.NET 바이오

.NET Bio
.NET 바이오
원저작자마이크로소프트 리서치
개발자아웃터커브 재단
저장소github.com/dotnetbio/bio
기입처C#
운영 체제Linux, macOS, Windows
플랫폼.NET 프레임워크, 모노
유형생물정보학 및 유전체학 라이브러리
면허증.Apache 라이센스 2.0
웹 사이트web.archive.org/web/20130522040708/http://research.microsoft.com/en-US/projects/bio/mbf.aspx

.NET Bio는 생물학적 데이터의 간단한 로드, 저장 및 분석을 가능하게 하는 오픈 소스 바이오 인포매틱스 및 게놈 라이브러리입니다.용으로 설계되어 있습니다.NET Standard 2.0으로 eScience 부문의 Microsoft Biology Initiative의 일부였습니다.

역사

.NET Bio는 원래 Microsoft Research에 의해 Microsoft Biology Foundation(MBF)이라는 이름으로 구축되어 출시되었으며, 이후 Outercurve Foundation에 의해 Apache License [1]2.0의 완전한 공개 및 오픈 소스 프로젝트로 패키지화되어 출시되었습니다.

기능

라이브러리는 다음과 같은 공통 생체정보 태스크를 수행하기 위해 C#으로 기술된 객체 지향 클래스 세트로 구성됩니다.

  1. FASTA 및 GenBank와 같은 표준 정렬 및 시퀀스 지향 데이터 파일을 읽고 쓸 수 있습니다.
  2. NCBI BLAST 등의 온라인 웹 서비스에 접속하여 이미 알려진 데이터베이스에서 시퀀스 조각을 검색합니다.
  3. 로컬 및 글로벌 얼라인먼트를 위한 알고리즘.
  4. 병렬 DeNovo 어셈블러 [2]구현을 포함한 시퀀스 어셈블리의 알고리즘.

라이브러리 자체는 C#으로 기술되어 있습니다만, 어느쪽에서도 사용할 수 있습니다.NET 호환 언어 및 IronPython 스크립팅을 포함한 다양한 사용 방법의 샘플이 있습니다.

「 」를 참조해 주세요.

레퍼런스

  1. ^ "MBF Becomes .NET Bio". 2011-10-18.
  2. ^ Thareja Gaurav; Vivek Kumar; Mike Zyskowski; Simon Mercer; Bob Davidson (2011). PadeNA: A parallel de novo assembler. Proceedings of the International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms. pp. 196–203. doi:10.5220/0003164301960203. ISBN 978-989-8425-36-2. Archived from the original on 2020-10-03. Retrieved 2013-08-14.

외부 링크