구조 모티브
Structural motif단백질이나 핵산과 같은 사슬 모양의 생물학적 분자에서 구조적 모티브는 다양한 다른, 진화적으로 관련이 없는 [1]분자에 나타나는 일반적인 3차원 구조이다.구조 모티브는 배열 모티브와 연관될 필요가 없으며, 서로 다른 단백질 또는 RNA에서 서로 전혀 관련이 없는 서로 다른 배열로 나타낼 수 있습니다.
핵산 중
이 섹션은 확장해야 합니다.추가해서 도움을 줄 수 있습니다. (2020년 8월) |
염기서열과 다른 조건에 따라 핵산은 생물학적 의미가 있다고 생각되는 다양한 구조적 모티브를 형성할 수 있다.
- 스템루프
- 줄기세포-루프 분자 내 염기쌍은 단일 가닥 DNA 또는 [2]더 일반적으로 RNA에서 발생할 수 있는 패턴이다.이 구조는 헤어핀 또는 헤어핀 루프라고도 합니다.이것은 같은 가닥의 두 영역이 보통 반대 방향으로 읽을 때 뉴클레오티드 배열로 보완될 때 염기쌍을 형성하여 짝을 이루지 않은 루프로 끝나는 이중 나선을 형성할 때 발생한다.결과 구조는 많은 RNA 2차 구조의 핵심 구성 블록입니다.
- 십자형 DNA
- 십자형 DNA는 적어도 6개의 역반복의 뉴클레오티드 배열을 필요로 하는 비B DNA의 한 형태이며, 음의 DNA 초코일에 [3]의해 안정화 된 십자형 모양의 줄기, 가지점 및 루프로 구성된 구조를 형성한다.십자가 모양의 DNA에는 접힌 것과 펴진 것의 두 종류가 기술되어 있다.
- G-쿼드플렉스
- 구아닌이 [4]풍부한 배열에 의해 핵산에서 G-쿼드플렉스 2차 구조(G4)가 형성된다.그것들은 나선형으로 생겼고 하나,[5] 두[6] 개 또는 네 개의 [7]가닥에서 형성될 수 있는 구아닌 테트라드를 포함합니다.
- D루프
- 치환루프 또는 D-루프는 이중사슬 DNA 분자의 두 가닥이 스트레칭으로 분리되고 세 번째 DNA [8]가닥에 의해 분리되는 DNA 구조이다.R-루프는 D-루프와 유사하지만,[9] 이 경우 세 번째 가닥은 DNA가 아닌 RNA입니다.세 번째 가닥은 주 가닥 중 하나를 보완하는 염기서열을 가지며, 주 가닥과 쌍을 이루며, 따라서 영역의 다른 보완적인 주 가닥을 치환한다.따라서 그 영역 내에서 그 구조는 3가닥 DNA의 한 형태이다.용어를 소개하는 논문의 다이어그램은 대문자 "D"와 유사한 형태의 D-루프를 나타내며, 여기서 치환된 가닥이 "D"[10]의 루프를 형성한다.
단백질 내
단백질에서 구조 모티브는 2차 구조 요소 간의 연결성을 설명한다.개별적인 모티브는 보통 몇 가지 요소로 구성되어 있는데, 예를 들어 단 3개의 모티브가 있는 '나선-나선-나선' 모티브가 그것이다.모티브의 모든 경우에서 요소의 공간 시퀀스가 동일할 수 있지만 기초 유전자 내에서 임의의 순서로 부호화될 수 있다는 점에 유의하십시오.단백질 구조 모티브는 이차 구조 요소 외에도 가변 길이와 지정되지 않은 구조의 루프를 포함한다.구조 모티브는 탠덤 반복으로 나타날 수도 있습니다.
- 베타 머리핀
- 극히 일반적입니다.두 개의 역평행 베타 가닥이 아미노산 몇 개를 촘촘히 돌려서 연결되었다.
- 그리스어 키
- 4개의 베타 가닥이 있고, 3개는 머리핀으로 연결되어 있고, 4개는 위쪽으로 접혀 있어요.
- 오메가 루프
- 루프의 시작과 끝을 구성하는 잔류물이 서로 [11]매우 가까운 루프입니다.
- 나선-루프
- 아미노산의 루프 스트레칭에 의해 결합된 알파 나선형으로 구성됩니다.이 모티브는 전사 인자에서 볼 수 있습니다.
- 아연손가락
- 아연 이온을 결합하기 위해 알파 나선 끝이 접힌 두 개의 베타 가닥.DNA 결합 단백질에서 중요하다.
- 나선형 나선형
- 두 개의 α 나선형이 짧은 아미노산 가닥으로 결합되어 유전자 [12]발현을 조절하는 많은 단백질에서 발견되었습니다.
- 둥지
- 극히 일반적입니다.3개의 아미노산 잔기가 음이온 결합 [13]오목부를 형성한다.
- 틈새시장
- 극히 일반적입니다.3, 4개의 아미노산 잔기가 카티온 결합 [14]특성을 형성한다.
「 」를 참조해 주세요.
레퍼런스
- ^ Johansson, M.U. (23 July 2012). "Defining and searching for structural motifs using DeepView/Swiss-PdbViewer". BMC Bioinformatics. 13 (173): 173. doi:10.1186/1471-2105-13-173. PMC 3436773. PMID 22823337.
- ^ Bolshoy, Alexander (2010). Genome Clustering: From Linguistic Models to Classification of Genetic Texts. Springer. p. 47. ISBN 9783642129513. Retrieved 24 March 2021.
- ^ Shlyakhtenko LS, Potaman VN, Sinden RR, Lyubchenko YL (July 1998). "Structure and dynamics of supercoil-stabilized DNA cruciforms". J. Mol. Biol. 280 (1): 61–72. CiteSeerX 10.1.1.555.4352. doi:10.1006/jmbi.1998.1855. PMID 9653031.
- ^ Routh ED, Creacy SD, Beerbower PE, Akman SA, Vaughn JP, Smaldino PJ (March 2017). "A G-quadruplex DNA-affinity Approach for Purification of Enzymaticacvly Active G4 Resolvase1". Journal of Visualized Experiments. 121 (121). doi:10.3791/55496. PMC 5409278. PMID 28362374.
- ^ Largy E, Mergny J, Gabelica V (2016). "Chapter 7. Role of Alkali Metal Ions in G-Quadruplex Nucleic Acid Structure and Stability". In Astrid S, Helmut S, Roland KO S (eds.). The Alkali Metal Ions: Their Role in Life (PDF). Metal Ions in Life Sciences. Vol. 16. Springer. pp. 203–258. doi:10.1007/978-3-319-21756-7_7. PMID 26860303.
- ^ Sundquist WI, Klug A (December 1989). "Telomeric DNA dimerizes by formation of guanine tetrads between hairpin loops". Nature. 342 (6251): 825–9. Bibcode:1989Natur.342..825S. doi:10.1038/342825a0. PMID 2601741. S2CID 4357161.
- ^ Sen D, Gilbert W (July 1988). "Formation of parallel four-stranded complexes by guanine-rich motifs in DNA and its implications for meiosis". Nature. 334 (6180): 364–6. Bibcode:1988Natur.334..364S. doi:10.1038/334364a0. PMID 3393228. S2CID 4351855.
- ^ DePamphilis, Melvin (2011). Genome Duplication. Garland Science, Taylor & Francis Group, LLC. p. 419. ISBN 9780415442060. Retrieved 24 March 2021.
- ^ Al-Hadid, Qais (July 1, 2016). "R-loop: an emerging regulator of chromatin dynamics". Acta Biochim Biophys Sin (Shanghai). 48 (7): 623–31. doi:10.1093/abbs/gmw052. PMC 6259673. PMID 27252122.
- ^ Kasamatsu, H.; Robberson, D. L.; Vinograd, J. (1971). "A novel closed-circular mitochondrial DNA with properties of a replicating intermediate". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 68 (9): 2252–2257. Bibcode:1971PNAS...68.2252K. doi:10.1073/pnas.68.9.2252. PMC 389395. PMID 5289384.
- ^ Hettiarachchy, Navam S (2012). Food Proteins and Peptides: Chemistry, Functionality, Interactions, and Commercialization. CRC Press Taylor & Francis Group. p. 16. ISBN 9781420093421. Retrieved 24 March 2021.
- ^ Dubey, R C (2014). Advanced Biotechnology. S Chand Publishing. p. 505. ISBN 978-8121942904. Retrieved 24 March 2021.
- ^ Milner-White, E. James (September 26, 2011). "Functional Capabilities of the Earliest Peptides and the Emergence of Life". Genes. 2 (4): 674. doi:10.3390/genes2040671. PMC 3927598. PMID 24710286.
- ^ Milner-White, E. James (September 26, 2011). "Functional Capabilities of the Earliest Peptides and the Emergence of Life". Genes. 2 (4): 678. doi:10.3390/genes2040671. PMC 3927598. PMID 24710286.
- 프로 사이트 단백질 패밀리 및 도메인 데이터베이스
- 스코프 단백질의 구조적 분류
- 캐스 클래스 아키텍처 토폴로지
- FSSP FSSP
- 패스 2 PASS2 - 구조 슈퍼패밀리로서의 단백질 정렬
- SMoS SMoS - 슈퍼패밀리의 구조 모티브 데이터베이스
- S4 S4: Super-Secondary Structure 모티브 마이닝용 서버