비터DB
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|---|---|
| 내용 | |
| 설명 | 쓴 화합물 |
| 연락처 | |
| 리서치센터 | 이스라엘 예루살렘 레호보트 히브리 대학. |
| 실험실 | 로버트 H 스미스 농업학부 |
| 작가들 | 아야나 비너 |
| 1차 인용 | Wiener & al. (2012년)[1] |
| 출시일자 | 2011 |
| 접근 | |
| 웹사이트 | http://bitterdb.agri.huji.ac.il |
| 도구들 | |
| 웹 | 폭발시키다 |
비터DB는 인간에게 쓴 맛이 난다고 보고된 화합물의 데이터베이스다.[1]WitterDB 데이터베이스의 목적은 쓴맛을 내는 천연 및 합성 화합물, 그리고 그들의 인지된 쓴맛 수용체(T2Rs 또는 TAS2Rs)에 대한 정보를 수집하는 것이다.[2]
요약
신맛, 짠맛, 단맛, 쓴맛, 우마미 같은 기본적인 맛의 특성은 인간과 동물의 식생활에서 발견되는 식품 성분을 식별하는 데 있어 구체적인 기능을 제공하며 구강 내 단백질에 의해 인식된다.쓴맛과 그것에 대한 혐오의 인식은 종종 쓴맛이 나는 독성 식품 화합물의 섭취로부터 유기체를 보호하는 것으로 생각된다.쓴맛 수용기는 입뿐만 아니라 구강외 조직에서도 발현된다.http://bitterdb.agri.huji.ac.il/bitterdb/,에서 이용할 수 있는 WittyDB 데이터베이스에는 670개 이상의 화합물이 포함되어 있으며, 이 화합물은 인간에게 쓴 맛을 낸다고 보고되었다.이 화합물은 이름, 화학 구조, 다른 쓴맛 화합물과의 유사성, 특정한 사람의 쓴맛 수용체와의 연관성 등으로 검색할 수 있다.이 데이터베이스에는 쓴맛 수용체 내 돌연변이에 대한 정보도 담겨 있는데 쓴맛 수용체 내 돌연변이가 쓴맛 화합물에 의한 수용체 활성화에 영향을 미치는 것으로 나타났다.
데이터베이스 개요
쓴 화합물
비터DB는 현재 이 문헌에서 쓴 것으로 인용된 670개 이상의 화합물을 포함하고 있다.각 화합물에 대해 데이터베이스는 분자 특성에 대한 정보, 화합물의 쓴맛 범주(예: '비트터 스위트' 또는 '약간 쓴맛' 주석)에 대한 추가 정보, 서로 다른 복합 식별자(SMiles, CAS 레지스트리 번호, IUPAC 시스템 이름)를 포함하여 화합물의 쓴맛에 대한 참조를 제공한다.화합물이 자연적 소스로부터 파생되었는지 아니면 합성물인지, 화합물의 PubChem 항목에 대한 링크와 다운로드를 위한 다른 파일 형식(sdf, image, smile)에 대한 표시.200개 이상의 쓴맛 화합물이 실험적으로 인간 쓴맛 수용기와 연관되어 있다.이러한 화합물에 대해 WitterDB는 이러한 리간드-수용체 상호작용을 나타내는 간행물 링크, 수용체 활성화를 위한 유효 농도 및/또는 EC50 값, 그리고 WitterDB에 입력된 관련 쓴맛 수용체와의 링크를 포함하여 추가 정보를 제공한다.
쿼리 및 검색
쓴 화합물은 다른 방법으로 질식시키고 탐색할 수 있다.예를 들어 '고급 검색' 옵션을 사용하면 특정 물리적 성질의 조합이나 관련 인간 쓴맛 수용체의 조합 등 서로 다른 기준에 맞는 화합물을 검색할 수 있다.쿼리 옵션 외에도 사용자는 모든 WittyDB 화합물이 포함된 정렬 가능한 테이블을 검색할 수 있다.
쓴맛수용체
비터DB는 알려진 25개의 인간 쓴맛 수용기에 대한 데이터를 포함하고 있다.각 수용체에 대해 여러 특성이 표시된다.쓴맛 수용체는 이름, 알려진 리간드, 유니프로트 가입번호 등 다른 기준을 사용해 검색할 수 있다.모든 쓴맛 수용체와 그에 대한 일부 정보를 제시하는 표를 사용하여 사용자는 탐색할 수 있으며 수용기와 관련된 쓴맛의 리간드의 수 등 다양한 선택사항으로 분류할 수 있다.
로컬 블라스트 서비스 및 글로벌 정렬
비터DB는 두 가지 추가 특징, 즉 쿼리 시퀀스와 다른 인간의 쓴맛 수용체 사이의 국소적 유사성을 판별하는 로컬 블라스트 서비스와 25개의 인간 쓴맛 수용체들의 글로벌 정렬이다.정렬은 ClustalW2를 사용하여 생성되었으며 TOPCS 서버가 예측한 대로 각 수용체의 2차 구조를 표시한다.
사용자가 쓴 화합물을 업로드할 수 있음
비터DB는 사용자가 쓴 화합물에 대한 정보를 제출하도록 권장하는 '업로드' 옵션을 제공한다.이 데이터는 저자에 의해 검토되고 그에 따라 데이터베이스에 업로드될 것이다.사용자는 데이터베이스 업데이트를 받기 위해 메일링 목록에 참여할 수 있다.
예
![[icon]](/wiki/File:Wiki_letter_w_cropped.svg){kind=small} | 이 구간은 비어 있다.추가하면 도움이 된다. (2013년 2월) |
참고 항목
참조
- ^ a b Wiener, Ayana; Shudler Marina; Levit Anat; Niv Masha Y (Jan 2012). "BitterDB: a database of bitter compounds". Nucleic Acids Res. England. 40 (Database issue): D413–9. doi:10.1093/nar/gkr755. PMC 3245057. PMID 21940398.
- ^ "BitterDB". BitterDB. Retrieved 14 February 2022.
