제노스타

Genostar
제노스타
유형사기업
산업생물정보학
설립.2004
본사
그르노블
,
프랑스.
상품들소프트웨어 및 데이터베이스
웹 사이트http://www.genostar.com

Genostar는 프랑스 그르노블에 본사를 둔 생물정보학 프로바이더입니다.이 회사는 1999년 게놈 익스프레스, 하이브리제닉스, INRIA(Institut National de Recherche en Informatique et Automatique/[2]프랑스 국립컴퓨터과학통제연구소), 파스퇴르 연구소가 민관 컨소시엄으로 설립한 '제노스타 컨소시엄'[1]에 이어 2004년 설립됐다.

소프트웨어

Metabrate Path Builder는 미생물 연구에 전념하는 생물 정보학 환경입니다.여기에는 단백질 도메인의 배열 조립, 매핑, 주석 전달 및 식별, 비교 유전체학, 구조 검색, 대사 경로 분석, 생물학적 네트워크의 모델링 및 시뮬레이션이 포함됩니다.Genostar의 소프트웨어는 플랫폼에 의존하지 않기 때문에 Mac OS X, Windows 및 Linux 모두에서 사용할 수 있습니다.

시퀀스 어셈블리

  • 참조 시퀀스에 시퀀스 앙상블 매핑
  • 참조 시퀀스와 콘티그 사이, 두 시퀀스 사이 또는 두 세트의 시퀀스 사이
  • MUMmer를 사용하여 최소 길이로 정확한 일치 찾기
  • 특정 지역 및 SNP 검출
  • 기준 시퀀스에 대한 조립 시퀀스의 작성

게놈 주석

단백질 주석

Metabrate Path Builder는 단백질 주석 전용 몇 가지 방법을 통합합니다.

  • HMMER를 사용한 Pfam 도메인 예측
  • 여러 EMBOSS 방법(항원적, 2D 구조 예측)

식 데이터 솔루션(EDS)

제노스타의 발현 데이터 솔루션(EDS)은 키워드와 주석을 기반으로 마이크로 어레이 데이터를 유전자, 유전자 생성물 및 생화학 반응에 연결합니다.이 소프트웨어는 다음을 가능하게 합니다.

  • 유전자 이름 및 ID에 발현 값 할당
  • 공동 발현 유전자를 식별하고 관련 반응과 대사 경로를 시각적으로 분석한다.
  • 유전자 국재화, 기능 주석 및 신진대사의 관점에서 공동 조절 유전자를 식별하고 분석한다.
  • 게놈 지도에서 관심 있는 CDS를 발현 값에 따라 색칠하고 대화형 대사 KEGG 지도에서 해당 반응을 강조합니다.
  • CDS(GO, KEGG 등) 수집 또는 하위 수집의 기능 데이터의 중요성을 분석한다.피셔 검정
  • 내보내기 가능한 테이블 및 맵에서 모든 기능 데이터 수집 및 시각화

데이터베이스

Genostar의 MicroB 데이터베이스는 약 1100개의 세균 및 고고학적 기관으로부터 얻은 게놈, 단백질, 생화학 및 대사 데이터로 구성됩니다.

파트너

주 및 참고 자료

  1. ^ "GenoStar: A Bioinformatics Platform for Exploratory Genomics".
  2. ^ "Archived copy". Archived from the original on 2010-02-13. Retrieved 2010-05-13.{{cite web}}: CS1 maint: 제목으로 아카이브된 복사(링크)
  3. ^ "Archived copy". Archived from the original on 2010-05-11. Retrieved 2010-05-16.{{cite web}}: CS1 maint: 제목으로 아카이브된 복사(링크)

외부 링크