에코RV

EcoRV
EcoRV의 DNA 인식 시퀀스.녹색 선은 절단 부위를 나타냅니다.
EcoRV DNA 절단단백질은 DNA를 느슨하게 결합하고 인식 순서를 스캔합니다.발견된 EcoRV는 DNA를 50° 각도로 구부리고 동족 배열로 갈라집니다.
제한 핵산가수분해효소 EcoRV
EcoRV Crystal Structure.rsh.png
이중사슬 DNA가 복합된 EcoRV 결정 구조
식별자
기호.엔도누크 에코RV
팜PF09233
인터프로IPR015314
SCOP21sx5 / SCOPe / SUPFAM

EcoRV(에코R five로 발음)는 특정 대장균 변종에서 분리된 II 제한 핵산가수분해효소이다.그것은 Eco32I라는 대체 이름을 가지고 있다.

분자생물학에서 그것은 일반적으로 사용되는 제한 효소이다.끝이 뭉툭해요.이 효소는 회문 6-염기 DNA 배열 5'-GAT ATC-3'을 인식하여 수직선에서 [1]뭉툭한 끝을 만든다. 

상보적 시퀀스는 3'-CTA TAG-5'이다.끝부분은 뭉툭하고 뭉툭한 복제 부위에 쉽게 묶을 수 있지만 끈적이는 끝부분보다 효율이 낮다.

구조.

이 효소와 그것이 절단하는 DNA 배열과 복잡한 여러 돌연변이의 구조는 X선 결정학에 의해 해결되었다.

효소의 핵은 α-헬리시스로 둘러싸인 5가닥 혼합 β-시트로 구성되어 있다.핵은 다른 모든 타입 II 제한 핵산 분해 효소에 보존됩니다.또한 짧은 α-나선, 2가닥 반팔레일 시트 및 긴 α-나선으로 이루어진 N말단 이량자화 서브도메인을 가진다.이 서브도메인은 EcoRV 및 [2]PvuII에서만 찾을 수 있습니다.

동작 모드

EcoRI와 마찬가지로 EcoRV는 용액에서 호모디머를 형성한 후 인식 [3]시퀀스를 결합하고 작용합니다.처음에 효소는 DNA의 비특이적인 부위에 약하게 결합한다.특정 인식 부위가 [2]발견될 때까지 분자를 따라 무작위로 걸어갑니다.EcoRV는 표적 DNA 배열에 대한 특이성이 높다.

효소의 결합은 DNA를 약 50° 구부려 배치 변화를 유도한다.DNA 굽힘은 베이스의 분해, 마이너 그루브의 확대, 메이저 그루브의 압축으로 이어집니다.이것은 포스포디에스테르 결합을 분해할 수 있는 효소의 활성 부위에 더 가깝게 분해시킵니다.분열은 인식 시퀀스 내에서 발생하며 ATP 가수분해를 [2]필요로 하지 않는다.

EcoRV는 [2]DNA에서 주요 단백질 유도 구조 변화를 일으키는 것으로 알려진 유일한 II 제한 핵산가수분해효소이다.

사용하다

EcoRV는 유전자 복제 중에 관심 유전자를 삽입하기 위해 플라스미드 벡터를 절단하는 데 종종 사용됩니다.이 효소는 많은 제조업체에서 공급하고 있으며 소의 혈청 알부민이 있어야 제대로 작동합니다.

「 」를 참조해 주세요.

  • 대장균의 또 다른 핵산 분해효소인 EcoRI.
  • 대장균의 또 다른 핵산가수분해효소인 EcoRII.
  • 플라보박테륨오케아노카이트의[4] 핵산가수분해효소인 FokI

레퍼런스

  1. ^ Schildkraut I, Banner CD, Rhodes CS, Parekh S (1984). "The cleavage site for the restriction endonuclease EcoRV is 5'-GAT/ATC". Gene. 27 (3): 327–329. doi:10.1016/0378-1119(84)90078-7. PMID 6329909.
  2. ^ a b c d Pingoud A, Jeltsch A (2001). "Structure and function of type II restriction endonucleases". Nucleic Acids Research. 29 (18): 3705–3727. doi:10.1093/nar/29.18.3705. PMC 55916. PMID 11557805.
  3. ^ Bitinaite J, Wah DA, Aggarwal AK, Schildkraut I (1998). "FokI dimerization is required for DNA cleavage". Proc Natl Acad Sci USA. 95 (18): 10570–10575. Bibcode:1998PNAS...9510570B. doi:10.1073/pnas.95.18.10570. PMC 27935. PMID 9724744.
  4. ^ Zahran, M., Daidone, I., Smith, J. C. 및 Imhof, P.(2010).제한효소 EcoRV에 의한 DNA 인식 메커니즘.분자생물학 저널, 401(3), 415-432.