iPlant 콜라보레이티브

iPlant Collaborative
Cyverse(구 iPlant Collaborative)
IPlant collaborative logo.jpg
사이트 유형
과학적 지원
이용가능기간:영어
URLcyverse.org
상업의아니요.
개시.2008

2017년에 Cyverse로 이름이 바뀐 iPlant Collaborative는 식물과학(식물학)[1]을 위한 사이버 인프라를 구축하기 위해 미국 국립과학재단(NSF)이 출자한 협력 협정에 의해 만들어진 가상 조직입니다.NSF는 사이버 인프라를 물리적 인프라와 비교했습니다. "... 분산 컴퓨터, 정보 및 통신 기술을 인력과 결합하고 현대 과학 연구 노력에 힘을 실어주기 위한 장기적인 플랫폼을 제공하는 구성요소를 통합합니다."[2]2013년 9월, 미국 국립과학재단은 iPlant의 5년 임기의 재원을 갱신하여 모든 비인간 생명과학 [3]연구로 범위를 확대했다고 발표했다.

이 프로젝트는 TeraGrid와 같은 컴퓨팅 리소스와 바이오 정보학 및 컴퓨팅 생물학 소프트웨어를 결합한 컴퓨팅 시스템과 소프트웨어를 개발합니다.데이터 액세스와 처리 효율이 향상되어 연구자 간의 협업이 용이해지는 것이 목표입니다.주로 미국을 중심으로 국제적으로 협력하고 있습니다.

역사

생물학은 점점 [4]더 컴퓨터에 의존하고 있다.식물 [5]생물은 신기술의 등장에 따라 변화하고 있다.생물정보학, 계산생물학, DNA 배열, 지리정보시스템 및 기타 컴퓨터의 출현으로 식물생물을 연구하는 연구자들이 의학, 바이오연료, 생물다양성, 농업 및 가뭄에 대한 내성, 식물 사육, 지속 가능한 [6]농업과 같은 문제에 대한 해결책을 찾는 데 큰 도움이 될 수 있다.이러한 문제의 대부분은 전통적인 분야를 넘나들며 다양한 배경과 전문성을 가진 식물 과학자들 간의 협업이 필요합니다.[6][7][8]

2006년 NSF는 Christopher Greer와 [9]함께 "식물 과학 사이버 인프라 협업"(PSCIC)이라는 프로그램을 통해 "새로운 유형의 조직 - 식물 과학을 위한 사이버 인프라 협업"을 만들 것"을 제안했습니다.제안서가 받아들여졌고('협동적'이라는 단어를 명사로 사용하는 관례를 채택) iPlant는 [1][9]2008년 2월 1일 공식적으로 만들어졌다.5년 동안 [10]매년 1000만 달러의 자금이 지원될 것으로 추정되었습니다.

Richard Jorgensen은 제안 단계에서 팀을 이끌었으며 2008년부터 2009년까지 [10]수석 조사관(PI)을 역임했습니다.Gregory Andrews, Vicki Chandler, Sudha Ram 및 Lincoln Stein은 2008년부터 2009년까지 공동 수석 조사관(Co-PI)을 역임했습니다.2009년 말, Stephen Goff는 PI로, Daniel Stanzione는 [1][11][12]Co-PI로 추가되었다.2014년 5월 현재 Co-PI Stanzione는 콜드 스프링 하버의 Doreen Ware, 애리조나 대학의 Nirav Merchant와 Eric Lyons, Texas Advanced Computing Center의 [13]Matthew Vaughn 등 4개의 새로운 Co-PI로 대체되었습니다.

그 iPlant 프로젝트가 어떤 연구 공동체에 의해 국립 생태학적 해석을 종합(NCEAS), ELIXIR,[14]고 대나무는 기술 프로젝트 9월 2010년 시작했다 같은 노력에서 채택되고 있정보 시스템 기술의 이용할 e-사이언스,라고 불려 왔다를 지원한다.[15][16]iPlant"을 만들기 위한 것이다.연구 커뮤니티의 컴퓨터 요구를 지원하고 식물생물학의 [6][17]주요 문제 해결을 위한 진전을 촉진하기 위한 기반입니다."

이 프로젝트는 공동 작업으로 작동합니다.그것은 무엇을 [18]건설할 것인지에 대해 더 넓은 식물 과학계의 의견을 구한다.이 정보를 바탕으로 대규모 데이터 [19]세트를 보다 쉽게 사용할 수 있게 되었고, 연구 영역 내 및 연구[20] 영역 간에 기존 데이터 수집을 공유할 수 있는 커뮤니티 중심 연구 환경을 구축했으며, 성과 [21][22]추적을 통해 데이터를 공유할 수 있게 되었습니다.협업을 위해 연구된 모델 중 하나는 [23][24]위키피디아입니다.

최근 몇 개의 미국 국립과학재단 상에서는 iPlant를 설명에서 따라야 할 설계 패턴 또는 수상자가 함께 [25]작업할 공동 작업자로 명시적으로 언급했습니다.

기관

iPlant 프로젝트의 주요 기관은 투싼의 [26]BIOS5 연구소 내에 위치한 애리조나 대학입니다.2008년에 설립된 이래, 담당자는 Cold Spring Harbor Laboratory, North Carolina University of Wilmington, Texas Advanced Computing [27]Center의 Austin에 있는 Texas University of Texas 등, 그 외의 기관에서 근무하고 있습니다.퍼듀 대학교와 애리조나 주립 대학교는 원래 프로젝트 [10]그룹의 일부였습니다.

2009년 3월부터 계통유전학 그랜드 챌린지에 대한 연구를 위해 iPlant의 지원을 받은 다른 협력 기관으로는 예일 대학교, 플로리다 대학교 및 [27]펜실베니아 대학교가 있습니다.특성 진화 그룹은 [28]테네시 대학에서 주도되었다.iPlant를 채용한 시각화 워크숍은 [29]2011년에 버지니아 공대에 의해 운영되었습니다.

NSF는 자금 조달 하도급 계약을 미국 내에 유지해야 하지만, 2009년 뮌헨 공과대학[27] 및 토론토 [29][30]대학과 2010년 국제 협력이 시작되었습니다.East Main Evaluation & Consulting은 외부 감독, 조언 및 [31]지원을 제공합니다.

서비스

iPlant 프로젝트는 사이버 인프라스트럭처를 여러 가지 다른 방법으로 이용할 수 있도록 하고 주요 사용자가 접근할 수 있도록 서비스를 제공합니다.이 설계는 서비스하고 [6]있는 연구 커뮤니티의 요구에 따라 성장하도록 의도되었습니다.

검출 환경

Discovery Environment는 커뮤니티에서 권장하는 소프트웨어 도구를 고성능 슈퍼컴퓨터를 사용하여 테라바이트 단위의 데이터를 처리할 수 있는 시스템에 통합하여 이러한 작업을 훨씬 빠르게 수행합니다.이를 위해 필요한 복잡성을 최종 사용자에게 숨기도록 설계된 인터페이스를 갖추고 있습니다.목표는 명령줄 [6][32]인터페이스를 사용하는 데 익숙하지 않은 비기술 최종 사용자에게 사이버 인프라를 제공하는 것이었습니다.

iPlant 기반 API

개발자를 위한 일련의 애플리케이션 프로그래밍 인터페이스(API)를 통해 인증,[6][33] 데이터 관리, 맞춤형 로컬 생산 소프트웨어에서 고성능 슈퍼컴퓨팅 리소스를 비롯한 iPlant 서비스에 액세스할 수 있습니다.

대기.

대기는 사전 구성되고 자주 사용되는 분석 루틴, 관련 알고리즘 및 데이터 세트에 쉽게 액세스할 수 있는 클라우드 컴퓨팅 플랫폼이며, 계산 및 데이터 집약적인 생물 정보학 [6]태스크를 수용합니다.Eucalyptus 가상화 [34][35]플랫폼을 사용합니다.

iPlant 시멘틱 웹

iPlant 시멘틱 웹 작업은 식물 과학에 초점을 맞춘 온톨로지를 [6][36][37]사용한 시멘틱 웹 링크에 SSWAP(Simple Semantic Web Architecture and Protocol)라는 iPlant 생성 아키텍처, 프로토콜 및 플랫폼을 사용합니다.SSWAP은 웹 온톨로지 언어(OWL)[38][39] 기반의 온톨로지와 함께 RESTful 웹 서비스의 개념을 기반으로 합니다.

분류학적 이름 해결 서비스

DNA Subway 도구의 스크린샷

TNRS(Templyic Name Resolution Service)는 식물 이름을 수정 및 표준화하는 무료 유틸리티입니다.이는 플랜트 이름의 철자가 틀리거나 최신이 아니거나(새로운 동의어가 선호되기 때문에), 또는 불완전한 경우 컴퓨터를 사용하여 대용량 [6][40][41]목록을 처리하기 어렵기 때문입니다.

마이 플랜트

My-Plant.org은 식물생물학자, 교육자 및 기타 사람들이 함께 모여 정보와 연구, 협업 및 [6][42]식물과학의 최신 발전을 추적하는 소셜 네트워킹 커뮤니티입니다.My-Plant 네트워크는 식물 자체의 [42]계통유전학과 유사한 방식으로 사용자를 그룹화하기 위해 clade라는 용어를 사용합니다.콘텐츠 관리 시스템으로 Drupal을 사용하여 구현되었습니다.[42]

DNA서브웨이

DNA서브웨이 웹사이트는 그래픽 사용자 인터페이스(GUI)를 이용해 DNA 배열 주석을 생성하고 유전자 및 트랜스포존 계열의 식물 게놈을 탐색하며 계통학적 분석을 실시한다.주석과 비교 유전체학 [6][43]워크플로우를 단순화함으로써 교수진과 학생이 높은 수준의 DNA 분석을 이용할 수 있도록 합니다.돌란 DNA 학습 [44][45]센터에 의해 iPlant용으로 개발되었습니다.

레퍼런스

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외부 링크