파이로바쿨룸속

파이로바쿨룸속
과학적 분류
도메인:	아르케아
킹덤:	크레나카게오타
망울:	크레나카게오타
클래스:	테르모프로테이트
순서:	테르모프로테아목
패밀리:	테르모프로테스과
속:	파이로바쿨룸속; 휴버, 크리스찬슨 & 스테터 1988
종류종
	비로바쿨룸 섬; 휴버, 크리스찬슨 & 스테터 1988
종
	에어로필럼; P. 비소; P. 칼리디폰티스; P. 페리두켄스; P. 이그닐루티; 피아일랜드 섬; P. 중성미자; P. 오귀니엔스; P. 오르간로폼;

파이로바쿨룸은 테르모프로테스과의 속이다.null

설명 및 유의성

라틴어 이름인 '피로바쿨룸'('불 막대기')에서 알 수 있듯, 고고학자는 막대모양이고 온도가 높은 곳과 격리되어 있다.그것은 그람 음성이며 그것의 세포들은 단백질 서브유닛의 S층으로 둘러싸여 있다.null

P. 에어로필름은 고열성 유기체로서 신진대사적으로 다재다능한 유기체다.다른 열성애자들과는 달리 산소가 있는 곳에서 살 수 있고 미세공포증 조건에서도 효율적으로 자란다.null

Pyrobaculum yellowstonensis strain WP30 was obtained from an elemental sulfur sediment (Joseph's Coat Hot Spring [JCHS], 80 °C, pH 6.1, 135 μM As) in Yellowstone National Park (YNP), USA and is a chemoorganoheterotroph and requires elemental sulfur and/or arsenate as an electron acceptor.원소 황과 비소가 있는 곳에서 성장한 결과 티오아르세네이트와 폴리황화물이 형성되었다.이 유기체의 완전한 게놈 염기서열 분석(1.99Mb, G+C 함량 58%)을 통해 탄수화물, 아미노산, 지질의 저하를 위한 수많은 대사 경로를 밝혀냈다.황과 비소의 감소에 관여하는 복수의 디메틸 황산화물-몰리브도프테린(DMSO-MPT) 산화효소 유전자가 확인되었다.거의 모든 필수 공작용제와 대사물의 노보 합성을 위한 경로가 확인되었다.P. 옐로스토넨시스의 유전체학과 JCHS의 조립된 메타게놈 염기서열의 비교 유전체학은 이 유기체가 상황 집단에서 높은 연관성(약 95% 평균 뉴클레오티드 염기서열 아이덴티티)을 가지고 있음을 보여주었다.P. 옐로스토넨시스의 생리학적 속성과 대사 능력은 YNP에서 이러한 모집단의 분포와 기능에 대한 이해를 발전시키기 위한 중요한 기초를 제공한다.

게놈 구조

최초의 염기서열 종은 P. 에어로필름이었다.그것의 원형 게놈 염기서열은 길이가 2,222,430Bp이고 2605개의 단백질 인코딩 염기서열(CDS)을 포함하고 있다.null

세포구조와 신진대사

혐기성 조건 하에서, 고고학은 질산염을 변성화 경로를 통해 분자 질소로 감소시킨다.대부분의 종은 황 감소에 의해 화학석석이 자생적으로 자라거나, 유황 호흡이나 발효에 의해 유기적으로 자란다.셀은 거의 직사각형의 끝이 있는 막대 모양으로 약 1.5–8 * 0.5–0.6 µm이다.피로바쿨룸은 과립성 또는 양극성 다극성 편평성 때문에 운동성이며, 그 군락은 둥글고 회색에서 녹색으로 검은색이다.그 종들은 거짓으로 에어로빅이거나 완전히 혐기성이다.효모 추출물, 펩톤, 육류 추출물에서는 성장이 관찰되었지만 갈락토오스, 포도당, 말토오스, 녹말 글리코겐, 에탄올, 메탄올, 폼아미드, 포마이트, 곰팡이, 프로피온산, 젖산, 아세테이트, 카사미노산에서는 성장하지 않았다.null

유전적으로 배열된 최초의 피로바쿨룸 종 중 P. 에어로필럼(로드 모양, 3–8 * 0.6µm)은 에어로필럼(에어로필럼 = "공기애호")이 가능하기 때문에 고고학자로서는 희귀한 특성을 가지고 있다.이는 질산염이 없을 때 산소가 있는 곳에서만 고고학이 성장했다는 사실에서 명백하다.그것은 둥글고 회색빛이 도는 노란 군락을 생산한다.유기농(효모 추출물, 육류 추출물, 트립톤, 펩톤 등 복합 유기체로 최대 세포 밀도가 관찰됐다)과 에어로빅 및 혐기성 호흡 시 무기 화합물을 모두 활용한다.또한 성장을 위한 원소 황의 사용이 관찰되었다.또한 P. 에어로필름은 100 °C에서 최적의 성장 온도로 75 - 104 °C 사이에서 자란다.null

생태학

지금까지, Pyrobaculum의 변종은 중립에서 약간 알칼리성 끓는 솔파타르 해역 및 얕은 해양 열수계에 이르기까지 격리되었다.P. 에어로필럼은 이탈리아 이스키아 마론티 해변의 끓는 바닷물 구멍에서 고립됐다.추가 연구는 P. 에어로필름이 전자 수용체로서 질산염을 가진 엄격한 혐기성 조건 하에서 성장한다는 것을 보여준다.^[1]null

필로제니

현재 승인된 분류법은 LPSN(Listing in Nomenclature)과 NCBI(National Center for Biological Information)^[3]를 사용한 원핵생물학적 이름 목록에 기초한다.

16S rRNA 기반 LTP 릴리즈 132 All-Specific Living Tree Project^[4]

GTDB 05-RS95(Genome Taxonomy Database)^[7]^[8]를 사용하는 Annotree v1.2.0.^[5]^[6]null

에어로필럼

P. 칼리디폰티스

	P. 중성미자

	P. 페리두켄스

	P. 비소

	P. 오귀니엔스

P. 칼리디폰티스 아모 외 2008년

	피아일랜드 섬 휴버, 크리스찬슨 & 스테터 1988

	P. 중성미자 (Stetter & Zillig 1989년) Chan, Cozen & Lowe 2012

	에어로필럼 벨클, 휴버 & 스테터 1996

	P. 페리두켄스 슬로보드키나 외 2015년

	P. 비소 휴버 외 2001년

	P. 오귀니엔스 사코, 누노우라 & 우치다 2001

참고 항목

asR3 소형 RNA

참조

^ Pyrobaculum의 NCBI 웹 페이지를 참조하십시오.에서 추출된 데이터"NCBI taxonomy resources". National Center for Biotechnology Information. Retrieved 2007-03-19.
^ J.P. Euzéby. "Thermoproteaceae". List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN). Retrieved 2021-05-15.
^ Sayers; et al. "Thermoproteaceae". National Center for Biotechnology Information (NCBI) taxonomy database. Retrieved 2011-06-05.
^ 모든 종류의 살아있는 나무 프로젝트."16S rRNA-based LTP release 132". Silva Comprehensive Ribosomal RNA Database. Retrieved 2015-08-20.
^ "AnnoTree v1.2.0". AnnoTree.
^ Mendler, K; Chen, H; Parks, DH; Hug, LA; Doxey, AC (2019). "AnnoTree: visualization and exploration of a functionally annotated microbial tree of life". Nucleic Acids Research. 47 (9): 4442–4448. doi:10.1093/nar/gkz246. PMC 6511854. PMID 31081040.
^ "GTDB release 05-RS95". Genome Taxonomy Database.
^ Parks, DH; Chuvochina, M; Chaumeil, PA; Rinke, C; Mussig, AJ; Hugenholtz, P (September 2020). "A complete domain-to-species taxonomy for Bacteria and Archaea". Nature Biotechnology. 38 (9): 1079–1086. bioRxiv 10.1101/771964. doi:10.1038/s41587-020-0501-8. PMID 32341564. S2CID 216560589.

추가 읽기

과학저널

Jay, Z.J.; J.P. Beam; A. Dohnalkova; R. Lohmayer; B. Bodle; B. Planer-Friedrich; M. Romine; W. P. Inskeep (2015). "Pyrobaculum yellowstonensis Strain WP30 Respires on Elemental Sulfur and/or Arsenate in Circumneutral Sulﬁdic Geothermal Sediments of Yellowstone National Park". Appl. Environ. Microbiol. 81 (17): 5907–5916. Bibcode:2015ApEnM..81.5907J. doi:10.1128/AEM.01095-15. PMC 4551270. PMID 26092468.
Jay ZJ and Inskeep WP. (2015). "The distribution, diversity, and importance of 16S rRNA gene introns in the order Thermoproteales". Biology Direct. 10 (35): 35. doi:10.1186/s13062-015-0065-6. PMC 4496867. PMID 26156036.
Burggraf S; Huber H; Stetter KO (1997). "Reclassification of the crenarchael orders and families in accordance with 16S rRNA sequence data". Int. J. Syst. Bacteriol. 47 (3): 657–660. doi:10.1099/00207713-47-3-657. PMID 9226896.
Huber R; Kristjansson JK; Stetter KO (1987). "Pyrobaculum gen. nov., a new genus of neutrophilic, rod-shaped archaebacteria from continental solfataras growing optimally at 100°C". Arch. Microbiol. 149 (2): 95–101. doi:10.1007/BF00425072. S2CID 27242697.
Zillig W; Stetter KO; Schafer W; Janekovic D; et al. (1981). "Thermoproteales: a novel type of extremely thermoacidophilic anaerobic archaebacteria isolated from Icelandic solfataras". Zentralbl. Mikrobiol. Parasitenkd. Infektionskr. Hyg. Abt. 1 Orig. C2: 205–227.
Lai, Lien B.; Chan, Patricia P.; Cozen, Aaron E.; Bernick, David L.; et al. (28 Dec 2010). "Discovery of a minimal form of RNase P in Pyrobaculum". Proceedings of the National Academy of Sciences. 107 (52): 22493–22498. Bibcode:2010PNAS..10722493L. doi:10.1073/pnas.1013969107. PMC 3012483. PMID 21135215.
Wells, Stephen A.; Crennell, Susan J.; Danson, Michael J. (Oct 2014). "Structures of mesophilic and extremophilic citrate synthases reveal rigidity and flexibility for function" (PDF). Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics. 82 (10): 2657–70. doi:10.1002/prot.24630. PMID 24948467. S2CID 41430703.

과학 서적

과학 데이터베이스

외부 링크

이 고고학 관련 기사는 단조롭다.위키피디아를 확장하여 도울 수 있다.

[1] Pyrobaculum의 NCBI 웹 페이지를 참조하십시오.에서 추출된 데이터"NCBI taxonomy resources". National Center for Biotechnology Information. Retrieved 2007-03-19.

[2] J.P. Euzéby. "Thermoproteaceae". List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN). Retrieved 2021-05-15.

[3] Sayers; et al. "Thermoproteaceae". National Center for Biotechnology Information (NCBI) taxonomy database. Retrieved 2011-06-05.

[4] 모든 종류의 살아있는 나무 프로젝트."16S rRNA-based LTP release 132". Silva Comprehensive Ribosomal RNA Database. Retrieved 2015-08-20.

[5] "AnnoTree v1.2.0". AnnoTree.

[6] Mendler, K; Chen, H; Parks, DH; Hug, LA; Doxey, AC (2019). "AnnoTree: visualization and exploration of a functionally annotated microbial tree of life". Nucleic Acids Research. 47 (9): 4442–4448. doi:10.1093/nar/gkz246. PMC 6511854. PMID 31081040.

[7] "GTDB release 05-RS95". Genome Taxonomy Database.

[8] Parks, DH; Chuvochina, M; Chaumeil, PA; Rinke, C; Mussig, AJ; Hugenholtz, P (September 2020). "A complete domain-to-species taxonomy for Bacteria and Archaea". Nature Biotechnology. 38 (9): 1079–1086. bioRxiv 10.1101/771964. doi:10.1038/s41587-020-0501-8. PMID 32341564. S2CID 216560589.

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