에코리
EcoRI| 에코리 | |||||||||
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| 식별자 | |||||||||
| 기호 | 에코리 | ||||||||
| Pfam | PF02963 | ||||||||
| 인터프로 | IPR004221 | ||||||||
| SCOP2 | 1na6 / SCOPe / SUPFAM | ||||||||
| CDD | 79lll | ||||||||
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EcoRI(EcoR one)는 대장균종에서 격리된 제한 엔도누클레이저 효소다.DNA 이중 나선체를 특정 부위에서 조각으로 쪼개지는 제한효소로서 제한수정체계의 일환이기도 하다.효소 이름의 Eco 부분은 그것이 분리된 종에서 유래한다 - "E"는 "에체리치아"와 "co"는 "coli"라는 종 이름을 의미한다. 반면 R은 이 경우 RY13, I는 이 종에서 분리된 첫 번째 효소라는 것을 나타낸다.null
분자생물학에서는 제한효소로 사용된다.EcoRI는 AATT의 5의 끝 돌출부로 4개의 뉴클레오티드 끈적끈적한 끝을 만든다.효소가 절단되는 핵산 인식 순서는 G↓AATTC로, CTTAA↓G의 팔린드로믹, 보완 순서가 있다.다른 제한 효소들은 절단 부위에 따라 3의 돌출부 또는 무딘 끝을 남길 수 있다.null
구조
일차구조
EcoRI에는 PD가 포함되어 있다.D/EXK 모티브는 많은 제한적 내핵물질과 같은 활성 사이트 내에서 형성된다.null
3차 및 2차 구조
효소는 α/β 아키텍처의 하나의 구상 영역으로 구성된 31킬로달톤 서브 유닛의 호모디머다.각 서브 유닛은 구상 영역으로부터 튀어나와 결합되었을 때 DNA를 감싸고 있는 루프를 포함하고 있다.[1][2]null
EcoRI는 정상적으로 자르는 순서에 따라 cocrystalized 되었다.이 결정은 복합체의 구조(1QPS)를 해결하기 위해 사용되었다.해결된 결정 구조는 효소 호모디머의 하위 단위가 DNA와 대칭적으로 상호작용한다는 것을 보여준다.[1]단지에서는 각 서브 유닛의 α-헬리콥트 2개가 모여 4헬릭스 묶음을 형성한다.[3]상호작용하는 나선에는 잔류물 Glu144와 Arg145가 함께 상호작용하며 효소의 두 활성 부위가 소통할 수 있는 것으로 추정되는 십자성 링을 형성하고 있다.[4]null
사용하다
제한 효소는 복제, DNA 검사, DNA 체외 DNA 부분 삭제 등 다양한 분자 유전학 기법에 사용된다.DNA의 끈적끈적한 끝을 생성하는 EcoRI와 같은 제한 효소는 종종 끈적끈적한 끝이 레깅 반응을 더 효율적으로 만들기 때문에 레깅에 앞서 DNA를 자르는 데 사용된다.[5]이러한 사용의 한 예는 기증자와 벡터 DNA를 결합할 때 재조합 DNA 생산에 있다.[6]EcoRI는 반응에 존재하는 조건에 따라 항성 활동으로 알려진 비 현장 고유 절단을 보여줄 수 있다.EcoRI를 사용할 때 항성 활동을 유도할 수 있는 조건으로는 염분 농도가 낮음, 글리세롤 농도가 높음, 반응에 존재하는 효소의 과다량, pH가 높음, 특정 유기용매에 의한 오염 등이 있다.[7]null
참고 항목
참조
- ^ a b Pingoud A, Jeltsch A (September 2001). "Structure and function of type II restriction endonucleases". Nucleic Acids Research. 29 (18): 3705–27. doi:10.1093/nar/29.18.3705. PMC 55916. PMID 11557805.
- ^ Kurpiewski MR, Engler LE, Wozniak LA, Kobylanska A, Koziolkiewicz M, Stec WJ, Jen-Jacobson L (October 2004). "Mechanisms of coupling between DNA recognition specificity and catalysis in EcoRI endonuclease". Structure. 12 (10): 1775–88. doi:10.1016/j.str.2004.07.016. PMID 15458627.
- ^ Bitinaite J, Wah DA, Aggarwal AK, Schildkraut I (September 1998). "FokI dimerization is required for DNA cleavage". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 95 (18): 10570–5. Bibcode:1998PNAS...9510570B. doi:10.1073/pnas.95.18.10570. PMC 27935. PMID 9724744.
- ^ Kim YC, Grable JC, Love R, Greene PJ, Rosenberg JM (September 1990). "Refinement of Eco RI endonuclease crystal structure: a revised protein chain tracing". Science. 249 (4974): 1307–9. Bibcode:1990Sci...249.1307K. doi:10.1126/science.2399465. PMID 2399465.
- ^ Gao, T; Konomura, S; May, C; Nich, C (April 2015). "Increasing Overhang GC-Content Increases Sticky-End Ligation Efficiency" (PDF). Journal of Experimental Microbiology and Immunology.
- ^ Griffiths, Anthony JF; Miller, Jeffrey H.; Suzuki, David T.; Lewontin, Richard C.; Gelbart, William M. (2000). "Making recombinant DNA". An Introduction to Genetic Analysis. 7th Edition.
- ^ "Archived copy". Archived from the original on 2012-10-15. Retrieved 2010-01-21.
{{cite web}}: CS1 maint: 타이틀로 보관된 사본(링크)
