구조 모티브

Structural motif
다른 용도는 모티브(동음이의명료화)를 참조하십시오.

단백질이나 핵산과 같은 사슬 모양의 생물학적 분자에서 구조적 모티브는 다양한 다른, 진화적으로 관련이 없는 [1]분자에 나타나는 일반적인 3차원 구조이다.구조 모티브는 배열 모티브와 연관될 필요가 없으며, 서로 다른 단백질 또는 RNA에서 서로 전혀 관련이 없는 서로 다른 배열로 나타낼 수 있습니다.

핵산 중

참고 항목: B 이외의 데이터베이스

염기서열과 다른 조건에 따라 핵산은 생물학적 의미가 있다고 생각되는 다양한 구조적 모티브를 형성할 수 있다.

스템루프
줄기세포-루프 분자 내 염기쌍은 단일 가닥 DNA 또는 [2]더 일반적으로 RNA에서 발생할 수 있는 패턴이다.이 구조는 헤어핀 또는 헤어핀 루프라고도 합니다.이것은 같은 가닥의 두 영역이 보통 반대 방향으로 읽을 때 뉴클레오티드 배열로 보완될 때 염기쌍을 형성하여 짝을 이루지 않은 루프로 끝나는 이중 나선을 형성할 때 발생한다.결과 구조는 많은 RNA 2차 구조의 핵심 구성 블록입니다.
십자형 DNA
십자형 DNA는 적어도 6개의 역반복의 뉴클레오티드 배열을 필요로 하는 비B DNA의 한 형태이며, 음의 DNA 초코일에 [3]의해 안정화 된 십자형 모양의 줄기, 가지점 및 루프로 구성된 구조를 형성한다.십자가 모양의 DNA에는 접힌 것과 펴진 것의 두 종류가 기술되어 있다.
G-쿼드플렉스
구아닌이 [4]풍부한 배열에 의해 핵산에서 G-쿼드플렉스 2차 구조(G4)가 형성된다.그것들은 나선형으로 생겼고 하나,[5] 두[6] 개 또는 네 개의 [7]가닥에서 형성될 수 있는 구아닌 테트라드를 포함합니다.
D루프
치환루프 또는 D-루프는 이중사슬 DNA 분자의 두 가닥이 스트레칭으로 분리되고 세 번째 DNA [8]가닥에 의해 분리되는 DNA 구조이다.R-루프는 D-루프와 유사하지만,[9] 이 경우 세 번째 가닥은 DNA가 아닌 RNA입니다.세 번째 가닥은 주 가닥 중 하나를 보완하는 염기서열을 가지며, 주 가닥과 쌍을 이루며, 따라서 영역의 다른 보완적인 주 가닥을 치환한다.따라서 그 영역 내에서 그 구조는 3가닥 DNA의 한 형태이다.용어를 소개하는 논문의 다이어그램은 대문자 "D"와 유사한 형태의 D-루프를 나타내며, 여기서 치환된 가닥이 "D"[10]의 루프를 형성한다.

단백질 내

단백질에서 구조 모티브는 2차 구조 요소 간의 연결성을 설명한다.개별적인 모티브는 보통 몇 가지 요소로 구성되어 있는데, 예를 들어 단 3개의 모티브가 있는 '나선-나선-나선' 모티브가 그것이다.모티브의 모든 경우에서 요소의 공간 시퀀스가 동일할 수 있지만 기초 유전자 내에서 임의의 순서로 부호화될 수 있다는 점에 유의하십시오.단백질 구조 모티브는 이차 구조 요소 외에도 가변 길이와 지정되지 않은 구조의 루프를 포함한다.구조 모티브는 탠덤 반복으로 나타날 수도 있습니다.

베타 머리핀
극히 일반적입니다.두 개의 역평행 베타 가닥이 아미노산 몇 개를 촘촘히 돌려서 연결되었다.
그리스어 키
4개의 베타 가닥이 있고, 3개는 머리핀으로 연결되어 있고, 4개는 위쪽으로 접혀 있어요.
오메가 루프
루프의 시작과 끝을 구성하는 잔류물이 서로 [11]매우 가까운 루프입니다.
나선-루프
아미노산의 루프 스트레칭에 의해 결합된 알파 나선형으로 구성됩니다.이 모티브는 전사 인자에서 볼 수 있습니다.
아연손가락
아연 이온을 결합하기 위해 알파 나선 끝이 접힌 두 개의 베타 가닥.DNA 결합 단백질에서 중요하다.
나선형 나선형
두 개의 α 나선형이 짧은 아미노산 가닥으로 결합되어 유전자 [12]발현을 조절하는 많은 단백질에서 발견되었습니다.
둥지
극히 일반적입니다.3개의 아미노산 잔기가 음이온 결합 [13]오목부를 형성한다.
틈새시장
극히 일반적입니다.3, 4개의 아미노산 잔기가 카티온 결합 [14]특성을 형성한다.

「 」를 참조해 주세요.

레퍼런스

  1. ^ Johansson, M.U. (23 July 2012). "Defining and searching for structural motifs using DeepView/Swiss-PdbViewer". BMC Bioinformatics. 13 (173): 173. doi:10.1186/1471-2105-13-173. PMC 3436773. PMID 22823337.
  2. ^ Bolshoy, Alexander (2010). Genome Clustering: From Linguistic Models to Classification of Genetic Texts. Springer. p. 47. ISBN 9783642129513. Retrieved 24 March 2021.
  3. ^ Shlyakhtenko LS, Potaman VN, Sinden RR, Lyubchenko YL (July 1998). "Structure and dynamics of supercoil-stabilized DNA cruciforms". J. Mol. Biol. 280 (1): 61–72. CiteSeerX 10.1.1.555.4352. doi:10.1006/jmbi.1998.1855. PMID 9653031.
  4. ^ Routh ED, Creacy SD, Beerbower PE, Akman SA, Vaughn JP, Smaldino PJ (March 2017). "A G-quadruplex DNA-affinity Approach for Purification of Enzymaticacvly Active G4 Resolvase1". Journal of Visualized Experiments. 121 (121). doi:10.3791/55496. PMC 5409278. PMID 28362374.
  5. ^ Largy E, Mergny J, Gabelica V (2016). "Chapter 7. Role of Alkali Metal Ions in G-Quadruplex Nucleic Acid Structure and Stability". In Astrid S, Helmut S, Roland KO S (eds.). The Alkali Metal Ions: Their Role in Life (PDF). Metal Ions in Life Sciences. Vol. 16. Springer. pp. 203–258. doi:10.1007/978-3-319-21756-7_7. PMID 26860303.
  6. ^ Sundquist WI, Klug A (December 1989). "Telomeric DNA dimerizes by formation of guanine tetrads between hairpin loops". Nature. 342 (6251): 825–9. Bibcode:1989Natur.342..825S. doi:10.1038/342825a0. PMID 2601741. S2CID 4357161.
  7. ^ Sen D, Gilbert W (July 1988). "Formation of parallel four-stranded complexes by guanine-rich motifs in DNA and its implications for meiosis". Nature. 334 (6180): 364–6. Bibcode:1988Natur.334..364S. doi:10.1038/334364a0. PMID 3393228. S2CID 4351855.
  8. ^ DePamphilis, Melvin (2011). Genome Duplication. Garland Science, Taylor & Francis Group, LLC. p. 419. ISBN 9780415442060. Retrieved 24 March 2021.
  9. ^ Al-Hadid, Qais (July 1, 2016). "R-loop: an emerging regulator of chromatin dynamics". Acta Biochim Biophys Sin (Shanghai). 48 (7): 623–31. doi:10.1093/abbs/gmw052. PMC 6259673. PMID 27252122.
  10. ^ Kasamatsu, H.; Robberson, D. L.; Vinograd, J. (1971). "A novel closed-circular mitochondrial DNA with properties of a replicating intermediate". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 68 (9): 2252–2257. Bibcode:1971PNAS...68.2252K. doi:10.1073/pnas.68.9.2252. PMC 389395. PMID 5289384.
  11. ^ Hettiarachchy, Navam S (2012). Food Proteins and Peptides: Chemistry, Functionality, Interactions, and Commercialization. CRC Press Taylor & Francis Group. p. 16. ISBN 9781420093421. Retrieved 24 March 2021.
  12. ^ Dubey, R C (2014). Advanced Biotechnology. S Chand Publishing. p. 505. ISBN 978-8121942904. Retrieved 24 March 2021.
  13. ^ Milner-White, E. James (September 26, 2011). "Functional Capabilities of the Earliest Peptides and the Emergence of Life". Genes. 2 (4): 674. doi:10.3390/genes2040671. PMC 3927598. PMID 24710286.
  14. ^ Milner-White, E. James (September 26, 2011). "Functional Capabilities of the Earliest Peptides and the Emergence of Life". Genes. 2 (4): 678. doi:10.3390/genes2040671. PMC 3927598. PMID 24710286.

추가 정보

  • Chiang YS, Gelfand TI, Kister AE, Gelfand IM (2007). "New classification of supersecondary structures of sandwich-like proteins uncovers strict patterns of strand assemblage". Proteins. 68 (4): 915–921. doi:10.1002/prot.21473. PMID 17557333. S2CID 29904865.