데이비드 튜더 존스

David Tudor Jones
데이비드 존스
DavidJones.jpeg
2006년 데이비드 존스
태어난
데이비드 튜더 존스

1966년 11월 (55세)[1]
국적.영국의
모교
로 알려져 있다단백질 접힘 인식
단백질 구조 예측
어워드왕립학회대학 연구 펠로우십(1995~1999년)
과학 경력
필드
기관유니버시티 칼리지 런던
런던 대학교 버크벡
논문단백질 배열 분석에 대한 구조적 접근법 (1993)
박사 어드바이저
웹 사이트http://www.cs.ucl.ac.uk/staff/d.jones/

David Tudor [1]Jones(1966년생)는 University College [3]London의 생물정보학 교수이자 생물정보학 그룹의 수장이다.그는 또한 런던 대학교 버크벡과 UCL의 공동 연구 센터인 Bloomsbury Center for Biotiinformatics의 소장을 맡고 있으며, 이 센터는 생물의학 연구원들에게 생물 정보학 훈련과 지원 센터에는 Boomsbury Center for Biotiinformatics도 있습니다.2013년에는 PLoS ONE, BioData Mining, Advanced BioInformatics, Chemical Biology & Drug Design 및 Protein 편집위원회 위원으로 활동하고 있습니다. 구조, 기능 및 생물 정보학.[citation needed]

교육

Jones는 임페리얼 칼리지 런던에서 교육을 받았고 그곳에서 물리학 [when?][citation needed]학사 학위를 받았습니다.그는 생화학 석사[when?] 학위를 취득하기 위해 킹스 칼리지 런던으로 옮겼고, 유니버시티 칼리지 런던에서는 윌리엄 R.의 지도 하에 1993년에 박사[4] 학위를 받았습니다.테일러와 자넷 [citation needed]손튼입니다

연구 및 경력

Jones의 주요 연구[2] 관심사는 단백질 구조 예측 및 분석 단백질 폴딩, 막 통과 단백질 분석, 생물 정보학에서의 기계 학습 응용, 지능형 소프트웨어 [5]에이전트 응용을 포함한 게놈 분석입니다.GlaxosSmithKline을 포함한 몇몇 다른 회사에서 컨설팅을 했지만, 그의 주요 업계 경험은 University College London의 법인 분사로서 1998년에 설립된 Inpharmatica [1]Limited의 공동 설립자였습니다.이 회사는 단백질의 구조와 기능, 그리고 새로운 약물의 [citation needed]발견으로 이어지는 이들 단백질에 대한 화학 그룹의 결합 사이의 관계를 보기 위해 생물 정보학과 화학 정보학의 조합을 이용했다.

스레더

스레더는 단백질 모델링 방법인 단백질 폴드 인식(스레딩)으로 널리 알려진 방법을[6] 제공하며, 이는 알려진 구조의 단백질과 동일한 폴드를 가진 단백질을 모델링하는 데 사용됩니다.입력은 알 수 없는 단백질 구조를 가진 아미노산 배열이며, 스레더는 이 배열에 대해 가장 가능성이 높은 단백질 구조를 출력합니다.배열과 제안된 구조 사이의 호환성 정도는 알려진 구조의 단백질에서 파생된 경험적 전위 세트를 통해 평가된다.
이 작업은 David Baker와 그의 동료들에 의해 선행되었으며, 이들은 현장에서 큰 영향을 미치는 Rosetta 방식의 TRADER 아이디어를 더욱 발전시켰습니다.

메모리

MEMSAT는[7] 단백질의 위상 모델 인식을 기반으로 막간 나선 세그먼트의 위치를 예측하는 접근법이다.이 방법은 잘 특징지어진 막 단백질 데이터에서 도출된 통계표 세트를 사용하며, 우리는 기대를 극대화함으로써 막 위상 모델을 인식하는 동적 프로그래밍 알고리즘을 가지고 있다.MEMSAT는 1994년에 처음 구축되었기 때문에 2차 구조의 예측이 크게 개선되었다.최신 버전은 2007년에 출시된 MEMSAT3이다.[8]그것은 막의 세포질 측면 또는 막 통과 나선 내에 잔류물의 위치를 결정하기 위해 신경망을 사용한다.

CATH 데이터베이스

Jones는 Christine Orengo 및 Janet[9] Tornton과 함께 CATH 데이터베이스 개발 초기 단계에 관여했습니다.이것은 단백질 데이터 뱅크에서 단백질 구조의 계층적 도메인 분류입니다.이 계층은 클래스, 아키텍처, 토폴로지 및 호몰로지스 슈퍼 패밀리입니다.CATH 데이터베이스는 자동 [10][11]및 수동 기술의 조합을 사용합니다.

Gen Threader(세대 스레더)

GenTHREADER는 전체/개별 단백질 배열에 적용할 수 있는 단백질 접힘 인식을 위한 더 빠르고 강력한 도구입니다.이 방법에서는 기존의 시퀀스 정렬 알고리즘을 사용하여 정렬을 생성한 다음 스레드 기술을 사용하여 정렬을 평가합니다.마지막 단계로, 각 모델은 제안된 예측에서 신뢰 수준의 측정을 생성하기 위해 신경망에 의해 평가될 것이다.GenTHREADER의 등장은 일련의 개선 [13]작업을 가능하게 했습니다.현재 [when?]mGenTHREADER, pDomTHREADER 및 pGen 등 몇 가지 개선된 방법을 사용할 수 있습니다.스레더[14][15]

PSIPRED

이것은 몇 가지 구조 예측 방법을 집약하는 서버입니다.단백질 2차 구조 예측을 위한 기술인 PSIPRED(Predict Secondary Protein Structure)라고도 알려진 새롭게 구현된 방법 및 기타 기술인 MEMSAT3 및 Fold Recognition(GenTHREADER)을 포함한다.사용자는 단백질 시퀀스를 전송하고 원하는 예측을 수행하여 결과를 이메일로 [16]받습니다.

학술 서비스

Jones는 1996년부터 생명공학 및 생물과학연구위원회(BBSRC), 공학 및 물리과학연구위원회(EPSRC), 의학연구위원회(MRC), 연구위원회([citation needed]Research Councils UK)를 포함한 많은 연구위원회에 참여하고 있습니다.그의 연구는 BBSRC, The Wellcome Trust, Elsevier, EPSRC, MRC, The Royal Society, European Commission, AstraZeneca, GlaxosmithKline 및 Sun Microsystems의 [3]자금 지원을 받고 있습니다.

상과 명예

Jones는 1995년부터 [3]1999년까지 권위 있는 Royal Society University Research Fellowship을 개최하였습니다.2022년, Jones는 국제 컴퓨터 생물학 [17]협회의 펠로우로 선출되었습니다.

레퍼런스

  1. ^ a b c n (2012). "David JONES Inpharmatica". companieshouse.gov.uk. Companies House. Archived from the original on 7 March 2017.
  2. ^ a b Google Scholar에 의해 색인화된 David Tudor Jones 출판물
  3. ^ a b c Jones, David (2015). "Professor David Jones UCL Computer Science". ucl.ac.uk. University College London. Archived from the original on 7 May 2016.
  4. ^ Jones, David Tudor (1993). Structural approaches to protein sequence analysis. london.ac.uk (PhD thesis). University of London. OCLC 941025790.
  5. ^ Jones, David T.; Taylor, William R.; Thornton, Janet M. (1992). "The rapid generation of mutation data matrices from protein sequences". Bioinformatics. 8 (3): 275–282. doi:10.1093/bioinformatics/8.3.275. ISSN 1367-4803. PMID 1633570.
  6. ^ Jones, D. T.; Taylor, W. R.; Thornton, J. M. (1992). "A new approach to protein fold recognition". Nature. 358 (6381): 86–89. Bibcode:1992Natur.358...86J. doi:10.1038/358086a0. ISSN 0028-0836. PMID 1614539. S2CID 4266346.
  7. ^ Jones, D. T.; Taylor, W. R.; Thornton, J. M. (1994). "A Model Recognition Approach to the Prediction of All-Helical Membrane Protein Structure and Topology". Biochemistry. 33 (10): 3038–3049. doi:10.1021/bi00176a037. ISSN 0006-2960. PMID 8130217.
  8. ^ Jones, D. T. (2007). "Improving the accuracy of transmembrane protein topology prediction using evolutionary information". Bioinformatics. 23 (5): 538–544. doi:10.1093/bioinformatics/btl677. ISSN 1367-4803. PMID 17237066.
  9. ^ Orengo, CA; Michie, AD; Jones, S; Jones, DT; Swindells, MB; Thornton, JM (1997). "CATH – a hierarchic classification of protein domain structures". Structure. 5 (8): 1093–1109. doi:10.1016/S0969-2126(97)00260-8. ISSN 0969-2126. PMID 9309224.
  10. ^ Orengo, C.A.; Martin, A.M.; Hutchinson, G.; Jones, S.; Jones, D.T.; Michie, A.D.; Swindells, M.B.; Thornton, J.M. (1998). "Classifying a protein in the CATH database of domain structures". Acta Crystallogr. D. 54 (6): 1155–1167. doi:10.1107/s0907444998007501. PMID 10089492.
  11. ^ Cuff, A. L.; Sillitoe, I.; Lewis, T.; Clegg, A. B.; Rentzsch, R.; Furnham, N.; Pellegrini-Calace, M.; Jones, D.; Thornton, J.; Orengo, C. A. (2010). "Extending CATH: increasing coverage of the protein structure universe and linking structure with function". Nucleic Acids Research. 39 (Database): D420–D426. doi:10.1093/nar/gkq1001. ISSN 0305-1048. PMC 3013636. PMID 21097779.
  12. ^ Jones, David T. (1999). "GenTHREADER: an efficient and reliable protein fold recognition method for genomic sequences". Journal of Molecular Biology. 287 (4): 797–815. doi:10.1006/jmbi.1999.2583. ISSN 0022-2836. PMID 10191147. S2CID 6057225.
  13. ^ "UCL-CS Bioinformatics: PSIPRED overview". Bioinf.cs.ucl.ac.uk. Retrieved 7 March 2017.
  14. ^ McGuffin, L. J.; Jones, D. T. (2003). "Improvement of the GenTHREADER method for genomic fold recognition". Bioinformatics. 19 (7): 874–881. doi:10.1093/bioinformatics/btg097. ISSN 1367-4803. PMID 12724298.
  15. ^ Lobley, A.; Sadowski, M. I.; Jones, D. T. (2009). "pGenTHREADER and pDomTHREADER: new methods for improved protein fold recognition and superfamily discrimination". Bioinformatics. 25 (14): 1761–1767. doi:10.1093/bioinformatics/btp302. ISSN 1367-4803. PMID 19429599.
  16. ^ McGuffin, L. J.; Bryson, K.; Jones, D. T. (2000). "The PSIPRED protein structure prediction server". Bioinformatics. 16 (4): 404–405. doi:10.1093/bioinformatics/16.4.404. ISSN 1367-4803. PMID 10869041.
  17. ^ "April 28, 2022: ISCB Congratulates and Introduces the 2022 Class of Fellows!". www.iscb.org. Retrieved 17 June 2022.