SMCO4

SMCO4
SMCO4
식별자
에일리어스코일 코일 도메인 4를 가진 SMCO4, C11orf75, FN5, 단일 패스막 단백질
외부 IDOMIM : 609477 HomoloGene : 137340 GenCard : SMCO4
맞춤법
종.인간마우스
엔트레즈

56935

없음

앙상블

ENSG00000166002

없음

유니프로트

Q9NRQ5

없음

RefSeq(mRNA)

NM_020179

없음

RefSeq(단백질)

NP_064564

없음

장소(UCSC)Chr 11: 93.48 ~93.54 Mb없음
PubMed 검색[2]없음
위키데이터
인간 보기/편집

단통막 및 코일코일 도메인 함유 단백질 4는 단백질 4를 함유하는 콜로이드코일 도메인을 가진 단통막 단백질이다.인간에서는 SMCO4 유전자에 의해 암호화된다.단일 패스 막 통과 단백질은 단백질의 한쪽 끝이 세포질에 남아 있는 반면 다른 한쪽 끝은 세포 외부에 노출된다는 것을 의미합니다.

유전자 특성

SMCO4 유전자는 11번 염색체에 [3]위치하며, 호모 사피엔스의 특정 염색체 좌표는 11q13.3-q23.3이다.SMCO4에는 C11orf75(Chromosome 11 Open Reading Frame 75)와 FN5의 [4]2개의 공통 에일리어스가 있습니다.

mRNA 기능

SMCO4는 호모 사피엔스에 [5]7개의 동소체를 가지고 있다.SMCO4 isoform 1에는 9개의 exon이 있으며, 나머지 isoform 1에는 다양한 exon이 있습니다.이러한 Isoforms는 아래 표에 기재되어 있으며 참조용으로 등록번호가 기재되어 있습니다.

아이소폼 SMCO4 isoform x1 SMCO4 isoform x2 SMCO4 isoform x3 SMCO4 isoform x4 SMCO4 isoform x5 SMCO4 isoform x6 SMCO4 isoform x6
NCBI 가입 번호 XM_011542907.1 XM_011542908.2 XM_011542909.1 XM_011542910.2 XM_017018019.1 XM_017018020.1 XM_011542911.2

단백질

시퀀스 길이(bp) 단백질 배열 길이(aa)[3] 분자량(kD)[6] 등전점[6]
979 59 6.7 10.75

MRQLKKKKKKKKKKKKQAMQEARQQITTVVLPTLAVVLLIVVVVATRP타이트

SMCO4에 의해 코드된 단백질은 인산화 아미노산이 풍부하고 높은 pH를 가지고 있다.예상되는 단백질 반복은 없습니다.단백질이 미토콘드리아의 [7]외막에 존재한다는 증거가 있다.N 말단 신호 펩타이드의 부재는 단백질이 현재 있는 소기관에서 이탈하는 능력을 가지고 있지 않다는 것을 보여주며, 이는 단백질이 막 통과 단백질이라는 지식과 관련이 있다.

구조.

FN5 단백질의 구조는 아직 알려져 있지 않지만 단백질의 질은 단백질의 구조를 예측하는 데 유용하다.단백질이 어떠한 베타-변화를 일으킨다는 증거는 없다; 단백질의 2차 구조는 알파-헥사스로만 구성될 것이다.두 개의 분리된 나선형, 즉 막 통과 나선과 알파 나선이 있습니다.

이 이미지는 FN5 단백질이 취할 수 있는 구조를 애니메이션으로 표현한 것입니다.C-terminus 는 빨간색으로 표시되고 N-terminus는 파란색으로 표시됩니다.

표현

단백질 아틀라스 데이터베이스에서 나온 이 이미지는 몸 전체의 다른 부위에 있는 SMCO4 유전자의 발현 수준을 보여준다.

식분석

인간의 SMCO4 발현이 침샘에서 [8][9]가장 높을 것으로 예측되었다.전체적으로 인체 37개 조직에서 RNA 조직 발현, 71개 세포 [9]유형에서 단백질 발현이 나타났다.

표현의 규제

SMCO4는 인간 전체에 널리 발현되지 않는다.SMCO4의 발현은 많은 다른 요인에 의해 쉽게 조작되어 일정한 발현을 불가능하게 만든다는 증거가 있다.Gamma-to-cotrienol의 [10][11]존재 하에서 SMCO4 발현이 증가했음을 보여주는 실험에서 이 발현 조절의 한 예가 나왔다.

예측된 상호작용

SMCO4는 다음과 [12]같은 단백질과 상호작용할 것으로 예상된다.

BNIP3L BCL2/아데노바이러스 E1B 19kDa 단백질 상호작용 단백질 3상
시스템 4 핵봉투 패밀리 멤버 4를 포함한 스펙트린 반복
CCDC155 155를 포함하는 코일 코일 도메인

보존.

miR-124-3p.1과 miR-183-5p.1이라는 두 개의 마이크로RNA는 다양한 척추동물 전반에 걸쳐 보존성이 높은 것으로 생각된다.이 두 가지 리보핵산들은 [13]모두 본질적으로 신경세포이다.

맞춤법

SMCO4의 직설체는 포유류, 조류, 파충류, 양서류, 곤충, 기생충을 포함한 다양한 종에서 발견되었다.영장류는 인간의 SMCO4 염기서열과 함께 가장 높은 염기서열 정체성을 가지고 있는 것으로 꾸준히 발견되었고, 그 다음으로 멸종된 어종인 Latimeria chalumnae가 뒤를 이었다.효모종에서 SMCO4가 존재한다는 증거는 없었다.

레퍼런스

  1. ^ a b c GRCh38: 앙상블 릴리즈 89: ENSG00000166002 - 앙상블, 2017년 5월
  2. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  3. ^ a b Kehrer-Sawatzki H, Moschgath E, Maier C, Legius E, Elgar G, Krone W (June 2000). "Characterization of the Fugu rubripes NLK and FN5 genes flanking the NF1 (Neurofibromatosis type 1) gene in the 5' direction and mapping of the human counterparts". Gene. 251 (1): 63–71. doi:10.1016/s0378-1119(00)00188-8. PMID 10863097.
  4. ^ https://genecards.weizmann.ac.il/geneloc-bin/display_map.pl?range_type=within_id&chr_nr=11&around_id=574243&around_marker=SMCO4&start_bp=93478472&end_bp=93586855&plus_minus_Mb=4&match=exact&range=on&genes=on&enhancers=on&entity=gene#574243. {{cite web}}:누락 또는 비어 있음 title=(도움말)
  5. ^ "SMCO4 single-pass membrane protein with coiled-coil domains 4 [ Homo sapiens (human)]".
  6. ^ a b http://seqtool.sdsc.edu/CGI/BW.cgi. {{cite web}}:누락 또는 비어 있음 title=(도움말)[영구 데드링크]
  7. ^ "PSORT II server - GenScript". PSORT II Server. GenScript.
  8. ^ "EST Profile".
  9. ^ a b "SMCO4".
  10. ^ "Gamma-tocotrienol effect on breast cancer MCF-7 cells".
  11. ^ "Tocotrienols: A new way to combat cancer". 17 December 2016.
  12. ^ "107 binary interactions found for search term SMCO4". IntAct Molecular Interaction Database. EMBL-EBI. Retrieved 2018-08-25.
  13. ^ Dostie J, Mourelatos Z, Yang M, Sharma A, Dreyfuss G (February 2003). "Numerous microRNPs in neuronal cells containing novel microRNAs". RNA. 9 (2): 180–6. doi:10.1261/rna.2141503. PMC 1370383. PMID 12554860.