TMEM128

TMEM128
TMEM128
식별자
에일리어스TMEM128, 막투과단백질128
외부 IDMGI: 1913559 HomoloGene: 11944 GenCard: TMEM128
맞춤법
종.인간마우스
엔트레즈

85013

66309

앙상블

ENSG00000132406

ENSMUSG000067365

유니프로트

Q5BJH2

Q9CZB9

RefSeq(mRNA)

NM_001297551
NM_001297552
NM_032927

NM_025480
NM_001356960

RefSeq(단백질)

NP_001284480
NP_001284481
NP_116316

NP_079756
NP_001343889

장소(UCSC)Chr 4: 4.24 ~4.25 MbChr 5: 38.42 ~38.43 Mb
PubMed 검색[3][4]
위키데이터
인간 보기/편집마우스 표시/편집

TMEM128은 TMEM128 유전자에 의해 인체에서 암호화되는 단백질이다.TMEM128은 5' UTR과 시작 코돈 [5]위치에 따라 다른 세 가지 변형이 있습니다.TMEM128은 4개의 막 통과 도메인을 포함하며 소포체 막에 [6][7][8]국소화된다.TMEM128은 유전자, 전사물 및 단백질 수준에서 다양한 조절을 포함한다.TMEM128의 기능은 잘 이해되지 않지만, 세포 주기, 신호 전달 및 기억과 관련된 여러 단백질과 상호작용한다.

진

사람의 TMEM128, 즉 막 통과 단백질 128 유전자는 4p16.[9]3의 마이너스 가닥에 위치한다.TMEM128은 총 5개의 엑손이 포함되어 있으며 인트론을 [5][9][10]포함한 12,701개의 염기쌍입니다.

성적표

TMEM128에는 [11]2개의 아이소폼이 있습니다.Isoform 1은 가장 긴 것으로, 3' UTR [11]영역에서 서로 다른 두 가지 변종으로 구성됩니다.Variant 1 mRNA는 1,243개의 염기쌍이며, Variant 2 mRNA는 1,241개의 염기쌍입니다.[5][12]Isoform 2는 단백질의 5' UTR 영역에서 다르고 첫 번째 [11]변종과 비교하여 다른 시작 코돈 위치를 사용한다.이 바리안트는 1,785개의 베이스쌍으로 길며 다른 [13]N-terminus를 가지고 있습니다.

인접 유전자

TMEM128은 상류에 LYAR, Ly1 항체 반응성, 하류에 OTOP1, 오토페트린 [14]1과 인접한다.

단백질

Isoform 1

TMEM128 Isoform 1은 4개의 막 통과 [6]도메인을 포함하는 165개의 아미노산 단백질로 변환됩니다.이러한 도메인은 아미노산 49-69, 81-101, 119-139 및 144-164에 [6]존재합니다.Isoform 1은 18,882Da이며 pI는 6.27이다.[15]조성 분석을 통해 아미노산 조성은 평균 단백질과 유사하며 [15]단백질에 유의한 반복이 없다.

TMEM128의[16] 예측된 세컨더리 구조

아이소폼 2

Isoform 2는 길이 141개의 아미노산 단백질로 변환되며, 또한 4개의 막 통과 [17][18]도메인을 포함합니다.Isoform 2는 Isoform 1에 비해 분자량과 등전점이 달라 16,093Da에 pI가 6.[15]8이다.

이차 구조

2차 구조 구성
세컨더리 구조의 유형 아미노산수 구성 비율
알파나선 34 20.61%
확장 스트랜드 59 35.76%
랜덤 코일 72 43.64%

예측된 2차 구조 구성은 2차 구조의 대부분이 랜덤 [19]코일로 구성되어 있음을 보여준다.디술피드 결합은 [20]존재하지 않을 것으로 예상된다.

TMEM128의 멤브레인토폴로지는 4개의 막간 도메인, 긴 N 말단 및 짧은 C 말단을 나타냅니다.

3차 구조

I-TASSER에[21] 의해 예측된 TMEM128의 제3차 구조
PHYRE2에[22] 의해 예측된 TMEM128의 3-D 구조

TMEM128에서 3차 구조는 4개의 나선형 도메인을 가질 것으로 예측된다.이러한 도메인은 단백질의 막 통과 단면입니다.상기 모델의 경우 N-terminus에서 C-terminus까지 컬러 무지개입니다.

표현의 규제

유전자 수준 조절

인체 조직유형에 따른 TMEM128 mRNA 발현

TMEM128의 프로모터/인핸서는 몇 가지 존재하며, GH04J00427 프로모터는 전사 시작 부근에 위치하고, GH04J004540 인핸서는 하류에 위치하며, GH04J004264 인핸서는 목표 [9][14]유전자의 상류에 위치한다.TMEM128 배열은 또한 TATA 박스, CCAAT 결합 단백질 및 cAMP 응답성 요소 결합 [23]단백질을 포함한 다양한 전사 인자에 대한 많은 결합 부위를 포함한다.

TMEM128의 발현도 왼쪽의 화상과 같이 차조직 발현을 통해 유전자 수준에서 조절된다.빨간색 막대는 절대 표현을 나타내며 파란색 점은 상대 표현을 나타냅니다.TMEM128은 부신이나 척수와 같은 부위에서 높게 발현되는 반면 간이나 [11]골수와 같은 부위에서 더 낮게 발현된다.

전사 수준 규제

TMEM128의[24] 3' UTR에 대한 예측 스템 루프
마우스[25] 뇌의 TMEM128 RNA 발현

TMEM128의 3' UTR에 결합 [26]부위가 있는 miRNA는 다음과 같다.

  • hsa-miR-300
  • hsa-miR-188-5p
  • hsa-miR-506-3p
  • hsa-miR-3163
  • hsa-miR-548t-5p
  • hsa-miR-3163
  • hsa-miR-548t-5p
  • hsa-miR-548az-5p

이러한 miRNA는 mRNA의 발현을 방지하기 위해 RNA 소음화에 참여할 수 있습니다.

쥐의 뇌를 분석한 결과 전체적으로 [25]지역 고유의 표현이 부족한 것으로 나타났습니다.

단백질 농도 조절

단백질 조절 측면에서 TMEM128은 아래와 같이 당화,[27] 인산화,[28] SMOylation [29]및 O-GlcNAc를[30] 포함한 다양한 번역 후 도메인을 포함한다.

수정. 아미노산 번호
인산화 3, 4, 52, 124, l35, 162
당화 70, 73, 115
핵수출[31] 신호 88-95
스모화 39-42, 115-118, 161-165
O-GlcNAc 3, 4, 34, 35, 123
아세틸화[32] 40, 41, 43, 73

번역 후 수정은 단백질 구조를 변화시키고, 따라서 단백질 기능과 생존력을 변화시킬 수 있다.

서브셀룰러 현지화

TMEM128은 N말단과 C말단이 세포질로 [7][8]향하면서 소포체막에 위치한 것으로 확인되었다.

진화

패럴로그

TMEM128의 [33]알려진 패럴로그는 없습니다.

맞춤법

TMEM128의 직교체는 진핵생물 [33]밖에서는 발견되지 않았다.진핵생물 내부에서 TMEM128 정형어는 포유류, 조류, 그리고 몇몇 곰팡이에서 발견되었다.포유류는 71% 이상의 보존률을 보여 가장 높은 보존율을 보였다.가장 먼 곳에서 발견된 직설어는 균류인 Diversispora epigaea였다.주요 아미노산 Trp51, Trp139 및 Trp142가 직교 단백질과 함께 모든 종에서 보존되면서 이 단백질의 막 통과 도메인은 종 전체에서 가장 보존된 상태로 남아 있다.모든 정보는 아래에 미국 국가 생물 공학 센터 BLAST.[33]을 통해 입수한 것이다.

Orthologs TMEM128의
속과 종 공통명 격차(MYA)[34]의 날짜가 등록 번호 시퀀스 길이 시퀀스 아이덴티티
호모 사피엔스 인간 0 NP_001284480.1 165 100%
Rhinopithecus roxellana 골든 Snub-Nosed 원숭이 28.81 XP_010355887.2 165 97%
근골근 하우스 마우스 89 NP_001343889.1 163 81%
Microtus ochrogaster 프레리 Vole 89 XP_005366021 164 80%
양 양 94 XP_014952114.2 165 83%
붉은 여우 레드 폭스 94 XP_025854088.1 165 82%
뱀피루스 큰날여우 94 XP_011372965.1 165 81%
오시누스오카 범고래 94 XP_004269680.1 165 81%
히가시모노도리 회색짧은꼬리주머니쥐 160 XP_001371407.3 170 71%
태니오피기아구타타타 제브라 핀치 318 XP_002193492.3 173 68%
엘리게이터시넨시스 중국악어 318 XP_006016834.1 172 67%
포고나비두근 중앙 수염 용 318 XP_020633929.1 163 62%
라에비스이노푸스 아프리카발톱개구리 351.7 NP_001084889.1 166 52%
오비셀라 파벨라타 마운틴 스타 코랄 687 XP_020610022.1 171 38%
쯔바야시 바다아넨모네 687 XP_028518835.1 169 36%
옥토퍼스볼리스 문어 736 XP_029645279.1 184 33%
쯔바시카타리 없음 736 RNA25638.1 170 28%
쿠라소스트레아 버진리카 이스턴 오이스터 736 XP_022343076.1 200 28%
후두엽충 없음 1017 RHZ70611.1 176 24%

돌연변이율

피브리노겐 알파 사슬과 시토크롬 C에 대한 TMEM128의 발산

진화 속도는 중간 속도로, 피브리노겐 알파 사슬보다는 느리지만 시토크롬 c보다는 빠르므로, 이 궤적에서 긍정도 부정도 선택되지 않는다.

상호작용단백질

TMEM128은 효모 2-하이브리드 분석을 통해 다음과 같이 상호작용하는 것으로 확인되었다.

  • Arc/Arg 3.1, 활성 조절 세포골격 관련 단백질로도 알려져 학습 및 기억 프로세스를[7] 촉진합니다.
  • 성장인자 수용체 결합 단백질 2로도 알려진 GRB2는 세포 발달 및 신호 [35]전달에 관여합니다.
  • 아포토시스 촉진제인 B세포 림프종[36] 2-like 13으로도 알려진 BCL2L13
  • CLN8, Ceroid-lipofuscinosis neuronal 8이라고도 하며 골지 [37]및 소포체에서 수용체 역할을 합니다.
  • RABAC1(일명 프레닐화 Rab 수용체 1)은 소포 운반에 [38]도움이 됩니다.
  • TMPRSS2는 Transmembrane protease라고도 하며, 세린2는 잘 이해되지 않습니다.[39]
  • GJB5, Gap 접합 베타-5 단백질 또는 connexin-31.1이라고도 하며, 갭 [39]접합 역할을 합니다.

기능.

TMEM128의 생물학적 기능은 아직 잘 알려져 있지 않다.이것은 막 통과 단백질이기 때문에 수용체, 채널 또는 [40]앵커리지가 일반적인 기능일 수 있다.TMEM128은 번역 후 수정 부위가 있기 때문에 TMEM128이 다른 형태를 가질 수 있는 대체 단백질 상태가 존재할 수 있다.예를 들어 TMEM128의 인산화에 의해 구조변화를 [41]통해 다른 기질에 결합할 수 있다.TMEM128은 또한 위에서 논의한 바와 같이 다른 단백질과의 다양한 상호작용을 가지고 있으며, 이는 광범위한 작용을 할 수 있음을 시사한다.

임상적 의의

암

TMEM128은 일부 암 환자에서 중간에서 강한 양성을 보이는 것으로 나타났으며, 다른 종류의 암인 흑색종, 교종, 유방, 난소, 신장, 췌장에서는 약한 [42]양성을 보이는 것으로 밝혀졌다.TMEM128은 또한 낮은 [42]암 특이성을 보이는 것으로 밝혀졌다.

골격근

TMEM128 발현은 ROR 알파1이 [43][44]삭제되었을 때 TMEM128이 낮은 양으로 발견되었기 때문에 ROR 알파1 단백질의 존재와 실험적으로 관련이 있다.

피부.

TMEM128 발현은 피부세포에서 [45][46]TAp63의 늘 돌연변이에 따라 낮아졌다.

심근

TMEM128 발현은 Trypanosoma cruzi 감염 [47][48]후 증가했다.

신경 질환

Wolf-Hirschorn Syndrome과 같은 여러 질병과 연관되어 있지만, 이 증후군의 정확한 원인에 대한 증거는 없으며 4번 염색체[9][49] 상의 위치 때문에 단지 상관관계일 수 있다.

돌연변이

TMEM128과 [50]관련하여 몇 가지 SNP가 발견되었습니다.

TMEM128의 주요 SNP
mRNA 위치 아미노산 위치 dbSNP rs# 기준 대립 유전자 SNP 알레 기능.
169 43 rs771177507 A C 미센스
186 49 rs146625911 A C 미센스
204 55 rs1434953873 G T 미센스
270 77 rs135886 A G 미센스
463 139 rs757745482 T C 미센스
466 142 rs1213450146 G A 말도 안돼
512 158 rs15273 G A, T 미센스

레퍼런스

  1. ^ a b c GRCh38: 앙상블 릴리즈 89: ENSG00000132406 - 앙상블, 2017년 5월
  2. ^ a b c GRCm38: 앙상블 릴리즈 89: ENSMUSG000067365 - 앙상블, 2017년 5월
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ a b c "Transmembrane Protein 128, transcript variant 1, mRNA". NCBI. March 1, 2020.
  6. ^ a b c "transmembrane protein 128 isoform 1 [Homo sapiens] - Protein - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Retrieved April 29, 2020.
  7. ^ a b c Gutzmann J (2013). "Characterization of Tmem128 – An activity regulated ER protein, interacting with the immediate early gene Arc/Arg3.1". Refubium. doi:10.17169/refubium-14701.
  8. ^ a b "PSORT II Prediction". psort.hgc.jp. Retrieved May 1, 2020.
  9. ^ a b c d "TMEM128 Gene - GeneCards TM128 Protein TM128 Antibody". www.genecards.org. Retrieved February 7, 2020.
  10. ^ "Homo sapiens chromosome 4, GRCh38.p13 Primary Assembly". March 2, 2020. {{cite journal}}:Cite 저널 요구 사항 journal=(도움말)
  11. ^ a b c d "TMEM128 transmembrane protein 128 [Homo sapiens (human)] - Gene - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Retrieved April 29, 2020.
  12. ^ "Homo sapiens transmembrane protein 128 (TMEM128), transcript variant 2, mRNA". May 31, 2019. {{cite journal}}:Cite 저널 요구 사항 journal=(도움말)
  13. ^ "Homo sapiens transmembrane protein 128 (TMEM128), transcript variant 3, mRNA". August 3, 2019. {{cite journal}}:Cite 저널 요구 사항 journal=(도움말)
  14. ^ a b "Human hg38 chr4:4,235,542-4,248,223 UCSC Genome Browser v397". genome.ucsc.edu. Retrieved April 30, 2020.
  15. ^ a b c "SAPS < Sequence Statistics < EMBL-EBI". www.ebi.ac.uk. Retrieved April 29, 2020.
  16. ^ "Protter - interactive protein feature visualization". wlab.ethz.ch. Retrieved May 2, 2020.
  17. ^ "Phobius". phobius.sbc.su.se. Retrieved April 29, 2020.
  18. ^ "transmembrane protein 128 isoform 2 [Homo sapiens] - Protein - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Retrieved April 29, 2020.
  19. ^ "NPS@ : GOR4 secondary structure prediction". npsa-prabi.ibcp.fr. Retrieved May 2, 2020.
  20. ^ "DISULFIND - Cysteines Disulfide Bonding State and Connectivity Predictor". disulfind.dsi.unifi.it. Retrieved April 30, 2020.
  21. ^ "I-TASSER server for protein structure and function prediction". zhanglab.ccmb.med.umich.edu. Retrieved May 2, 2020.
  22. ^ "PHYRE2 Protein Fold Recognition Server". www.sbg.bio.ic.ac.uk. Retrieved May 2, 2020.
  23. ^ "Transcription factor binding sites for GXP_149843".
  24. ^ "miRDB - MicroRNA Target Prediction Database". www.mirdb.org. Retrieved May 3, 2020.
  25. ^ a b "Experiment Detail :: Allen Brain Atlas: Mouse Brain". mouse.brain-map.org. Retrieved May 3, 2020.
  26. ^ "miRDB - MicroRNA Target Prediction Database". www.mirdb.org. Retrieved May 2, 2020.
  27. ^ "NetGlycate 1.0 server predication of glycation".
  28. ^ "Kinase binding site prediction for TMEM128". The CUCKOO Workgroup.
  29. ^ "SUMOplot Analysis Program Results for TMEM128".
  30. ^ "YinOYand 1.2 prediction of O-GlcNAc sites for TMEM128".
  31. ^ "NetNES 1.1 Server". www.cbs.dtu.dk. Retrieved May 1, 2020.
  32. ^ ":::PAIL - Prediction of Acetylation on Internal Lysines:::". bdmpail.biocuckoo.org. Retrieved May 3, 2020.
  33. ^ a b c "BLAST: Basic Local Alignment Search Tool". blast.ncbi.nlm.nih.gov. Retrieved April 30, 2020.
  34. ^ "TimeTree :: The Timescale of Life". www.timetree.org. Retrieved May 2, 2020.
  35. ^ Grossmann A, Benlasfer N, Birth P, Hegele A, Wachsmuth F, Apelt L, Stelzl U (March 2015). "Phospho-tyrosine dependent protein-protein interaction network". Molecular Systems Biology. 11 (3): 794. doi:10.15252/msb.20145968. PMC 4380928. PMID 25814554.
  36. ^ Rolland T, Taşan M, Charloteaux B, Pevzner SJ, Zhong Q, Sahni N, et al. (November 2014). "A proteome-scale map of the human interactome network". Cell. 159 (5): 1212–1226. doi:10.1016/j.cell.2014.10.050. PMC 4266588. PMID 25416956.
  37. ^ Passantino R, Cascio C, Deidda I, Galizzi G, Russo D, Spedale G, Guarneri P (March 2013). "Identifying protein partners of CLN8, an ER-resident protein involved in neuronal ceroid lipofuscinosis". Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Molecular Cell Research. 1833 (3): 529–40. doi:10.1016/j.bbamcr.2012.10.030. PMID 23142642.
  38. ^ Huttlin EL, Bruckner RJ, Paulo JA, Cannon JR, Ting L, Baltier K, et al. (May 2017). "Architecture of the human interactome defines protein communities and disease networks". Nature. 545 (7655): 505–509. Bibcode:2017Natur.545..505H. doi:10.1038/nature22366. PMC 5531611. PMID 28514442.
  39. ^ a b Luck K, Kim DK, Lambourne L, Spirohn K, Begg BE, Bian W, et al. (April 2020). "A reference map of the human binary protein interactome". Nature. 580 (7803): 402–408. Bibcode:2020Natur.580..402L. doi:10.1038/s41586-020-2188-x. PMC 7169983. PMID 32296183.
  40. ^ "Membrane Proteins BioNinja". ib.bioninja.com.au. Retrieved February 7, 2020.
  41. ^ "Phosphorylation - US". www.thermofisher.com. Retrieved May 2, 2020.
  42. ^ a b "Expression of TMEM128 in cancer - Summary - The Human Protein Atlas". www.proteinatlas.org. Retrieved May 2, 2020.
  43. ^ "GDS3720 / ILMN_1248235". www.ncbi.nlm.nih.gov. Retrieved May 2, 2020.
  44. ^ Raichur S, Fitzsimmons RL, Myers SA, Pearen MA, Lau P, Eriksson N, et al. (July 2010). "Identification and validation of the pathways and functions regulated by the orphan nuclear receptor, ROR alpha1, in skeletal muscle". Nucleic Acids Research. 38 (13): 4296–312. doi:10.1093/nar/gkq180. PMC 2910057. PMID 20338882.
  45. ^ "GDS1435 / 107124_at". www.ncbi.nlm.nih.gov. Retrieved May 2, 2020.
  46. ^ Koster MI, Kim S, Huang J, Williams T, Roop DR (January 2006). "TAp63alpha induces AP-2gamma as an early event in epidermal morphogenesis". Developmental Biology. 289 (1): 253–61. doi:10.1016/j.ydbio.2005.10.041. PMID 16324689.
  47. ^ "GDS5112 / 1448317_at". www.ncbi.nlm.nih.gov. Retrieved May 2, 2020.
  48. ^ Silva GK, Costa RS, Silveira TN, Caetano BC, Horta CV, Gutierrez FR, et al. (September 2013). "Apoptosis-associated speck-like protein containing a caspase recruitment domain inflammasomes mediate IL-1β response and host resistance to Trypanosoma cruzi infection". Journal of Immunology. 191 (6): 3373–83. doi:10.4049/jimmunol.1203293. PMID 23966627. S2CID 25181644.
  49. ^ Yang WX, Pan H, Li L, Wu HR, Wang ST, Bao XH, et al. (March 2016). "Analyses of Genotypes and Phenotypes of Ten Chinese Patients with Wolf-Hirschhorn Syndrome by Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification and Array Comparative Genomic Hybridization". Chinese Medical Journal. 129 (6): 672–8. doi:10.4103/0366-6999.177996. PMC 4804413. PMID 26960370.
  50. ^ "SNP linked to Gene (geneID:85013) Via Contig Annotation". www.ncbi.nlm.nih.gov. Retrieved May 2, 2020.