바이오 수치
BioNumerics | |
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| 개발자 | 응용 수학 N.V. |
|---|---|
| 안정된 릴리스 | 8.0 |
| 운영 체제 | 창문들 |
| 플랫폼 | C++, Python |
| 유형 | 생물정보학 |
| 면허증. | 상업의 |
| 웹 사이트 | http://www.applied-maths.com |
BioNumerics는 미생물학적 데이터를 관리하는 바이오 인포매틱스 데스크톱 소프트웨어 애플리케이션입니다.바이오메리오 회사인 Applied Maths NV가 개발하였다.
역사
바이오 넘머릭스는 1998년에 처음 출시되었습니다.CDC(질병통제예방센터)가 운영하는 네트워크인 PulseNet은 바이오Numerics를 사용하여 다양한 [1][2]박테리아 균주의 펄스 필드겔 전기영동(PFGE) 패턴과 전체 게놈 염기서열을 비교합니다.노로바이러스의 발병 감시 네트워크인 CaliciNet은 바이오 [3]넘머릭스를 사용하여 노로바이러스 염기서열과 기초 역학 정보를 중앙 데이터베이스에 제출하는 네트워크의 또 다른 예입니다.
특징들
BioNumerics의 기본은 엔트리로 구성된 데이터베이스입니다.입력 항목은 연구 중인 개별 유기체 또는 샘플에 해당하며 고유한 키와 여러 사용자 정의 정보 필드를 통해 특징지어집니다.데이터베이스의 각 엔트리는 [4]엔트리에 쉽게 링크할 수 있는 하나 이상의 실험으로 특징지을 수 있습니다.바이오 수치학에서 실험은 지문, 스펙트럼, 문자, 시퀀스, 시퀀스 판독 세트, 트렌드 데이터 및 매트릭스의 7가지 클래스로 나뉜다.
BioNumerics 어플리케이션의 예로는 전체 게놈 Multi Locus Sequence Type(wgMLST), 전체 게놈 단일 뉴클레오티드 다형성(wgSNP), 게놈 비교, MALDI-TOF 질량분석에 기초한 동정, PFGE Type, 증폭 단편 길이 다형성(LPF) 등이 있다.기능적 유전자형식입니다.[5][6][7]
레퍼런스
- ^ 2011년 12월 6일 Wayback Machine에서 Pulsenet Archived에 의해 사용된 BioNumerics 프로토콜
- ^ Hunter SB, Vauterin P, Lambert-Fair MA, Van Duyne MS, Kubota K, Graves L, et al. (March 2005). "Establishment of a universal size standard strain for use with the PulseNet standardized pulsed-field gel electrophoresis protocols: converting the national databases to the new size standard". Journal of Clinical Microbiology. 43 (3): 1045–50. doi:10.1128/JCM.43.3.1045-1050.2005. PMC 1081233. PMID 15750058.
- ^ Vega E, Barclay L, Gregoricus N, Williams K, Lee D, Vinjé J (August 2011). "Novel surveillance network for norovirus gastroenteritis outbreaks, United States". Emerging Infectious Diseases. 17 (8): 1389–95. doi:10.3201/eid1708.101837. PMC 3381557. PMID 21801614.
- ^ Vauterin L, Vauterin P.통합 데이터베이스 작성 및 분석.In: 원핵생물의 분자 식별, 계통학 및 개체 구조(ed.Erko Stackebrandt).Springer, 2006.ISBN 978-3-540-23155-4
- ^ Schouls LM, Spalburg EC, van Luit M, Huijsdens XW, Pluister GN, van Santen-Verheuvel MG, et al. (2009-04-03). "Multiple-locus variable number tandem repeat analysis of Staphylococcus aureus: comparison with pulsed-field gel electrophoresis and spa-typing". PLOS ONE. 4 (4): e5082. Bibcode:2009PLoSO...4.5082S. doi:10.1371/journal.pone.0005082. PMC 2661140. PMID 19343175.
- ^ "Polyphasic study of wine Lactobacillus strains: taxonomic implications". archive.ph. 2012-07-14. Archived from the original on 2012-07-14. Retrieved 2021-04-15.
- ^ Gröschel MI, Meehan CJ, Barilar I, Diricks M, Gonzaga A, Steglich M, et al. (2019-08-28). "The global phylogenetic landscape and nosocomial spread of the multidrug-resistant opportunist Stenotrophomonas maltophilia". bioRxiv: 748954. doi:10.1101/748954.
