Yfr2
Yfr2| Yfr2 / Cyano-1 | |
|---|---|
 | |
| 식별자 | |
| 기호. | 언크 |
| 레네. | RF01701 |
| 기타 데이터 | |
| RNA형 | 진; sRNA; |
| 도메인 | 시아노박테리아 |
| PDB 구조 | PDBe |
Yfr2(나중에 Cyano-1 RNA [1]모티브로 출판된 야노박테리아 기능성 RNA-2[2])는 코드화되지 않은 RNA 계열이다.Yrf2 과의 구성원들은 거의 모든 시아노박테리아 종에서 확인되었다.이 과는 이전에 Yfr2-5 [2][4]과로 분류된 공개된 시아노박테리아 [3]게놈의 생체정보학 검사를 통해 확인되었다.
시아노-1 RNA 모티브 패밀리는 기본적으로 Yfr2와 동의어이지만, 시아노-1에는 종단 배열이 포함되어 있지 않고 Yfr2도 [1][2]포함되어 있습니다.
이 ncRNA의 기능은 알려져 있지 않지만,[3][4] 가족 구성원이 고도로 보존된 노출 중심 합의 요소(CSE: IUPAC 5µ-RKT SGA AAC WHM ASA M-3†)[3]를 사용하여 키스 복합체를 통해 RNA 표적과 상호작용한다는 가설이 있다.이전의 연구들은 Vibrio [5]박테리아에서 쿼럼 감지 ncRNA와 유사성에 주목했다.
이 과는 해양 시아노박테리아(예를 들어 프로클로로코커스속과 시네코커스속)와 담수 시아노박테리아에서 발견되는 두 개의 하위 그룹으로 나눌 수 있다.두 서브그룹 모두 길이가 63–100 뉴클레오티드의 길이(해상 서브그룹 유전자는 평균 22nt [3]더 길다), 보존된 5µ 영역 및 특성 Yfr2 CSE를 가진다.그러나 이들의 2차 구조는 해양 피코시아노박테리아와 Yfr2가 추가적인 줄기 [3]고리를 가지고 있는 것과 다르다.Yfr2 유전자의 위치는 일반적으로 [2]관찰되지 않지만,[3] 연구된 거의 모든 해양 시아노박테리아에서 yfr2a 오솔로그는 유전자 50S 리보솜 서브유닛 유전자 rPL에 3㎜ 위치하는 것으로 확인되었다.프로클로로코커스속에서는 Yfr2 유전자가 Yfr10에 인접해 발견되어 두 ncRNA 간의 잠재적 상호작용이 [6]이론화되어 있다.
yfr2를 식별한 초기 생체정보학 스캔은 스트레스 [2]조건 동안 상향 조절되는 기능성 RNA인 yfr1도 식별했다.yfr [6]가문은 현재 yfr21까지 확인되었습니다.
「 」를 참조해 주세요.
참조
- ^ a b c Weinberg Z, Wang JX, Bogue J, et al. (March 2010). "Comparative genomics reveals 104 candidate structured RNAs from bacteria, archaea and their metagenomes". Genome Biol. 11 (3): R31. doi:10.1186/gb-2010-11-3-r31. PMC 2864571. PMID 20230605.
- ^ a b c d e Axmann IM, Kensche P, Vogel J, Kohl S, Herzel H, Hess WR (2005). "Identification of cyanobacterial non-coding RNAs by comparative genome analysis". Genome Biol. 6 (9): R73. doi:10.1186/gb-2005-6-9-r73. PMC 1242208. PMID 16168080.
- ^ a b c d e f Gierga G, Voss B, Hess WR (July 2009). "The Yfr2 ncRNA family, a group of abundant RNA molecules widely conserved in cyanobacteria". RNA Biol. 6 (3): 222–227. doi:10.4161/rna.6.3.8921. PMID 19502815.
- ^ a b Scanlan DJ, Ostrowski M, Mazard S, et al. (June 2009). "Ecological genomics of marine picocyanobacteria". Microbiol. Mol. Biol. Rev. 73 (2): 249–299. doi:10.1128/MMBR.00035-08. PMC 2698417. PMID 19487728.
- ^ Lenz DH, Mok KC, Lilley BN, Kulkarni RV, Wingreen NS, Bassler BL (July 2004). "The small RNA chaperone Hfq and multiple small RNAs control quorum sensing in Vibrio harveyi and Vibrio cholerae". Cell. 118 (1): 69–82. doi:10.1016/j.cell.2004.06.009. PMID 15242645.
- ^ a b Steglich C, Futschik ME, Lindell D, Voss B, Chisholm SW, Hess WR (August 2008). "The challenge of regulation in a minimal photoautotroph: non-coding RNAs in Prochlorococcus". PLOS Genet. 4 (8): e1000173. doi:10.1371/journal.pgen.1000173. PMC 2518516. PMID 18769676.
외부 링크
- Rfam의 Yfr2/Cyano-1 RNA 모티브 페이지
