U6 스플라이소좀RNA

U6 spliceosomal RNA
U6 스플라이소좀RNA
RF00026.jpg
U6의 예측된 2차 구조 및 배열 보존
식별자
기호.U6
RfamRF00026
기타 데이터
RNA형진, snRNA, 스플라이싱
도메인진핵생물
가세요GO:0000351 GO: 0000353 GO:0030621 GO:0005688 GO:0046540
그렇게SO:0000396
PDB 구조PDBe

U6 snRNA는 U6 snRNP(소핵 리보뉴클레오단백질)의 비코드 소형핵 RNA(snRNA) 성분으로, 다른 snRNP, 미수정 프리mRNA 및 다양한 단백질과 결합하여 스플리세오솜, 큰 RNA-프로시젼 복합체를 촉매하는 대형 RNA-프로세서이다.인트론의 제거는 진핵생물의 핵에서만 일어나는 사후 설명 수정의 주요 측면이다.

U6의 RNA 배열은 [1]스플라이세오솜에 포함된 5개의 snRNA 중 종에 걸쳐 가장 잘 보존되어 있어, U6 snRNA의 기능이 진화를 통해 결정적이고 변하지 않았음을 시사한다.

척추동물의 게놈에서 U6 snRNA 유전자 또는 U6에서 파생된 유사 유전자의 [2]많은 복제품을 발견하는 것은 흔한 일이다.척추동물에서 U6 snRNA 유전자의 이러한 "백업"의 유행은 유기체의 생존에 있어 U6 snRNA 유전자의 진화적 중요성을 더욱 암시한다.

U6 snRNA 유전자는 C. elegans를 [4]포함한 많은 [3]생물에서 분리되었습니다.그 중 제빵 효모(Saccharomyces cerevisiae)는 snRNA 연구에 일반적으로 사용되는 모델 유기체이다.

U6 snRNA의 구조와 촉매 메커니즘은 II 그룹 [5][6]인트론의 도메인 V의 구조와 유사하다.U6 snRNA에서 삼중 나선의 형성은 촉매 부위를 스플라이스 부위로 가져오는 역할을 하는 스플라이싱 활성에서 [6]중요한 것으로 간주됩니다.

역할.

U6 snRNA의 염기쌍 특이성에 의해 스플라이싱 반응의 초기 단계에서 U6 snRNP가 U4 snRNA에 밀착하고 트리플 snRNP의 U5 snRNA에 느슨하게 결합할 수 있다.반응이 진행됨에 따라 U6 snRNA는 U4에서 압축 해제되어 U2 snRNA에 결합됩니다.이 반응의 각 단계에서 U6 snRNA 2차 구조는 광범위한 구조 변화를 [7]겪는다.

스플라이싱 반응 중 염기쌍을 통한 인트론의 5' 말단과 U6 snRNA의 결합은 라리아(또는 라소 모양의) 중간체 형성 전에 발생하며 스플라이싱 과정이 진행되기 위해 필요하다.염기쌍을 통해 U6 snRNP와 U2 snRNP의 결합은 스플라이소좀의 [8]: 433–437 활성 부위를 구성하는 구조인 U6-U2 복합체를 형성한다.

이차 구조

추정 2차 구조 컨센서스 베이스 페어링은 짧은 5' 스템루프로 제한되지만,[9] 효모와 같은 특정 유기체에 대해 훨씬 더 광범위한 구조가 제안되었다.5' 스템 루프 외에 확인된 모든 U6 snRNA는 제안된 3' 분자 내 스템 [10]루프를 형성할 수 있다.

U4/U6 snRNA 복합체

U6 snRNA는 U4 snRNA와 [11]광범위한 염기쌍 상호작용을 형성하는 것으로 알려져 있습니다.이 상호작용은 3' 분자내 스템 [7]루프의 상호작용과 상호 배타적인 것으로 나타났다.

관련 단백질

LSM 바인딩 U6 snRNA

유리 U6 snRNA는 Prp24 및 LSms 단백질과 관련이 있는 것으로 밝혀졌다.Prp24는 U4와 U6 snRNA 사이의 광범위한 염기쌍을 촉진하기 위해 U6 snRNA와 중간 복합체를 형성하는 것으로 생각되며, Lsms는 Prp24 결합에 도움을 줄 수 있다.이러한 단백질 결합 도메인의 대략적인 위치가 결정되었고, 단백질은 나중에 전자 현미경 검사를 통해 시각화되었다.이 연구는 U6의 자유로운 형태에서 Prp24가 텔레스템에 결합하고 U6 snRNA의 우리딘이 풍부한 3' 꼬리가 Lsms의 고리를 통과한다는 것을 시사한다.U6와 관련된 또 다른 중요한 NTC 관련 단백질은 Cwc2로, 중요한 촉매 RNA 요소와의 상호작용에 의해 스플라이세오솜에서 기능성 촉매 코어의 형성을 유도한다.Cwc2와 U6는 ISL 및 5' 스플라이스 [12]사이트 근처에 위치한 영역과의 상호작용을 통해 이 복합체의 형성을 달성한다.

「 」를 참조해 주세요.

레퍼런스

  1. ^ Brow DA, Guthrie C (July 1988). "Spliceosomal RNA U6 is remarkably conserved from yeast to mammals". Nature. 334 (6179): 213–8. Bibcode:1988Natur.334..213B. doi:10.1038/334213a0. PMID 3041282. S2CID 4236176.
  2. ^ Marz M, Kirsten T, Stadler PF (December 2008). "Evolution of spliceosomal snRNA genes in metazoan animals". Journal of Molecular Evolution (Submitted manuscript). 67 (6): 594–607. Bibcode:2008JMolE..67..594M. doi:10.1007/s00239-008-9149-6. PMID 19030770. S2CID 18830327.
  3. ^ Anderson MA, Purcell J, Verkuijl SA, Norman VC, Leftwich PT, Harvey-Samuel T, Alphey LS (March 2020). "In Vitro Validation of Pol III Promoters". ACS Synthetic Biology. 9 (3): 678–681. doi:10.1021/acssynbio.9b00436. PMC 7093051. PMID 32129976.
  4. ^ Thomas J, Lea K, Zucker-Aprison E, Blumenthal T (May 1990). "The spliceosomal snRNAs of Caenorhabditis elegans". Nucleic Acids Research. 18 (9): 2633–42. doi:10.1093/nar/18.9.2633. PMC 330746. PMID 2339054.
  5. ^ Toor N, Keating KS, Taylor SD, Pyle AM (April 2008). "Crystal structure of a self-spliced group II intron". Science. 320 (5872): 77–82. Bibcode:2008Sci...320...77T. doi:10.1126/science.1153803. PMC 4406475. PMID 18388288.
  6. ^ a b Fica SM, Mefford MA, Piccirilli JA, Staley JP (May 2014). "Evidence for a group II intron-like catalytic triplex in the spliceosome". Nature Structural & Molecular Biology. 21 (5): 464–471. doi:10.1038/nsmb.2815. PMC 4257784. PMID 24747940.
  7. ^ a b Fortner DM, Troy RG, Brow DA (January 1994). "A stem/loop in U6 RNA defines a conformational switch required for pre-mRNA splicing". Genes & Development. 8 (2): 221–33. doi:10.1101/gad.8.2.221. PMID 8299941.
  8. ^ Weaver, Robert J. (2008). Molecular Biology. Boston: McGraw Hill Higher Education. ISBN 978-0-07-127548-4.
  9. ^ Karaduman R, Fabrizio P, Hartmuth K, Urlaub H, Lührmann R (March 2006). "RNA structure and RNA-protein interactions in purified yeast U6 snRNPs". Journal of Molecular Biology. 356 (5): 1248–62. doi:10.1016/j.jmb.2005.12.013. hdl:11858/00-001M-0000-0012-E5F7-6. PMID 16410014.
  10. ^ Butcher SE, Brow DA (June 2005). "Towards understanding the catalytic core structure of the spliceosome". Biochemical Society Transactions. 33 (Pt 3): 447–9. doi:10.1042/BST0330447. PMID 15916538.
  11. ^ Orum H, Nielsen H, Engberg J (November 1991). "Spliceosomal small nuclear RNAs of Tetrahymena thermophila and some possible snRNA-snRNA base-pairing interactions". Journal of Molecular Biology. 222 (2): 219–32. doi:10.1016/0022-2836(91)90208-N. PMID 1960724.
  12. ^ Rasche N, Dybkov O, Schmitzová J, Akyildiz B, Fabrizio P, Lührmann R (March 2012). "Cwc2 and its human homologue RBM22 promote an active conformation of the spliceosome catalytic centre". The EMBO Journal. 31 (6): 1591–604. doi:10.1038/emboj.2011.502. PMC 3321175. PMID 22246180.

추가 정보

외부 링크