셀 인지
CellCognition| 초기 릴리즈 | 2009년 12월, 전( |
|---|---|
| 안정된 릴리스 | 1.6.1 / 2017년 5월 , 전( |
| 운영 체제 | 임의(Python 기반) |
| 유형 | 이미지 처리, 컴퓨터 비전 및 머신 러닝 |
| 면허증. | LGPL 라이선스 |
| 웹 사이트 | www |
CellCognition은 바이오 이미지 정보학 및 시스템 현미경 분야에서 높은 처리량 형광 현미경(시간 경과) 이미지의 정량적 분석을 위한 무료 오픈 소스 계산 프레임워크이다.CellCognition 프레임워크는 단세포 추적 및 세포 형태 분류를 위해 이미지 처리, 컴퓨터 비전 및 기계 학습 기술을 사용합니다.이것은 세포상의 시간적 진행, 세포 역학의 모델링, 표현형 [1][2]맵의 생성을 가능하게 한다.
특징들
CellCognition은 이미지 분할, 객체 감지, 특징 추출, 통계 분류, 시간 경과에 따른 개별 셀 추적, 클래스 전이 모티브(예: 유사분열로 들어가는 셀)의 검출 및 클래스 라벨의 분류 오류의 HMM 수정을 포함하는 계산 파이프라인을 사용한다.
소프트웨어는 Python 2.7로 작성되었으며 Windows 및 Mac OS X에서 바이너리를 사용할 수 있습니다.
역사
CellCognition(버전 1.0.1)은 2009년 12월 스위스 취리히 연방공과대학 및 유럽 분자생물연구소 하이델베르크의 엘렌버그 연구소의 Gerlich Lab과 Buhmann 그룹의 과학자들에 의해 처음 출시되었습니다.최신 릴리스는 1.6.1이며 소프트웨어는 분자생명공학연구소의 Gerlich Lab에 의해 개발 및 관리되고 있습니다.
어플
CellCognition은 RNAi 기반 [3]스크리닝에 사용되었고, 기본 세포 [4]주기 연구에 적용되었으며, 비감독 [5]모델링으로 확장되었습니다.
레퍼런스
- ^ Held M, Schmitz MH, Fischer B, Walter T, Neumann B, Olma MH, Peter M, Ellenberg J, Gerlich DW (2010). "CellCognition: time-resolved phenotype annotation in high-throughput live cell imaging" (PDF). Nature Methods. 7 (9): 747–54. doi:10.1038/nmeth.1486. hdl:1912/3869. PMID 20693996.
- ^ Schmitz MH, Held M, Janssens V, Hutchins JR, Hudecz O, Ivanova E, Goris J, Trinkle-Mulcahy L, Lamond AI, Poser I, Hyman AA, Mechtler K, Peters JM, Gerlich DW (2010). "Live-cell imaging RNAi screen identifies PP2A-B55alpha and importin-beta1 as key mitotic exit regulators in human cells". Nature Cell Biology. 12 (9): 886–93. doi:10.1038/ncb2092. PMC 3839080. PMID 20711181.
- ^ Piwko W, Olma MH, Held M, Bianco JN, Pedrioli PG, Hofmann K, Pasero P, Gerlich DW, Peter M (2010). "RNAi-based screening identifies the Mms22L-Nfkbil2 complex as a novel regulator of DNA replication in human cells". EMBO Journal. 29 (24): 4210–22. doi:10.1038/emboj.2010.304. PMC 3018799. PMID 21113133.
- ^ Wurzenberger C, Held M, Lampson MA, Poser I, Hyman AA, Gerlich DW (2012). "Sds22 and Repo-Man stabilize chromosome segregation by counteracting Aurora B on anaphase kinetochores". Journal of Cell Biology. 198 (2): 173–83. doi:10.1083/jcb.201112112. PMC 3410419. PMID 22801782.
- ^ Zhong Q, Busetto AG, Fededa JP, Buhmann JM, Gerlich DW (2012). "Unsupervised modeling of cell morphology dynamics for time-lapse microscopy". Nature Methods. 9 (7): 711–13. doi:10.1038/nmeth.2046. PMID 22635062.
