효모 대사 데이터베이스
Yeast Metabolome Database| 내용 | |
|---|---|
| 설명 | 대사체학 데이터베이스 |
| 데이터 유형 발동. | 효모 대사물 구조, 대사물 설명, 대사물 반응, 대사물 효소와 전달체, 효모 효소와 전달체 순서, 화학적 특성, 명명법, 동의어, 화학 분류법, 대사물 NMR 스펙트럼, 대사물 GC-MS 스펙트럼, 대사물 LC-MS 스펙트럼 |
| 연락처 | |
| 리서치센터 | 앨버타 대학교 및 대사물학 혁신 센터 |
| 실험실 | 데이비드 S.위스타트 |
| 1차 인용 | 효모 대사 데이터베이스.[1] |
| 접근 | |
| 웹사이트 | http://www.ymdb.ca |
| 다운로드 URL | http://www.ymdb.ca/downloads |
| 잡다한 | |
| 데이터 릴리스 빈도수 | 정기적인 수정 및 업데이트를 통해 2-3년마다 수행 |
| 큐레이션 정책 | 수동 커리큘럼 |
효모 대사물 데이터베이스(YMDB)[1]는 사카로마이오스 세레비시아아(Baker's 효모)에서 발견되거나 생산되는 소분자 대사물의 종합적이고 고품질, 자유롭게 접근 가능한 온라인 데이터베이스다.YMDB는 특히 와인, 맥주, 발효 식품 분석뿐만 아니라 일반 발효 분야에서 효모 대사물학 연구를 용이하게 하도록 설계되었다.YMDB는 NMR 분광법, GC-MS 분광법 및 액체 크로마토그래피-질량 분광법(LC-MS 분광법)을 이용한 효모 대사물의 식별 및 특성화를 지원한다.YMDB에는 1)화학 데이터와 2)분자생물학/생물화학 데이터 두 종류가 있다.화학적 데이터는 대사물 상세 설명이 포함된 2027개의 대사물 구조와 거의 4000 NMR, GC-MS 및 LC/MS 스펙트럼을 포함한다.
생화학적 데이터는 1104개의 단백질(및 DNA) 시퀀스와 900개 이상의 생화학적 반응(그림 1)을 포함하며 이러한 대사물 입출력과 연계되어 있다.[1]YMDB의 각 대사물 항목에는 80개 이상의 데이터 필드가 포함되어 있으며, 그 중 2/3은 화학 데이터에, 나머지 1/3은 효소 또는 생화학적 데이터에 할당된다.많은 데이터 필드가 다른 데이터베이스(KEGG, PubChem, MetaCyc, ChEBI, 단백질 데이터 뱅크, UniProt, GenBank)와 다양한 구조 및 경로 보기 애플릿에 하이퍼링크로 연결되어 있다.YMDB 데이터베이스는 광범위한 텍스트, 시퀀스, 스펙트럼, 화학 구조 및 관계형 질의 검색을 지원한다.
범위 및 액세스
YMDB의 모든 데이터는 비수용적 또는 비수용적 출처에서 도출된다.누구나 자유롭게 접근할 수 있고 이용할 수 있다.또한 거의 모든 데이터 항목은 완전히 추적 가능하며 원본에 명시적으로 참조된다.YMDB 데이터는 공용 웹 인터페이스와 다운로드를 통해 이용할 수 있다.
사용자는 다양한 데이터베이스별 도구를 사용하여 YMDB를 검색할 수 있다.단순 텍스트 쿼리는 데이터베이스의 텍스트 구성요소에 대한 일반 텍스트 쿼리를 지원한다."검색" 분야에서 대사물 또는 단백질을 선택함으로써, 검색과 반환된 결과를 대사물 또는 단백질과 관련된 데이터로만 제한할 수 있다.YMDB의 찾아보기 도구는 YMDB 콘텐츠의 표 개요를 생성한다(그림 2).이 브라우저 뷰를 통해 사용자는 데이터베이스를 자연스럽게 스크롤하거나 내용을 다시 정렬할 수 있다.주어진 메타보카드 버튼을 클릭하면 해당 대사물에 대한 전체 데이터 콘텐츠가 나타난다(그림 3).Search 링크 아래에서 사용자는 풀다운 메뉴에 나열된 여러 검색 옵션을 찾을 수 있다.Chem Query 옵션을 사용하면 사용자가 화학 화합물을 그리거나(MarvinSketch 애플릿 또는 ChemSketch 애플릿 사용) 화학 화합물을 타이핑(SMiles 문자열)할 수 있으며 YMDB에서 쿼리 화합물과 유사하거나 동일한 화학 물질을 검색할 수 있다.고급 검색 옵션은 YMDB의 텍스트 부분에 대한 보다 정교한 텍스트 검색을 지원한다.시퀀스 검색 버튼을 사용하면 YMDB에 포함된 모든 시퀀스에 대해 블라스트(단백질) 시퀀스 검색을 수행할 수 있으며, 단일 시퀀스 및 다중 시퀀스(즉, 전체 프로테오메) 블라스트 쿼리가 모두 지원된다.YMDB는 또한 특정 데이터 필드 또는 데이터 필드의 조합을 검색 및/또는 추출할 수 있는 Data Extractor 옵션을 지원한다.YMDB의 기준 화합물 NMR 및 MS 스펙트럼 데이터의 스펙트럼 검색도 MS, MS/MS, GC-MS 및 NMR 스펙트럼 검색 링크를 통해 지원된다.사용자는 다운로드 버튼을 클릭하여 YMDB의 전체 텍스트 데이터, 화학 구조 및 시퀀스 데이터를 다운로드할 수 있다.
참고 항목
참조
- ^ a b c Jewison, Timothy; Knox, Craig; Neveu, Vanessa; Djoumbou, Yannick; Guo, An Chi; Lee, Jacqueline; Liu, Philip; Mandal, Rupasri; Krishnamurthy, Ram; Sinelnikov, Igor; Wilson, Michael; Wishart, David S. (Jan 2012). "The Yeast Metabolome Database". Nucleic Acids Research. 40 (Database issue): D815–20. doi:10.1093/nar/gkr916. PMC 3245085. PMID 22064855.