ArcZ RNA
ArcZ RNA| ArcZ RNA | |
|---|---|
 | |
| 식별자 | |
| 기호. | ArcZ RNA |
| Rfam | RF00081 |
| 기타 데이터 | |
| RNA형 | 진; sRNA |
| 도메인 | 박테리아 |
| 그렇게 | SO:0000655 |
| PDB 구조 | PDBe |
분자생물학에서 ArcZ RNA(RyhA 및 SraH로도 알려져 있음)는 작은 비코드 RNA(ncRNA)이다.그것은 단백질로 변환되지 않는 유전자의 기능적 산물이다.ArcZ는 Hfq 결합 RNA로 많은 단백질 코드 유전자의 안티센스 조절제 역할을 한다.
검출
이 코드화되지 않은 RNA는 알려진 작은 RNA 부호화 [1]유전자의 전사 신호와 게놈 특징에 대한 대규모 계산 화면 동안 대장균에서 발견되었다.이 화면 동안 GlmZ, SraB, SraC [1]및 SraD를 포함한 14개의 새로운 ncRNA 유전자가 확인되었다.SraH의 발현은 노던 [1]블로팅을 통해 실험적으로 확인되었다.그 발현은 정지성장기에서는 매우 풍부하지만, 기하급수적으로 성장하는 [1]세포에서는 여전히 낮은 수준의 발현이 검출될 수 있다.
처리.
ArcZ는 처음에는 최대 120개의 뉴클레오티드의 전사체로 표기된다.이 전구체는 불안정하며 초기 전사체의 3' 말단을 나타내는 58개의 뉴클레오티드까지 풍부한 단편으로 처리된다.짧은 3' 전사체의 안정성과 풍부성은 Northern Blotting과 Deep Sequencing [2][3]분석 모두에서 확인된다.
기능.
ArcZ는 전사 후 조절 단백질 Hfq와 [2][3]강하게 결합하는 것으로 나타났다.살모넬라균에서는 sdaCB(세린흡수에 관여) 및 tpx(산화스트레스에 관여) 유전자를 코드하는 단백질의 발현과 수평으로 획득된 유전자 메틸수용화성단백질(MCP)[4]의 발현을 억제하는 것으로 나타났다.sdaCB 및 STM3216은 모두 리보솜 결합 부위와 결합하는 ArcZ에 의해 조절되며, tpx mRNA는 부호화 시퀀스(CDS)를 목표로 한다.ArcZ는 RpoS 정지 위상 시그마 [5]계수의 발현을 적극적으로 자극합니다.식물병원체 Erwinia amylovora ArcZ에서는 Type III 분비계통(T3SS), 아밀로보란 엑소다당 생성, 바이오필름 형성, 세균 운동성을 긍정적으로 조절하는 것으로 나타났으나 세균 [6]부착을 부정적으로 조절한다.
규정
ArcZ는 ArcB/ArcA 두 구성 요소 조절기에 의해 음의 조절을 받습니다.ArcA는 arcZ를 혐기적으로 억제하지만 곡예비행을 [5]억제하지는 않습니다.
레퍼런스
- ^ a b c d Argaman L, Hershberg R, Vogel J, et al. (2001). "Novel small RNA-encoding genes in the intergenic regions of Escherichia coli". Curr. Biol. 11 (12): 941–950. doi:10.1016/S0960-9822(01)00270-6. PMID 11448770.
- ^ a b Zhang A, Wassarman KM, Rosenow C, Tjaden BC, Storz G, Gottesman S (November 2003). "Global analysis of small RNA and mRNA targets of Hfq". Molecular Microbiology. 50 (4): 1111–1124. doi:10.1046/j.1365-2958.2003.03734.x. PMID 14622403. S2CID 40056275.
- ^ a b Sittka A, Lucchini S, Papenfort K, et al. (2008). Burkholder WF (ed.). "Deep sequencing analysis of small noncoding RNA and mRNA targets of the global post-transcriptional regulator, Hfq". PLOS Genetics. 4 (8): e1000163. doi:10.1371/journal.pgen.1000163. PMC 2515195. PMID 18725932.
- ^ Papenfort K, Said N, Welsink T, Lucchini S, Hinton JC, Vogel J (2009). "Specific and pleiotropic patterns of mRNA regulation by ArcZ, a conserved, Hfq-dependent small RNA". Mol Microbiol. 74 (1): 139–158. doi:10.1111/j.1365-2958.2009.06857.x. PMID 19732340.
- ^ a b Mandin, P.; Gottesman, S. (2010). "Integrating anaerobic/aerobic sensing and the general stress response through the ArcZ small RNA". The EMBO Journal. 29 (18): 3094–3107. doi:10.1038/emboj.2010.179. PMC 2944060. PMID 20683441.
- ^ Zeng, Quan; Sundin, George W. (2014-01-01). "Genome-wide identification of Hfq-regulated small RNAs in the fire blight pathogen Erwinia amylovora discovered small RNAs with virulence regulatory function". BMC Genomics. 15: 414. doi:10.1186/1471-2164-15-414. ISSN 1471-2164. PMC 4070566. PMID 24885615.
