SmY RNA
SmY RNA| SmY 스플라이소좀RNA | |
|---|---|
 | |
| 식별자 | |
| 기호. | SMY |
| Rfam | RF01844 |
| 기타 데이터 | |
| RNA형 | snRNA, 스플라이싱 |
| 도메인 | 크로마도레아목 |
| PDB 구조 | PDBe |
SmY 리보핵산(SmY RNA)은 선충의 일부 종에서 발견되는 작은 핵 RNA의 한 종류이다.이들은 mRNA 트랜스스플라이싱에 관여하는 것으로 생각됩니다.
SmY RNA는 약 70-90 뉴클레오티드의 길이로, 공통의 [2][3]2차 구조를 공유하며, 두 개의 줄기-루프는 Sm 단백질에 대한 컨센서스 결합 부위의 측면에 있다.Sm 단백질은 스플라이소좀 snRNPs의 공유 성분이다.
SmY RNA는 가장 일반적으로 연구되는 선충류(예: 케노하브디티스, 프리스티온쿠스, 아스카리스)를 포함하는 크로마도레아강의 선충류에서 발견되었지만, 도리라이미아강의 더 먼 친척인 트리치넬라 스파이럴리스에서는 발견되지 않았다.각 종에서 SmY 유전자의 수는 다양하며, 대부분의 케노하브디티스와 프리스티온쿠스 종은 10-26개의 관련된 평행 복제를 가지고 있고, 다른 선충들은 1-5개를 [1]가지고 있다.
검출
첫 번째 SmY RNA는 1996년 정제된 아스카리스 요충류 스플라이세오솜 제제에서 발견되었고, SmY와 [2]검출할 수 없을 정도로 상동성이 없는 또 다른 SmX RNA라고 불리는 제제에서 발견되었다.12개의 SmY 상동체가 케노하브디션 엘레강스에서 계산적으로 확인되었고, 케노하브디션 브릭스제에서 [3]10개가 확인되었다.이러한 SmY 유전자의 여러 개의 전달물은 C. elegans의 [4]작은 비코드 RNA 전달물에 대한 체계적인 조사에서 복제되고 배열되었다.
항TMG 항체를 사용하여 C.elegan에서 2,2,7-트리메틸구아노신(TMG) 5µ 캡 전사물을 체계적으로 조사한 결과 TMG 캡 SmY [5]전사물 2개가 확인되었다.이러한 성명에서 잠재적 Sm 결합 부위의 배열 분석 결과, SmY, U5 snRNA, U3 snRNA 및 스플라이스 리더 RNA(SL1 및 SL2)는 모두 매우 유사한 컨센서스 SM 결합 배열4(AAU–5GGA)을 포함하고 있는 것으로 나타났다.U1, U2 및 U4 snRNA 대화록에서 식별된 예측 SM 결합 부위는 이러한 [5]합의로부터 달랐다.
기능.
C. elegans에서 SmY RNA는 스플라이소좀 및 Sm, SL75p 및 SL26p 단백질과 공생하고, 더 잘 특징지어지는 C. elegans SL1 트랜스스플라이싱 snRNA는 Sm, SL75p 및 SL21p([2][3]SL26p의 병렬)와 복합체에서 공생한다.SL21p 또는 SL26p의 기능 상실은 개별적으로 약한 저온 민감 표현형만 발생시키는 반면, 양쪽의 녹다운은 SL75p 녹다운과 마찬가지로 치명적이다.이러한 결과를 바탕으로 SmY RNA는 트랜스스플라이싱 기능을 가진 것으로 생각된다.
레퍼런스
- ^ a b c Jones TA, Otto W, Marz M, Eddy SR, Stadler PF (2009). "A survey of nematode SmY RNAs". RNA Biol. 6 (1): 5–8. doi:10.4161/rna.6.1.7634. PMID 19106623.
- ^ a b c Maroney PA, Yu YT, Jankowska M, Nilsen TW (August 1996). "Direct analysis of nematode cis- and trans-spliceosomes: a functional role for U5 snRNA in spliced leader addition trans-splicing and the identification of novel Sm snRNPs". RNA. 2 (8): 735–745. PMC 1369411. PMID 8752084.
- ^ a b c MacMorris M, Kumar M, Lasda E, Larsen A, Kraemer B, Blumenthal T (April 2007). "A novel family of C. elegans snRNPs contains proteins associated with trans-splicing". RNA. 13 (4): 511–520. doi:10.1261/rna.426707. PMC 1831854. PMID 17283210.
- ^ Deng W, Zhu X, Skogerbø G, et al. (January 2006). "Organization of the Caenorhabditis elegans small non-coding transcriptome: genomic features, biogenesis, and expression". Genome Research. 16 (1): 20–29. doi:10.1101/gr.4139206. PMC 1356125. PMID 16344563.
- ^ a b Jia D, Cai L, He H, Skogerbø G, Li T, Aftab N, Chen R (September 2007). "Systematic identification of non-coding RNA 2,2,7-trimethylguanosine cap structures in Caenorhabditis elegans". BMC Molecular Biology. 8: 86. doi:10.1186/1471-2199-8-86. PMC 2200864. PMID 17903271.
