FAM221A

FAM221A
FAM221A
식별자
에일리어스FAM221A, C7orf46, 시퀀스 유사성 221 멤버A 패밀리
외부 IDMGI: 2442161 HomoloGene: 18214 GenCard: FAM221A
맞춤법
종.인간마우스
엔트레즈

340277

231946

앙상블

ENSG00000188732

ENSMUSG000047115

유니프로트

A4D161

Q8C790

RefSeq(mRNA)

NM_001127364
NM_001127365
NM_001300932
NM_199136

NM_001172216
NM_172727

RefSeq(단백질)

NP_001120836
NP_001120837
NP_001287861
NP_954587

NP_001165687
NP_766315

장소(UCSC)Chr 7: 23.68 ~23.7 MbChr 6: 49.34 ~49.37 Mb
PubMed 검색[3][4]
위키데이터
인간 보기/편집마우스 표시/편집

배열 유사성 221 멤버 A를 가진 패밀리는 FAM221A 유전자에 의해 암호화되는 인간의 단백질이다.FAM221A는 아직 과학계에서 잘 알려지지 않은 유전자다.그러나 이 유전자는 파킨슨병과 전립선암에 영향을 미칠 수 있는 것으로 보인다.

진

로케이션과 에일리어스

FAM221A는 7번 염색체에 있습니다.정확한 위치는 7p15.[5]3입니다.C7orf46이라는 [6]에일리어스가 1개 있어요

표현

FAM221A는 간, 뇌, 태아 뇌, 갑상선, 대장 등에서 발현량이 높지만 FAM221A는 척수, 췌장, [7]망막에서 발현량이 가장 높다.

FAM221A의 프로모터 영역은 1222개의 염기쌍 길이이다.Genomatix의 [8]ElDorado를 사용하여 발견되었습니다.

단백질

단백질 분석

FAM221A의 분자량은 33.1 [9]kDa이며 등전점은 6.01이다.[10]사람의 다른 단백질에 비해 FAM221A는 아스파라긴 [9]수치가 낮다.

번역 후 변경

FAM221A의 번역 후 변형에는 인산화 부위, 글리코실화 부위 및 황화 부위가 포함된다.이것들은 마카크, 고래, 핀치 그리고 때로는 악어를 포함한 호모 사피엔스 이외의 포유동물들에게 보존되어 왔다.이러한 사이트는 NetPhos 3.1,[11] InoYang 1[12].2 및 Sulfinator를 [13]사용하여 예측되었습니다.

세컨더리 구조

FAM221A에서 예측되는 주요 구조는 랜덤 코일 및 알파 헬리크로 단백질의 71%가 랜덤 코일, 21%가 헬리크이다.확장된 가닥도 발견되었으며 단백질의 7%가 이것들이다.RaptorX를 [14]이용하여 2차 구조를 예측하였으며, 예측된 2차 구조의 도표는 아래와 같다.

RaptorX를 이용한 FAM221A의 2차 구조 예측.

호몰로지/진화

패럴로그

FAM221A에는 FAM221B라는 하나의 패럴로그가 존재합니다.이것은 약 1억7천8백만 년 전에 FAM221A에서 분리되었습니다.

맞춤법

정형어는 포유류, 조류, 파충류, 어류에서 발견되었다.FAM221A는 무척추동물에서도 보존되어 왔지만 유사성 수준은 더 빠른 속도로 감소한다.BLAST와 [16]BLAT를 사용하여 정형외과가 발견되었다.FAM221A에 대해 존재하는 유일한 Ortholog는 아니지만, 20개의 Ortholog 표가 아래에 제공됩니다.가입번호가 없는 맞춤법은 BLAT를 사용하여 작성되었습니다.

20 FAM221A의 직교
종. 공통명 발산(mya) 등록 번호 길이(aa) 아이덴티티(%) 유사도(%)
호모 사피엔스 인간 0 NP_954587.2 298 100 100
마카카네메스트리나 남부돼지꼬리마카크 28.1 XP_011729478.1 298 96 96
콘딜루라크리스타 별코두더지 94 XP_004677186.2 284 90 94
히펠라푸스히파스 중앙유럽붉은사슴 94 OWK06795.1 289 90 93
히가시노우카 벨루가고래 94 XP_022440764.1 298 90 92
앨리게이터 미시시피엔시스 아메리카악어 320 KYO26809.1 366 78 86
팔라크로코락스 카보 가마우지 320 KFW96932.1 258 77 87
츠마카미우라 소사이어티 핀치 320 XP_021393915.1 298 76 85
시넨시스메로디스카스 중국 연갑거북 320 XP_014436679.1 236 76 85
갈루스 갈루스 붉은정글폴 320 XP_418719.1 296 75 84
크로코딜루스뽀로수스 소금물악어 320 XP_019390202.1 236 75 84
오셀라리스속 오셀라리스클라운피쉬 432 XP_023141881.1 248 63 75
살벨리누스알피누스 북극색 432 XP_023832019.1 372 59 71
에스옥스 루시우스 노던파이크 432 XP_010891304.1 332 55 69
오오나비늘보 꽃병 튜니케이트 678 없음 212 77 87
키요포라피스티라타 키요포라피스티라타 685 XP_022787363.1 344 58 73
주혈흡충 단발성 혈액 요행 692 XP_012794504.1 241 45 61
쿠라소스트레아 버진리카 동굴 794 XP_022337450.1 324 59 72
미즈호펙텐예소엔시스 파티노펙텐예소엔시스 794 XP_021377417.1 326 55 70
피토프토라니코티아나과 검은 생크 1781 KUF80258.1 297 34 48
크리소크로물리나스파CCMP291 청록토빈 1781 KOO33212.1 280 28 42

FAM221A의 차이

FAM221A가 다른 종에서 분리되었던 시기를 이해하기 위해 그래프를 만들었습니다.이는 FAM221A의 진화이력을 빠르게 진화하는 피브리노겐과 느리게 진화하는 시토크롬C와 비교한 것이다.그래프에서 보듯이 FAM221A는 다른 종과 적당한 속도로 갈라진다.

맞춤법에서 FAM221A에 대한 진화 연대표가 발견되었습니다.

임상적 의의

FAM221A는 뇌에서[17] 발현량이 상대적으로 많고 파킨슨병[17], 알츠하이머병 [18]등 신경변성 질환과 관련이 있는 것으로 나타났다.FAM221A는 또한 건강한 [19]사람에 비해 전립선암에 걸린 사람들에게서 발현 수준이 더 높은 것으로 나타났다.또한 대장종양에서도 [20]FAM221A가 발현되었다.

상호작용 단백질

SNX2, SNX5, SNX6의 세 가지 상호작용 단백질이 발견되었다.

SNX2와 SNX6는 세포 내 밀매 단계에 관여하는 동일한 기능을 공유합니다.SNX5는 엔도솜에서 골기 횡단 네트워크로 화물 검색을 용이하게 합니다.

레퍼런스

  1. ^ a b c GRCh38: 앙상블 릴리즈 89: ENSG00000188732 - 앙상블, 2017년 5월
  2. ^ a b c GRCm38: 앙상블 릴리즈 89: ENSMUSG000047115 - 앙상블, 2017년 5월
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ "Entrez Gene: Family with sequence similarity 221 member A". Retrieved 2016-07-20.
  6. ^ Database, GeneCards Human Gene. "FAM221A Gene - GeneCards - F221A Protein - F221A Antibody". www.genecards.org.
  7. ^ "GDS3113 / 125374". www.ncbi.nlm.nih.gov.
  8. ^ "Genomatix". www.genomatix.de.
  9. ^ a b "SAPS < Sequence Statistics < EMBL-EBI".
  10. ^ "Calculation of Protein Isoelectric Point".
  11. ^ "NetPhos 3.1 Server". www.cbs.dtu.dk.
  12. ^ "YinOYang 1.2 Server". www.cbs.dtu.dk.
  13. ^ "ExPASy - Sulfinator tool". web.expasy.org.
  14. ^ http://raptorx.uchicago.edu/. {{cite web}}:누락 또는 비어 있음 title=(도움말)
  15. ^ "NCBI BLAST".
  16. ^ "UCSC BLAT".
  17. ^ a b Mariani E, Frabetti F, Tarozzi A, Pelleri MC, Pizzetti F, Casadei R (2016). "Meta-Analysis of Parkinson's Disease Transcriptome Data Using TRAM Software: Whole Substantia Nigra Tissue and Single Dopamine Neuron Differential Gene Expression". PLOS ONE. 11 (9): e0161567. Bibcode:2016PLoSO..1161567M. doi:10.1371/journal.pone.0161567. PMC 5017670. PMID 27611585.
  18. ^ Thonberg H, Chiang HH, Lilius L, Forsell C, Lindström AK, Johansson C, Björkström J, Thordardottir S, Sleegers K, Van Broeckhoven C, Rönnbäck A, Graff C (June 2017). "Identification and description of three families with familial Alzheimer disease that segregate variants in the SORL1 gene". Acta Neuropathologica Communications. 5 (1): 43. doi:10.1186/s40478-017-0441-9. PMC 5465543. PMID 28595629.
  19. ^ Arredouani MS, Lu B, Bhasin M, Eljanne M, Yue W, Mosquera JM, Bubley GJ, Li V, Rubin MA, Libermann TA, Sanda MG (September 2009). "Identification of the transcription factor single-minded homologue 2 as a potential biomarker and immunotherapy target in prostate cancer". Clinical Cancer Research. 15 (18): 5794–802. doi:10.1158/1078-0432.CCR-09-0911. PMC 5573151. PMID 19737960.
  20. ^ Khamas A, Ishikawa T, Shimokawa K, Mogushi K, Iida S, Ishiguro M, Mizushima H, Tanaka H, Uetake H, Sugihara K (2012). "Screening for epigenetically masked genes in colorectal cancer Using 5-Aza-2'-deoxycytidine, microarray and gene expression profile". Cancer Genomics & Proteomics. 9 (2): 67–75. PMID 22399497.