다형 DNA의 무작위 증폭
Random amplification of polymorphic DNA
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"[1]급속"으로 발음되는 다형 DNA의 무작위 증폭은 중합효소 연쇄 반응의 한 종류이지만, 증폭되는 DNA의 세그먼트는 [2]무작위이다.RAPD를 수행하는 과학자는 여러 개의 임의적이고 짧은 프라이머(10~12개의 뉴클레오티드)를 만든 다음, 조각이 증폭되기를 바라며 게놈 DNA의 큰 템플릿을 사용하여 PCR을 진행합니다.이 패턴을 해결함으로써 RAPD 반응으로부터 반고유 프로파일을 수집할 수 있다.
프라이머가 염기서열 어딘가에 결합하기 때문에 표적 게놈의 DNA 염기서열에 대한 지식은 필요하지 않지만, 정확히 어디에 있는지는 확실치 않다.이는 과학계의 관심을 받지 못한 생물학적 시스템의 DNA를 비교하거나 상대적으로 소수의 DNA 배열이 비교되는 시스템에서 이 방법을 인기 있게 만든다(cDNA 데이터뱅크 형성에 적합하지 않음).이것은 크고 온전한 DNA 템플릿 배열에 의존하기 때문에 열화된 DNA 샘플의 사용에 몇 가지 제한이 있습니다.그것의 분해력은 짧은 연속 반복과 같은 표적 종별 DNA 비교 방법보다 훨씬 낮다.최근 몇 년 동안 RAPD는 다양한 식물과 동물 종의 계통 발생을 특징짓고 추적하는 데 사용되어 왔습니다.
서론
RAPD 마커는 임의의 뉴클레오티드 배열의 단일 프라이머를 사용하여 게놈 DNA의 랜덤 세그먼트의 PCR 증폭에 의한 디카머(10뉴클레오티드 길이) DNA 조각으로, 반드시 재현 가능한 방법은 아니지만 유전적으로 구별되는 개체 간에 구별할 수 있다.랜덤 프라이머를 사용하여 개인의 유전적 다양성을 분석하는 데 사용됩니다.실험 재현성의 문제로 인해 많은 과학 저널은 더 이상 RAPD만을 기반으로 한 실험을 받아들이지 않는다.RAPD는 증폭을 위해 프라이머를 1개만 필요로 합니다.
구조
PCR로 증폭한 후 샘플은 겔 전기영동을 위해 겔(아가로스 또는 폴리아크릴아미드)에 로드됩니다.무작위 증폭을 통해 생성된 다양한 크기는 샘플 소스에 따라 반복 가능한 방식으로 겔을 따라 분리됩니다.이것에 의해, 독특한 DNA 지문이 생성됩니다.
기존의 PCR 분석과 달리, RAPD는 표적 유기체의 DNA 배열에 대한 어떤 특정한 지식도 요구하지 않는다: 동일한 10-mer 프라이머는 프라이머의 배열에 상보적인 위치에 따라 DNA의 세그먼트를 증폭하거나 증폭하지 않을 것이다.예를 들어 프라이머가 너무 멀리 떨어져 있거나 프라이머의 3' 끝이 서로 마주보고 있지 않으면 프래그먼트가 발생하지 않는다.따라서 이전에 프라이머를 보완하던 부위의 템플릿 DNA에서 돌연변이가 발생한 경우 PCR 제품이 생성되지 않아 겔에 다른 패턴의 증폭 DNA 세그먼트가 생성된다.
제한 사항
- 거의 모든 RAPD 마커가 우세하다. 즉, DNA 세그먼트가 헤테로 접합(1복사) 또는 호모 접합(2복사)인 궤적과 증폭되는지 구별하는 것은 불가능하다.동일한 궤적에서 증폭된 서로 다른 크기의 DNA 세그먼트로 관찰되는 코드미넌트 RAPD 마커는 극히 드물게 검출된다.
- PCR은 효소 반응이므로 템플릿 DNA의 품질과 농도, PCR 성분 농도 및 PCR 순환 조건이 결과에 큰 영향을 미칠 수 있다.따라서 RAPD 기법은 실험실에 의존하는 것으로 악명 높으며 재현하기 위해서는 신중하게 개발된 실험실 프로토콜이 필요하다.
- 프라이머와 템플릿이 일치하지 않으면 PCR 제품이 완전히 없을 뿐만 아니라 제품의 양이 줄어들 수 있습니다.따라서 RAPD 결과는 기존의 PCR 분석과 달리 해석하기 어려울 수 있습니다.
「 」를 참조해 주세요.
레퍼런스
- ^ "Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD)". www.ncbi.nlm.nih.gov. Retrieved 2020-11-10.
- ^ "rDNA: Random Amplification of Polymorphic DNA (RAPD)". www.rvc.ac.uk. Retrieved 2016-06-03.
