1997-8), 도쿄대 방문교수(2007-8), 베이징 동물학연구소(2010-1), 북경대(2010-1), 일본 미시마 국립유전연구소(2011), 스위스공업연구소(ETH) 취리히(2011) 등을 지냈다. 2008~2011년에는 중국 교육부 상을 받아 선얏센대 창장 석좌교수를 지냈다. 2016~2019년 일본 국립유전연구원 초빙교수로 재직했다. 2017-8년에는 하버드대 래드클리프 고등연구소의 래드클리프 펠로였다.[4]

분자 진화와 계통유전

양씨는 1990년대에 DNA와 단백질 서열 데이터의 유전체 분석을 위한 베이시안 소프트웨어 프로그램과 최대 가능성으로 구현된 많은 통계적 모델과 방법을 개발했다. 20년 전 펠센스타인은 양생술의 가능성을 계산하기 위한 가지치기 알고리즘을 설명했었다.[5][6] 그러나, 가정된 문자 변경 모델은 단순했으며, 예를 들어, 시퀀스에서 사이트 간의 변동률을 설명하지 않는다. 진화 과정의 주요 특징을 수용하고 분자 시퀀스 데이터를 이용해 중요한 진화 문제를 해결하는 통계적 모델의 힘을 보여줌으로써 양씨가 개발한 모델과 방법은 당시 피복재-통계학적 논쟁에 큰 영향을 미쳤으며 몰의 변형에 큰 역할을 했다.각막유전학

Yang은 1993-4의 순서에서 현장들 사이에 감마선 분산 진화율 변동의 최대우도 모델을 개발했다.[7][8] 그가 이질적인 데이터의 결합 분석을 위해 개발한 모델은 나중에 파티션 모델과 혼합물 모델로 알려져 있다.

Nick Goldman과 함께, 양은 1994년에 뉴클레오티드 대체의 코돈 모델을 개발했다.[11] 이것은 분자적응이나 분자 수준에서 다윈의 진화를 감지하기 위한 단백질 코딩 유전자의 계통적 분석의 기초를 형성했다. 진화 라인 또는 단백질 시퀀스의 현장 사이에서 가변 선택 압력(dN/dS 비율로 측정)을 수용하도록 원래의 모델을 확장하기 위해 일련의 논문들이 이어졌다. 가지 모델은 나뭇가지마다 dN/dS 비율이 다르도록 허용하며 특정 선형에 영향을 미치는 양의 선택을 테스트하는 데 사용할 수 있다.[12] 현장 모델은 단백질 내 서로 다른 아미노산에 대해 서로 다른 선택적 압력을 허용하며, 소수의 아미노산 부지에만 영향을 미치는 양성 선택을 시험하는 데 사용될 수 있다.[13][14][15] 그리고 지점 현장 모델들은 사전 특정 라인업을 따라 단지 몇 개의 아미노산 부지에만 영향을 미치는 양성 선택을 감지하려고 시도한다.[16][15] 최근의 한 책은 이 지역의 최근 발전에 대해 논하고 있다.[17]

양씨는 1995년 조상의 서열을 재구성하기 위한 통계적 베이지(empiratic Bayes) 방법을 개발했다.[18] 조상 순서재건(즉, 피치-하티건 알고리즘)의 시모니 방식과 비교했을 때,[19][20] 이는 지점 길이 정보를 사용하고 재건 불확실성에 대한 확률론적 평가를 제공할 수 있는 장점이 있다.

양 교수는 1996년 브루스 란날라와 함께 베이시안 통계를 분자 계통유전학에 도입했다.[21][22] 베이시안(Bayesian)은 분자 계통유전학에서 모델링과 추론에 사용되는 가장 인기 있는 통계적 방법론 중 하나이다. 베이시안 계통학에서 최근 흥미진진한 전개는 편집된[23] 책과 양씨의 책 8장에 요약되어 있다.[24]

양과 란날라는 또한 다종 결합 모델을 개발했는데,[25] 이는 현대 종과 멸종된 조상 모두의 결합 과정을 통합하여 다종의 유전적 배열 데이터를 비교 분석하는 자연적인 틀로 부상했다. 이 모델은 유전체 영역 간의 유전자 나무 이질성에도 불구하고 종 트리를 추정하고 종을 구분/식별하는 데 사용되어 왔다.[26][27][28][29] 양씨는 마코프 체인 몬테 카를로를 사용하여 유전자 나무(Gene 족보)에 대한 평균을 사용하여 유전학적 불확실성을 수용하는 베이시안 완전 우도 추론 방법을 옹호한다.[28]

양씨는 프로그램 패키지 PAML(최대우도별 유전체 분석용)[30]과 베이시안 마르코프 체인 몬테카를로 프로그램 BPP(베이시안 유전체학 및 필로게오그래피용)를 유지한다.[31]

통계 추론 및 계산 통계 원리에 대한 작업

양 교수는 별 나무 역설(bayesian model selection)을 연구했는데, 이는 별 나무 아래에서 데이터를 시뮬레이션할 경우 베이지안 모델 선택이 이항 나무의 후방 확률을 자극적으로 높인다는 것이다.[32][33] 비슷한 행동을 보이는 더 간단한 사례는 페어코인의 역설이다.[33] 이 연구는 베이지안 모델 선택은 경쟁 모델들이 모두 잘못 지정되어 있고 똑같이 틀렸을 때 다른 모델들을 거부하면서 한 모델을 전력으로 지지하는 불쾌한 양극화 행동을 일으킬 수 있음을 시사한다.[34]

양용은은 마코프 체인 몬테카를로 알고리즘을 광범위하게 연구하여 베이지안 계통 유전학에서 많은 메트로폴리스-헤스팅 알고리즘을 도출했다.[35] 단순 MCMC 제안의 효율성을 조사한 연구에서는 잘 연구된 가우스 랜덤워크 동작이 단순 균일 랜덤워크 동작보다 효율성이 낮으며, 이는 박트리아 동작보다 효율성이 떨어지며, 현재 상태에 매우 가까운 값을 억제하는 바이모달 동작이라는 것이 밝혀졌다.[36]

프로페셔널 활동

양용은은 우즈홀 워크숍에서 분자 진화에 대해 가르쳤다.

2008년 4월 28~29일 '분자 계통유전학과 진화의 통계학적, 계산적 난제'[37]를 주제로 한 왕립학회 토론회와 2015년 11월 9~10일 '바위와 시계를 이용한 산란종 다양화'를 주제로 한 왕립학회 토론회의 공동주최자였다.[38]

2009년부터 매년 상어/힌스턴에서, 짝수년 크레타 주 히라클리온에서 운영되어 온 컴퓨터 분자 진화(CoME) 워크숍의 공동 주최자로 활동하고 있다.[1]

그는 또한 중국 베이징의 여러 워크샵에서 조직하고 가르쳤다.

수상 및 명예

2010, 영국 동물학자를 위한 프링크 메달, 런던[39] 동물학회

2009년, 왕립학회 울프슨 연구 공로상

2008년 대통령상, 평생 공로상, 체계적 생물학 협회

2006, 런던 왕립학회 회원[2]

1995, 미국 자연주의자 협회 젊은 연구자상[3]

책들

  • Computational molecular evolution. Oxford University Press. 2006. ISBN 978-0-19-856702-8.
  • Molecular Evolution: A Statistical Approach. Oxford University Press. 2014. ISBN 978-0-19-960261-2.

참조

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외부 링크