카루

CARKD
NAXD
식별자
에일리어스NAXD, LP3298, CARKD, NAD(P)HX탈수효소, PEBEL2
외부 IDOMIM : 615910 MGI : 1913353 HomoloGene : 6333 GenCard : NAXD
맞춤법
종.인간마우스
엔트레즈
앙상블
유니프로트
RefSeq(mRNA)

NM_001242881
NM_001242882
NM_001242883
NM_018210

NM_001190357
NM_001293661
NM_026995

RefSeq(단백질)

NP_001229810
NP_001229811
NP_001229812
NP_060680

NP_001177286
NP_001280590
NP_081271
NP_001389565

장소(UCSC)Chr 13: 110.62 ~110.64 MbChr 8: 11.55 ~11.56 Mb
PubMed 검색[3][4]
위키데이터
인간 보기/편집마우스 표시/편집
탄수화물인산화효소
Carbohydrate kinase 1KYH.png
추정 바실러스 서브틸리스 탄수화물 키나제(착색, N 말단 = 청색, C 말단 = 적색)[5]의 결정학적 구조.
식별자
기호.카바키나아제
PF01256
빠맘 클랜CL0118
인터프로IPR000631
프로 사이트PDOC00806
SCOP21kyh/SCOPe/SUPFAM

CARKD 유전자에 의해 코드된 단백질(약칭 CARKD)을 포함한 탄수화물 키나아제 도메인은 미지의 기능을 가진 인간 단백질이다.CARKD 유전자는 단백질을 예측된 미토콘드리아 프로펩타이드(mCARKD), 신호펩타이드(spCARKD) 또는 둘 다(CARKD)로 부호화한다.트랜스감염된 CHO(Chinese-Hamster 난소) 세포의 공초점 현미경 분석 결과 cCARKD는 세포에 남아 있는 반면 mCARKD와 spCARKD는 각각 [6]미토콘드리아내질 망막을 대상으로 한다.그 단백질은 많은 종에 걸쳐 보존되어 있으며 진핵생물, 박테리아, 그리고 고형을 통해 정형어를 예측해 왔다.

구조.

인간의 CARKD 유전자는 10개의 엑손이 있으며 q34의 13번 염색체에 존재한다.다음 유전자는 염색체의 [7]CARKD 근처에 있습니다.

  • COL4A2: A2 타입 IV 콜라겐 서브유닛
  • RAB20: 코넥신43 밀매의 잠재적 규제자.
  • CARS2: 미토콘드리아 시스티에닐-tRNA 합성효소 2
  • ING1: 종양억제단백질

단백질

이 단백질은 포스포메틸피리미딘인산화효소리보키나아제 / pfkB 슈퍼패밀리의 일부이다.이 패밀리는 [8]패밀리가 공유하는 도메인이 존재하는 것이 특징입니다.CARKD는 탄수화물인산화효소 도메인(Pfam PF01256)[8]을 포함한다.이 계열은 Pfam PF02210Pfam PF00294와 관련이 있으며, 이는 또한 탄수화물 키나아제임을 의미한다.

예측 속성

생물정보분석을 사용하여 다음과 같은 CARKD 특성을 예측했다.

기능.

조직 분포

CARKD는 높은 수준에서 널리 발현되는 것으로 보인다.인간 단백질의 발현 데이터와 마우스 맞춤법은 거의 모든 [13][14]조직에서 발현을 나타낸다.CARKD의 특이한 발현 패턴 중 하나는 올리고덴드로사이트의 발달을 통한 차이 발현이다.그 발현은 성숙한 [15]올리고덴드로사이트보다 올리고덴드로사이트 전구세포에서 낮다.

구속 파트너

인간 단백질 아폴리포단백질 A-1 결합 전구체(APOA1BP)는 CARKD의 [16]결합 파트너로 예측되었다.이 예측은 게놈 간 공존과 공발현에 기초한다.이러한 데이터 외에도 대장균의 CARKD 정형화에는 APOA1BP와 유사한 도메인이 포함되어 있다.이것은 두 단백질이 공통의 진화적 조상에서 유래했을 가능성이 높고, 로제타 석 분석 [17]이론에 따르면, 두 단백질이 단일 폴리펩타이드로 생산되지 않는 인간과 같은 종에서도 상호작용 파트너일 가능성이 있다는 것을 나타낸다.

임상적 의의

CARKD의 대립 유전자 특이적 발현에 기초하여 CARKD는 급성 림프아구성 [18]백혈병에서 역할을 할 수 있다.또한 마이크로어레이 데이터는 CARKD가 교아세포종 [19]다형성 종양에서 상향 조절됨을 나타낸다.

레퍼런스

  1. ^ a b c GRCh38: 앙상블 릴리즈 89: ENSG00000213995 - 앙상블, 2017년 5월
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  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
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  10. ^ a b "PI Program (Isoelectric Point Prediction)". Archived from the original on 2008-10-26.
  11. ^ a b "UniProt Database".
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  13. ^ "Unigene (EST profile viewer) Human CARKD".
  14. ^ "Unigene (EST profile viewer) Mouse CARKD".
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  17. ^ Date SV (2008). "The Rosetta stone method". Bioinformatics. Methods in Molecular Biology. Vol. 453. pp. 169–80. doi:10.1007/978-1-60327-429-6_7. ISBN 978-1-60327-428-9. PMID 18712302.
  18. ^ Milani L, Lundmark A, Nordlund J, Kiialainen A, Flaegstad T, Jonmundsson G, Kanerva J, Schmiegelow K, Gunderson KL, Lönnerholm G, Syvänen AC (January 2009). "Allele-specific gene expression patterns in primary leukemic cells reveal regulation of gene expression by CpG site methylation". Genome Research. 19 (1): 1–11. doi:10.1101/gr.083931.108. PMC 2612957. PMID 18997001.
  19. ^ Ruano Y, Mollejo M, Ribalta T, Fiaño C, Camacho FI, Gómez E, de Lope AR, Hernández-Moneo JL, Martínez P, Meléndez B (2006). "Identification of novel candidate target genes in amplicons of Glioblastoma multiforme tumors detected by expression and CGH microarray profiling". Molecular Cancer. 5 (1): 39. doi:10.1186/1476-4598-5-39. PMC 1592108. PMID 17002787.

외부 링크