스티븐 살즈버그

Steven Salzberg
스티븐 살즈버그
Steven Salzberg at CSHL Nov2018.jpg
Steven Salzberg, 2018년 생물 데이터 과학 회의(CSHL) 참석
태어난
스티븐 로이드 살즈버그

1960년(61~62세)
모교예일 대학교
하버드 대학교
로 알려져 있다.글라이머[1]
MUMUMMER[2]
AMOS 조립기[3]
보타이[4]
톱햇[5]
배우자클라우디아 파슈[6]
수상벤 프랭클린 상(2013년)
과학 경력
기관메릴랜드 대학교, 칼리지 파크
게놈연구연구소
존스 홉킨스 대학교
논문중첩된 일반화 예시로 학습 (1989)
박사학위 자문위원윌리엄 애런 우즈[7]
박사과정 학생
기타 저명한 학생올가 트로이안스카야[8]
웹사이트salzberg-lab.org

스티븐 로이드 살즈버그(Steven Lloyd Salzberg, 1960년 출생)는 미국의 컴퓨터 생물학자 겸 컴퓨터 과학자로, 존스홉킨스 대학교의 블룸버그 유수의 바이오메디컬 엔지니어링, 컴퓨터 과학, 바이오스타틱스 교수다. 그는 존스 홉킨스 의과대학의 유전학 연구소의 일원으로 컴퓨터 생물학 센터의 소장이기도 하다.

조기생활과 교육

잘츠버그는 1960년 심리학 저명한 교수 헤르만 잘츠버그와 은퇴한 학교 교사 아델 살츠버그의 네 자녀 중 한 명으로 태어났다.[9] 살즈버그는 예일 대학교에서 학부과정을 거쳐 1980년에 영어 학사학위를 받았다. 1981년 예일대에 복귀했고, 1982년과 1984년 각각 컴퓨터 과학 석사, 철학 석사 학위를 받았다. 스타트업 회사에 몇 년을 보낸 후, 그는 하버드 대학교에 등록했고, 그곳에서 1989년에 컴퓨터 공학 박사 학위를 받았다.[10]

경력

살즈버그는 박사학위를 취득한 뒤 컴퓨터공학부 조교수로 존스홉킨스대에 입사해 1997년 부교수로 승진했다. 1998~2005년 세계 최대 게놈 염기서열분석센터 중 하나인 게놈연구소의 생물정보학부장을 지냈다. 그 후 잘츠버그는 메릴랜드 대학의 칼리지 파크에서 컴퓨터 과학학과에 입학했는데, 그곳에서 그는 호비츠 컴퓨터 과학 교수였고 생물정보학 및 컴퓨터 생물학 센터의 소장이었다. 2011년 살즈버그는 의학부 교수로 존스홉킨스 대학교로 돌아왔다. 2014년부터는 의대 바이오의학공학과 교수, 휘팅공대 컴퓨터공학부 교수, 블룸버그 공중보건대 바이오스타틱스학과 교수로 재직했다.[6][11][12]

2013년 살즈버그는 생물정보학 분야에서 벤자민 프랭클린 상을 수상했다[13].

2015년 3월에는 학제간 연구자로서의 업적과 차세대 학자들을 가르치는 데 탁월한 능력을 인정받아 존스홉킨스대 블룸버그 유공 교수로 임명되기도 했다.[14] 블룸버그 유수의 교수직은 2013년 마이클 블룸버그의 선물에 의해 설립되었다.[15] 살즈버그는 존스 홉킨스 휘팅 공대, 존스 홉킨스 의대, 존스 홉킨스 블룸버그 공중보건대 등에서 공동선임식을 갖고 있다.

리서치

살즈버그는 1990년대 이후 생물정보학 및 컴퓨터 생물학 분야에서 저명한 과학자로 활동해 왔다. 그는 유전자 발견 알고리즘, 특히 박테리아 유전자 발견을 위한 GLIMER[16] 프로그램, 동물, 식물, 그리고 다른 유기체에서 유전자를 발견하기 위한 몇몇 관련 프로그램에 많은 기여를 했다. 그는 또한 게놈 조립 연구의 리더였으며 오픈 소스 AMOS 프로젝트의 개시자 중 한 명이다. 그는 말라리아 게놈(Plasmodium palciparum)과 모형 식물 아라비도시스 탈리아나의 게놈을 포함한 많은 다른 게놈 프로젝트뿐만[17] 아니라 인간 게놈 프로젝트에 참여하였다. 2001-2002년에 그와 그의 동료들은 2001년 탄저균 공격에 사용된 탄저균의 서열을 만들었다. 그들은 2002년 사이언스지에 그들의 결과를 발표했다.[18] 이 발견들은 FBI가 FT의 한 바이알에 대한 공격의 출처를 추적하는데 도움을 주었다. 메릴랜드 프레드릭의 데트릭이야

살츠버그는 데이비드 립먼, 론 시몬센과 함께 2003년에 수천 개의 인플루엔자 바이러스의 유전체 염기서열 분석 프로젝트를 시작했다.[19][20]

2000년대 중반 차세대 염기서열분석(NGS)이 등장한 직후, 살츠베르크의 연구소와 그의 협력자들은 NGS 염기서열을 대형 게놈에 맞추고 RNA-Seq 실험에서 추출한 염기서열을 조립하기 위한 매우 효율적이고 정확한 프로그램 세트를 개발했다. 여기에는 "턱시도" 스위트룸이 포함되어 있으며, 보타이, 탑하트, 커프링크 프로그램은 출판 이후 수 만 번 인용되었다.

살즈버그는 또한 유사과학에 반대하며 학교에서 진화론을 가르치는 데 찬성하는 목소리를 내고 있으며, 이 주제에 대한 사설을 쓰고 인쇄 매체에 출연했다. 그는 과학, 의학, 그리고 과학에 관한 포브스 잡지에[21] 널리 읽히는 칼럼을 쓴다. 포브스에서 그의 작품은 2012년 로버트 P. 발레스 비판적 사고상을 수상했다.[22]

대상은 2014년 캠브리지 워킹그룹 헌장 멤버로 전염성이 높고 전염성이 강한 바이러스의 발생과 우발적인 실험실 공개 가능성에 대해 과학계에 경종을 울린 바 있다.[23] 그의 박사과정 학생들과 박사후 연구자들로는 콜 트랩넬, 벤 랭메드,[7] 올가 트로이안스카야 등이 있다.

출판물

살즈버그는 250여 편의 과학 출판물을 저술하거나 공동 저술했다.[24] 그는 구글 스콜라에서 244,000개 이상의 인용구를 가지고 있으며, h-지수 147을 기록하고 있다.[25] 살즈버그는 2014년, 2015년, 2016년, 2017년 과학정보연구소가 지난 10년 동안 주제 분야로 가장 많이 인용된 상위 1%에 속하는 과학자들을 집계한 순위인 HighlyCited.com에 포함되도록 선정되었다. 그는 또한 2001년에 처음 이 리스트가 만들어졌을 때 이 리스트에 선정되었다. 이 고도로 인용된 연구자 명단은 클라리베이트 산하에 계속되며 2018년, 2019년, 2020년에도 살츠베르크가 명단에 포함됐다.[26]

인용률이 높은 기사(1만 건 이상 인용)

  • 2012년 B Langmed, Bowtie 2, in: Nature Methods에서 Fast gap-read alignment. 제9권, nº 4; 357.
  • 2009년 B Langmed, C Trapnell, M Pop, 인간 게놈에 대한 짧은 DNA 시퀀스의 초고속 및 기억 효율적 정렬: 게놈 생물학. 10, nº 3; 1-10.
  • 2001년 JC Venter, EW Adams, MD MYers, PW Li, RJ Malloon, 등, 인간 게놈의 순서: Science. 291, nº 5507; 1304-1351.
  • 2010년 C 트랩넬, BA 윌리엄스, G Pertea, A Mortazavi, G Kwan, MJ Van Baren, BJ Wold, L Pachter, Scripts 조립 및 RNA-Seq에 의한 정량화는 Nature Biological에서 세포 분화 중 비통보 및 이소형 전환을 보여준다. 제28권, nº 5; 511-515.
  • 2009년 C Tapnell, L Pachter, TopHat: RNA-Seq와의 스플라이스 결합 발견: 생물정보학. 제25권, nº 9; 1105-1111.
  • 2013년 D Kim, G Pertea, C Trapnell, H Pimentel, R Kelley, TopHat2: Genome Biology에서 삽입, 삭제, 유전자 결합이 있는 상태에서 transcriptom의 정확한 정렬. 제14권, nº 4; 1-13.

수상

참조

  1. ^ Salzberg, S. L.; Delcher, A. L.; Kasif, S.; White, O. (1998). "Microbial gene identification using interpolated Markov models". Nucleic Acids Research. 26 (2): 544–548. doi:10.1093/nar/26.2.544. PMC 147303. PMID 9421513.
  2. ^ Delcher, A. L.; Kasif, S.; Fleischmann, R. D.; Peterson, J.; White, O.; Salzberg, S. L. (1999). "Alignment of whole genomes". Nucleic Acids Research. 27 (11): 2369–2376. doi:10.1093/nar/27.11.2369. PMC 148804. PMID 10325427.
  3. ^ Sommer, D. D.; Delcher, A. L.; Salzberg, S. L.; Pop, M. (2007). "Minimus: A fast, lightweight genome assembler". BMC Bioinformatics. 8: 64. doi:10.1186/1471-2105-8-64. PMC 1821043. PMID 17324286.
  4. ^ Langmead, B.; Trapnell, C.; Pop, M.; Salzberg, S. L. (2009). "Ultrafast and memory-efficient alignment of short DNA sequences to the human genome". Genome Biology. 10 (3): R25. doi:10.1186/gb-2009-10-3-r25. PMC 2690996. PMID 19261174.
  5. ^ Trapnell, C.; Pachter, L.; Salzberg, S. L. (2009). "TopHat: Discovering splice junctions with RNA-Seq". Bioinformatics. 25 (9): 1105–1111. doi:10.1093/bioinformatics/btp120. PMC 2672628. PMID 19289445.
  6. ^ a b ccb.jhu.edu Biosketch 개요
  7. ^ a b c 수학 계보 프로젝트 스티븐 잘츠버그
  8. ^ Mullins, J.; Morrison Mckay, B. (2011). "International Society for Computational Biology Honors Michael Ashburner and Olga Troyanskaya with Top Bioinformatics/Computational Biology Awards for 2011". PLOS Computational Biology. 7 (6): e1002081. Bibcode:2011PLSCB...7E2081M. doi:10.1371/journal.pcbi.1002081. PMC 3107244.
  9. ^ "Steven Salzberg: brief biography". Salzberg Lab. 2015-02-21. Retrieved 2021-06-03.
  10. ^ Salzberg, Steven Lloyd (1989). Learning with nested generalized exemplars (PhD thesis). Harvard University. ProQuest 303755625.
  11. ^ 필라델피아 인콰이어러 진화와 독감에 관한 사설
  12. ^ "Bloomberg Distinguished Professorships Steven Salzberg". Johns Hopkins Office of Research.{{cite web}}: CS1 maint : url-status (링크)
  13. ^ "Steven Salzberg on Microbial Genomes, Open Access, Flu Shots and Gene Patents".
  14. ^ "With Bloomberg Distinguished Professorships, Johns Hopkins aims to foster cross-specialty collaboration 2014". 2014-02-17.
  15. ^ "Michael R. Bloomberg Commits $350 Million to Johns Hopkins for Transformational Academic Initiative 2013".
  16. ^ Delcher, A.; Harmon, D.; Kasif, S.; White, O.; Salzberg, S. (1999). "Improved microbial gene identification with GLIMMER". Nucleic Acids Research. 27 (23): 4636–4641. doi:10.1093/nar/27.23.4636. PMC 148753. PMID 10556321.
  17. ^ Venter, J. C.; Adams, M.; Myers, E.; Li, P.; Mural, R.; Sutton, G.; Smith, H.; Yandell, M.; Evans, C.; Holt, R. A.; Gocayne, J. D.; Amanatides, P.; Ballew, R. M.; Huson, D. H.; Wortman, J. R.; Zhang, Q.; Kodira, C. D.; Zheng, X. H.; Chen, L.; Skupski, M.; Subramanian, G.; Thomas, P. D.; Zhang, J.; Gabor Miklos, G. L.; Nelson, C.; Broder, S.; Clark, A. G.; Nadeau, J.; McKusick, V. A.; et al. (2001). "The Sequence of the Human Genome". Science. 291 (5507): 1304–1351. Bibcode:2001Sci...291.1304V. doi:10.1126/science.1058040. PMID 11181995.
  18. ^ Read, T. D.; Salzberg, S.; Pop, M.; Shumway, M.; Umayam, L.; Jiang, L.; Holtzapple, E.; Busch, J.; Smith, K.; Schupp, J. M.; Solomon, D.; Keim, P.; Fraser, C. M. (2002). "Comparative Genome Sequencing for Discovery of Novel Polymorphisms in Bacillus anthracis". Science. 296 (5575): 2028–2033. Bibcode:2002Sci...296.2028R. doi:10.1126/science.1071837. PMID 12004073. S2CID 15470665.
  19. ^ Ghedin, E.; Sengamalay, N. A.; Shumway, M.; Zaborsky, J.; Feldblyum, T.; Subbu, V.; Spiro, D. J.; Sitz, J.; Koo, H.; Bolotov, P.; Dernovoy, D.; Tatusova, T.; Bao, Y.; St George, K.; Taylor, J.; Lipman, D. J.; Fraser, C. M.; Taubenberger, J. K.; Salzberg, S. L. (2005). "Large-scale sequencing of human influenza reveals the dynamic nature of viral genome evolution". Nature. 437 (7062): 1162–1166. Bibcode:2005Natur.437.1162G. doi:10.1038/nature04239. PMID 16208317.
  20. ^ Holmes, E. C.; Ghedin, E.; Miller, N.; Taylor, J.; Bao, Y.; St George, K.; Grenfell, B. T.; Salzberg, S. L.; Fraser, C. M.; Lipman, D. J.; Taubenberger, J. K. (2005). "Whole-Genome Analysis of Human Influenza A Virus Reveals Multiple Persistent Lineages and Reassortment among Recent H3N2 Viruses". PLOS Biology. 3 (9): e300. doi:10.1371/journal.pbio.0030300. PMC 1180517. PMID 16026181.
  21. ^ 잘츠버그의 포브스 칼럼
  22. ^ "Skeptic Authors Steven Salzberg and Joe Nickell to Receive Balles Prize in Critical Thinking".
  23. ^ 베이커, 니콜슨 (2021년 1월 4일) "실험실-리크 가설 수십 년 동안 과학자들은 전염병을 유발하는 것이 아니라 전염병을 예방하려는 희망으로 바이러스를 뜨겁게 달구어 왔다. 하지만…?" 뉴욕 잡지 Retried 2021년 1월 18일.
  24. ^ "Steven Salzberg, Ph.D., Professor of Biomedical Engineering". Johns Hopkins Medicine. Retrieved 2021-06-03.
  25. ^ "Steven Salzberg". scholar.google.com. Retrieved 2021-06-03.
  26. ^ "Highly Cited Researchers". publons.com. Retrieved 2021-06-03.
  27. ^ "Steven Salzberg, Ph.D., Professor of Biomedical Engineering". Johns Hopkins Medicine. Retrieved 2021-05-04.

외부 링크