AT 훅

AT-hook
AT 훅
PDB 2eze EBI.jpg
interferon-disply 프로모터의 prdii 사이트를 포함하는 dna dodecamer에 결합된 인간 hmg-i(y)의 두 번째 DNA 결합 도메인의 복합체 용액 구조, nmr, 35개 구조
식별자
기호.AT_훅
팜PF02178
인터프로IPR017956
스마트AT_훅
SCOP22eze/SCOPe/SUPFAM
AT가 풍부한 DNA의 마이너홈에 결합된 HMGA1(검은 리본)의 두 번째 AT 훅.아미노산 측쇄와 뉴클레오티드가 숨겨져 있다.

AT-훅은 고이동성 그룹([1]HMG) 단백질, 식물의 DNA[2] 결합 단백질 및 인간 전환/수크로스 비발효(SWI/SNF) 리모델링 [3]복합체의 중심 ATP 효소인 hBRG1 단백질을 포함한 많은 단백질에 존재하는 DNA 결합 모티브이다.

일부 AT-훅은 코어 시퀀스에 하나의 프롤린만 포함되지만 이 모티브는 보존된 회문-코어 시퀀스의 프롤린-아르긴-글리신-아르긴-프로인으로 구성된다.AT-훅은 또한 코어 [4]배열의 양쪽에 가변적으로 대전된 리신 및 아르기닌 잔기를 포함한다.AT-훅은 아데닌-티민(AT)이 풍부한 DNA의 작은 홈에 결합하며, 따라서 AT는 이름으로 결합한다.이름의 나머지 부분은 1990년에 [5]보고된 최초의 AT 훅에서 예측된 아스파라긴/아스파르트산 "훅"에서 유래합니다.1997년 NMR을 사용한 구조 연구에서 DNA 결합 AT-훅이 표적 DNA 가닥의 작은 홈 주위에 초승달 모양 또는 후크 모양을 채택한 것으로 확인되었다([6]오른쪽 사진).HMGA 단백질은 3개의 AT-훅을 포함하지만, 일부 단백질은 [5]30개까지 포함합니다.AT-훅 단백질의 최적의 결합 시퀀스는 (ATA)n 또는 (TATT)n 형식의 반복이지만 AT-훅의 핵심 시퀀스에 대한 최적의 결합 시퀀스는 AAAT와 AAT이다.[7]

레퍼런스

  1. ^ Reeves R, Beckerbauer L (May 2001). "HMGI/Y proteins: flexible regulators of transcription and chromatin structure". Biochim. Biophys. Acta. 1519 (1–2): 13–29. doi:10.1016/S0167-4781(01)00215-9. PMID 11406267.
  2. ^ Meijer AH, van Dijk EL, Hoge JH (June 1996). "Novel members of a family of AT hook-containing DNA-binding proteins from rice are identified through their in vitro interaction with consensus target sites of plant and animal homeodomain proteins". Plant Mol. Biol. 31 (3): 607–18. doi:10.1007/BF00042233. PMID 8790293. S2CID 24687309.
  3. ^ Singh M, D'Silva L, Holak TA (2006). "DNA-binding properties of the recombinant high-mobility-group-like AT-hook-containing region from human BRG1 protein". Biol. Chem. 387 (10–11): 1469–78. doi:10.1515/BC.2006.184. PMID 17081121.
  4. ^ Reeves R (October 2001). "Molecular biology of HMGA proteins: hubs of nuclear function". Gene. 277 (1–2): 63–81. doi:10.1016/S0378-1119(01)00689-8. PMID 11602345.
  5. ^ a b Reeves R, Nissen MS (May 1990). "The A.T-DNA-binding domain of mammalian high mobility group I chromosomal proteins. A novel peptide motif for recognizing DNA structure". J. Biol. Chem. 265 (15): 8573–82. PMID 1692833. Archived from the original on 2020-06-07. Retrieved 2009-11-14.
  6. ^ Huth JR, Bewley CA, Nissen MS, et al. (August 1997). "The solution structure of an HMG-I(Y)-DNA complex defines a new architectural minor groove binding motif". Nat. Struct. Biol. 4 (8): 657–65. doi:10.1038/nsb0897-657. PMID 9253416.
  7. ^ Reeves R (October 2000). "Structure and function of the HMGI(Y) family of architectural transcription factors". Environ. Health Perspect. 108 (Suppl 5): 803–9. doi:10.2307/3454310. JSTOR 3454310. PMID 11035986. Archived from the original on 2009-01-09.


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