MicA RNA
MicA RNA| SraD RNA | |
|---|---|
 | |
| 식별자 | |
| 기호. | SraD |
| Alt. 기호 | SRAD |
| Rfam | RF00078 |
| 기타 데이터 | |
| RNA형 | 진; sRNA |
| 도메인 | 박테리아 |
| 그렇게 | SO:0000655 |
| PDB 구조 | PDBe |
MicA RNA(SraD라고도 함)는 대규모 검사 [1]도중 대장균에서 발견된 작은 비코드 RNA입니다.SraD의 발현은 정지상에서는 매우 풍부하지만, 기하급수적으로 증가하는 세포에서도 낮은 수준이 검출될 수 있다.
기능.
이 RNA는 Hfq 단백질을 결합하고 안티센스 메커니즘으로 유전자 발현 수준을 조절합니다.대장균의 OmpA 유전자를 표적으로 하고 리보솜 결합 부위를 [2]차단하는 것으로 알려져 있다.엔벨로프 응력 조건 하에서 micA 전사가 유도된다.MicA, RybB RNA 및 MicL RNA 전사는 시그마 인자 시그마(E)[3][4][5]의 제어 하에 있습니다.또한 E.coli에서 SraD는 각각 mRNA 종인 luxS, ompA 및 phoP와 시스 및 트랜스 작용한다.이 관찰에서는 MicA가 두 가지 구조 구성에서 안티센스 조절을 수행한 최초의 sRNA가 되는 것을 설명합니다.MicA는 쿼럼 감지 합성효소 호몰로그를 코드하는 mRNA와 상호작용하는 것으로 알려져 있으며, E.coli의 LuxS와 두 RNA는 이중 가닥 RNA 엔도핵산가수분해효소인 RNase III에 의해 처리된다.[6] 보존에 근거해, 이것은 아마도 가까운 친척의 경우이며, 엔벨로프 스트레스와 쿼럼 감지 사이의 길고 이해하기 어려운 연결고리로 작용할 수 있다.
PhoPQ 2성분 시스템은 MicA에 의해 억제됩니다.RNA는 phoP mRNA의 리보솜 결합 부위와 짝을 이루어 번역을 억제하는 것으로 추정된다.이는 micA를 Mg(2+) 운반, 독성, LPS 수정 및 항균성 펩타이드에 [7][8]대한 내성과 같은 세포 과정과 연결시킨다.
S. 티푸스에서는 MicA가 바이오막 형성에 관여하는 것으로 나타났다.LuxS 돌연변이 생체막 형성 과정은 유전자의 코드 영역이 삭제된 경우 MicA에 의존하는 것으로 확인되지만, 이 메커니즘에 MicA가 어느 정도 관여하는지는 아직 알려지지 않았다.[9]
부위 지향 돌연변이 유발은 안정성 및 [10]기능에 중요한 RNA 결정 인자를 조사하기 위해 돌연변이 형태의 MicA를 구성하는데 사용되어 왔다.조사된 각 '도메인'(5µ선형 도메인, 두 개의 스템 루프, A/U가 풍부한 배열과 3µ 폴리(U) 꼬리가 있는 구조 영역)은 MicA의 전체 2차 구조에 영향을 미치지 않고 변경되었지만, 각 '도메인'은 MicA의 다중 [10]목표물 조절 능력과 안정성에 다른 영향을 미치는 것으로 밝혀졌다.
레퍼런스
- ^ Argaman L, Hershberg R, Vogel J, Bejerano G, Wagner EG, Margalit H, Altuvia S (June 2001). "Novel small RNA-encoding genes in the intergenic regions of Escherichia coli". Current Biology. 11 (12): 941–50. doi:10.1016/S0960-9822(01)00270-6. PMID 11448770.
- ^ Udekwu KI, Darfeuille F, Vogel J, Reimegård J, Holmqvist E, Wagner EG (October 2005). "Hfq-dependent regulation of OmpA synthesis is mediated by an antisense RNA". Genes & Development. 19 (19): 2355–66. doi:10.1101/gad.354405. PMC 1240044. PMID 16204185.
- ^ Udekwu KI, Wagner EG (2007). "Sigma E controls biogenesis of the antisense RNA MicA". Nucleic Acids Research. 35 (4): 1279–88. doi:10.1093/nar/gkl1154. PMC 1851643. PMID 17267407.
- ^ Johansen J, Rasmussen AA, Overgaard M, Valentin-Hansen P (November 2006). "Conserved small non-coding RNAs that belong to the sigmaE regulon: role in down-regulation of outer membrane proteins". Journal of Molecular Biology. 364 (1): 1–8. doi:10.1016/j.jmb.2006.09.004. PMID 17007876.
- ^ Guo MS, Updegrove TB, Gogol EB, Shabalina SA, Gross CA, Storz G (July 2014). "MicL, a new σE-dependent sRNA, combats envelope stress by repressing synthesis of Lpp, the major outer membrane lipoprotein". Genes & Development. 28 (14): 1620–34. doi:10.1101/gad.243485.114. PMC 4102768. PMID 25030700.
- ^ Udekwu KI (October 2010). "Transcriptional and post-transcriptional regulation of the Escherichia coli luxS mRNA; involvement of the sRNA MicA". PLOS ONE. 5 (10): e13449. Bibcode:2010PLoSO...513449U. doi:10.1371/journal.pone.0013449. PMC 2956633. PMID 20976191.
- ^ Coornaert A, Lu A, Mandin P, Springer M, Gottesman S, Guillier M (April 2010). "MicA sRNA links the PhoP regulon to cell envelope stress". Molecular Microbiology. 76 (2): 467–79. doi:10.1111/j.1365-2958.2010.07115.x. PMC 2925231. PMID 20345657.
- ^ Coornaert A, Chiaruttini C, Springer M, Guillier M (January 2013). "Post-transcriptional control of the Escherichia coli PhoQ-PhoP two-component system by multiple sRNAs involves a novel pairing region of GcvB". PLOS Genetics. 9 (1): e1003156. doi:10.1371/journal.pgen.1003156. PMC 3536696. PMID 23300478.
- ^ Kint G, De Coster D, Marchal K, Vanderleyden J, De Keersmaecker SC (November 2010). "The small regulatory RNA molecule MicA is involved in Salmonella enterica serovar Typhimurium biofilm formation". BMC Microbiology. 10: 276. doi:10.1186/1471-2180-10-276. PMC 2987988. PMID 21044338.
- ^ a b Andrade JM, Pobre V, Arraiano CM (2013). Sumby P (ed.). "Small RNA modules confer different stabilities and interact differently with multiple targets". PLOS ONE. 8 (1): e52866. Bibcode:2013PLoSO...852866A. doi:10.1371/journal.pone.0052866. PMC 3551931. PMID 23349691.
추가 정보
- Karavolos MH, Bulmer DM, Spencer H, Rampioni G, Schmalen I, Baker S, et al. (March 2011). "Salmonella Typhi sense host neuroendocrine stress hormones and release the toxin haemolysin E". EMBO Reports. 12 (3): 252–8. doi:10.1038/embor.2011.4. PMC 3059909. PMID 21331094.
- Moores A, Chipper-Keating S, Sun L, McVicker G, Wales L, Gashi K, Blomfield IC (January 2014). "RfaH suppresses small RNA MicA inhibition of fimB expression in Escherichia coli K-12". Journal of Bacteriology. 196 (1): 148–56. doi:10.1128/JB.00912-13. PMC 3911127. PMID 24163336.
