에코RII

R.EcoRII
PDB ID 1NA6 기반 Eco RII 조광기

제한핵산가수분해효소(REASE) 에코라이(EcoR two)는 그램 음성세균인 대장균에서 자연적으로 발견되는 제한수정계(RM)의 효소이다.분자량은 45.2kDa로 402개의 [1]아미노산으로 구성되어 있다.

동작 모드

EcoRII는 박테리아 타입 IIE[2] REase로, 2'-CCWGG-3' (W = A 또는 T) 의 2개 또는[4] 3개 복제와 상호작용하며[3], 하나는 균열의 실제 대상이고, 다른 하나는 알로스테릭 활성제 역할을 한다.EcoRII는 표적 DNA 배열 CCWGG를 절단하여 스틱 [5]엔드를 생성합니다.

절단도

인식 사이트 결과 잘라내기
5인치 NNCCWGNN 3인치 NNGGWCCNN
 
5' NN CCWGNN 3' NNGGWCC NN

구조.

제한핵산가수분해효소 EcoRII, N 단자
PDB 1na6 EBI.jpg
제한핵산가수분해효소 에코리 돌연변이 r88a의 결정구조
식별자
기호.에코RI-N
팜PF09217
빠맘 클랜CL0405
인터프로IPR015300
SCOP21na6/SCOPe/SUPFAM
EcoRII C 터미널
PDB 1na6 EBI.jpg
제한핵산가수분해효소 에코리 돌연변이 r88a의 결정구조
식별자
기호.에코RII-C
팜PF09019
빠맘 클랜CL0236
인터프로IPR015109

EcoRII 돌연변이 R88A(PDB: 1NA6)[6]의 apo 결정 구조가 2.1Ω 분해능으로 해결되었다.EcoRII 모노머에는 힌지 루프를 통해 링크된N 단자와 C 단자의 2개의 도메인이 있습니다.

이펙터 결합 도메인

N 말단 이펙터 결합 도메인은 현저한 균열을 가진 원형 DNA 결합 의사 대동맥 접힘(SCOP 101936)을 가진다.구조적 중첩은 진화적으로 다음과 관련이 있는 것으로 나타났다.

촉매 영역

C 말단 촉매 도메인은 전형적인 제한[10] 핵산가수분해효소 유사 접힘(SCOP 52979)을 가지며, 큰 제한 핵산가수분해효소 슈퍼 패밀리(SCOP 52980)에 속한다.

자동 금지/활성화 메커니즘

구조 기반 배열 정렬과 부위 지향 돌연변이 유발은 추정 PD를 식별했다.아포 구조의 EcoRII 촉매 도메인 이합체의 D/EXK 활성 부위는 N 말단 [6]도메인에 의해 공간적으로 차단된다.

「 」를 참조해 주세요.

외부 링크

레퍼런스

  1. ^ Richard J. Roberts. "EcoRII". REBASE - The Restriction Enzyme Database. Retrieved 2008-03-23.
  2. ^ Roberts RJ, Belfort M, Bestor T, et al. (2003). "A nomenclature for restriction enzymes, DNA methyltransferases, homing endonucleases and their genes". Nucleic Acids Res. 31 (7): 1805–12. doi:10.1093/nar/gkg274. PMC 152790. PMID 12654995. PDF[데드링크]
  3. ^ Mücke M, Lurz R, Mackeldanz P, Behlke J, Krüger DH, Reuter M (2000). "Imaging DNA loops induced by restriction endonuclease EcoRII. A single amino acid substitution uncouples target recognition from cooperative DNA interaction and cleavage". J. Biol. Chem. 275 (39): 30631–7. doi:10.1074/jbc.M003904200. PMID 10903314.PDF
  4. ^ Shlyakhtenko LS, Gilmore J, Portillo A, Tamulaitis G, Siksnys V, Lyubchenko YL (2007). "Direct visualization of the EcoRII-DNA triple synaptic complex by atomic force microscopy". Biochemistry. 46 (39): 11128–36. doi:10.1021/bi701123u. PMID 17845057. S2CID 27800123.
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  8. ^ Richard J. Roberts. "BfiI". REBASE - The Restriction Enzyme Database. Retrieved 2008-03-23.
  9. ^ Grazulis S, Manakova E, Roessle M, Bochtler M, Tamulaitiene G, Huber R, Siksnys V (2005). "Structure of the metal-independent restriction enzyme BfiI reveals fusion of a specific DNA-binding domain with a nonspecific nuclease" (PDF). Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 102 (44): 15797–802. Bibcode:2005PNAS..10215797G. doi:10.1073/pnas.0507949102. PMC 1266039. PMID 16247004. PDF
  10. ^ Niv MY, Ripoll DR, Vila JA, Liwo A, Vanamee ES, Aggarwal AK, Weinstein H, Scheraga HA (2007). "Topology of Type II REases revisited; structural classes and the common conserved core". Nucleic Acids Research. 35 (7): 2227–37. doi:10.1093/nar/gkm045. PMC 1874628. PMID 17369272.